利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

利用37对SSR引物分析了72个不同生态类型粳稻品种的遗传多样性，共检测出了186个等位基因，平均每对SSR引物可检测出2～11个等位基因变异，平均为5．1个。UPGMA聚类分析结果表明，利用SSR分子标记将72个材料分成7大类群，说明SSR标记在区分水稻品种生态类型和品种的遗传多样性方面具有重要作用，也证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段。     

RAPD和SSR标记在玉米遗传多样性分析中的应用

利用RAPD和SSR两种标记方法研究了16个玉米自交系的遗传多样性,并对这两种分子标记系统进行了比较。结果表明,利用15条RAPD引物,检测到了126条有多态性的带。用筛选出的20对SSR引物,检测到69个等位基因。RAPD和SSR分子标记均有很高的多态性,RAPD多态性带比例数86％,SSR位点检测出的平均等位基因数3．4个。RAPD分子标记结果将16个玉米自交系划分为4组,SSR分子标记将其划分为5组。与系谱分析基本一致,两种分子标记划分的结果也相似。研究认为,RAPD、SSR两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究。     

利用SSR分子标记分析番茄的遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自国内外的番茄材料共36份,利用番茄的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从400对SSR引物中筛选到24对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,利用NTSYS软件进行聚类分析结果显示,36份材料被聚成7大类。     

基于SSR标记的太湖流域粳稻地方品种遗传多样性研究

【目的】评价太湖流域粳稻地方品种的遗传多样性。【方法】利用58对SSR引物,对基于主要农艺性状构建的太湖流域粳稻地方品种核心种质库的122个品种进行DNA水平的多态性分析,并与15个现代育成品种做比较。【结果】（1）地方品种群体中53个SSR位点共检测到216个等位片段,每个多态性位点等位片段数的变化范围为2～7个,平均为4.08个;71.7%的SSR位点具有3个以上等位片段;53个位点PIC值的变化范围为0.031～0.773,平均为0.413;Nei’s基因多样性指数He为0.378;品种间遗传距离平均为0.419;12条染色体中,第5染色体平均等位片段数最多,第11染色体平均PIC值最大。（2）现代育成品种群体检测到的等位片段数、位点PIC值、Nei’s基因多样性指数和品种间遗传距离均比地方品种群体相应值小,地方品种的遗传多样性大于现代育成品种。（3）聚类分析显示,在遗传相似系数0.63处,地方品种和现代育成品种可以明确区分开来。【结论】太湖流域粳稻地方品种具有丰富的遗传多样性,且与现代育成品种有较大的遗传差异,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

利用SSR标记技术分析中国啤酒大麦品种的遗传多样性

利用SSR标记技术对中国38个啤酒大麦品种的遗传背景进行了遗传多样性分析.结果表明,所用28对SSR引物（在大麦7对染色体长、短臂位置各选用了2对）中,有26对SSR引物有多态性,共检测出187个位点,其中172个等位位点有多态性,占91.9%;每个引物可扩增出1～22个位点,平均每个引物产生6.6个等位位点.26对SSR引物的多态性信息含量PIC最高为0.995,最低为0.375,平均PIC为0.713.聚类结果表明,这些品种的遗传距离（GD）聚类范围较小,分布范围在0.01124～0.74510,在遗传距离GD值0.6水平上,这些品种聚成了2大类,下分4个亚类.SSR标记揭示出这38个啤酒大麦品种遗传变异较小,遗传基础比较狭窄.     

利用SSR标记分析山东省花生区试品种的遗传多样性特点

利用SSR标记对山东省花生区试品种进行遗传多样性分析,以参加国家北方区试的17份省外花生品种为对照。结果表明,10对SSR引物在45份花生品种共扩增出57条带,其中45条呈现多态,多态性比率为78.95%。引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.369～0.857,平均值为0.683。多样性指数比较表明,山东省的基因多样性指数H(0.2476)和Shannon指数I(0.3723)均低于河南省(0.2928、0.4241)和省外(0.2929,0.4268)。山东省内品种间的遗传相似系数介于0.440～1.000之间,平均为0.730,省外品种间的遗传相似系数变化范围为0.311～0.962,平均为0.638,显著性测验表明山东省区试品种内的相似性极显著高于省外品种内的相似性。聚类分析表明山东省花生区试品种遗传基础较近,绝大部分品种聚在第II类群;河南省和河北省的部分品种与其他品种亲缘关系较远。与省外区试品种相比,山东省花生区试品种遗传基础较近,应不断引入省外亲缘关系较远的品种以拓宽其遗传基础。     

桑树种质资源SSR标记的遗传多样性分析

利用简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记技术分析了172个桑树品种(系)的遗传多样性,结果表明,10对SSR引物在172份材料中共检测出了67个等位变异,平均每对引物检测到6.7个等位变异,其中多态性标记为66个,多态性比率为98.51%。利用种间的遗传相似性系数进行聚类分析,可将5个种分为三类,白桑、鲁桑、广东桑可聚为一类,山桑、瑞穗桑各为一类。其中白桑与鲁桑的亲缘关系最近,相似性系数为0.9935,山桑和瑞穗桑的亲缘关系最远,相似性系数为0.6866,这一结果与桑树形态学的分类结果大体一致。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

基于SRAP和SCoT标记分析不同甜樱桃品种遗传多样性

【目的】探究40个甜樱桃（Prunus avium L.）品种的遗传多样性及SRAP和SCoT标记在甜樱桃上的应用。【方法】利用SRAP和SCoT分子标记进行遗传多样性分析。【结果】筛选出6对条带清晰、多态性好的SRAP引物和7条SCoT引物,在40个甜樱桃品种中分别扩增出多态性条带67和69条,多态性百分率分别为90.54%和93.24%。SRAP标记和SCoT标记的UPGMA聚类分析表明,40个甜樱桃品种的遗传相似系数分别在0.67～0.95和0.72～0.93,说明甜樱桃的遗传背景相对较窄。SRAP标记在相似系数0.79左右可以将40份甜樱桃分为6组,SCoT标记在相似系数在0.77左右可以将40份甜樱桃分为6组。两种分子标记中,来自不同地区的甜樱桃品种没有明显聚类,说明各个地区甜樱桃品种基因交流频繁,另外大部分黄色系甜樱桃品种聚为一类。【结论】2种分子标记均可应用于分析甜樱桃遗传多样性且能够区分不同果皮颜色甜樱桃,可以作为后期种质资源利用和新品种选育的技术手段。     

用SSR标记分析高油栽培大豆品种的遗传多样性

利用47 对SSR 引物对我国56份高油栽培大豆的遗传多样性进行分析.结果表明: 47对SSR引物在上述品种中共检测到289个等位变异,平均6.15个;引物遗传多样性指数在0.223 9～0.858 7,平均0.667 9;品种间遗传相似系数变异在0.117～0.926,说明高油大豆中存在丰富的遗传变异.利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析结果可将56份材料分为6个类群, 其类群分布表现出一定的地域相关性.     

黄籽甘蓝型油菜核心种质的 SSR 标记分析

核心种质筛选是植物遗传资源研究和利用的便捷途径,利于种质资源杂种优势利用。遗传多样性分析有利于最优亲本组合的鉴定,以期能够产生遗传变异最大的后代群体和促进不同资源的有利基因渗透到栽培品种。该研究通过表型数据分析表明,初选核心种质能够有效地代表参试群体的遗传多样性,利用20对 SSR 标记对20份黄籽甘蓝型油菜的核心种质进行了遗传多样性分析,共检测出128个等位基因,每对引物在不同材料之间的等位基因数在4～11之间,平均位点为6?40个,多态信息量 PIC 值在0?81～0?92之间,通过 UPGMA 法,核心种质的遗传相似系数介于0?17～0?61之间,说明黄籽甘蓝型油菜核心种质具有较丰富的遗传多样性。该研究为甘蓝型黄籽油菜基因资源的挖掘和黄籽杂交育种的利用提供了理论基础。     

栽培小豆种质资源遗传多样性SSR标记分析

利用7对SSR引物对来自中国、日本、韩国、不丹、越南等5国的104份栽培小豆种质资源基因组DNA进行扩增分析。共获得了44条多态性带,平均6.29条。104个小豆种质材料以遗传相似系数0.28为阀值,聚类分析将104份栽培小豆种质材料分为14大类,结果表明中国西南地区的栽培小豆种质存在较丰富的遗传多样性;初步认为中国西南地区可能是小豆的一个起源中心和遗传多样性中心。同一地域或气候相似地区的材料聚为一类,说明供试材料遗传背景与其原产地背景有一定关联性。     

基于 SSR 标记的克氏原螯虾种质资源遗传多样性研究

选用10对克氏原螯虾微卫星引物对桐庐(TL)、太湖(TH)、湖北(HB)、江西(JX)、洪泽湖(HZH)、崇明(CM)、广西(GX)、海盐(HY)8个克氏原螯虾群体的遗传多样性状况和遗传结构进行研究。结果发现,8个克氏原螯虾群体的平均观测杂合度值为0.525 7~0.740 0,平均期望杂合度值在0.623 8~0.743 4之间,平均多态信息含量在0.420 9~0.684 0之间。其中广西(GX)群体遗传多样性最高,太湖(TH)群体遗传多样性最低。采用MEGA4.0计算各地理种群间的遗传距离,遗传距离最远的是崇明(CM)和江西(JX)群体,遗传距离最近的是湖北(HB)和太湖(TH)群体。结果显示,这8个地理种群资源遗传多样性较高。     

41个高粱品种遗传多样性的SSR标记检测

采用自行开发的52个SSR标记对41个高粱品种进行遗传多样性分析。结果表明,52对SSR引物在3%琼脂糖凝胶上共检测出277个等位变异,平均每个位点有5.3个等位变异。通过聚类分析将41个高粱品种分为2个类群。虽然多数籽粒高粱归在第1类群,而甜高粱主要分在第2类群,但无法清晰地划分2类高粱之间的遗传界限。     

大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析

【目的】分析大麦亲本材料的遗传多样性,寻找与部分农艺性状相关联的分子标记,为大麦杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。【方法】利用86个SSR标记对113份大麦亲本材料进行多态性扫描,并进行遗传多样性分析。挑选57个标记进行群体遗传结构分析,在此基础上采用Tassel 2.1 GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）方法进行标记与农艺性状的关联分析。【结果】86个标记共检测出200个等位变异,变异范围为1—5个;基因频率的变异范围为0.0088—1.0000,Shannon指数变异范围为0.0000—1.2236;遗传相似系数（GS）变异范围在0.5504—0.9897,平均值为0.7477。通过群体遗传结构分析将供试材料分为4个亚群。以GLM分析,发现9个与株高、穗长、芒长、穗粒数和小穗着生密度相关联的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0507—0.2766;以MLM分析,发现6个与株高、芒长和小穗着生密度相关的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0238—0.1999。【结论】利用SSR标记分析了113份大麦亲本材料的遗传多样性及群体遗传结构,并通过2种关联分析模型,分别寻找到了9个与株高、穗长、芒长、穗粒数相关联,6个与株高、芒长和小穗着生密度相关联的标记,这些标记位于1H、2H、3H、4H和7H染色体。     

Analysis of Genetic Diversity of Processing Apple Varieties

Genetic diversity of 18 processing apple varieties and two fresh varieties were evaluated using 12 simple sequence repeats （SSR） primer pairs previously identified in Malus domestica Borkh. A total of 87 alleles in 10 loci were detected using 10 polymorphic SSR markers selected within the range of 5-14 alleles per locus. All the 20 varieties could be distinguished using two primer pairs and they were divided into four groups using cluster analysis. The genetic similarity （GS） of groups analyzed using cluster analysis varied from 0.14 to 0.83. High acid variety Avrolles separated from other varieties with GS less than 0.42. The second group contained Longfeng and Dolgo from Northeast of China, the inherited genes of Chinese crab apple. The five cider varieties with high tannin contents, namely, Dabinette, Frequin rouge, Kermerrien, M.Menard, and D.Coetligne were clustered into the third group. The fourth group was mainly composed of 12 juice and fresh varieties. Principal coordinate analysis （PCO） also divided all the varieties into four groups. Juice and fresh apple varieties, Longfeng and Dolgo were clustered together, respectively, using both the analyses. Both the analyses showed there was much difference between cider and juice varieties, cider and fresh varieties, as well as Chinese crab apple and western European crab apple, whereas juice varieties and fresh varieties had a similar genetic background. The genetic diversity and differentiation could be sufficiently reflected by combining the two analytical methods.     

江西柑橘地方品种资源及野生近缘种SSR分子标记

利用SSR分子标记方法研究了63个江西柑橘地方品种资源及野生近缘种的遗传多样性,用30对SSR引物,检测到374条等位基因,平均每对引物检测到等位基因3～28个,平均12．47个,平均信息量为0．805。用UPGMA方法可将63个试材划分为8个类群．聚类结果可以推断出崇义野生橘可能是江西柑橘的始祖,井冈野生橙可能是橘类和橙类的杂交种。     

基于SSR标记13个紫苏品种(系)的亲缘关系及遗传多样性

为紫苏种质资源利用提供参考,利用14对SSR引物对13个紫苏品种(系)提取的DNA进行PCR扩增,并对其亲缘关系进行鉴定与遗传多样性分析。结果表明:1)从13个紫苏品种(系)中共检测出51条清晰DNA条带,其中多态性条带47条,占92.16%。2)13个紫苏品种(系)的遗传距离为0.086~0.576,平均遗传距离为0.336;遗传相似性系数为0.424~0.914,平均遗传相似性系数为0.654。3)在遗传距离(SM)为0.59时,13个紫苏品种(系)可聚为2类群。类群Ⅰ为开阳紫苏(CK)1个品种(系),类群Ⅱ包括奇苏1~6号及其原种1~6号共12个品种(系)。在SM为0.67时,类群Ⅱ又可分为2部分,第1部分包括奇苏1号和奇苏6号及其原种1号和原种6号共4个品种(系);第2部分包含奇苏2~5号及其原种2~5号共8个品种(系)。在SM为0.80时,原种2号、原种3号和原种4号的亲缘关系最近,但经系选改良后,其亲缘关系已有一定距离。     

基于SSR标记的49个大白菜自交系遗传多样性分析

利用扩增条带清晰且覆盖白菜10个连锁群的33个SSR标记分析了49个大白菜自交系的遗传多样性。结果表明,22对引物在供试材料间表现多态,11对引物表现单态扩增,多态引物频率达到66.7%,其中A1、A3、A8和A9连锁群上多态引物比例相对较高。多态引物共扩增出68个等位变异,每个位点2~8个,平均3.09个;不同引物的多态性信息含量0.05~0.88,平均0.48;品种间的遗传距离变异为0~0.93,所有成对遗传距离的平均值为0.51,UPGMA聚类结果与品种间亲缘关系及其农艺特征有较好的一致性。