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相似文献
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1.
鸡生长激素cDNA及其5′端调控区的克隆分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
 从肉用品种鸡构建的垂体文库中克隆分离了鸡生长激素cDNA,并作了核苷酸序列测定。克隆的鸡生长激素cDNA序列全长为789个碱基对,其中5′非转译区为40个碱基对,3′非转译区为101个碱基对,编码区为648个碱基对。通过序列比较分析,克隆的鸡生长激素cDNA序列与已报道的蛋用品种鸡生长激素cDNA序列的同源性为96%,与鸭生长激素序列的同源性为87%,但与火鸡生长激素序列的同源性只有52%。通过PCR技术,本研究还扩增了6个鸡品种的生长激素基因5′端调控区。尽管这些鸡品种的生产性能差异显著,但序列分析表明鸡生长激素基因5′端调控区十分保守。因而,鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或3′端侧翼序列的影响。另外,鸡生长激素对多个数量性状的影响也在本文中进行了讨论。  相似文献   

2.
猞猁GH基因部分序列及其5'端调控区的克隆与分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物,利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5'端调控区序列,将PCR产物克隆到质粒pUC19的HincⅡ位点,重组子经HindⅢ/Eco R I双酶切鉴定和序列分析,扩增片段长度为783 bp.测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较,5'端侧翼序列和第一外显子高度保守,第一内含子和部分第二内含子存在89%同源性,且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上.PCR结果和序列分析表明,GH基因在猞猁基因组中为单基因.  相似文献   

3.
试验通过PCR-SSCP技术检测略阳乌鸡酪氨酸酶基因(TYR)部分启动子区、全部外显子和部分内含子的遗传多样性,并对不同基因型进行了测序和比对分析。结果表明,略阳鸡群体在TYR位点具有较为丰富的遗传变异,在所检测的启动子区有2个单核苷酸多态(SNP)位点;外显子1有2个SNP位点,外显子2、3、4没有检测到变异位点,外显子5存在5个SNP位点;检测的部分内含子2中发现2个SNP位点。mRNA上的7个变异位点有3个发生在编码区,但都是同义突变,没有造成氨基酸变异。表明略阳乌鸡和普通鸡的酪氨酸酶没有氨基酸序列差异,TYR基因在鸡的遗传上是高度保守的。启动子区和内含子区的遗传变异是否与酪氨酸酶的转录剪接和表达量有关,进而影响乌鸡黑色素的沉积还有待进一步研究。  相似文献   

4.
从肉用品种鸡构建的垂体文库中克隆分离了鸡生长激素cDNA,并作了核苷酸序列测定。克隆的鸡生长激素cDNA序列全长为789个碱基对,其中5'非转译区为40个碱基对,3’非转译区为101个碱基对,编码区为648个碱基对。通过序列比较分析,克隆的鸡生长激素cDNA序列与已报道的蛋用品种鸡生长激素cDNA序列的同源性为96%,与鸭生长激素序列的同源性为87%,但与火鸡生长激素序列的同源性只有52%。通过PCR技术,本研究还扩增了6个鸡品种的生长激素基因5’端调控区。尽管这些鸡品种的生产性能差异显著,但序列分析表明鸡生长激素基因5’端调控区十分保守。因而,鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或3’端侧翼序列的影响。另外,鸡生长激素对多人数量性状的影响也在本文中进行了讨论。  相似文献   

5.
以高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡为研究对象,构建品种DNA池,PCR扩增生长激素(GH)基因所有外显子和部分内含子序列,采用直接测序法对3个鸡种的GH基因进行多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对GH基因m RNA二级结构的影响,旨在通过对贵州胫长差异较大的高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡GH基因的多态性及其生物信息学进行分析,研究GH基因对不同鸡种胫骨发育的影响。结果表明:在高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡3个鸡种GH基因中共检测到8个SNPs位点,其中A1133G、G1166A位于第2内含子区,C2027G、C2030T位于第4外显子区,G2152A位于第4内含子区,G3347A位于第5外显子区,T3416C和C3436T位于3'非编码区。生物信息学分析显示位于外显子区的3个SNPs均为同义突变,对GH基因的m RNA二级结构有一定影响。  相似文献   

6.
信号转导与转录激活因子家族(STATs)是一组介导靶细胞内多种肽类激素和细胞因子活性的转录因子。因此,STAT5A基因近年被确定为一个与普通奶牛泌乳性状相关的候选基因,但目前在水牛中该基因的研究报道还比较少。本研究采用PCR产物直接测序技术对60头河流型水牛和300头沼泽型水牛样品的STAT5A基因外显子7,8,9,13和16序列及内含子8序列、内含子16部分序列进行了群体变异检测,并对检测结果进行了群体遗传和比较基因组学分析。在水牛STAT5A基因中共检测到12个SNP位点,其中在外显子中检测到4个SNP位点,内含子中检测到8个SNP位点。在外显子8和外显子13中各检测到2个SNP位点,在外显子8中为c.924CT和c.975CT替换,在外显子13中为c.1485AG和c.1551CT替换。它们均为同义替换,只存在于河流型水牛中。在内含子8中检测到7个SNP位点,在内含子16中检测到1个SNP位点。在内含子中检测到的SNP位点全部存在于河流型水牛中,在沼泽型水牛中只存在其中的2个SNP位点(c.989+144GT,c.989+177AG)。本文结果揭示河流型与沼泽型水牛STAT5A基因SNP位点群体遗传组成不同,在河流型水牛中检测到的SNP位点大多在沼泽型水牛中已纯合。比较基因组学分析显示,水牛与普通牛、牦牛和绵羊的STAT5A基因序列差异较大,水牛具有不同的SNP位点分布模式,但水牛与普通牛和牦牛在氨基酸序列水平上差异较小。  相似文献   

7.
利用网络生物信息学资源对获得的家蚕新基因Bmsop2的结构和5'端非翻译区进行分析和预测,结果表明,该基因是大小为4.6 kb,含有2个内含子和3个外显子的结构,通过cDNA的序列推测该基因编码蛋白的一级结构,二级结构和三级结构,并且预测该基因5'上游启动子调控元件及蛋白结合位点等信息,为进一步解读该基因的功能奠定基础.  相似文献   

8.
根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物,利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5‘端调控区序列,将PCR产物克隆到质粒pUC19的Hinc Ⅱ位点,重组子经Hind Ⅲ/EcoⅠ双酶切鉴定和序列分析,扩增片段长度为783bp。测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较,5‘端侧翼序列和第一外显子高度保守,第一内含子和部分第二内含分子存在89%同源性,且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上。PCR结果和序列分析表明,GH基因在猞猁基因组中为单基因。  相似文献   

9.
采用保守引物进行PCR成功扩增了编码翘嘴鲌生长激素的基因,该基因全长5 966 bp,其中转录单元长1 648 bp,由5个外显子和4个内含子组成。5'端和3'端侧翼序列长度分别为2 282 bp和2 036 bp,分别包含(AAT)8和(TTC)5T(TAA)8的微卫星序列。上游区域包含TATA框,还有一些重要的转录因子结合位点,如Pit-1、Pit-1a、CREB、AP1、GR、HNF-3、HNF-3B等转录因子。翘嘴鲌的5个外显子长度分别为64、140、117、162和255 bp。推测的阅读框为603 bp,编码由22个氨基酸的信号肽和178个氨基酸成熟肽组成的多肽。在这个多肽中发现了5个保守的半胱氨酸残基(Cys~(71)、Cys~(135)、Cys~(173)、Cys~(190)和Cys~(198))和2个可能的N-糖基化位点(145th和197th)。翘嘴鲌GH氨基酸序列与团头鲂完全相同,与草鱼只有一个氨基酸残基的差异,构建的鱼类进化树符合基本分类地位。翘嘴鲌生长激素基因4个内含子长度分别为229、103、565和103 bp。相对外显子来说,种间内含子变异较大,其中第三内含子变异最大。该结果为进一步研究翘嘴鲌GH基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础。  相似文献   

10.
本研究旨在通过克隆鸭慢速骨骼肌型肌钙蛋白I 1(Slow skeletal muscle troponin I 1,TNNI1)基因5'侧翼区序列,检测鸭骨骼肌组织TNNI1基因的mRNA表达水平和启动子CpG岛区甲基化状态,初步探索TNNI1基因转录调控机制。采用染色体步移方法克隆测序获得鸭TNNI1基因5'侧翼区序列,进行生物信息学分析,采用荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,RT-PCR)检测鸭胸肌和腿肌TNNI1基因mRNA表达水平,采用亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)检测核心启动子区CpG岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平。结果表明,克隆获得鸭TNNI1基因5'侧翼区序列2 078 bp,预测存在2个CpG岛,其中CpG岛(-2 032~-1 833 bp)位于预测的核心启动子区内,并存在多个真核生物结构元件和转录因子结合位点;甲基化检测发现,其总体甲基化水平在胸肌和腿肌组织中分别为52. 66%、57. 04%,差异不显著(P0. 05);荧光定量检测结果表明,鸭胸肌和腿肌TNNI1基因表达量差异显著(P0. 05);相关性分析结果表明,CpG4位点甲基化程度与胸肌TNNI1基因表达量呈极显著负相关(P0. 01)。鸭胸肌和腿肌TNNI1基因的mRNA表达量存在显著差异,其总体甲基化水平无显著差异。在胸肌中,启动子区CpG4位点可能通过甲基化修饰影响TNNI1基因的转录调控。  相似文献   

11.
根据鸭GH基因序列设计引物扩增籽鹅、皖西白鹅和狮头鹅3个地方鹅品种GH基因内含子3片段,并运用PCR-SSCP技术进行单核苷酸多态性分析.结果表明: 鹅GH基因内含子3存在多态性,得到AA、AB和BB 3种基因型.3个品种中等位基因B占绝对优势,且主要以BB型存在.品种内基因型分布差异不显著,3个品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);而品种间,籽鹅与皖西白鹅基因型分布差异显著.基因型与4~10周龄体重、屠体重、半净膛重等19个性状呈显著相关.这19个性状的BB型个体均显著或极显著高于AA型个体,除胸肌率外,BB型个体各性状均值最高,AB型次之,AA型最小.故初步推断BB基因型可作为地方鹅品种高生产性能的分子标记.  相似文献   

12.
6个白鹅品种GH基因第2外显子多态性研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
以太湖鹅、扬州鹅、豁眼鹅、浙东白鹅、皖西白鹅和四川白鹅6个鹅品种为试验材料,根据鸭、鹅GH基因序列设计1对扩增第2外显子的引物,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同品种进行群体遗传学分析。结果表明,在鹅GH基因第2外显子上共发现2个单碱基突变位点,第39处的T-C突变,未发生氨基酸变化,为沉默突变;第74处T-C单碱基突变导致第25个氨基酸由缬氨酸(V)变为丙氨酸(A)。鹅群中表现出10种基因型(AA、AB、AC、AD、BB、BC、BD、CC、CD、DD)。统计结果发现10种基因型在6个鹅品种间分布存在极显著的差异(P<0.01)。所有品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传分析表明太湖鹅杂合度、有效等位基因数、多态信息含量最低,浙东白鹅最高;除太湖鹅为中度多态外,其他品种均为高度多态。本研究表明鹅GH基因在不同品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与生产性状的相关性。  相似文献   

13.
影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析   总被引:13,自引:2,他引:13  
 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响,以期找到可用于标记辅助选择的分子标记,为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态,并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应,以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异(P<0.05),且这2个位点等位基因B为优势等位基因;第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB(即组合5)的基因型效应(极)显著(P<0.05或P<0.01)高于其它6个组合,且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。  相似文献   

14.
采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。  相似文献   

15.
以高邮鸭和金定鸭为研究对象,采用实时荧光定量PCR方法测定生肌调节因子MyoD1和Myf5基因在不同发育阶段鸭胚(13、15、17、19、21和23胚龄)骨骼肌成肌细胞中的表达水平,分析MyoD1和尬庐基因在鸭胚胎期骨骼肌成肌细胞中的表达模式和差异.结果表明,Myf5和MyoD1基因在胸腿肌成肌细胞中呈现不同的表达规律:胸肌成肌细胞中,Myf5基因的表达呈“低→高→低→较高”的趋势,类似反“-”形;MyoD1基因的表达呈“低-高-低”的趋势,在金定鸭17胚龄时达到高峰后迅速下降(P〈0.01),并维持在低水平,类似“∧”形,而在高邮鸭17胚龄时达到高峰后维持高水平至19胚龄(P〉0.05),再下降并维持在低水平(P〈0.05),类似“∩”形.腿肌成肌细胞中,岣筘基因的表达呈“低-高-低”的趋势,类似“∧”形;MyoD1基因的表达呈“较高→低→高→低”的趋势,类似“-”形.结果提示:Myf5和MyoD1基因在骨骼肌成肌细胞中的表达具有时间和品种依赖性;两基因在两品种鸭胸腿肌中均在17胚龄时达到高峰,表明17胚龄可能是成肌细胞分化和增殖的一个重要时期.  相似文献   

16.
以3个中国地方山羊品种和2个引入山羊品种为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测山羊PRKAG3基因5’调控区和外显子13的多态性。结果在5个山羊品种PRKAG3基因的5’调控区发现C-525A和C-225T多态位点,在外显子13发现T90C和C102T多态位点,分别存在一对等位基因。5个山羊品种在C-525A、C-225T和C102T位点均为低度多态,但在T90C位点存在中度多态(0.25相似文献   

17.
为了摸索贵州矮马生长发育的调控机制,探明贵州矮马与伊犁马生长激素基因5’侧翼区的结构特征,以4~5龄的贵州矮马和7~8龄的新疆伊犁马为研究对象,采用直接测序法从两种马基因组中克隆了生长激素(GH)基因5’侧翼区的DNA序列,并进行生物信息学分析。结果表明:1)从基因组中克隆的711bp片段为GH基因5’侧翼区序列;2)两个马品种的GH基因5’侧翼区中都存在TATA box、CAATbox、GC box和Octamer位点等真核生物启动子结构;3)从伊犁马GH基因5’侧翼区中检测到1个位于30bp处的突变位点发生了G→C颠换,由此新增了1个转录因子upstream stimulatory factor(USF)结合位点;4)从贵州矮马和伊犁马GH基因的5’侧翼区序列中发现了MZF1、CdxA、Nkx-2、AML-1a和c-Myc等19种共58个转录因子的结合位点。结论:克隆的711bp基因序列中存在大量的转录调控元件。  相似文献   

18.
牛生长激素基因外显子5序列变异及其分子进化特征   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
通过双向直接测序法测定中国5个牛种生长激素(GH)基因外显子5序列,并且在分析序列变异的基础上探讨GH基因外显子5序列的分子进化特征.序列分析表明,5个牛种GH基因外显子5的遗传变异水平较低,平均核苷酸变异率约为3.48%,而且绝大多数位点的核苷酸替换是同义突变,仅发现1个错义突变位点;从GH基因外显子5序列单倍型构建的分子进化树来看,水牛与普通牛、瘤牛、牦牛及大额牛的分化相对比较明显,其他4个牛种之间并无明显分化,还享有共同的祖先序列.研究结果也说明牛GH基因外显子5在进化过程中由于功能的约束表现相当保守,进化速率缓慢.  相似文献   

19.
【目的】克隆鸭血清白蛋白(duck serum albumin,DSA)基因,并对其进行生物信息学分析和mRNA表达规律研究。【方法】以前期抑制性消减杂交技术筛选的白蛋白(albumin,ALB)基因为候选基因,通过构建雏鸭肝炎病毒和聚肌苷酸胞苷酸(polyinosinic polycytidylic acid,Poly(I:C))感染模型,利用RT-PCR、RACE技术和基因组步移技术分别克隆ALB基因cDNA序列和5′侧翼序列,并对其进行生物信息学分析;同时利用RT-qPCR检测ALB基因各组织时空表达量。【结果】①ALB cDNA全序列长为2 107 bp,包括47 bp的 5′UTR、212 bp的 3′UTR和1 848 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF);其5′侧翼序列具有典型的TAAT box、CAAT box以及HSF、HNF、C/EBP等多个肝脏富含的潜在转录因子结合位点;②RT-qPCR显示,ALB mRNA 呈肝脏组织特异性表达,且在雏鸭肝炎病毒和Poly(I:C)等抗原刺激后,肝脏组织ALB mRNA表达量总体表现水平为先上升后下降,24 h后保持在稳定水平。【结论】成功克隆了鸭ALB基因cDNA和5′侧翼序列,该基因在不同禽类(鸡、鸭、火鸡)中表现为相当保守,主要在肝脏组织中表达,且在雏鸭肝炎病毒和Poly(I:C)感染下,ALB mRNA表现水平为先上升后下降。  相似文献   

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