稀有鮈鲫卵黄蛋白原基因全序列的克隆与分析

稀有鮈鲫（Gobiocypris rarus）是我国特有的一种小型鲤科鱼类,目前已作为一种新型模式生物应用于实验研究。运用普通PCR方法克隆得到一段长6 299 bp的序列,序列分析发现编码区与稀有鮈鲫卵黄蛋白原cDNA序列相似性为100%。再参考6 299 bp序列5′端设计两对特异性引物,进行基因组步移,获得长度为1 285 bp的序列。经过序列拼接后得到7 573 bp的序列,分析发现其中含卵黄蛋白原基因全序列长度为 6 595 bp卵黄蛋白原基因上游调控序列长度为978 bp。进一步分析开放性阅读框得知：稀有鮈鲫卵黄蛋白原基因含有26个外显子和25个内含子,编码1 299个氨基酸序列,CDS长3 900 bp。经BLAST比对发现,稀有鮈鲫卵黄蛋白原上游调控序列中220～838 bp区间与朝鲜（Acheilognathus yamatsutae）卵黄蛋白原基因启动子序列2 857～3 469 bp 区间有80 %相似性。     

虾蟹类卵黄蛋白原的研究进展

简述了十足目动物中重要虾蟹类卵黄蛋白原(vitellogenin)的基因克隆及分子相关研究进展。分别从分子的合成转运、分子结构特征、分子进化、表达和激素调控、生物学功能等几个方面展开介绍,整理回顾了目前已被克隆鉴定的十足目动物Vg分子特征;指出了同源蛋白间存在的结构和功能的相似性;分析了分子间的系统进化关系;归纳了十足目Vg种间蛋白的主要特征,并且提出一些区别于其它物种的独特之处。以期为进一步深入开展卵黄蛋白分子研究积累资料,同时为虾蟹类卵巢发育机制研究提供理论依据。     

基于核糖体18S和ITS2序列探讨胰阔盘吸虫的分子进化地位

为了研究胰阔盘吸虫的分子进化地位,应用PCR方法扩增胰阔盘吸虫的核糖体18S和ITS2序列,并以其为标记基因,采取最大简约法(MP)构建系统发生树,分析该虫与相关吸虫的进化关系。结果扩增得到的胰阔盘吸虫部分18S序列长度为1 200 bp,ITS2序列全长为231 bp;两种基因构建的进化树结果相似,每科虫体均形成一个独立分支,在双腔科的分支中,阔盘属吸虫聚集在一起与双腔属吸虫关系密切,与传统形态学分类结果一致。表明核糖体18S和ITS2序列为吸虫分子进化分析的良好标记基因。     

菊花及其近缘种的分子进化与系统发育研究

分子进化与系统发育的基本关系就是在DNA水平探索生物进化的原因和机制 ,以生物大分子的信息推断生物进化的历史 ,重建系统谱系关系。该文分析了几个在菊花及其近缘种起源与亲缘关系研究中有代表性的CHS基因、CDS基因和核糖体nrITS基因等的分子进化和以其核苷酸与氨基酸序列进化差异构建的系统发育关系 ,概述了前人基于RAPD、AFLP和SSR等分子标记的以基因组DNA扩增片段的多态性构建的菊花及其近缘种的系统发育关系进展。作者比较了基于分子特征和表征特征研究菊花及其近缘种及品种起源与亲缘关系的异同点 ,认为只有将分子进化的系统发育研究与传统的基于形态、细胞和生理学研究的表征特征结合起来 ,才能最终澄清物种间的进化关系。     

基于线粒体rrnS和rrnL序列探讨宫川棘口吸虫的分子进化地位

宫川棘口吸虫是家禽常的寄生虫,偶尔也感染人。为了研究宫川棘口吸虫的分子进化地位,应用PCR方法扩增宫川棘口吸虫线粒体rrnS和rrnL序列,并以两个串联序列为标记基因,采取最大简约法(MP)构建系统发生树,探讨宫川棘口吸虫与其它吸虫的进化关系。结果扩增获的宫川棘口吸虫rrnS和rrnL序列序列长度分别为754 bp、992 bp;进化分析显示,除棘科吸虫外,其它虫体每科均形成一个独立分支。在棘口科吸虫的分支中,宫川棘口吸虫与除圆圃棘口吸虫外的其它棘口属吸虫聚集在一起,与传统形态学分类结果一致。表明线粒体rrnS和rrnL序列为吸虫分子进化分析的良好标记基因。     

中华绒螯蟹卵黄蛋白原基因cDNA序列的克隆与结构分析

通过RT-PCR,RACE等技术克隆得到中华绒螯蟹卵黄蛋白原的cDNA序列全长,其长度为7 921 bp,软件分析后知其含有一个7 689 bp的开放阅读框,其5′和3′的非翻译区分别为28 bp和204 bp; 预测该序列编码一个含2 562个氨基酸残基的蛋白质,和其它已知卵黄蛋白原序列的蟹类相比,理化性质、空间构型相似,且含有2个结构域：参与脂质转运的卵黄蛋白原N端结构域（Vitellogenin_N）,以及血管性血友病因子（von Willebrand factor）D型结构域（VWD）。将其开放阅读框翻译为氨基酸序列后进行数据库对比（BLASTP）,与其他已知的甲壳类卵黄蛋白原序列间存在33%～77％的相似性。     

橡胶树HbSUT3的分子进化分析

【目的】揭示HbSUT3的分子进化特点,及其与产量的相关性。【方法】克隆获得橡胶树5个大规模推广品种、9个1981′IRRDB野生种质和7个橡胶树属其它种或变种共计21份材料的HbSUT3及其同源基因（统称为SUT3）的cDNA序列,以及其中10个材料的基因组序列,利用MEGA软件(版本4.02)对获得的序列进行基因序列分析,并采用NJ法构建分子进化树。【结果】橡胶树属不同材料的SUT3均由4个外显子和3个内含子组成,其cDNA编码区长度均为1 608 bp;不同材料序列的转换/颠换比均小于2.0,Ks值普遍大于Ka值;系统进化分析显示,高产的橡胶树种质趋于聚为一类,但橡胶属不同种的材料也可以聚在一起。【结论】橡胶树HbSUT3是一个进化相对保守的基因,其分子进化与橡胶树产量性状有一定的相关性,橡胶树属内的不同种和变种可能属于一个物种综合。     

线粒体基因在我国蝗虫分子系统学中的研究进展

主要综述了线粒体基因16S rDNA、12S rRNA、cytb、CO I、CO II、ND 5在我国蝗虫分子系统学中的应用情况。指出:应用线粒体基因进行分子系统学研究,可以解决蝗虫各分类阶元之间的进化关系,确立一些有争议物种的分类地位,探讨相关物种的系统地理等;今后线粒体多个基因序列联合分析、线粒体基因和核基因序列联合分析、整个基因组全序列分析以及分子数据与形态学的密切结合将成为分子系统学未来发展的主要研究手段,这将为我国蝗虫分类研究提供更多分子上的证据。     

中国明对虾卵黄蛋白原mRNA在卵巢和肝胰腺中表达量的实时荧光定量PCR检测

中国明对虾卵黄蛋白原mRNA基因在卵巢和肝胰腺中都有表达。采用实时荧光定量PCR方法测定在卵巢不同发育时期卵巢和肝胰腺这两种组织的卵黄蛋白原mRNA的表达水平,提取组织总RNA,设计特异性引物进行荧光定量PCR扩增,对卵巢发育的各个阶段,卵原细胞增殖期、卵黄发生前期、初级卵黄发生期、次级卵黄发生期和消退期的卵黄蛋白原mRNA表达进行相对定量分析。结果表明:在卵巢中,卵黄蛋白原mRNA在前3个阶段随着卵巢的发育,表达量不断增加,分别为0.04、0.23和1.03,次级卵黄发生期开始减少到0.16,消退期卵黄蛋白原mRNA表达量又增加到1.00。而在肝胰腺,前4个阶段随着卵巢发育,表达量逐步增加,分别为0.01、0.07、0.19、和1.29,至消退期,表达量减少到0.74。研究亮点:使用实时荧光定量的方法,分析了中国明对虾卵黄蛋白原mRNA基因在卵巢发育的不同时期,卵巢和肝胰腺组织中的相对表达水平。选择敏感性和特异性较好的实验方法,在前人定性研究的基础上开始相对定量的研究,清晰地阐述了卵巢和肝胰腺中卵黄蛋白原mRNA基因的表达差异。     

柑橘类植物和其它植物的GPAT和SOD基因分子进化分析

甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAT)基因和超氧化物歧化酶(SOD)基因是与植物抗寒和抗逆密切相关的2个基因.为了研究柑橘类植物之间以及和其它植物之间上述两基因的分子进化的异同,已经获得的数种柑橘类植物的GPAT基因、SOD基因氨基酸序列和通过检索GenBank数据库获得的相关序列为试验数据,使用PAUP4.0软件,通过...