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相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 125 毫秒
1.
基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法的建立和应用   总被引:6,自引:0,他引:6  
根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法。以建立的PCR方法对RA、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽孢杆菌进行检测,结果只有RA DNA能扩增出844 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致。对不同稀释度的RADNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22 pg,最少检出RA 80 CFU/mL。以该PCR方法对可疑为RA的临床病料和菌株进行检测和鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100%。表明本研究所建立的基于RA 16SrRNAPCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于RA感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定。  相似文献   

2.
牛奶样品布氏杆菌套式PCR检测方法的建立   总被引:3,自引:0,他引:3  
    为建立从奶品中监控布氏杆茵感染的方法,根据牛布氏杆菌omp25、omp31和16S rRNA基因序列设计内、外向引物,优化牛奶样品中布氏杆菌基因组DNA提取方法,建立牛奶样品布氏杆菌套式PCR方法结果显示,使用人工合成的两对F4/R2和F2D/R1U套式引物,通过两次扩增,可有效扩增出牛奶中污染布氏杆菌的16S rRNA的特异性DNA片段,其对牛奶样品中布氏杆菌检测下限达33CFUmL-1.该套式PCR与大肠杆菌、溶血性链球菌、沙门氏茵、克雷伯氏杆菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌和螺旋杆菌等相关细菌DNA无交叉反应,显示高度的布氏杆菌特异性,其与布氏杆菌分离鉴定的符合率达100%本试验建立的布氏杆菌套式PCR检测方法具有较好的特异性和敏感性,适用于牛奶样品中布氏杆菌的实验室快速检测  相似文献   

3.
本研究利用尿素混合液直接从甘蔗黑穗病菌孢子提取基因组DNA进行PCR检测鉴定,经过反复试验,建立了一种简便、快速的检测鉴定方法。利用建立的方法对12个甘蔗黑穗病样品进行病菌基因组DNA提取,将甘蔗黑穗病菌特异性引物进行PCR检测,均扩增出大小为420 bp的预期DNA片段条带。PCR扩增产物经克隆测序,与GenBank数据库中的甘蔗黑穗病病原菌序列比对,同源性达99%。  相似文献   

4.
为研究巢式PCR检测奶牛隐性乳房炎链球菌的灵敏度,以本实验室从新鲜奶样中分离并经过生理生化鉴定的乳房链球菌、无乳链球菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌为研究对象,提取细菌DNA,采用巢式PCR技术,根据细菌16S rRNA序列保守区设计通用引物进行第1次PCR扩增,再在乳房链球菌16S rRNA保守区内的可变区设计特异引物对4种病原菌进行第2次PCR检测。结果表明:巢式PCR技术能检测出乳房链球菌16S rRNA保守区的可变区序列,与生理生化鉴定结果一致。该方法能快速有效检测出奶牛隐性乳房炎乳房链球菌。  相似文献   

5.
【目的】研究稻蝗属特异性DNA分子标记,为稻蝗属物种的分类鉴定提供快速有效的分子检测方法。【方法】基于稻蝗属物种及其近缘属种的大量RAPD-PCR结果,筛选出稻蝗属物种特异性的RAPD条带,对该特异RAPD条带进行克隆、测序。基于所测序列设计特异引物,以稻蝗属不同物种和蝗总科其它物种基因组DNA为模板进行PCR扩增。【结果】随机引物S823可在稻蝗属不同物种扩增出约650bp的RAPD条带,经对该条带的克隆、测序,发现在3个受试的稻蝗属物种中序列同源度达92.3%—96.6%,序列G+C含量大于15%,并富含大量的A、T重复区;基于已知序列设计的特异引物对稻蝗属7个物种可以扩增出目的条带(550bp),而对赤胫伪稻蝗及蝗总科其它物种均无扩增条带。【结论】鉴定了稻蝗属特异的RAPD条带,基于该条带序列设计的特异引物可用于稻蝗属物种的快速分子鉴定。  相似文献   

6.
基于PCR扩增的高效性,建立了以耐热核酸酶基因(nuc)为靶标基因特异性检测奶牛乳房炎性金黄色葡萄球菌的PCR方法。本实验从分离获得的205株染色为革兰阳性、形态为葡萄串状的菌株中随机选取50株进行16S rRNA基因测序和nuc基因扩增。结果显示,其中有40株葡萄球菌均可扩增出约279 bp的条带,其余10株葡萄球菌均未扩增出预期大小的条带。传统生化鉴定及16S rRNA基因测序结果表明,40株扩增出约279 bp条带的分离株均为金黄色葡萄球菌,未扩增出预期大小条带的10株菌均是葡萄球菌属的其它种。这一结果表明,nuc基因的PCR扩增可作为金黄色葡萄球菌特异性检测的分子标记。  相似文献   

7.
PCR法快速检测鸭疫里氏杆菌的研究   总被引:9,自引:0,他引:9  
根据Gen-Bank中25株鸭疫里氏杆菌(RA)的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,在其高度保守区设计了一对特异性引物,成功地建立了鸭疫里氏杆菌的快速、准确PCR检测方法。RA参考菌株J04(2型)、J07(JX1型)均能扩增出67lbp的特异性目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌、鸭源葡萄球菌的扩增结果均为阴性。PCR产物经EcoRI酶切鉴定得494bp和177bp两个预期条带。最低检出基因组DNA浓度为800fg。用全菌体进行PCR时,本实验室分离鉴定的60株RA均能够扩增出特异性目的条带。25份临床疑似病例的分离菌株的PCR扩增阳性率与生化鉴定率完全一致。该方法表明能从痫料组织培养8h的混合菌群中快速、准确地检测到RA,可用于RA的快速诊断和流行病学调查。  相似文献   

8.
[目的]为进行大规模栉孔扇贝×虾夷扇贝群体的杂种鉴定以及家系中的亲子鉴定提供了基础。[方法]将已发表的25对虾夷扇贝的微卫星引物在栉孔扇贝基因组DNA上进行PCR扩增,并利用筛选出的通用引物对栉孔扇贝(♀)×虾夷扇贝(♂)进行杂种鉴定。[结果]通过PCR扩增,筛选出6对引物获得扩增产物,其中2对表现为多态性。将这6对具有属间通用性的微卫星引物对栉孔扇贝(♀)×虾夷扇贝(♂)进行PCR扩增,均能扩增出特异性条带,其中引物P13F449和KMY134的扩增产物中可以明显地分辨出来自父母本群体的特有条带,从而确定了杂交子代的杂种身份。[结论]虾夷扇贝和栉孔扇贝间通用微卫星引物是存在的,而且部分引物可以直接用于属间杂种的鉴定。  相似文献   

9.
奶牛布鲁氏菌病病原PCR检测方法的建立   总被引:4,自引:0,他引:4  
为了弥补血清学和细菌学方法检测和诊断奶牛布鲁氏菌病存在的不足,根据编码牛种布鲁氏菌31KDa外膜蛋白基因的核苷酸序列设计了1对PCR引物,通过对影响PCR扩增条件的优化,建立了快速检测奶牛布鲁氏菌病病原的PCR方法。特异性检测表明,在同一反应条件下,该引物对引起奶牛布鲁氏菌病的牛种、羊种、猪种布鲁氏菌制备的模板DNA均能扩增出384bp目的基因片段,而对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、马流产沙门氏杆菌、溶血性链球菌、嗜肺巴氏杆菌制备的模板分别进行扩增均呈阴性。敏感性检测显示,最低可检出1.5pg的模板DNA。结果表明:本试验所建立的奶牛布鲁氏菌病病原PCR检测方法具有较高的特异性和敏感性。  相似文献   

10.
为建立准确、快速检测兔支气管败血波氏杆菌(Bordetella bronchiseptica)的PCR方法,根据Gen Bank中波氏杆菌ptxA基因设计1对特异性引物,用建立的PCR方法扩增兔波氏杆菌,可扩增出870 bp的目的片段。该方法特异性好,仅对波氏杆菌有特异性的扩增,而对大肠埃希菌、无乳链球菌、金黄色葡萄球菌、多杀性巴氏杆菌等病原菌的扩增结果呈阴性;敏感性较高,最低检测限可达6.8×10~(-7)μg/m L;用建立的PCR方法检测临床疑似感染支气管败血波氏杆菌病兔的脏器及鼻拭子样品,可扩增出目的条带,且与细菌分离的结果一致。可见,建立的检测方法敏感、特异,可用于临床上兔波氏杆菌病的快速诊断及鉴定。  相似文献   

11.
鸡传染性喉气管炎病毒PCR快速检测方法的建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据GenBank发表的传染性喉气管炎病毒(ILTV)TK基因序列(EF552578),设计合成了1对特异性引物,通过优化反应条件,成功地从ILTV疫苗株中扩增出329 bp特异性片段,而传染性支气管炎病毒、新城疫病毒及马立克病毒基因组均未扩增为出相应的片段。回收的PCR产物经EcoRⅠ酶切和测序鉴定,证实了该扩增片段的特异性。PCR检测ILTV DNA的最小检测量为30 pg。经临床初步应用表明,该方法的建立使传染性喉气管炎病毒的检测更为快速、简便、经济和实用。  相似文献   

12.
根据编码牛种布鲁氏菌外膜蛋白(OMP-2)基因的核苷酸序列设计1对PCR引物,并对PCR扩增条件进行优化,建立了快速检测布鲁氏菌病病原的PCR方法。特异性检测表明,该引物对牛种、羊种、猪种布鲁氏菌制备的模板DNA均能扩增出193bp目的基因片段,但不能扩增大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠结肠炎耶氏菌(0:9型)的目的基因片段;敏感性检测显示,乳样的检测灵敏度达50cfu/mL、纯化的布鲁氏菌DNA检测灵敏度达1.5pg,可重复性和稳定性十分理想。可见,该布鲁氏菌病病原PCR检测方法具有较高的特异性和敏感性,能为快速诊断布鲁氏菌病提供技术支撑。  相似文献   

13.
多重PCR鉴定猪链球菌2型毒力菌株   总被引:2,自引:0,他引:2  
为了鉴定猪链球菌2型毒力菌株,根据猪链球菌2型(Streptococcus suis serotype 2,SS2)的荚膜多糖基因(capsular polysaccharide 2J,cps2J)、溶菌酶释放蛋白基因(muramidase-released protein,mrp)、毒力相关序列orf2基因(virulent-associate sequence orf2)设计合成3对引物,建立三重PCR检测方法,并对PCR扩增产物进行测序、酶切、特异性及敏感性实验。结果显示:26株SS2致病菌株均同时扩增出这3个目的片段,5株其他血清型猪链球菌(SS1,SS7,SS9)及13株非猪链球菌的其他猪源链球菌(兰氏B群、C群和D群)均未扩增出cps2J和mrp片段,检测结果与菌株的已知毒力因子背景完全相符。26株SS2的扩增片段经HincⅡ酶切鉴定,与预期结果一致。以SS2四川株ZY05719为模板的三重PCR产物(cps2J,mrp,orf2)测序结果与GenBank上相关序列比较,同源性分别为99%、100%、94%。该PCR敏感极限是600个细菌/每个反应。本试验所建立的三重PCR,特异性强,敏感性好,可用于实验室的快速诊断。  相似文献   

14.
实验运用改良的SDS碱裂解法对30株镰刀菌基因组DNA进行了抽提,并对rDNA ITS区域进行了特异性扩增。结果表明:被测菌株DNA片段大于20 kb,其OD260/OD280大都在1.6~2.0之间,可见用改进的方法抽提的基因组DNA比较完整,纯度较高。实验采用对镰刀菌属有特异性的寡聚核苷酸为引物,对镰刀菌基因组rDNA基因进行扩增,该引物可以扩增出18S、28S部分片段及ITS区域,电泳检测其片段大小在1 041~1 135 bp之间,且特异性良好,为进一步进行RFLP及核苷酸序列分析奠定了基础。  相似文献   

15.
【目的】设计出向日葵茎溃疡病菌(Phomopsis helianthi M.Muntanola-Cvetkovic)的特异性引物,建立该病菌PCR快速检测方法。【方法】用真菌通用引物ITS4/ITS5对向日葵茎溃疡病菌进行PCR扩增,将扩增产物进行克隆、酶切分析和测序,用DNAMAN软件设计出检测该病菌的特异性引物PHDF1和PHDF2,优化PCR反应体系。【结果】PCR反应体系为:25 mM MgCl22.4μL,10 mM dNTP 0.3μL,10 uM引物各1.5μL,模板7ng,最佳退火温度61.6℃,建立了该病菌PCR检测方法。【结论】应用该方法检测供试的13个菌株,该对引物可以准确的将向日葵茎溃疡病菌与其他拟茎点霉属的真菌区分开来,该病菌的PCR扩增片段为326 bp。  相似文献   

16.
【目的】鉴定福建果园西番莲上的夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,Te MV),并建立用于该病毒特异性检测的分子快速检测方法,为该病毒的防治提供参考依据。【方法】采用血清学检测、电镜观察、通用简并引物RT-PCR、特异性引物RT-PCR对福建西番莲样品进行病毒检测,并对阳性样品的PCR产物进行克隆、测序;根据已报道的夜来香花叶病毒基因序列和本研究的序列测定结果,设计一对用于扩增Te MV外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长的特异性引物,通过反应条件优化,建立该病毒的特异性RT-PCR检测方法;序列测定结果利用BLAST程序和DNAMAN软件进行比对,同时对获得的CP基因序列采用Mr Bayes软件的贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建系统发育树并进行系统发育分析。【结果】血清学检测发现,一株表现有花叶、皱缩症状的西番莲样品与马铃薯Y病毒属(Potyvirus)通用抗体反应呈阳性;电镜观察结果表明,该株疑似带毒样品中含有大小约750 nm×12 nm的弯曲线状病毒粒子;Potyvirus通用简并引物RT-PCR从该样品中扩增到一条与预期大小相符的目的片段,克隆、测序获得长度为680 bp的序列,该序列与已报道的Te MV核苷酸序列一致性最高(98.2%)。特异性引物扩增获得的CP基因序列全长为816 bp(命名为BXGFJ-13分离物),与已报道的Te MV核苷酸序列、氨基酸序列一致性分别为86.2%—98.4%和88.2%—97.8%。系统发育分析结果表明,13个Te MV分离物共形成3个类群,相同地区或寄主来源的分离物优先相聚成簇,表现出很强的地理和寄主特异性。本研究获得的BXGFJ-13分离物与中国广西分离物(KJ789129)先以较高的后验概率聚为一个分支,再与泰国2个分离物(AM409188、AM409187)聚为第2类群(Group II),表明其在系统发育关系上与中国广西分离物的亲缘关系最近。利用特异性引物Te MV-CPf/Te MV-CPr建立的RT-PCR方法,具有良好的特异性,仅能从感染Te MV的西番莲样品上扩增出目的片段,而从黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、甜菜花叶病毒(Beet mosaic virus,Bt MV)、大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)、虎眼万年青花叶病毒(Ornithogalum mosaic virus,Or MV)、洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)、东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)等其他病毒样品及阴性对照上均未扩增出目的片段。灵敏度测定结果显示,该方法能从稀释102倍的RNA上扩增出目的片段。【结论】根据国际病毒分类委员会(ICTV)关于Potyvirus病毒不同成员的分类标准,同时结合血清学检测、电镜观察结果,证实福建果园表现花叶、皱缩症状的西番莲上携带有Te MV;建立的特异性RT-PCR方法能够用于Te MV的快速检测。  相似文献   

17.
利用植原体16SrDNA基因保守序列通用引物对新疆阿克苏地区和喀什地区的疑似枣疯病植株总DNA进行常规PCR和巢式PCR检测,分别扩增出1.5kb和1.2kb的特异性片段。对片段进行克隆、序列测定分析及系统发育树构建,结果表明,新疆枣疯病阿克苏分离物和喀什分离物的16SrDNA基因序列同源性极高,达到100%,与16SrⅤ组植原体的同源性达到98.4%以上,并且与16SrⅤ-B亚组中的枣疯病山东莱芜株系、山东龙口株系同源性最高,达到99.5%,因此归属于榆树黄化组16SrⅤ-B亚组。首次报道新疆枣疯病植原体16SrDNA的序列,确定新疆枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病的早期诊断和检测提供依据。  相似文献   

18.
香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种的快速检测与鉴定   总被引:2,自引:1,他引:1  
 【目的】从香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种特有的基因序列入手,建立一种快速可靠的分子检测技术,为防止香蕉枯萎病的传播蔓延、尽早采取防治对策、指导香蕉生产进行品种配置提供理论依据。【方法】根据研究室已经筛选到的4号生理小种候选致病相关基因序列设计引物,分别以来自海南、广东和广西的6个香蕉枯萎病菌1号生理小种菌株、7个4号生理小种菌株、7个尖镰孢其它专化型菌株以及2个外围菌株DNA为模板进行PCR扩增,筛选香蕉枯萎病菌1号、4号生理小种特异性引物及尖镰孢菌的通用引物。【结果】筛选到的特异性引物不仅可用于香蕉枯萎病菌DNA的检测,还可直接用于对罹病香蕉组织和土壤中的香蕉枯萎病菌的检测;筛选到的尖镰孢菌通用引物,可作为内参照以检测DNA的质量,以避免假阴性情况的出现。【结论】所建立的三重PCR检测方法实现了在一次PCR反应中快速、准确地同步检测香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种,对检测香蕉苗是否感染枯萎病及蕉园土壤是否受到香蕉枯萎病菌的污染具有重要意义。  相似文献   

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