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1.
广西野生大豆种质资源SSR引物筛选   总被引:1,自引:1,他引:0  
【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0~8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67~5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。  相似文献   

2.
【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0~8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67~5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。  相似文献   

3.
利用SSR分子标记方法,对筛选出的51份高黄酮荞麦资源进行遗传多样性研究,试验结果表明,选用的50对SSR引物中,22对引物多态性丰富,共扩增出253个条带,检测到174个等位变异,总遗传变幅为0.56~1.00,27份苦荞和24份甜荞能够各自被聚为两大类。聚类结果显示,27份苦荞资源的遗传多样性并不受地理分布的影响,普遍亲缘关系较近;而24份甜荞的遗产差异则较大,表现出较为丰富的遗传多样性。用SPSS 19.0软件绘制荞麦的黄酮质量分数聚类图,与遗传聚类结果综合比较分析,发现27份苦荞资源的黄酮含量受其亲缘关系影响较大,与其遗传多样性的联系较强,而甜荞的并不明显。另外,亦从51份荞麦种质中,筛选出4份基因型相对独立且黄酮更高的苦荞品种,可作为高黄酮优质荞麦选育的基础。  相似文献   

4.
【目的】对广东省大豆资源进行遗传多样性分析,筛选有效的SSR 分子标记,以及构建快速鉴定的DNA 分子身份证。【方法】收集了广东省19 个市37 个县市共96 份大豆种质资源,提取基因组DNA 后,利用30 对SSR 引物进行PCR 扩增,通过测序检测获得相关多态性结果进行聚类分析以及DNA 分子身份证构建,记录相关品种性状并转化为可视化信息。【结果】毛细管电泳检测结果表明,30 对SSR 引物在96 份大豆材料之间均具有清晰稳定的多态性片段,共扩增出273 个多态性等位变异片段,平均每对引物扩增出多态性等位变异片段数14.29 个;不同引物揭示的多态性信息含量(PIC)的范围为0.3891~0.9310,平均值为0.6786,30 对引物可用于区分广东大豆资源。通过聚类分析发现,所收集的大豆样品可以分为3 个类群,具有遗传多样性。从PIC 最高者开始进行引物组合,筛选出6 对能将96 份大豆区分开的引物。【结论】基于6 对SSR 引物扩增结果,对多态性片段排序,通过数字与英文结合编码,成功构建96 份大豆资源的DNA 分子身份证,为广东省大豆种质资源鉴定提供了重要依据。  相似文献   

5.
为了分析藜麦种质资源的遗传基础和遗传多样性,为藜麦种质资源的保护与高效利用提供理论依据。本研究以收集到的48份国内外藜麦种质资源为材料,采用简单重复序列(SSR)标记的方法,分析了藜麦种质资源的遗传多样性并构建DNA指纹数据库。结果表明,共筛选出25对多态性SSR分子标记,所有标记共检测到134个等位变异,每对引物检测出3~13个等位变异;Nei’s基因多样性指数(H)为0.107 5~0.368 7,均值为0.242 4;Shannon信息指数(I)为0.204 3~0.551 6,均值为0.383 3;多态性信息含量(PIC)为0.378 8~0.852 2,均值为0.604 2。聚类分析结果表明,48份藜麦种质资源被分为4个组,相近地区或生态环境的种质资源多聚在一组;利用3对SSR引物组合,构建了48份藜麦资源数字指纹图谱。本研究结果表明48份藜麦种质资源遗传多样性丰富;所筛选的SSR标记用于藜麦种质资源遗传多样性分析及品种鉴定是可行的。  相似文献   

6.
山西省野生大豆资源遗传多样性分析   总被引:15,自引:4,他引:11  
 【目的】明确山西省野生大豆的遗传多样性程度及其数量性状多样性的地理分布,为山西省野生大豆种质资源的利用和保护提供依据。【方法】以山西省已编目入库的544份野生大豆为材料,对其质量性状、数量性状及SSR标记进行遗传多样性分析。【结果】研究的8个质量性状,山西省半野生大豆的遗传多样性高于野生大豆;太原材料的遗传多样性高于山西省材料。4个数量性状的研究结果显示,野生大豆的变异程度高于半野生大豆,山西材料的变异程度高于太原材料;初步推断37~38°N、112~113°E经纬小区为山西省野生大豆数量性状的多样性中心。利用30对SSR引物分析了49份山西太原野生大豆材料,共检测到208个等位变异,每个SSR位点的等位变异范围为4~11个,平均为7个;引物的Shannon-weaver指数的分布范围为0.7451~2.1081,平均为1.5030;位点多态信息量(PIC)值的分布范围为0.3813~0.8575,平均为0.7007。【结论】表型和分子检测结果都表明,太原野生大豆材料的变异类型丰富、多样性程度较高。  相似文献   

7.
【目的】开展苦荞籽粒总黄酮含量与SSR标记的关联分析,挖掘与黄酮含量相关的分子标记,为高黄酮含量苦荞品种的遗传改良提供依据。【方法】以193份苦荞种质为供试材料,基于62对SSR引物分析了供试种质的遗传多样性,对总黄酮含量和SSR标记进行了关联分析。【结果】193个种质籽粒总黄酮含量的变幅为1.04%~2.99%,变异系数为27.93%。62对引物在193个种质中共扩增出267个等位基因,每个SSR位点平均检测到2.45个有效等位基因,基因多样性为0.503,Shannon信息指数为0.942,观测杂合度为0.513,引物多态信息量为0.74。群体结构分析将193份种质划分为3个亚群。基于广义线性模型(GLM)共检测到5个与籽粒总黄酮含量显著关联的SSR标记,表型贡献率为6.3%~12.9%,其中标记TatG0124(12.9%)和S6853(8.5%)的表型贡献率较高。【结论】供试苦荞种质遗传多样性丰富,可用于苦荞重要农艺和品质性状的关联分析。TatG0124和SSR6853可能是控制籽粒黄酮含量的重要位点,对改良苦荞籽粒黄酮含量具有重要意义。  相似文献   

8.
ICRISAT花生微核心种质资源SSR标记遗传多样性分析   总被引:6,自引:1,他引:5  
【目的】评价ICRISAT花生微核心种质资源的遗传多样性水平,揭示ICRISAT花生微核心种质资源遗传多样性,验证传统植物学分类的可靠程度,为充分发掘、利用ICRISAT花生微核心种质资源提供必要信息。【方法】采用27对花生SSR引物,对ICRISAT微核心花生种质168份材料(来自世界五大洲42个国家)进行遗传多样性分析;利用NTSYS-pcV2.0软件进行主成分分析(PCA)并绘制三维空间聚类图;利用Popgene V1.32估算种质群间的Nei78遗传距离等参数并进行UPGMA聚类分析,采用MEGA3.1绘制种质群间聚类图。【结果】27对SSR引物共扩增出115条多态性条带,每对引物平均扩增出4.2930个等位变异,其中有效等位变异数2.7931,有效等位变异所占比重为65.49%;PM137、16C6、14H6、8D9和7G02等引物最为有效,其Shannon’s信息指数均在1.5以上,等位变异数5个以上,有效变异数3.7个以上。在多粒型群体中,来源于南美洲和印度种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲和非洲种质资源的遗传多样性较高;在珍珠豆型群体中,来源于北美洲种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲和非洲种质资源的遗传多样性较高;在普通型群体中,来源于北美洲种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲、美国和非洲种质资源的遗传多样性较高。来自南美洲的花生种质资源具有较高的遗传多样性,与花生起源于南美洲的结论一致。PCA分析,发现栽培种花生种质资源由4个差异明显的基因源构成,"hypogaea"包括普通型种质资源,"vulgaris"包括珍珠豆型种质资源,"fastigiata1"包括多粒型种质资源,"fastigiata2"包括多粒型种质资源。植物学分类单位间的Nei78遗传距离介于16.336—23.607cM,UPGMA聚类方法将花生属植物学分类单位聚成5个组群,"组群1"对应"hypogaea"基因源,"组群2"对应"vulgaris"基因源,"组群3"对应"fastigiata1"、"fastigiata2"基因源之和,"组群4"和"组群5"分别代表秘鲁型和赤道型基因源,聚类结果支持4个基因源的划分。【结论】ICRISAT花生微核心种质资源具有丰富的遗传多样性,不同来源的变种群间存在明显的遗传差异,并分化成4个基因源,研究结果部分支持栽培种花生传统的植物学分类体系。为拓宽花生育成品种的遗传基础,应充分发掘ICRISAT微核心种质各基因源的遗传潜力。  相似文献   

9.
用AFLP分子标记手段对我国苦荞种质资源遗传多样性进行研究,为综合评价我国苦荞种质资源提供依据。以50份苦荞核心种质为试验材料,优化筛选出19对AFLP标记分析引物,经AFLP-PCR扩增、PAGE检测,统计分析AFLP图谱,运行Popgene Ver.1.31和NTSYSpc Ver.2.2软件对苦荞种质资源遗传多样性和遗传关系进行分析,共检测到211个AFLP特异性标记,平均每对引物组合产生11.11个多态性位点(PIC),遗传相似系数(GS)分布区间均较大,变幅为0.515~0.954,辛普森指数和香农指数计算结果表明来自四川的苦荞种质资源多样性最为丰富;Popgene Ver.1.31运行结果表明,当GS为0.790时,50份苦荞材料被分为5个组群,聚类结果与苦荞种质的地理分布有一定的相关性。说明AFLP是一种有效的分子标记方式,适合于苦荞种质遗传多样性分析;我国苦荞种质资源多样性丰富,须要在保护、利用现有种质资源的基础上继续加强区域间引种、育种,为我国荞麦产业的发展提供帮助。  相似文献   

10.
苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析   总被引:7,自引:2,他引:5  
 【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314(33.48%)条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093~0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。  相似文献   

11.
苦荞是一种重要的杂粮作物。利用GenBank数据库中苦荞的8条染色体基因组序列进行SSR标记挖掘,并基于Primer 3.0设计SSR引物,筛选多态性高的引物进行遗传多样性评价。共检测到51 485个SSR 位点,平均发生频率为114.07 Mb-1,二核苷酸重复型最多(78.20%),其次为三核苷酸重复型(17.76%)。苦荞SSR中包含361种类型重复基元,具有碱基偏好性,优势基元为AT/TA (69.60%)、AAT/TTA (2.49 %)和AGA/TCT(2.10 %)。序列长度变化范围为12~228 bp,长度12~20 bp的占比57.93 %,长度大于20 bp 的占比42.07 %。SSR位点分布在每条染色体上的数量和种类特征较为一致,不同染色体能检出的SSR种类具有特异性。根据不同类型SSR位点设计并合成156对引物,筛选出17对多态性较高的引物用于遗传多样性分析,发现42份苦荞地方品种资源具有较高的多样性,美姑县的黑苦荞遗传多样性最高,布拖县的样品多数聚为同一分支,多样性显著低于美姑县和昭觉县的品种,西南种质库保存的野生苦荞与其他栽培品种明显分离。通过大量SSR的挖掘特别是染色体特异性SSR位点的挖掘,对苦荞种质资源的鉴定分析以及苦荞分子标记辅助育种有重要意义;遗传多样性检测也显示了SSR分子标记的可用性,以及黑苦荞的遗传多样性水平,对苦荞遗传多样性保护研究提供了新的途径。  相似文献   

12.
野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样性   总被引:2,自引:0,他引:2  
凌瑶  张新全  陈仕勇  刘伟  马啸 《中国农业科学》2012,45(10):2040-2051
【目的】为指导种质资源的引进和利用及选育优质狗牙根新品种提供科学依据。【方法】采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对52份野生狗牙根材料进行遗传多样性分析。【结果】①利用4个表型差异显著的野生狗牙根对SRAP的150对引物组合及SSR的200对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合各18对,SRAP和SSR扩增总条带分别为236和346条,多态性条带206和255条,平均每对引物扩增出多态性条带各11.4和14.17条,多态性位点百分率分别为87.29%和73.70%;②两种标记结合进行聚类分析,当GS=0.68时,可将所有供试材料分成5个组群;当GS=0.78时,可将第V个组群分成6个小组,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;③基于聚类分析,可将供试材料分为8个生态地理类群,据各类群间的Nei氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值表明,生态地理环境相似的地理类群遗传距离较小;④SRAP和SSR标记之间具有显著的相关性,且相关性较高。【结论】野生狗牙根有丰富的遗传多样性,其聚类和生态地理环境有一定的相关性。  相似文献   

13.
苦荞产区种质资源遗传多样性和遗传结构分析   总被引:4,自引:1,他引:3  
【目的】了解苦荞产区种质资源遗传多样性和遗传结构,为苦荞资源的有效利用提供参考。【方法】采用相关性分析、主成分分析方法对苦荞8个植株性状进行分析;温室内培养苦荞资源,于3叶期,每个资源选取10株新鲜叶片,采用CTAB方法提取苦荞基因组DNA,结合SSR分子标记方法进行PCR扩增,然后对扩增产物进行电泳检测并照相保存,根据SSR检测位点构建[0,1]矩阵,最后利用Power Marker3.25和Structure2.3.4软件对83份苦荞种质资源进行遗传多样性和群体遗传结构分析。【结果】8个植株性状分布较分散,大部分植株性状间呈现显著相关,植株性状的前4个主成分累计贡献率达到85.22%,基本可以显示苦荞种质资源植株性状的相关性关系;不同植株性状间株高和主茎粗变异系数最大,遗传变异最丰富。不同省份的资源表现出不同的遗传多样性,西藏资源的表型遗传多样指数H′均值最高,为1.82,其次为四川,遗传多样性指数H′均值为1.78;不同省份资源植株性状的遗传多样性存在差异,四川生育期、株高、主茎分枝的遗传多样性指数H′最高,陕西叶宽的遗传多样性指数H′最高,云南千粒重的遗传多样性指数H′最高;植株性状的主成分分析表明相似产区的植株性状具有一定的相关性。13条核心引物共检测出208条清晰的条带,其中200条(96.15%)具有多态性,平均每条引物扩增出的条带数和多态性条带数分别为16个和15.4个;不同引物等位基因变化范围为4—58个,重要的基因频率变化范围为0.02—0.86,多样性指数变化范围为0.38—0.98,多态信息量(PIC)变化范围为0.35—0.98;不同地理来源苦荞种质资源的遗传多样性表明,北方产区亲缘关系较近,西南产区亲缘关系较近,说明不同地理来源的群体类别与产区存在一定的关系;来自陕西群体的等位基因数量最多、基因多样性指数和多态性信息量最高,分别为12.0769、0.8365和0.8265;基于模型的遗传结构分析将苦荞资源划分为3个类群,基于遗传距离的聚类显示苦荞种质资源穿插分布,资源的地理来源地分化不明显,但是同一产区的资源遗传距离较近,资源之间具有一定的产区分化。【结论】苦荞产区种质资源PIC较高,遗传多样性丰富,2大产区具有一定的资源交流和遗传物质交换。  相似文献   

14.
 【目的】采用real-time PCR方法检测体外激素处理对奶牛乳腺上皮细胞FcRn(neonatal Fc receptor,FcRn)mRNA表达的影响。【方法】在乳腺上皮细胞培养液中添加不同浓度胰高血糖素(0.01、0.1和1 μmol•L-1)、胰岛素(0.005、0.1和0.5 μmol•L-1)、甲状腺素T4(0.01、0.1和1 μmol•L-1),体外培养并收集细胞,提取细胞mRNA后,利用real-time PCR检测FcRn mRNA的相对丰度。【结果】在一定添加剂量范围内,随着添加剂量的增加,甲状腺素和胰高血糖素能够显著地促进FcRn mRNA表达量升高(P<0.05),胰岛素在添加量为0.005 μmol•L-1和0.5 μmol•L-1时FcRn mRNA的表达量低,但在0.1 μmol•L-1添加时表达量显著升高(P<0.05)。【结论】添加外源胰岛素、胰高血糖素和甲状腺素能够影响FcRn mRNA的表达,为进一步研究乳腺内FcRn受体变化以及影响因素提供了依据。  相似文献   

15.
海岛棉部分引进和自选品种遗传多样性的SRAP分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
【目的】探讨海岛棉种质遗传多样性,为海岛棉种质资源的利用和优良品种的选育提供参考。【方法】利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术对168份海岛棉材料进行遗传多态性分析,从224对引物组合中筛选出16对扩增条带清晰、多态性高的组合分析供试材料。【结果】共检测到129个多态性位点,每个引物组合扩增的位点数为3~12个,平均扩增位点8.06个。聚类分析结果表明,不同材料间的相似系数为0.27~0.89;在相似系数0.49水平上可将供试海岛棉材料分为4种类型,第1大类大部分是早期引进的国外品种,包括了埃及和中亚品种;第2大类包含了大部分新库系列和部分中亚品种,美国比马棉也聚在此类;第3大类主要包含了新海系列和部分中亚、苏联品种;第4大类仅有49(吉扎85)一个材料。【结论】海岛棉的相似系数变化幅度较大,材料差异较大,遗传多样性比较丰富。  相似文献   

16.
沙田柚杂交后代群体的SSR鉴定与遗传多样性分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
【目的】利用SSR标记对沙田柚杂交后代群体进行杂种鉴定和遗传多样性研究,为柑橘种质创新和遗传改良提供技术、材料和理论支持。【方法】利用SSR技术分析沙田柚两个杂交组合159株后代的杂种性质,采用UPGMA聚类分析法分析后代群体和亲本的遗传关系。【结果】4对引物可以从104株沙田柚×强德勒柚的杂交后代鉴定出103株真杂种,鉴定率达到99.04%,且在引物AGC9的扩增图谱中有70个单株出现了双亲都没有的新条带;5对引物可鉴定出沙田柚×红江橙的全部杂交后代均为真杂种,一个纯合显性标记AAT12被发现,在引物GA18和AGC9的扩增结果中出现了亲本位点的缺失;UPGMA聚类分析结果显示,两个杂交组合后代群体均出现较显著的遗传变异,两个组合的遗传多样性也有较大的差异。【结论】SSR标记适合柑橘杂种的鉴定和遗传多样性分析,杂交是获得柑橘遗传变异株系的有效途径。  相似文献   

17.
利用SSR标记分析小豆种质资源的遗传多样性   总被引:5,自引:2,他引:3  
 【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2~13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量(PIC值)为0.014~0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227~0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS的聚类可以将145份小豆种质划分为5组,根据组内种质的地理来源,可分别命名为东北组、华北Ⅰ组、华北Ⅱ组、华东组和混合组,其中混合组主要由湖北、陕西及国外种质组成。利用STRUCTURE对小豆种质资源的遗传结构分析与NTSYS聚类结果基本一致,即种质的遗传背景与地理来源有关。【结论】中国小豆种质资源遗传变异丰富,不同地理来源小豆间存在遗传分化,可以作为小豆生态区划的重要参考依据。  相似文献   

18.
中国大蒜种质资源遗传多样性和群体遗传结构分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测,通过Mega软件进行最大相似性聚类分析,Structure 2.1软件进行群体遗传结构分析,SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测,考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点,多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体,划分的类别基本一致。然而,群体遗传结构分析划分的5个群体,群内遗传信息多样性指数较小。对212份种质的22个数量性状与分子标记的线型模型分析表明,包括大蒜辣素含量在内的多个数量性状受群体遗传结构的影响较小。【结论】中国大蒜种质资源遗传背景丰富,群体遗传结构对数量性状的分布影响较小,适合进一步进行性状与分子标记之间关联分析研究。  相似文献   

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