一株亚硝酸盐降解菌的分离鉴定

为寻找对亚硝酸盐具有高效降解能力、稳定和安全的优良菌株,采用亚硝酸盐氧化细菌(Nitrite-oxidizing bacteria,NOB)富集、分离技术从湖州某水域淤泥中分离得到一株纯培养菌株N3。提取细菌的总DNA,利用细菌16S rDNA特异性引物进行多聚酶链反应(PCR)扩增;扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和Sanger末端终止法测序分析,用NCBI-Blast软件将测序结果在Genbank等数据库中进行同源性检索。结果表明,N3的DNA扩增产物片断大小为1441bp,测序结果经检索证实N3与标准菌株Cellulosimicrobium cellulans(AY665978.1)16S rDNA保守性片段有100%的同源性,可以判定所分离得到的N3菌株为纤维单胞菌属的纤维化纤维单胞菌(Cellulosimicrobium cellulans)。     

新疆泥火山可培养细菌系统发育分析

为了解新疆泥火山可培养细菌的多样性,2009年8月从新疆乌苏泥火山群采集土壤样品,经稀释涂布和划线分离得到31株纯培养菌株,对分离的所有菌株均提取基因组DNA,利用真菌、细菌通用引物扩增得到16S rDNA的序列并测序.将序列在NCBl GenBank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP 3.65软件构建系统发育树.结果表明:31株菌分别归属于13个属,其中15株属于变形菌门(Proteobacteria),12株属于放线菌门(Acti-nobacteria),2株属于厚壁菌门(Firmicutes),2株属于微球菌门(Micrococci).新疆泥火山细菌多样性丰富,优势菌群为盐单胞菌(Halomonas),4号和16号菌株为新种或属.     

餐厨垃圾降解细菌的Biology鉴定及系统发育分析

采用Biology和16S rDNA序列分析法对2株餐厨垃圾降解细菌进行了鉴定。菌株经纯化培养,提取基因组DNA,采用16S rDNA通用引物,进行了16S rDNA序列PCR扩增,扩增产物纯化后进行测序,序列经人工校对后用Megalign 7.0软件进行比对分析,构建系统发育树,表明C95可能归属于苍白杆菌属(Ochrobactrum)或寡养单胞菌属(Stenotrophomonas),C132归属于Pseudomonas putida。用Biology微生物鉴定系统进行了鉴定,确定C95为Ochrobactrum grignonense,C132为Pseudomonas putida。     

缢蛏致病菌气单胞菌的分子生物学鉴定

从患病缢蛏(Sinvnovacula constricta)中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌.对该株的16SrDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对.16S rDNA序列分析表明:12#菌与多株气单胞茵的16S rDNA的同源性均在95%vx以上.在细菌系统分类学中应归属于气单胞茵属.从构建的系统发育树中可以看出:12#茵与点状产气单胞茵(Aeromonas punctata)共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌(Aeromonas punctata)的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞茵(Aeromonas punctata).     

1株高产红色素海洋菌的初步鉴定及色素性质研究

对威海近海海水和海泥中的产色素细菌进行筛选,从样品中分离出1株高产红色素的细菌S15,对其进行了初步鉴定,并对其色素性质进行了初步试验.利用16S rDNA通过引物对S15菌株基因组DNA进行扩增,测序得到其部分16S rDNA序列,经Blast调出与菌株16S rDNA同源的序列,用软件MEGA(4.0) 按照Neighbor-Joining 方法构建16S rDNA系统发育树,判断该菌为沙雷氏菌属的一个种.提取色素后,对该红色素理化性质的试验发现,其光、热等稳定性强,而H2O2、Ca2+、Fe3+对其稳定性影响显著.     

重庆地区草地贪夜蛾肠道细菌的分离鉴定

为了解入侵重庆地区草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)肠道所携带的细菌组成,以采集自巫溪、巫山地区玉米地里的草地贪夜蛾为材料,运用传统培养方法分离了其肠道优势细菌,并基于16S rDNA测序开展了优势菌的属水平鉴定,共获得了30个细菌分离株,经16S rDNA序列同源性分析,可归于5个属,分别为克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)以及气单胞菌属(Aeromonas);其中,克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度最高,占所有分离菌株的63%;假单胞属(Pseudomonas)和肠杆菌属(Enterobacter)菌株仅在巫山地区分离得到,气单胞菌属(Aeromonas)仅在巫溪地区分离得到.实验确定了入侵重庆地区草地贪夜蛾肠道优势细菌的种类及丰度,为后续研究草地贪夜蛾肠道微生物对宿主的生长发育以及迁飞等重要问题奠定了基础.     

一株产细菌素乳酸菌的分离与鉴定

[目的]对从新疆和田地区酸奶中分离得到的1株具有抑菌活性的菌株A3-1,分别进行形态观察、生理生化试验及16S rDNA鉴定。[方法]采用真细菌16S rDNA通用引物PCR扩增A3-1菌株的16S rDNA,使用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中对其进行同源性检索,使用MEGA4软件构建系统发育树。[结果]A3-1为革兰氏阳性菌,并且对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的生长有明显的抑制作用;其16S rDNA与Leuconostoc lactis有98.829%的同源性。[结论]系统发育树表明菌株A3-1与乳酸明串珠菌亲缘关系最近,结合生理生化分析,可判断菌株为乳酸明串珠菌。     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

江西烟草青枯病菌的分子鉴定及系统发育分析

从江西省信丰、广昌和峡江3县采集呈典型症状的烟草青枯病株进行病原菌分离,得到3个具有致病性的细菌分离株,分别命名为RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1。采用细菌16S rDNA基因通用引物对3个分离株的16S rDNA基因进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆和序列测定,各得到长为1 500 bp的核苷酸序列。经同源性分析,发现3个分离株均为茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum),且三者间具有高度的序列同源性。将此3个分离株的16S rDNA核苷酸序列与GenBank中R.solanacearum代表性株系的对应序列进行同源性分析并构建系统发育树,结果表明RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1均与我国广东省和云南省的分离株具有最近的亲缘发育关系。     

黄喉拟水龟摩氏摩根菌的分离鉴定及系统发育分析

从广西某黄喉拟水龟(Mauremys muticaCantor)养殖场发病的黄喉拟水龟的肝、肺分离到一致病性的菌株(HX081027),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化进行分析,试验结果与报道的摩氏摩根菌一致,表现为革兰氏阴性、两端钝圆的短杆菌,无荚膜及芽孢,葡萄糖产酸产气,接触酶、脲酶、苯丙氨酸脱氨酶和鸟氨酸脱羧酶阳性,氧化酶、脂酶、DNA酶和赖氨酸脱羧酶阴性,甲基红阳性,VP反应阴性,MR阳性等特征。采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA基因进行PCR扩增、克隆测序,得到1条长度为1506bp的核苷酸序列(GenBank登录号为FJ858185)。以该菌16S rDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列进行同源性比对分析和构建系统发育树,结果显示分离菌HX081027与摩氏摩根菌属内相关菌株的同源性在98.8%~99.6%,且在系统发育树上与来源于鱼类的M.morganiiJCM1672聚为一支,结合形态及生理生化特点将其确定为摩氏摩根菌(Morganella morganii)。     

筛选产纤维素酶菌株及其产酶条件的优化

[目的]筛选降解菌糠纤维素的菌株,并且优化其发酵条件.[方法]采用纤维素-刚果红培养基进行筛选,筛选出纤维素酶活较高的菌株.通过比较不同氮源、碳氮比例等条件下CMC酶活,研究其最佳发酵条件.[结果]选出一株酶活较高的菌株,命名为N3.其最适有机氮源为豆饼粉,无机氮源是（NH4）2SO4.最适合N3产酶的（NH4）2SO4∶豆饼粉比例为2∶4.最适碳源氮源比例为5∶2.[结论]N3是一株具有研究价值的产纤维素酶的菌株.     

一株江苏新型鸭肝炎病毒的鉴定

对江苏地区分离到的1株疑似鸭肝炎病毒毒株（JS株）进行传代繁殖、雏鸭回归试验和理化性能测定,结果表明,该毒株能在鸭胚上进行传代繁殖,E1～E6代鸭胚毒的ELD50为10438·02 mL－1 ～10617·02 mL－1;攻毒的雏鸭可产生与I型鸭肝炎病毒相同的症状和病变;3,7,14日龄易感雏鸭的LD50分别为1055·02 mL－1,10517·02 mL－1,10383·02 mL－1;病毒对氯仿、乙醚和胰酶不敏感,对酸（pH 30）稳定,对热不稳定。进一步进行交叉中和试验、交叉被动保护试验和VP1基因序列分析,结果显示,该毒株的抗原性与经典1型DHV差异显著;VP1序列与多株1型DHV的同源性在693%～933%;从进化关系来看,与韩国株的亲缘性最近。JS株属于我国流行的新型鸭肝炎病毒（命名为N\|DHV\|JS株）。     

奶牛乳房炎源性金黄色葡萄球菌分离株N_2的耐药性分析及其基因特征

以乳房炎源性金黄色葡萄球菌分离株N2为研究对象,采用纸片扩散法分析了耐药性,应用刚果红法检测了生物被膜形成能力,利用PCR法扩增了8种生物被膜形成基因和9种肠毒素基因。结果表明,金黄色葡萄球菌分离株N2具有广泛的耐药性,仅对苯唑西林高度敏感,具有较强的生物被膜形成能力,携带除bap外所有的被测生物被膜相关基因和sea、sec、seg、sei 4种肠毒素基因。结果表示金黄色葡萄球菌分离株N2可能存在多种侵袭方式,在临床上难以防治,为进一步以该菌株为研究材料进行相关研究奠定了基础。     

坏死梭杆菌白细胞毒素基因SH片段的克隆与表达

坏死梭杆菌白细胞毒素是坏死杆菌病的主要致病因子,白细胞毒素基因（lkt）是其编码基因。以分离到的国内牛源坏死梭杆菌FN（A）菌株F4基因组DNA为模板,应用PCR方法扩增白细胞毒素基因SH片段,克隆至pMD18-T载体上,以BamHⅠ和HindⅢ酶切的目的片段SH与相应酶切的pET32a载体连接构建pET32a-SH重组表达质粒,经转化E coli BL21（DE3）后用IPTG进行蛋白诱导,SDS-PAGE检测重组蛋白表达情况。结果表明：扩增基因序列大小为1800bp,SDS-PAGE检测重组蛋白有效表达,表达得到大小为80.2kDa的目的蛋白,采用镍柱亲和层析方法纯化SH重组蛋白,获得了纯度达95%的重组蛋白;经West-ern-blot证实,该蛋白对抗坏死杆菌阳性血清具有反应活性。     

猪传染性胃肠炎病毒N蛋白基因的克隆及其原核表达载体的构建

以本实验室从河北分离到的TGEV毒株,采用RT-PCR技术扩增了TGEV N基因,长为1149bp,并进行亚克隆重组到pMD18-T质粒载体上,连接,转化,鉴定后得到阳性重组质粒．命名为pTN．将重组质粒插入的片段进行序列分析和比较,结果表明TGEV河北分离株N基因与国外的Purdue-115、FS772/70、TO14、96-1933株均具有较高的同源性,达95％以上。推导的氨基酸序列同源性为95％以上。并将目的基因与原核表达载体pGEX-4T-3重组,成功构建了原核表达载体pGEX-N。pGEX-N表达载体的构建,为其蛋白质的表达提供重要依据。     

H1N1猪流感病毒广西分离株HA基因序列分析

【目的】了解H1N1猪流感病毒广西分离株的分子特征,为广西猪流感疫情监控提供参考依据。【方法】采用RT-PCR对2011年分离获得的H1N1猪流感病毒广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）的HA基因进行扩增,然后利用DNASTAR分析软件对测序基因片段进行整个阅读框架的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性比对分析,并用MEGA4.0绘制遗传进化树。【结果】广西分离株HA基因长1701bp,编码566个氨基酸,核苷酸序列与经典SIV的同源性为88.0%~99.6%,与季节性H1N1人流感病毒的同源性为76.3%~77.3%,与欧洲类禽SIV分离株的同源性为72.9%~75.4%,与2009甲型H1N1流感病毒的同源性为99.2%~99.6%;从核苷酸遗传进化树可知,广西分离株与类禽H1N1流感病毒和人H1N1流感病毒分离株的亲缘关系较远,而与2009甲型H1N1流感病毒分离株的亲缘关系最近。广西分离毒株HA基因的裂解位点序列为IPSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子生物学特征;共有8个糖基化位点,其中6个位于HAl区,两个位于HA2区;广西分离株HA蛋白RBS位点的氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。【结论】广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）属于2009甲型H1N1流感病毒。     

一株沿海滩涂细菌的降油及生长特性研究

采用以原油为唯一碳源的基础培养基,从原油污染的沿海滩涂土壤中分离筛选具有降油性能的细菌;采用柴油培养基测定分离菌株对柴油的原始降解率;通过在柴油培养基中添加不同浓度的葡萄糖(0、1、2、4、8、16 g/L),及不同浓度的酵母膏、蛋白胨、尿素、硫酸铵(以氮计,浓度为0.5、1、2 g/L)和磷酸二氢钠(0、4、8、12 g/L)后,测定分离菌株的降油性能;鉴定分离菌株并研究其生长特性.结果表明:共分离到5株能以原油为唯一碳源生长的细菌,其中1株原始降油率最高(19.0％),编号为Y-3;在添加1 g/L以上葡萄糖时,Y-3菌株降油率升高,添加4 g/L葡萄糖时达最高(79.9％);酵母膏和蛋白胨可提高Y-3菌株的降油率,尿素、硫酸铵和磷酸盐对降油率影响不明显;根据形态学、生理生化鉴定以及16S rDNA序列分析,确定Y-3菌株为恶臭假单胞菌Pseudomonas putida,Y-3菌株的最适生长温度为30℃,最适生长pH为8,适宜生长NaCl浓度为0～30 g/L.     

解磷菌株黑曲霉PSFM发酵条件优化研究

【目的】利用液体培养法探究不同碳源、氮源、无机盐和微量元素浓度以及发酵时间、温度、初始pH、转速、接种量等条件对解磷菌解磷特性的影响,获得解磷菌的最佳发酵培养基和培养条件。【方法】采用单因素及正交试验法,对一株分离自土壤的解磷真菌黑曲霉（Aspergillus niger）PSFM菌株的基础发酵培养基和发酵条件（发酵时间0～10d、温度20～40℃、初始pH值3.0～11.0、接种量1%～11%、转速120～300rpm）进行优化,测定其发酵液吸光度值,以解磷量的高低作为评价发酵培养基及发酵条件优劣的指标。【结果】分别在无机磷和有机磷液体培养基、简单培养基（SP）、NBRIY、NBRIP、NBRIYP培养基中培养6d后,以无机磷液体培养基的PSFM菌株解磷能力最高,解磷量为526.42mg/L。在12种不同碳源培养基中,PSFM均能正常生长,其解磷能力由大到小依次为：木糖〉葡萄糖〉乳糖〉蔗糖〉麦芽糖〉半乳糖〉山梨糖〉甘露糖〉果糖〉可溶性淀粉〉鼠李糖〉甘油。以硝酸钠、尿素、酵母浸膏、氯化铵、硝酸镁、硝酸铵、色氨酸、乙酸铵、牛肉浸膏、胰-蛋白胨、甘氨酸、酪氨酸、丙氨酸和精氨酸为氮源时,硫酸铵为唯一氮源的解磷效果最好,菌株PSFM发酵液中有效磷含量最高（990.31mg/L）。菌株PSFM的解磷能力均随着最佳培养基中NaCl、KCl、MgSO4·7H2O、FeSO4·7H2O和MnSO4·7H2O浓度的增加呈先提高后降低趋势,当其浓度分别为0.03%、0.01%、0.03%、0.001%、0.001%时,菌株PSFM的解磷能力均最强。在不同发酵条件下,以发酵6d、温度28℃、初始pH6.0、5%接种量、转速300rpm的PSFM解磷能力最强,解磷量分别为599.24、528.23、603.69、530.57和731.48mg/L。【结论】最适合PSFM菌株的基础发酵培养基为无机磷液体培养基,碳源为1.0%木糖,氮源为0.10%硫酸铵,最佳无机盐配方为：NaCl0.10g/L、KCl0.70g/L、MgSO·47H2O 0.70g/L、FeSO4·7H2O 0.01g/L、MnSO·47H2O 0.01g/L;最佳培养条件为：温度28℃,初始pH6.0,转速180rpm,接种量5%,发酵时间为6d。     

牛肠道病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

参照GenBank中登录的牛肠道病毒(BEV)全基因组序列,针对其3D基因设计合成了1对特异性引物,提取病毒RNA,逆转录为cDNA,进行PCR扩增,经条件优化,建立了BEV的RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性进行验证。结果显示,该方法从分离的牛肠道病毒中扩增出了732 bp的特异性目的片段;且对牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCoV)等相关病毒均无交叉反应;其检出敏感度达10-1TCID50。应用该方法对山东地区84份临床疑似发病牛样品进行检测,21份为阳性,阳性检出率为25%。     

犬瘟热病毒N蛋白基因的克隆、原核表达及其表达产物抗原性鉴定

参考GenBank中发表的CDVN蛋白基因序列,用Oligo6．0软件设计一对特异性引物,从患犬瘟热的犬全血样品中提取总RNA,经RT—PCR扩增得到1572bp的基因片段,将其插入pMD18-T克隆载体中构建了pMD18-CDVN重组质粒,将其转入到大肠杆菌DH5a中,进行鉴定、测序。将目的基因与原核表达载体pGEX-4T-2连接构建了pGEX-4T-2-CDVN重组质粒,转化到大肠杆菌BL21（DE3）中,进行鉴定、测序、IPTG诱导表达。序列分析表明克隆的CDVN蛋白基因从起始密码子ATG开始到终止密码子TAA结束全长为1572个核苷酸,与GenBank中发表的CDVN蛋白基因序列相比同源率达到93．9％～99．1％。Western-blotting分析显示表达产物为84kDa的融合蛋白,可被犬瘟热抗血清所识别,具有良好的抗原性。