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1.
选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。  相似文献   

2.
【目的】揭示宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了120头宣和猪PRKAG3基因外显子5区域的SNP位点,借助最小二乘模型分析了各位点不同基因型及合并基因型对6个肉质性状的影响。【结果】宣和猪PRKAG3基因外显子5区域检出3个SNP位点,包括2个同义突变位点(T579C、T580C)和1个错义突变位点(G595A),分别以TT、TT、GA基因型和T、T、G等位基因的频率最高,且都处于Hardy-Weinberg平衡状态。T579C、T580C位点的TT和TC基因型可显著提高大理石纹(P0.05)和降低失水率(P0.01),分别呈显著的加性效应及加性—显性效应(P0.05或P0.01);G595A位点的AA基因型失水率最低(P0.05)、熟肉率最高(P0.05),呈显著的加性效应(P0.05);3个位点的合并基因型TTTTGG、TCTCGG和TTTTAA分别具有最高的大理石纹、pH1和最低的失水率(P0.05或P0.01),CCCCGG基因型的大理石纹和pH1最低、失水率最高(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果进一步确认宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性与肌肉大理石纹、pH值和失水率显著关联,T579C、T580C位点的CC基因型和G595A位点的GG基因型具有协同降低猪肉品质的效应。  相似文献   

3.
【目的】揭示PLIN2基因对宣和猪生长性状的影响。【方法】以357头宣和猪为试验材料,采用PCR产物直接测序法检测了PLIN2基因的5′-UTR和3′-UTR多态性,分析了各SNP位点不同基因型的生长性状差异。【结果】在5′-UTR检测到2个SNP位点(G158A、T491G)、3′-UTR检出1个SNP位点(G5689A),上述3个SNP位点分别以GG、TT和GG基因型频率最高,G、T和G为优势等位基因;除G158A位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)外,其余2个突变位点均处于平衡状态(P0.05),且杂合度较高、遗传多样性较为丰富。在6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重上,G158A位点的GG型、T491G位点的TT型和G5689A位点的GG型均显著高于同位点其他基因型(P0.01或P0.05);且3个SNP位点不同单倍型组合对生长性状的影响呈现了明显的协同作用,即GTG/GTG组合的6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重最高(P0.01或P0.05)。【结论】研究结果从PLIN2基因多态性角度印证了宣和猪新品种选育工作的有效性,初步证实PLIN2基因与宣和猪生长性状间存在显著关联。  相似文献   

4.
以IGF1R、IGFBP-3基因作为影响鸡生产性能的候选基因,采用DNA测序和PCR-SSCP技术分析了单核苷酸多态性(SNP),并对两基因SNP位点之间的互作效应进行相关分析。结果表明,在IGF1R和IGFBP-3基因中分别发现2个SNP位点(IGF1R基因的G26333A和G26336A,IGFBP-3基因的T160G和C1087T),其中IGF1R基因G26336A位点对鸡的生长性状具有显著的影响(P0.05);G26336A位点DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型(P0.05),DD基因型个体12周龄体质量显著高于CC和CD基因型(P0.05);IGFBP-3基因C1087T位点GH基因型个体的开产日龄显著低于HH基因型(P0.05)。IGF1R基因G26336A位点与IGFBP-3基因C1087T位点之间对12周龄体质量有互作效应。可见,IGF1R和IGFBP-3基因可能是影响鸡生产性状的主效基因。  相似文献   

5.
基于生物信息学方法,发现并验证了与RBP4基因LS性状(litter size)候选分子标记MspⅠRFLP(SNP G1223C)临近的SNP A1027G(SNPs,single nucleotide polymorphisms),并对大白猪和湖南黑猪群体的RBP4多态性与母猪LS性状的相关性进行了研究。结果表明:RBP4基因SNP G1223C在2个群体中均与母猪LS性状显著相关(P0.05);RBP4基因SNP A1027G在混合群体中与母猪LS性状显著相关(P0.05);这2个多态性位点构建的单倍型也与母猪LS性状显著相关(P0.05),其优势单倍型母畜的LS性状值明显优异于单个SNP位点优势基因型的LS性状值。在分子标记辅助育种中采用RBP4单倍型作为LS性状重要候选基因的分子标记比采用单个多态性位点更具价值。  相似文献   

6.
[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3%、AG型占23.8%、GG型占25.9%,G241T位点的GG型占48.6%、GT型占47.9%、TT型占3.5%.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P>0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P>0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P>0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.  相似文献   

7.
[目的]了解威宁黄牛SOCS4基因多态性及其与生长性状的关联性,为深入研究SOCS4基因遗传效应及其功能和调控机制奠定基础.[方法]随机抽取106头威宁黄牛,采集血样后提取总DNA,利用PCR-SSCP检测SNP位点及基因型,并分析SOCS4基因SNP位点与不同个体生长性状的相关性.[结果]在SOCS4基因中共发现两个SNP位点,分别是第1内含子的T+435C和3+UTR的G+13700C,均有3种基因型.在威宁黄牛群体中,T+435C位点是以T为优势等位基因,G+13700C位点则以C为优势等位基因,但只有T+435C位点与威宁黄牛的生长性状存在显著关联(P<0.05,下同),且在公牛和母牛中呈不同关联性特征.在公牛中,T+435C位点与胸围显著相关,TT型个体胸围均值显著高于CC型个体;而在母牛中,T+435C位点与管围、胸深、腰高和坐骨端宽等生长性状显著关联,且均以CC型个体值高于其他基因型个体.[结论]威宁黄牛SOCS4基因多态性不丰富,且只有内含子区的T+435C位点与其生长性状存在明显关联,即T+435C位点可作为威宁黄牛生长性能的辅助选择分子标记.  相似文献   

8.
采用PCR-SSCP结合测序的方法,在民猪、长白猪及其杂种母猪3个群体中检测了LHβ亚基基因第2、第3外显子的多态性,并对该基因的多态性与繁殖性能的关系进行了研究。结果表明,LHβ亚基基因的第2外显子存在一个SNP位点(1757,T→C),但该位点的突变是同义突变,没有导致编码氨基酸的改变,在第3外显子上未发现SNPs位点。对第2外显子的SNP位点(1757,T→C)与繁殖性状的相关分析结果表明,不同基因型的民猪母猪的产仔数和初生窝重有显著差异(P<0.01),初生活仔窝重也有明显差别(P<0.05)。  相似文献   

9.
利用本课题组已报道的猪繁殖性状候选基因的8个SSCP-SNPs标记,对995头长白猪和大白猪群体的遗传多样性进行分析,统计了各群体内SNP的多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(E)和遗传杂合度(h)。通过比较各SNP位点基因型关联的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA),找到了各猪群中的优势和劣势基因型。结果表明:8个SNP位点在2个猪群中的多态信息含量有3个为中度多态,5个为高度多态。IL-8基因C424G位点的AA基因型为2个猪群的最优势基因型,VEGF基因C1489T位点的AB型和IL-8基因Intron1 977A位点的AB型分别为长白猪和大白猪的最劣势基因型,3个多态位点的基因型都可在猪的分子育种中进行标记辅助选择。  相似文献   

10.
【目的】为揭示PTGS2基因多态性与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法对401头大白母猪PTGS2基因第3内含子的SNP位点进行检测,结合1 786窝母猪繁殖性能记录,采用最小二乘模型分析了各多态位点基因型及其单倍型组合对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪PTGS2基因第3内含子区域存在3个紧密连锁的SNP位点:G227A、A392C和T409C,分别以等位基因G、A、T及其纯合子(GG、AA和TT)、GAT单倍型及GAT/GAT组合的频率最高,各位点杂合度在0.320 9~0.353 6之间,遗传多样性较为丰富;G227A位点的GA基因型、A392C位点的AC基因型、T409C位点的TC基因型及GAT单倍型具有显著提高母猪总产仔数、产活仔数和仔猪21日龄成活数的效应(P0.05或P0.01),AA、CC和CC基因型及GCC/GCC单倍型组合具有显著提高仔猪21日龄窝重的效应(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果丰富了猪PTGS2基因的SNP标记,初步证实PTGS2基因对母猪繁殖性状有显著影响,但其具体效应可能会因品种(或猪群)及具体性状的不同而有一定差异。  相似文献   

11.
【目的】从分子遗传学角度分析不同基因型迪庆藏猪群体不同组织中ADFP基因的表达差异,为迪庆藏猪的选育工作提供参考依据。【方法】利用PCR扩增测序方法对113头迪庆藏猪ADFP基因进行扩增测序,利用DNA-STAR 5.0对序列进行比对分析及多态性位点(SNPs)检测;同时利用实时荧光定量PCR方法对迪庆藏猪不同组织中ADFP基因相对表达量进行检测,并运用SPSS 20.0分析ADFP基因多态性对迪庆藏猪群体不同组织中ADFP基因表达水平的影响。【结果】在迪庆藏猪ADFP基因外显子6上发现3个SNPs,分别为SNP1(C→T)、SNP2(C→T)和SNP3(T→ C),其中SNP1和SNP2位点属于低度多态(PIC/He<0.25),SNP3位点属于中度多态(0.25He<0.5)。迪庆藏猪不同组织中ADFP基因相对表达量存在显著差异(P<0.05,下同),皮下脂肪中相对表达量最高,其次为肺脏、肝脏、脾脏、肾脏、腿肌和背肌,心脏中相对表达量最少;另外,ADFP基因SNPs不同基因型迪庆藏猪群体中各组织的相对表达量也存在显著差异,尤其在SNP2位点杂合基因型群体肾脏中相对表达量显著高于纯合基因型群体肾脏中相对表达量,表明ADFP基因SNPs变异对迪庆藏猪组织中ADFP基因表达具有影响。【结论】ADFP基因SNPs变异对迪庆藏猪组织中ADFP基因会产生差异表达,进而影响机体脂肪沉积,ADFP基因可作为迪庆藏猪肌内脂肪沉积的候选基因。  相似文献   

12.
[目的]为脂联素基因作为脂肪沉积候选基因的研究提供依据。[方法]通过猪BAC文库筛选及引物步移法(primer-walking)的测序方法获得脂联素基因的启动子序列,具体步骤:通过已经发表的部分猪脂联素基因cDNA序列设计特异引物用于BAC克隆的筛选。以超级池DNA为模板进行第1次PCR反应,筛出含阳性克隆的超级池;以挑出的阳性超级池的3维池DNA为模板进行第2次PCR反应,根据阳性板池、列池、行池序号得到可能的阳性克隆号;依照阳性克隆号从工作文库中取出相应的BAC克隆,平板划线37℃倒置培养20 h。待菌落长好后,做菌体PCR鉴定,以确认克隆的正确性。将获得的BAC阳性克隆平板划线,37℃摇菌过夜培养,进行BAC的提取、纯化与酶切回收。先以M13引物向BAC两端测序,再以发表的cDNA序列外显子1设计测序引物采用primer-walking的方法,获得连续的DNA序列。采用PCR-RFLP技术对蓝塘猪、大花白猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个品种共290头猪的脂联素基因启动子区的多态性进行分析。[结果]脂联素基因的5′侧翼区-1 010 bp(G/A)的SNP位点,本地猪种中GG基因型频率明显高于外来猪种;-394 bp(T/C)的SNP位点,本地猪种基因型分布较为丰富,而在外来猪种中却没有检测到CC基因型,且外来猪中T等位基因频率较高。[结论]脂联素基因上游-1 010 bp(G/A)的SNP位点突变可能会引起该基因转录水平的改变,而-394 bp(T/C)的SNP位点与基因转录水平及与脂肪沉积可能无关。  相似文献   

13.
采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。  相似文献   

14.
为明确暗纹东方鲀Takifugu obscurus瘦素(Leptin)基因的基本性质,并探究leptin基因的多态性及其与暗纹东方鲀生长的相关性,随机选择6尾健康的3月龄暗纹东方鲀幼鱼作为基因克隆的试验样本,采用RT-PCR方法克隆leptin基因的cDNA序列,随机选择同期繁殖、同塘养殖的178尾8月龄鱼,采用直接测序法筛选leptin基因中与生长相关的SNP位点。结果表明:克隆得到的leptin cDNA序列长为661 bp,包括459 bp的开放阅读框,共编码152个氨基酸,Leptin氨基酸序列含19个氨基酸的信号肽序列,推测该蛋白为亲水的稳定蛋白;暗纹东方鲀Leptin氨基酸序列与红鳍东方鲀Leptin氨基酸序列一致性最高,为96.7%,与不同种属的其他鱼类相似性较低,与草鱼氨基酸序列的一致性仅为25.25%,但不同物种的Leptin存在较高的三级结构相似性;在暗纹东方鲀leptin基因上筛选得到2个分型稳定的SNP位点(T24G、T193A),其中,T24G位点不同基因型个体间的体质量存在显著性差异(P<0.05),GG基因型个体体质量显著小于TG和TT基因型(P<0.05);将2个SNP位点的不同基因型进行组合,经关联分析获得优势双倍型D5,D5型个体的3个生长性状值最高,体质量显著高于D2、D4型个体(P<0.05),极显著高于D6型个体(P<0.01),体长和体全长显著高于D6型个体(P<0.05)。研究表明,T24G位点的TG和TT基因型及双倍型D5是暗纹东方鲀优势生长的基因型,可作为暗纹东方鲀辅助育种的候选分子标记。  相似文献   

15.
克隆了大白、长白和梅山猪肌球蛋白轻链调控蛋白2基因(MRLC2)内含子2序列,经比对发现,在内含子2中18个碱基突变和8个碱基缺失,其中179bp处的C/T突变引起Hin6I酶切位点的改变,运用PCR-Hin6I-RFLP对179头大白×梅山F2代猪进行家系关联分析,结果表明该酶切位点与屠宰率呈极显著相关,表现为加性效应,CC基因型个体比CT基因型、TT基因型个体有更高的屠宰率;与大理石纹评分呈显著相关,CC基因型个体评分比CT基因型、TT基因型个体高。  相似文献   

16.
利用直接测序法研究猪肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor,TNF-α)基因5'侧翼区域多态性,并作多态位点与仔猪腹泻和生长性状关联分析。发现在TNF-α基因5'侧翼区域存在6个SNPs位点,建立针对SNP:-1048T/C和SNP:-1016A/G的Hha ⅠPCR-RFLP和Taq Ⅰ PCR-RFLP分型技术。Hha ⅠPCR-RFLP研究发现,在民猪群体中存在TC和CC两种基因型,在长白猪群体中存在TT、TC和CC三种基因型。Taq Ⅰ PCR-RFLP研究发现,在民猪和长白猪群体中仅存在AG和GG两种基因型。性状关联分析结果表明,TC比CC基因型民猪具有较高的35日龄断奶重(P0.05)和日增重(P0.05);TT基因型长白猪腹泻指数高于TC基因型个体(P=0.06)和CC个体(P=0.06);TT基因型长白猪出生重显著高于TC和CC基因型长白猪(P0.05)。结果表明,猪TNF-α基因对仔猪腹泻和生长性状有一定影响,但HhaⅠ位点能否作为新遗传标记有待进一步研究。  相似文献   

17.
【目的】明确广西巴马小型猪与长白猪的BMP2和FGFR3基因序列及表达差异,为进一步阐明大型猪与小型猪的体型形成机制提供理论依据。【方法】以1日龄的广西巴马小型猪和长白猪为研究对象,采集其四肢骨生长板软骨组织提取总RNA,反转录合成cDNA后用于扩增BMP2和FGFR3基因的编码区(CDS)序列,采用PCR-RFLP检测FGFR3基因SNP位点多态性,并通过实时荧光定量PCR分析BMP2和FGFR3基因在1日龄广西巴马小型猪和1日龄长白猪生长板软骨组织中的表达差异。【结果】1日龄广西巴马小型猪与1日龄长白猪的体型差异明显,其体重、体长和体高的差异均达极显著水平(P<0.01,下同),股骨长的差异达显著水平(P<0.05,下同)。广西巴马小型猪和长白猪的BMP2基因CDS序列全长1188 bp,且2个品种猪的CDS序列完全一致;广西巴马小型猪和长白猪的FGFR3基因CDS序列全长808 bp,与NCBI已公布的FGFR3基因序列(XM_005666479.1)比对发现存在8个碱基突变位点及1个碱基缺失位点。广西巴马小型猪和长白猪共有5个错义突变位点,分别为A124G、C190G、A204C、C205A和C245T,另外3个突变位点是广西巴马小型猪A438G和C549T的同义突变及长白猪A752C的错义突变;碱基缺失位点为长白猪第328~330个碱基(GCA)缺失。FGFR3基因A2374G和C2620T位点的基因型及基因频率在广西巴马小型猪与长白猪间的分布差异极显著,对应的等位基因分布均不符合Hardy-Weinberg平衡,且2个基因座均处于连锁平衡状态。1日龄广西巴马小型猪生长板软骨组织中的BMP2基因相对表达量显著低于1日龄长白猪,而FGFR3基因相对表达量极显著高于1日龄长白猪。【结论】BMP2和FGFR3基因在猪的软骨和骨骼形成方面具有重要意义,其中,BMP2基因对猪骨发育起促进作用,而FGFR3基因对猪骨发育起抑制作用。广西巴马小型猪体型矮小与FGFR3基因高表达及BMP2基因低表达存在直接关联。  相似文献   

18.
FUT1基因新cSNPs的鉴别及其对仔猪抗大肠杆菌F18侵染的影响   总被引:1,自引:0,他引:1  
 【目的】鉴别影响中国地方猪种仔猪抗水肿与腹泻病的关键基因位点。【方法】采用比较测序法对位置候选基因a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)进行cSNPs搜寻、鉴别,使用PCR-SSCP在10个中、西方猪种共计539个样本中开展SNPs遗传多态性检测;采用小肠上皮细胞体外显微黏附实验在白色杜洛克×二花脸资源家系的479个F2代个体中开展大肠杆菌F18ab黏附表型测定;使用SAS软件包分析SNPs基因型与黏附表型间的相关性。【结果】在FUT1基因中鉴别到两个新的cSNPs位点(M229C/T和M714T/C),其中M714T/C为同义突变,M229C/T引起亮氨酸转变为苯丙氨酸;遗传多态性分析表明FUT1 M229C/T等位基因频率在中国地方猪群与西方商业猪群间差异显著而在中国地方猪群间差异不显著;在白色杜洛克×二花脸资源群体中,进一步对FUT1 M229C/T位点分析其与黏附表型的相关性,结果显示FUT1 M229C/T基因型与黏附表型之间呈显著相关(P<0.05)。【结论】FUT1 M229C/T位点可能是决定中国地方猪水肿与腹泻病的变异位点,该位点在中国地方猪抗水肿与腹泻病选育中具有重要潜在的应用价值。  相似文献   

19.
荷斯坦牛leptin基因exon 2突变与泌乳性能的关联分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
leptin蛋白是leptin基因在脂肪组织表达的一种蛋白质,经证实,其基因单核苷酸多态性与奶牛的繁殖力、能量平衡及乳蛋白含量相关。本研究运用PCR-RFLP方法,对荷斯坦牛leptin基因外显子2序列E2JW和E2FB位点进行了突变检测,并分离了基因型,然后应用SAS 8.2软件分析了两个位点突变对泌乳性能的影响。结果发现,E2JW SNP不同基因型对乳脂率(P=0.02)、305d产奶量(P=0.03)的影响显著;E2FB SNP不同基因型对乳蛋白率的影响显著(P=0.04);在分析E2JW SNP和E2FB SNP联合基因型对305 d产奶量的影响中,AB/CC基因型与AA/CC、AA/CD、AA/DD、AB/CD、AB/DD之间存在显著性差异,在对乳脂率的影响中,AA/CD基因型与AB/CD基因型之间存在显著性差异;因此,荷斯坦牛leptin基因E2JW和E2FB位点可以作为影响泌乳性能的两个标记。  相似文献   

20.
肌球蛋白轻链1基因(Myl1)编码的不同剪切体(主要是MLC1f和MLC3f)与哺乳动物骨骼肌肌纤维类型相关.通过猪BAC文库筛选及引物步行法测序获得Myl1基因的启动子序列,采用PCR-RFLP技术分析蓝塘猪、大花白猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个品种Myl1基因启动子区的多态性.结果表明,Myl1基因-678C/T位点在蓝塘和大花白等本地猪种中多态性丰富,而在杜洛克、长白和大白等外来猪种中几乎只有CC基因型.  相似文献   

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