长顺绿壳蛋鸡PRL基因的克隆及序列分析

采用特异性引物PCR技术获得长顺绿壳蛋鸡PRL基因,将其克隆至p GM-T载体,并对该序列进行测序分析。结果表明,长顺绿壳蛋鸡PRL基因全序列长度为690 bp,包含5个外显子和4个内含子,编码229个氨基酸。将长顺绿壳蛋鸡PRL基因与Gen Bank已公布的鸡、鸭、鹅、鱼等动物的PRL基因序列进行同源性比较,发现亲缘关系越远则同源性越低。     

番鸭催乳素基因的克隆与序列分析

为探明番鸭的遗传分化,以番鸭脑垂体的总RNA为模板,用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增了含有催乳素(PRL)基因的DNA片段,将其克隆到pMD18-T载体上并进行了序列分析.结果表明,番鸭PRL基因由765 bp组成,编码229个氨基酸;与已报道的北京鸭、马岗鹅、皖西白鹅、莱茵鹅、家鸡、火鸡、鹌鹑等禽类PRL基因相比,PRL基因的核苷酸和氨基酸序列同源性为91.0%-99.0%和98.3%-99.1%.说明PRL基因在进化过程中相当保守.番鸭PRL基因氨基酸序列与北京鸭比较两者并没有太大差别,仅在第9(K/E)、176(V/I)、194位(K/I)各有一个突变,可以推测这两者之间就巢性的差异可能与PRL的结构关系不大;但与家鸡的氨基酸序列差异则较大.     

禽类PRL基因的cDNA克隆及生物信息学分析

[目的]通过对PRL基因(催乳素基因)的克隆及生物信息学分析,研究该基因编码的蛋白对禽类就巢性的作用。[方法]利用原鸡PRL基因mRNA序列(NM-205466)与蓝孔雀表达序列标签(EST)数据库进行Blast检索,以及序列拼接和逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),获得了蓝孔雀PRL基因的部分cDNA序列,并对该序列进行了生物信息学分析。[结果]获得的cDNA序列片段长度为927bp,包括完整的开放阅读框690 bp,编码229个氨基酸。系统发育树的构建发现蓝孔雀与原鸡亲缘关系比较近,与鹑次之,与火鸡亲缘关系最远。[结论]该研究结果为研究PRL蛋白的生物学功能奠定了基础。     

雷州黑鸭PID1基因部分序列的克隆与蛋白功能分析

[目的]了解雷州黑鸭磷酸酪氨酸互作结构域1(phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID l)基因的序列结构特征及其蛋白的功能,为利用其改善雷州黑鸭肉品质与提高肉风味提供分子理论依据.[方法]采用RT-PCR方法克隆雷州黑鸭PID1基因部分序列,测序后比对其同源性,构建系统发育树,并预测其蛋白结构与功能.[结果]该核苷酸序列长度为369 bp,编码80个氨基酸,且大多为疏水性氨基酸.与人、牛、鸡等物种进行同源性比对,发现雷州黑鸭PID1基因序列与鸡具有高度同源性,同源性高达94％,且雷州黑鸭与鸡聚于同一系统发育支.蛋白质结构预测表明,该蛋白无跨膜结构与信号肽,氨基酸序列呈疏水性,位于细胞质中.[结论]雷州黑鸭的PID1基因与鸡的亲缘关系最近,其蛋白主要功能是在细胞质中参与肌内脂肪沉积的调控.     

兴义鸭MEF2A基因的SNPs筛选及其生物信息学分析

为了解鸭MEF2A基因的功能和结构以及其对鸭遗传效应的影响,采用混合DNA池、基因克隆、PCR产物直接测序和生物信息学相结合的方法,对兴义鸭的MEF2A基因进行研究.结果并未发现SNP位点,运用生物信息学方法对其蛋白质一级结构和二级结构进行分析,发现其包含33个α螺旋、20个β折叠、44个无规则卷曲.将获得的鸭的MEF2A蛋白序列与NCBI上提交的家鼠、牛、斑马鱼、猪、鸡的MEF2A序列相比对,结果显示:鸭与鸡、鱼的亲缘关系相近,与家鼠的亲缘关系较远.     

建昌鸭线粒体基因组全序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计引物15对,用PCR产物直接测序法测得建昌鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列,初步分析其特点和各基因的定位.结果显示:建昌鸭线粒体基因组全长16 606 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为29.21%、22.19%、15.77%、32.83%,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区(D-loop),基因组结构和已知雁形目鸟类的完全相同.基于线粒体13个蛋白质编码基因序列,采用邻接法构建雁形目8个物种的系统进化树,所得结果与传统的系统分类基本一致.     

绍兴鸭线粒体基因组全序列测定与分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计15对引物,通过PCR扩增、测序、拼接,获得绍兴鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列并进行序列分析。绍兴鸭线粒体基因组全长16 604 bp,碱基组成为29.20%A,22.19%T,15.78%G,32.83%C,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop),基因组成及排列顺序与其他鸟类相似,表明鸟类线粒体DNA进化上有较高的保守性。     

鸭PPARα基因结构及功能的生物信息学分析

以鸭的过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)基因为研究对象,运用生物信息学方法对其编码的蛋白质结构、理化性质及功能结构域进行分析.结果表明:鸭的PPARα基因cDNA全长1 430 bp,最长开放阅读框为1 407 bp,编码468个氨基酸;序列比对结果显示鸭的PPARα基因与鸡、胸草雀、人、牛、家马等该基因的核苷酸序列同源性分别为96%、92%、79%、77%和78%,鸭PPARα基因编码的氨基酸序列与上述其他动物的同源性高达98%、97%、89%、89%和88%;系统进化分析结果显示,在鸡、胸草雀、人、牛、马等动物中,鸭的PPARα基因与鸡的进化关系最为密切,亲缘关系最近;鸭的PPARα蛋白中α螺旋较多,该蛋白质含有1段短的核定位信号序列KKNRNKC,在引导该蛋白质进入细胞核的过程中发挥作用,同时还有由2个锌指结构组成的DNA结合域及1段配体结合域.     

鸭不同品种蛋品质比较研究

鸭不同品种蛋品质存在显著差异.靖西大麻鸭的蛋重最高,显著高于其他品种,临武鸭次之；临武鸭的哈氏单位、蛋形指数、蛋壳厚度最高,金定鸭和靖西大麻鸭次之；靖西大麻鸭的蛋黄色泽最好,临武鸭次之；巢湖鸭、金定鸭和临武鸭的蛋壳强度较高,三品种之间差异未达到显著水平；临武鸭的蛋壳重最轻,显著低于其他鸭品种.综合7个指标,以临武鸭的蛋品质最好.     

地方品种固始鸭与樱桃谷鸭α-干扰素基因的克隆与遗传进化分析

根据GenBank发表的鸭α-干扰素(interferon-alpha,IFN-α)基因序列(AY879230),设计并合成了1对引物,提取固始鸭和樱桃谷鸭基因组DNA,应用PCR技术扩增地方品种固始鸭和樱桃谷鸭IFN-α基因,并克隆、测序.测序结果表明获得了固始鸭和樱桃谷鸭IFN-α基因,大小均为584 bp,包含1个IFN-α基因完整的开放阅读框,编码191个氨基酸的多肽.推导的氨基酸有2个潜在的 N-糖基化位点,有7个与二硫键形成有关的半胱氨酸.克隆的固始鸭和樱桃谷鸭IFN-α基因与北京鸭IFN-α基因的氨基酸序列比较,仅固始鸭IFN-α基因发生突变D38N.固始鸭和樱桃谷鸭IFN-α基因与其他IFN-α基因的氨基酸序列遗传进化树分析表明樱桃谷鸭与北京鸭有很近的亲缘关系,固始鸭次之.地方品种固始鸭在非常保守的38位发生了氨基酸突变,推测这可能与该品种鸭具有很强的抗病能力有关.