中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源

对中国 5 个家驴品种 89 个个体 mtDNA Cytb 基因的全序列进行分析,共检测到 26 种单倍型 30 个多态位点,其单倍型多样度为 0.722～0.826,核苷酸多样度为 0.0042～0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富.构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系.     

德宏水牛mtDNA Cytb基因多态性研究

通过对29头德宏水牛的细胞色素b基因(Cytb)全序列的测序和分析,发现Cytb基因全长1 140bp,共检测到了7种单倍型、14个核苷酸的多态位点,单倍型多样度(Hd)为0.672,核苷酸多样度(Pi)为0.002 3,表明德宏水牛具有丰富的遗传多样性.同时发现德宏水牛Cytb基因具有两种终止密码子AGA和AGG.NJ系统发育树构建的结果表明德宏水牛Cytb基因有2个支系A和B,这说明德宏水牛起源于2个母系.     

关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析

利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。     

云南绵羊mtDNA D—LOOP序列多态性研究

采用 PCR-SSCP 技术与 mtDNA D-Loop 序列分析相结合的方法,对我国云南昭通绵羊、腾冲绵羊、宁蒗绵羊 3 个地方绵羊品种共 134 个个体进行 mtDNA 序列多态性及起源进化研究.PCR-SSCP 分析显示,在云南的 3个绵羊群体中检测到线粒体编码区的 Cytb 和 ND2 基因的 2 种单倍型 A 和 B.根据不同的单倍型从 3 个绵羊群体中共筛选出 23 个样品进行了 mtDNA D-Loop 区克隆测序,系统发育分析揭示,云南绵羊 mtDNA D-Loop 序列单倍型分为支系 A 和支系 B 两大类.基于 PCR-SSCP 和 D-Loop 区序列的分析结果一致提示云南绵羊存在支系 A 和支系B两大母系起源,对云南绵羊进行 mtDNA D-Loop 序列多态性分析,结果发现线粒体 D-Loop 区系列单倍型多样度删为 87.5%～100%;核苷酸多样度只为 0.21～0.26;平均核苷酸差异数 K 为 22.9%～36.8%.此结果揭示云南绵羊遗传多样性相对贫乏.对云南绵羊 mtDNA D-Loop 进行 Mismatch 分析和 Tajima's 值中性检验,结果显示,云南绵羊群体核昔酸差异数表现出完整的 2 个峰形,且经过中性检验不显著,由此推断云南绵羊在过去没有出现群体扩张,群体大小保持稳定.     

贵州白山羊与湖南马头山羊mtDNA Cytb基因系列比较及系统进化研究

[目的]为了从核酸序列水平上分析2个山羊线粒体DNA Cytb基因的遗传多样性及系统发生地位。[方法]对贵州白山羊及马头山羊2个山羊品种，共计27个个体mtDNA Cytb基因片段进行测序分析和比较。[结果]26条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列；总共发现12个变异住点，观察到10种单倍型；2个山羊品种中单倍型多样性为0．635％-0．889％，核苷酸多样度为0．189％～0．253％。[结论]2个山羊品种线粒体DNA遗传多态性为中等；贵州白山羊与湖南马头山羊同起源于胃石山羊。     

苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列的遗传多样性

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b (Cyt b)基因的全序列及D-loop的671 bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNA Cyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671 bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为 1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。     

中国矮马群体mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化研究

【目的】利用线粒体细胞色素 b（mtDNA Cytb）基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度（Hd）（0.869）,最低的为四川矮马（0.740）,核苷酸多样度（Pi）最高的为贵州矮马（0.00435）,最低的为宁强矮马（0.00227）,各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一分支均含有5个矮马群体的信息。【结论】5个矮马群体总体上具有较高的遗传多样性,其中云南、贵州及德保矮马的遗传多样性相对较高,四川和宁强矮马相对较低;系统发生关系分析说明中国5个矮马群体存在基因交流,具有多重母系起源。     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

中国部分鸽mtDNA D－loop区遗传多态性与系统进化分析

利用PCR测序及生物信息学分析技术,测定中国境内8个品种（系）鸽108份样本mtDNA D－loop区部分序列,研究中国部分肉鸽品种（系）的遗传多态性与系统进化关系。结果表明,在扩增的761 bp mtDNA D－loop区序列间发现3个变异位点,约占分析位点总数的0．39,具4个单倍型;8个群体内单倍型多样度为0．333～0．867,总体单倍型变异度为0．559,总体核苷酸多样度为0．00085,表现出较为贫瘠的遗传多态性,未表现出显著的遗传分化;石岐鸽与欧洲肉鸽Ⅰ、银羽王鸽与欧洲肉鸽Ⅰ、泰深鸽与银羽王鸽间呈现出较大的遗传距离,在后期配套系培育及杂交优势利用方面具较大遗传选育空间。     

东方白鹳mtDNA D-loop序列的多样性

利用线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,对东方白鹳的遗传多样性进行了研究。35条长为335bp的mtDNA控制区序列存在11个核苷酸变异位点,定义10种单倍型,序列差异3.28%,核苷酸多态性(Pi)为0.00760,单倍型多态性(Hd)为0.859,核苷酸差异均数(К)为2.545。通过与鹤形目和鹳形目的某些濒危物种线粒体DNA控制区核苷酸多样性进行比较发现,东方白鹳遗传多样性相对较高。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

中国家驴品种遗传多样性及母系起源研究

为了给中国家驴遗传资源的评价、保护和利用提供一些分子生物学基础,本研究通过自行设计引物,采用PCR-SSCP技术对中国家驴线粒体DNA( Mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因308bp片段序列的变异进行检测来探讨其遗传多样性和母系起源.发现了3种基因型,结合GenBank已公布的数据进行分析发现在中国家驴品种中共存在15个突变位点,17个单倍型,通过计算各群体的遗传多样性指数发现中国家驴的遗传多样性比较丰富.另外,还通过与两种非洲野驴的Cytb序列进行比对和网络聚类分析方法对所有家驴的样品进行了母系起源的研究,证明家驴起源于非洲的索马里驴和努比亚驴.     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

3个罗非鱼品系的线粒体DNA遗传多态性研究

应用mtDNA标记技术对3个罗非鱼品种(系)(吉富品系尼罗罗非鱼、美国品系尼罗罗非鱼、埃及品系尼罗罗非鱼)的DNA多态性进行研究.研究结果如下:(1)测定3个品种的罗非鱼mtDNA Cytb基因的一段长为435 bp的序列.发现2个碱基发生转换,1个氨基酸被替换;(2)将3个品种的罗非鱼mtDNA Cytb基因部分序列与马氏蛰丽鱼、迪氏康尼丽鱼、洛氏帚齿非鲫、加利略帚齿非鲫、彩虹鲷、莫桑比克共9个个体的mtDNA Cytb基因进行同源序列分析,系统关系可表示为:[(尼罗罗非鱼,莫桑比克罗非鱼),马氏蛰丽鱼],这与传统的分类学结果一致.     

贵州山羊遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明，贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp，检测到67个变异位点，约占分析位点总数的5．53％，界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905，核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％，表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树，聚类表明，贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

黑龙江省野猪线粒体D-Loop区的生物信息学分析

对Genbank中野猪的线粒体D-Loop区的基因序列进行了SNP分析及分子进化树构建。结果表明:黑龙江野猪线粒体DNA的D-Loop区全长1 145 bp,A+T含量(61.3%)明显高于G+C含量(38.7%);发现了93个多态位点,界定了20种单倍型,野猪mtDNA D-Loop区核苷酸多样性为0.02553,单倍型多样性为0.995,平均核苷酸差异数为15.443;黑龙江野猪与意大利和瑞典野猪亲缘关系最近,与马来西亚野猪的亲缘关系最远,推测黑龙江野猪含有欧洲野猪血统。