不结球白菜抗芜菁花叶病毒蛋白BcTuRsO的生物信息学分析

采用生物信息学方法,利用多种在线软件对不结球白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)蛋白BcTuRsO的系统进化、理化性质、亲水性、跨膜区、亚细胞定位、所含模体及蛋白质结构进行预测和分析。系统进化树分析结果表明,该蛋白在不同物种之间具有保守性。理化性质分析结果显示该酶含194个氨基酸,分子量为21 731.3,理论等电点pI值为6.60。TMpred跨膜分析结果显示,它含有1个显著的跨膜螺旋区,这个区域与ProtScale预测的疏水区基本重叠。用Target P server和WOLFPSORTserver程序预测该蛋白为细胞质蛋白。结构域分析结果显示该蛋白含多种磷酸化位点。二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。     

热激诱导不结球白菜热激蛋白合成与耐冷性分析

以不结球白菜暑绿为试材,研究了热激处理(42℃)诱导不结球白菜热激蛋白(BcHSP)合成与耐冷的相关性。结果表明:热激处理明显增强了不结球白菜幼苗的耐冷性,降低了膜伤害程度。超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)活性含量增加,而丙二醛(MDA)含量下降。已从热激诱导的不结球白菜中克隆了小分子量BcHSP基因(日本DNA数据库DDBJ登录号:AB367955)。荧光实时定量PCR分析表明BcHSP的表达量与耐冷性相一致。低温(4℃)胁迫下,在大肠杆菌中异源表达BcHSP可维持大肠杆菌较高的细胞活力,这些结果表明BcHSP合成与不结球白菜耐冷性的提高有关。     

不结球白菜BcGAPDH的生物信息学分析

采用生物信息学方法对克隆测序的不结球白菜(Brassica campestris ssp.chinensis)Bc GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)蛋白质的理化性质、跨膜区、亲水性、亚细胞定位、所含模体及蛋白质结构进行了预测。理化性质分析表明,该酶含有328个氨基酸,相对分子量为35 161.2,p I值为9.03。TMpred跨膜分析表明,该酶没有跨膜螺旋区,这与Prot Scale预测的该酶为亲水性蛋白质相吻合。用Target P server程序预测该酶定位于线粒体上,结构域分析表明该酶含有多种磷酸化位点,二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。借助SWISS-MODEL软件对该酶进行了三维同源建模。     

结球白菜 COR 基因克隆及序列分析

为了解结球白菜（Brassica campestris ssp ．pekinensis）COR 基因结构特征,设计1对保守简并引物,利用 RT-PCR 和普通 PCR 方法扩增 COR 基因。结果表明：获得冷诱导结球白菜 COR 基因的编码区 cDNA。该基因命名为 BpCOR,预测编码1个由142个氨基酸组成的理论分子量为14．82 kD 的蛋白。BpCOR 蛋白与十字花科其他植物 COR 蛋白高度同源,具有很高的亲水性,且预测能形成α-螺旋-环-螺旋的超二级结构。     

柑橘Ptcor8基因相关功能的生物信息学分析

应用生物信息方法,对柑橘Ptcor8基因的理化性质、跨膜区域、疏水性/亲水性、二级结构、结构功能域、功能分类和同源性进行分析.结果表明:Ptcor8隶属于植物WCOR413冷诱导蛋白家族,具有1个621bp的潜在编码区,编码206个氨基酸残基;功能预测结果显示,Ptcor8编码蛋白质的相对分子质量为2.28×106,等...     

不结球白菜高亲和性硝酸盐转运蛋白NRT2.2的克隆和表达分析

以不结球白菜品种"苏州青"为材料,克隆得到了1个高亲和性硝酸盐转运蛋白基因——BcNRT2.2,该基因的全长为1593 bp,编码530个氨基酸。序列分析结果表明:BcNRT2.2基因含有AGWGNMG共识别基序,其氨基酸序列与拟南芥NRT2.2的同源性为86%;其二级结构主要由α-螺旋和自由卷曲构成;预测BcNRT2.2蛋白含有12个跨膜域。实时定量PCR分析结果表明:BcNRT2.2主要在根部表达,并受高浓度硝酸盐的诱导;BcNRT2.2在原始叶片中表达量较低,但受低温、高温和干旱胁迫的诱导后而高量表达。     

不结球白菜高亲和性硝酸盐转运蛋白NRT2.2的克隆和表达分析

以不结球白菜品种"苏州青"为材料,克隆得到了1个高亲和性硝酸盐转运蛋白基因——BcNRT2.2,该基因的全长为1593 bp,编码530个氨基酸。序列分析结果表明:BcNRT2.2基因含有AGWGNMG共识别基序,其氨基酸序列与拟南芥NRT2.2的同源性为86%;其二级结构主要由α-螺旋和自由卷曲构成;预测BcNRT2.2蛋白含有12个跨膜域。实时定量PCR分析结果表明:BcNRT2.2主要在根部表达,并受高浓度硝酸盐的诱导;BcNRT2.2在原始叶片中表达量较低,但受低温、高温和干旱胁迫的诱导后而高量表达。     

高粱查尔酮合成酶的生物信息学分析

为研究高粱查尔酮合成酶(CHS)基因的功能,利用生物信息学工具和方法,对CHS蛋白质理化性质、疏水性/亲水性、跨膜区域、结构功能域、二级结构、三级结构和同源性进行了预测与分析。结果显示,高粱的CHS蛋白质共有8种(CHS1~CHS8),其氨基酸数量都在400左右,分子量差别不大;其中CHS1~CHS7为较稳定的亲水性蛋白质,CHS8为不稳定的疏水性蛋白质;8种蛋白质都为非跨膜蛋白。CHS蛋白有Chal_sti_synt_N和ACP_syn_lll_C 2个结构域,主要构件为α-螺旋和不规则卷曲。同源性分析结果表明,CHS1~CHS7蛋白质氨基酸序列间的同源性较高。     

白菜BrYUCCA5.1基因表达和生物信息学及功能分析

[目的]本文旨在研究白菜YUCCA家族基因BrYUCCA5.1在结球白菜和不结球白菜叶片中的表达模式,并探索其在白菜叶片发育中的作用。[方法]利用生物信息学软件对BrYUCCA5.1基因的进化关系、编码蛋白质的保守结构域、蛋白质的理化性质等特性进行分析;利用实时荧光定量PCR检测结球白菜W30和不结球白菜082及其F_2代植株不同部位BrYUCCA5.1表达量的差异;利用芜菁黄化花叶病毒(TYMV)介导的病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术沉默不结球白菜082植株的BrYUCCA5.1,研究该基因的功能。[结果]结球白菜BrYUCCA5.1所编码的蛋白与拟南芥、野生甘蓝、甘蓝型油菜、萝卜的同源性较高;保守结构域分析结果表明BrYUCCA5.1蛋白属于FMO类超家族。该基因在结球白菜W30叶片基部和中部以及F_2代结球单株叶片基部的表达量极显著高于其他不结球单株。利用VIGS技术沉默不结球白菜的BrYUCCA5.1,沉默效率达84%,且与对照组相比,BrYUCCA5.1-pTY发病株叶片出现大面积病毒侵染症状,叶片卷曲皱缩,表现出远轴化的形态。[结论]BrYUCCA5.1基因参与调控白菜的叶片发育,且在结球白菜叶球发育过程中具有重要作用。     

茄子谷氨酸酯-1-半醛2,1氨基变位酶基因克隆和序列分析

基于茄子基因组数据库,以番茄同源基因序列为探针,通过电子克隆手段获得茄子谷氨酸酯-1-半醛2,1氨基变位酶基因,命名为SmGSA。对该基因编码蛋白从氨基酸组成、蛋白的各级结构及其理化性质等方面进行了预测和分析。结果表明,该基因包含一个长度为1 044 bp的开放阅读框,共编码347个氨基酸,蛋白质分子式预测为C_(3 137)H_(5 232 )N_(1 044)O_(1 322)S_(211),分子量大小为85.5 KDa,为亲水性蛋白;α-螺旋、延伸链和无规卷曲是该蛋白结构的主要构成元件;该蛋白中共存在9处跨膜区,内部到外部螺旋发现4个,外部到内部螺旋发现5个。