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西川红景天nrDNA ITS序列初步研究 总被引:1,自引:0,他引:1
[目的]对西川红号天nrDNA ITS序列进行分析,并与cpDNA(叶绿体DNA)trnS-trnG序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步比较2套植物基因组的进化速率。[方法]采用改良CTAB法从硅胶干燥的西川红景天叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS区进行扩增、纯化、测序,然后与cpDNA trnS-trnG和rp120-rps 12序列进行比较。[结果]序列比对后得到长度为701bp的ITS序列,其中变异位点13处,占总序列的1.85%。在13处变异位点中,8处为碱基置换,5处为插入/缺失。(A+T)含量为46.9%,(G+C)含量为53.1%。核苷酸多样性为0.00427。[结论]西川红景天nrDNA ITS区域较cpDNA trnS-trnG序列和rp120-rps12序列保守,进化速率较慢。 相似文献
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基于nrDNA ITS序列的18份宁夏枸杞资源的遗传多样性(英文) 总被引:3,自引:1,他引:2
[Objective] The study aimed to investigate the genetic polymorphism of eighteen Lycium barbarum resources via nrDNA ITS sequencing. [Method] The genomic DNAs from Lycium barbarum leaves were isolated by modified CTAB method for PCR amplification on the nrDNA ITS region using specifically synthesized primers; the amplified fragments were cloned and sequenced, then the sequencing results were clustered. [Result] nrDNA ITS sequences of the tested eighteen Lycium barbarum were firstly obtained in the present study. For all eighteen tested materials, the variation range of whole ITS region was 559-634 bp, with an average of 612 bp; alignment analyses showed that the whole length of internal transcribed spacer (ITS1+ITS2) was 480 bp, within which there are 194 variation sites (accounting for 40.4%) and 286 conserved sites (accounting for 59.6%). The cluster results showed that the eighteen tested materials could be grouped into three classes. [Conclusion] Analysis of nrDNA ITS sequence may avail to identify the Lycium barbarum germplasm resources. 相似文献
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基于nrDNA ITS序列对枸杞雄性不育材料的鉴别 总被引:1,自引:0,他引:1
对7份常规枸杞种质和1份枸杞雄性不育材料的DNA中nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从分子水平对枸杞雄性不育材料作出鉴定.采用改进CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析.结果显示首次测序得到了枸杞雄性不育材料和其他7份常规枸杞种质的nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度为559~633 bp,平均为612 bp,共有160个变异位点,占25.3%;保守位点473,占74.7%;67个转换位点和31个颠换位点.表明基于nrDNA ITS区序列分析可作为鉴定枸杞雄性不育材料的一种新的鉴别方法. 相似文献
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通过PCR 扩增并测序分析了18 份不同地理来源的麻疯树种质资源的nrDNA ITS 序列,为今后麻疯树
优良种源的选择和开发利用提供理论依据。测序结果表明,麻疯树各种质资源的ITS 序列为648~649 bp,G+C 含量
在64.10%~64.71%之间;各资源的遗传距离为0.000~0.069,平均值仅为0.010。进化树分析表明,18 个麻疯树种质资
源基本上聚为1 类,没有得到具有较高支持率的分支,且各资源的遗传差异系数极低。本研究结果再次证实麻疯树
种质资源的遗传基础偏窄,遗传变异小。 相似文献
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基于nrDNA ITS序列的18份宁夏枸杞资源的遗传多样性 总被引:7,自引:0,他引:7
[目的]利用nrDNA ITS序列,探讨18份宁夏枸杞资源的遗传多样性。[方法]采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析并对测序结果进行聚类分析。[结果]通过测序首次获得了18种宁夏枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559~634 bp,平均为612 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,包括194个变异位点,占40.4%;286个保守位点,占59.6%。聚类结果表明了18份宁夏枸杞的亲缘关系与差异,并将其分为3个大类。[结论]基于nrDNA ITS区序列分析在研究枸杞种质遗传多样性方面具有一定的优越性。 相似文献
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[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。 相似文献
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[目的]了解红柴胡nrDNA序列ITS2片段特征,为中药柴胡的分子鉴定提供科学依据。[方法]从GenBank中获取已公布红柴胡ITS全长序列38条和ITS2序列3条,利用MEGA6.0进行多序列比对,分析ITS2片段碱基成分、变异位点、信息位点,计算遗传距离,并用邻接法(NJ)构建系统聚类树。[结果]ITS2片段长度为224~230 bp,共发现14个简约信息位点,最大遗传距离0.124,系统树可明显分为4组,85.37%的聚为一组。[结论]ITS2在红柴胡居群中比较保守,可作为DNA barcoding鉴定的片段使用。 相似文献
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不同产区碎米荠nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定 总被引:2,自引:0,他引:2
堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结果表明,所有4份材料ITS序列全长均为709 bp,其中来自宜昌长阳和五峰的材料碱基序列完全一致,与来自恩施和壶瓶的序列相比,分别有两个碱基位点不同,4个群体的碎米荠(Cardamine hirsuta L.)可以聚为一支,居群之间的遗传距离很近,为0~0.003,这种差异未超过一个种范围内的变异,初步证明4个不同产地的碎米荠为同一个种,归为堇叶碎米荠。 相似文献
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枸杞nrDNA ITS测序鉴定的初步研究(英文) 总被引:1,自引:0,他引:1
SHI Zhi-gang AN Wei FAN Yun-fang JIAO En-ning ZHAO Jian-hua WANG Ya-jun Ningxia Wolfberry Engineering Technology Research Center Yinchuan 《(《农业科学与技术》)编辑部》2008,(1)
[Objective] The study aimed to identify wolfberry(Lycium Linn.)germplasm resources at molecular level by analyzing the nrDNA ITS sequence.[Method] Genomic DNA from wolfberry leaves extracted by modified CTAB method were regarded as templates for PCR amplification by specific primer,clone and sequencing.[Result] The nrDNA ITS sequences were obtained and then differentiated among three tested materials.[Conclusion] PCR amplification and sequencing on nrDNA ITS is a feasible approach to identify different wolfberry germplasm resources. 相似文献
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亚洲系百合九个品种的亲缘关系研究--来自nrDNA ITS证据 总被引:2,自引:0,他引:2
对亚洲系百合9个品种的nrDNA的内转录间隔区(ITS)进行了PCR扩增和产物直接测序,扩增出约670bp的序列(ITS1、5.8S和ITS2及部分18S和26S rRNA基因片段)。选取亚洲系百合祖先种泸定百合和岷江百合等6个野生种序列为参考外类群,确定其ITS全序列(ITS1、5.8s和ITS2)的长度约为627bp。并根据nrRNA ITS区碱基序列差异计算品种间的遗传距离和构建UPGMA系统树,探讨了9个百合品种之间的亲缘关系。 相似文献