单核苷酸多态性在鸡生长发育中的应用

单核苷酸多态性是指DNA序列上的单个碱基变异,是继RFLP和Microsatellite后的第3代分子标记,一般呈双等位基因多肽,具有密度高、分布广、信息量大、易检测和统计分析等特点。对单核苷酸多态性在鸡的生长发育中的应用研究进行了综述,旨在为单核苷酸多态性在鸡的生长发育方面的研究和应用提供参考。     

多倍体植物中单核苷酸多态性(SNPs)的开发

单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性.在人、拟南芥、水稻等二倍体生物中,已经开发出大量的SNP标记并被用于群体结构分析、关联作图等研究,而在棉花、油菜、小麦等多倍体植物中,SNP的开发与应用却进展迟缓.为促进多倍体植物中SNP的开发,本文对多倍体植物中SNP标记开发所遇到的难题进行了阐述,并对多倍体中SNP标记开发方法进行了梳理,包括位点特异性引物的PCR片段直接测序,利用多倍体的近缘二倍体区分SNPs和部分同源序列间的差异(homoeologous sequence variants,HSVs),利用2代测序技术大规模发掘SNPs,基于公共数据库的序列通过生物信息学分析获取候选SNPs,通过遗传(分离)模式的研究验证SNPs等.利用上述方法可实现多倍体植物中SNP标记的大规模开发.     

DNA分子标记在月季中的应用

遗传标记的发展促进了植物遗传育种的研究,DNA分子标记是继形态标记、细胞学标记、生化标记之后发展起来的一种新的更为理想的遗传标记,它在月季遗传育种研究方面发挥了重要作用。DNA分子标记包括限制性片断长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片断长度多态性(AFLP)、简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)等。对DNA分子标记的分类、原理、特点及其在月季亲缘关系分析、基因定位、品种鉴定和遗传图谱的构建等方面的研究进行概述。     

基因突变和单核苷酸多态性分析技术新进展

基因突变和单核苷酸多态性分析是确定生物性状与某种遗传变异的关系、探讨生物物种内基因的差异、了解生物种间亲缘和进化的关键技术，对生物群体遗传学、生物分类学研究都有着重要的理论意义和实用价值。对近20年来基因突变和单核苷酸多态性检测技术及应用的研究进展进行了全面概述，特别对20世纪90年代发展起来的几种最新技术进行了详细介绍，并展望了这些技术在农业上的应用前景。     

单核苷酸多态性及其检测方法

单核苷酸多态性(SNPs)是指DNA序列上的单个碱基变异，且最少一种等位基因频率在群体中不少于1％，因而不同于其它罕见变异。本文系统综述了单核苷酸多态性的概念、性质及其检测方法。     

遗传标记及其在园艺植物研究中的应用

评述了形态学标记(morphologicalmarkers)、细胞学标记(cytologicalmarkers)、生化标记(bio鄄chemicalmarkers)、DNA分子标记(DNAmolecularmarkers)等技术的发展现状,着重介绍了近年来DNA指纹图谱技术,即限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)、随机扩增片段长度多态性(RandomAmplifiedPolymophismicDNA,RAPD)、简单重复序列(simplesequencere鄄peats,SSR)、扩增片段长度多态性(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism,AFLP)、单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)等标记技术的特点及其在园艺植物品种的分类鉴定、纯度的分析检测及品种间亲缘关系等研究中的应用。     

单核苷酸多态性的检测及应用

单核苷酸多态性(singlen ucleotide polymorphisms,SNPs)是近年来发展起来的一种高效便捷的分子标记。它是由单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变,使得群体之间和个体之间产生了差异。最初SNPs主要运用在与人体重要疾病的关联性研究中,随着检测技术不断提高以及多种生物SNP数据库的不断完善,单核苷酸多态性已经成为开展生物遗传进化及性状关联性分析等领域研究的重要工具。综合介绍了单核苷酸多态性的特点及主要检测方法,并简要概述了SNPs的应用领域和前景。     

DNA分子标记在动物种群遗传结构研究中的应用

简述了DNA分子标记包括限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态DNA(RAPD)、微卫星标记、小卫星标记、扩增片段长度多态性(AFLP)、单链构象多态性(SSCP)及单核苷酸多态性(SNP)的原理及特点,并对分子标记技术在动物群体遗传结构研究中的部分成果做了概述。     

紫苏PfPDAT基因单核苷酸多态性分析

[目的]磷脂:二酰甘油脂酰转移酶(PDAT)是植物油脂合成最后一步酰基化反应的关键酶之一,研究紫苏PfPDAT基因单核苷酸多态性,旨在分析该基因多态性与紫苏种子油脂含量之间的关系。[方法]以脂肪酸含量不同的7个紫苏品种为试材,通过直接测序法分析PfPDAT基因cDNA全长序列的单核苷酸多态性及其与油脂含量的关系。[结果]在所测总长度为14 679bp的核苷酸序列中,共检测到9个SNP和2个InDel,单核苷酸多态性频率分别为1/1 631bp和1/7 340bp,其中编码区含2个SNP,非编码区为7个。编码区和非编码区发生SNP的频率分别为1/5 439bp和1/543bp。根据PfPDAT基因序列多态性将供试紫苏材料分为不同的单倍型,单倍型H1和H2中都包含有油脂含量较高和含量较低的材料。[结论]PfPDAT基因的单倍型分类与紫苏油脂含量之间没有显著相关性,同时也反映了植物种子油脂合成的复杂性。     

从椰子上发现10个可分析标记

椰子（cocos nucifera L．）WRKY序列含有单核苷酸多态性（SNPs）和一个微卫星重复序列，从中发现了10个可分析标记。这些标记用6个椰子品种15个基因型进行评价。用单链构象多态性分析（SSCP）检测单核苷酸多态性等位基因，检测到2—4个等位基因。在检测的群体中有5对位点连锁不平衡。这些标记目前普遍用于评价多个个体或栽培品种的遗传多样性。     

外源一氧化氮供体硝普钠(SNP)对巴西蕉幼苗抗旱性的影响

研究不同浓度一氧化氮供体硝普钠(SNP)处理对土壤水分胁迫下巴西蕉幼苗生理特性影响的结果表明:4个SNP处理浓度(0.05mmol/L,0.1mmol/L,0.5mmol/L,1.0mmol/L)均能显著降低干旱条件下巴西蕉幼苗叶片的相对电导体率及MDA含量,提高叶片相对含水量、脯氨酸含量及SOD活性,从而提高巴西蕉幼苗的抗旱性。综合表现来看,以0.5mmol/L的处理浓度效果最佳。     

单核苷酸多态性在大豆育种中的应用

单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是指DNA序列上的单个碱基变异 ,它具有分布广、多态信息量大、易于检测和统计分析等优点 ,被称为继RFLP和微卫星标记后的第三代基因遗传标记。单核苷酸多态性是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。大豆等作物也已开展了SNP分析。     

利用SNP标记构建茶树品种资源分子身份证

【目的】建立茶树品种的SNP分子标记数据库,结合茶树品种基本信息,将SNP位点组成的DNA指纹图谱构建28位数字组成的茶树品种资源分子身份证,便于茶树品种资源的保护与精准管理,避免“同名异物、同物异名”的现象。【方法】通过挖掘茶树的表达序列标签,获得大量的高质量表达序列标签,将其进行装配后,开发候选位点,将候选位点与茶树全基因组进行BLAST,得到其在全基因组染色体上的位置与具体关联基因。以铁观音、福鼎大白茶、龙井43、云抗10号等103份国内外不同类型的茶树品种资源为供试材料,提取基因组DNA,利用预扩增技术和微流体芯片法对供试茶树品种资源进行SNP基因分型,获得SNP位点数据及候选SNP位点的信息指数、观测杂合度、期望杂合度等信息,将多态性从高到低进行排序,进行SNP位点组合筛选,得到最优SNP位点组合后,结合茶树品种基本信息构建茶树品种资源分子身份证。【结果】从茶树的表达序列标签数据库中挖掘出1 786个候选SNP位点。根据序列保守性,筛选出96个SNP标记位点,与最新茶树基因组比对发现候选位点较均匀地分布于茶树全基因组的15条染色体上;对茶树品种资源的候选SNP位点的多态性信息进行分析,剔除10个不具多态性的位点,剩余86个位点的信息指数平均值为0.517,观测杂合度平均值为0.370,期望杂合度平均值为0.346,固定指数平均值为-0.036,次等位基因频率平均值为0.269。从86个SNP位点中筛选出24个多态性高的SNP位点,组成DNA指纹图谱,可区分出全部参试茶树品种资源。对24个SNP位点组成的DNA指纹图谱并结合茶树品种资源基本信息进行数字编码,最终形成由28位数字组成的茶树品种资源分子身份证。【结论】依据SNP标记的多态性信息,筛选SNP位点,精准区分全部供试茶树品种,并将24个SNP位点所构建的茶树品种资源DNA指纹图谱及品种资源的基本属性信息编码成特定的数字串,使每份茶树品种资源具有唯一的分子身份证,并生成相应的条形码和二维码,可快速被扫码设备识别。     

SNP对涝渍胁迫下水稻种子萌发及秧苗素质的影响

[目的]探讨硝普钠盐(SNP)浸种对涝渍胁迫条件下水稻种子萌发及幼苗生长的影响。[方法]分别用蒸馏水和50μmol/L SNP溶液浸种24 h,正常催芽萌发至胚根2～5 mm,涝渍处理72 h,然后测定水稻种子的出苗率及各项形态指标。[结果]与涝渍对照相比,SNP浸种处理的出苗率增加了36.7%,根长增加了22.5%,株高增加了10.6%,干重增加了41.1%,相对活力指数增加了30.4%。[结论]SNP处理能显著提高涝渍条件下水稻种子的出苗率,提高秧苗素质,增加种子相对活力指数,对农业生成有一定的指导意义。     

SNPS在大豆等作物遗传及改良中的应用

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是指DNA序列上的单个碱基变异,它具有分布广、多态信息量大、易于检测和统计分析等优点,被称为继RFLP和微卫星标记后的第三代基因遗传标记。单核苷酸多态性是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可作为一种高通量的遗传标记。已建立PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样件不断减少,其结果连锁不平衡(linkagedise鄄quilibrium,LD)增加,这有利于目的基因座上SNP单元型(haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合、分子标记辅助育种和功能基因组学等领域展示了广泛的应用价值。     

应用于杨树遗传进化研究中常见的几种遗传标记方法

综述RFLP、RAPD、AFLP、SSR(SSLP)、SNP等不同遗传标记特点及应用,并综合国内外在模式植物中的研究现状,展望其前景。     

利用全基因组SNP芯片分析油菜遗传距离与杂种优势的关系

【目的】利用单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,简称SNP）标记估算油菜优异亲本间的遗传距离,分析其与杂种优势间的关系,探讨利用SNP标记预测油菜杂种优势的可行性,为油菜杂种优势利用育种提供指导。【方法】将油菜波里马细胞质雄性不育系的6个保持系（1019B、1055B、6098B、8908B、6019B、ZS11B）和8个恢复系（R1、R2、R3、R6、R9、R10、R11、OR1）采用不完全双列杂交试验设计配制得到的46个F₁杂种及其亲本,在湖北武汉、贵州贵阳和安徽巢湖3种生态环境下考察株高、分枝部位高度、一次有效分枝数、结角密度、主花序有效长、主花序有效角果数、单株有效角果数、每角粒数、千粒重及单株产量共10个产量相关性状,统计各性状在每个F₁组合中的杂种优势,包括中亲优势和超亲优势。利用油菜全基因组60K SNP芯片对14个亲本进行基因型分型,对分型得到的SNP标记经质控后利用MEGA5.0软件估算亲本间的遗传距离,采用非加权类平均法（unweighted pair group method arithmetic averages,UPGMA）对亲本进行聚类分析,利用SAS9.1软件进行遗传距离与性状杂种优势的相关性分析。【结果】14个亲本经油菜全基因组60K SNP芯片进行基因型分型后共得到52 157个SNP位点,经质量控制后,最终筛选出40 201个SNP有效位点用于亲本遗传距离计算及聚类分析。14个亲本中以6098B与6019B的遗传距离最小,ZS11B与R6的遗传距离最大,所有亲本间的遗传距离介于0.1883-0.8811,平均为0.5217。14个亲本被分成4个主群,6个保持系为一个主群,8个恢复系中OR1单独为一个主群,R1、R3、R11为一个主群,R2、R6、R9、R10为一个主群,证明恢复系群体的遗传变异大于保持系,分群结果与实际系谱相符。所考察的10个性状的中亲优势均值变幅为-0.07%-38.78%,超亲优势均值变幅为-7.74%-20.78%。10个性状中除了一次有效分枝数外,其他性状的杂种优势效应显著,尤其是株高、每角粒数、分枝部位高度和单株产量,平均中亲优势分别达到6.83%、15.31%、16.13%和38.78%,正向中亲优势组合数分别有45、41、46和46个;平均超亲优势分别达到3.18%、5.19%、7.85%和20.78%,正向超亲优势的组合数分别有41、31、42和44个。10个性状中株高、分枝部位高度和单株产量的杂种优势与遗传距离的相关系数达到极显著正相关水平,该3个性状的中亲优势与遗传距离的相关系数分别为0.4200、0.5033和0.4711,超亲优势与遗传距离的相关系数分别为0.3884、0.4051和0.4038,而其他性状的杂种优势与遗传距离的相关性不显著。【结论】SNP标记在油菜基因型分型、遗传距离估算及聚类分析的研究中优势明显,基于全基因组SNP标记估算的遗传距离与油菜株高、分枝部位高度和单株产量的杂种优势相关性极显著,说明基于油菜60K SNP芯片分析亲本的遗传关系预测油菜杂种优势的效果显著。     

PCR方法快速鉴别绞股蓝与乌蔹莓

建立绞股蓝与乌蔹莓2种中药相互鉴别的特异性PCR方法,利用SYBR Green I染料法建立对绞股蓝与乌蔹莓的快速鉴别方法。采集不同产地的绞股蓝与乌蔹莓各9份,通过对其叶绿体DNA中trnL-F片段进行扩增、测序,进行多重序列比对后,根据其变异位点设计相互鉴别的特异性引物,建立特异PCR鉴别方法,并通过加入SYBR Green I染料法建立对2种中药进行快速检测方法,本研究建立了对绞股蓝与乌蔹莓2种中药进行分子鉴别方法,并建立了荧光快速检测方法。     

一氧化氮对弱光胁迫下苗期及坐果初期辣椒生长和抗性相关指标的影响

以光敏辣椒苗为试验材料,经不同程度遮阴处理后,对遮阴植株喷施一氧化氮供体SNP,测定辣椒植株生长及抗性相关指标,探讨一氧化氮对遮阴胁迫下辣椒相关指标的影响。结果表明:喷施SNP后,辣椒的茎粗、株高、叶面积均有不同程度的提高;叶片中抗氧化酶SOD、POD、CAT的活性增强;同时,叶片中的叶绿素b含量增多,叶绿素合成相关基因的表达水平普遍增强。说明一氧化氮能够缓解弱光环境对辣椒生长的不利影响,一定程度上改善了弱光环境下辣椒叶片的光合性能。     

小麦苗期生物量及氮效率相关性状的全基因组关联分析

【目的】探究不同氮素供应环境下与小麦苗期生物量及氮效率相关性状显著关联的SNP位点,预测相关候选基因,为小麦氮效率的基因克隆及其在育种中的应用提供参考。【方法】以134个小麦品种（系）组成的群体为供试群体,设置低氮、正常氮和高氮3个处理,各处理重复4次,并在2年（2013和2014年）进行了2次完全重复的营养液培养试验。试验对小麦苗期生物量及氮效率相关的14个性状进行了表型鉴定,采用MLM+K+Q混合线性模型,利用90K SNP芯片对小麦生物量及氮效率相关性状进行全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）,获得显著关联的SNP位点。【结果】与正常氮处理相比,低氮处理条件下,根系、地上部及植株氮含量和氮积累量均显著下降,而根生物量和根、植株氮效率均显著增加,高氮处理下,几乎所有鉴定性状均显著增加;14个性状的广义遗传力均在40%以上,其中,植株总干重的遗传力最高（95.73%）。利用9 329个SNP标记进行关联分析,共检测到838个SNP标记位点与供试材料的14个性状存在显著关联（P≤0.001）,分布在21条染色体上。有435个（51.91%）SNP标记位点仅在一个关联分析环境中被检测到;有403个位点至少在2个处理环境（包含均值环境）中被检测到与同一性状显著关联（稳定关联标记）。其中8个SNP标记位点至少在3个环境中被检测到。在4个环境下（包括均值环境）均检测到的稳定关联位点有2个：Kukri_c65481_121和tplb0025f09_1052,分别与植株总氮利用效率（total nitrogen use efficiency of plant,TNUE）和根系总氮利用效率（root nitrogen use efficiency,RNUE）显著关联;同时与至少6个性状（生物量及养分效率相关性状）显著关联的SNP标记位点共5个,分别位于1A、1B（3）和2A染色体上;根据小麦基因组注释及LD衰减水平,在同时定位了6个性状的5个SNP位点和2个多环境（4个环境）稳定关联的SNP位点的214 kb的基因组区域中共筛选候选基因84个,根据已知克隆氮效率基因的编码蛋白类型、候选基因功能注释信息及利用植物比较基因组学资源库蛋白序列同源比对分析,筛选到3个候选基因与生物量及氮效率相关。【结论】不同氮素处理显著影响小麦苗期生物量、氮效率相关性状及其相关QTL的表达,大多数SNP位点仅在1个氮素检测环境中被检测到,但也存在环境稳定性较强的位点。生物量及氮效率相关性状之间存在显著相关关系,并在一定程度上受到相同的QTL/基因控制。