苍耳SRAP-PCR体系优化设计方案比较

采用正交设计和均匀设计对苍耳SRAP-PCR反应体系进行优化,并对2种设计方案优化出的最佳反应体系的可靠性和稳定性进行比较,结果表明:2种设计均可用于苍耳SRAP-PCR体系的优化,但与正交设计相比较,均匀设计可以使试验次数大大减少,避免盲目性,在多因素多水平条件下,快速得到条带清晰、稳定性好的最优SRAP-PCR体系.通过试验比较筛选出苍耳的SRAP-PCR最佳反应体系为:2.5μL 10×PCRbuffer,30 ng模板DNA,Mg2+2.5 mmol/L,dNTP 1.5 mmol/L,引物0.3μmol/L,Taq DNA聚合酶1U,总体积25μL.     

光皮桦EST-SSR PCR反应体系的优化

为获得稳定的聚合酶链式反应（PCR）产物,采用正交设计L25（56）对光皮桦Betula luminifera表达序列标签-简单重复序列聚合酶链式反应（EST-SSR PCR）反应体系中的5个因素:DNA模板浓度,引物浓度,镁离子（Mg2+）浓度,三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度和DNA聚合酶量进行优化,每个因素设计5个水平。优化试验结果表明:光皮桦EST-SSR最佳PCR反应体系:4.0 mgL－1DNA模板,0.500 molL－1引物,1.250 mmolL－1 Mg2+,0.250 mmolL－1 dNTPs,0.072 5 16.67 mkatL－1 rTaq酶。通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度。对优化出的EST-SSR PCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得稳定、清晰可辨的DNA谱带。图6表3参15     

光皮桦EST-SSRPCR反应体系的优化

为获得稳定的聚合酶链式反应（PCR）产物,采用正交设计L25（56）对光皮桦Betula luminifera表达序列标签一简单重复序列聚合酶链式反应（EST-SSR PCR）反应体系中的5个因素：DNA模板浓度,引物浓度,镁离子（Mg2＋）浓度．三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度和DNA聚合酶量进行优化,每个因素设计5个水平。优化试验结果表明：光皮桦EST-SSR最佳PCR反应体系：4．0mg·L-1DNA模板,0．500μmol·L-1引物,1．250mmol·L-1Mg2＋,0．250mm01·L-1dNTPs．0．0725×16．67mkat·L-1 rTaq酶。通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度。对优化出的EST—SSRPCR反应体系进行稳定性检测．结果均能获得稳定、清晰可辨的DNA谱带。图6表3参15     

栓皮栎RAPD反应条件优化研究

通过单因素2循环试验对栓皮栎RAPD反应条件进行系统优化,探讨了RAPD各反应条件间的交互作用,建立了栓皮栎RAPD的最佳反应体系和扩增程序.结果表明:(1)各反应因素对栓皮栎RAPD扩增具有不同影响,各因素间的交互作用明显,单因素多循环试验设计能够有效的减少其交互作用、优化出RAPD扩增的最佳反应体系和程序;(2)适合栓皮栎RAPD反应的体系总体积为20 μL,模板DNA用量30 ng,Taq DNA聚合酶用量1.75U,引物用量8 pmol,Mg2+浓度2.0 mmol·L-1,dNTPs浓度0.25 mmol·L-1,10×Buffer 2 μL;适合栓皮栎RAPD扩增的程序是94℃预变性4 min,94℃变性40 S,40℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环,72℃延伸10 min.     

山茱萸RAPD反应体系的正交优化研究

为了优化山茱萸RAPD反应条件,采用改良CTAB法提取山茱萸基因组DNA,并采用三因素三水平正交试验对RAPD反应体系中Mg2+、dNTP、引物浓度进行初步优化,在此基础上,对温度条件进一步优化。结果表明:在25μL的RAPD反应体系中各因素的最佳浓度分别为1.925mmol/L Mg2+、0.275mmol/L dNTPs、0.55μmol/L引物、DNA模板40ng和1UTaq DNA聚合酶;引物Tm为36.9℃时,最佳退火温度为35℃;引物Tm为41.0℃时,最佳退火温度为38℃。在最优反应条件下,对100种随机引物进行RAPD扩增,其中93种随机引物均扩增出条带,建立了可靠的反应体系和反应程序,为山茱萸的DNA指纹图谱鉴定建立了基础。     

甜菜RAPD反应体系优化及亲缘关系研究

利用正交试验设计,从Mg~(2+)、dNTP、引物、Taq酶和模板5种因素5个水平上对甜菜RAPD反应体系进行优化,确立了适合甜菜RAPD反应体系:25μL反应体系中含1×Buffer、1.0 mmol/LMg~(2+)、1U Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/LdNTP、0.4μmol/L随机引物和25 ngDNA模板。利用优化的RAPD反应体系对38个甜菜品种进行亲缘关系分析。结果表明,38个品种之间的多态性比较高,变异大。聚类图结果表明,38个甜菜品种遗传距离的变异范围在0.14～0.72。当以遗传距离0.50来划分时,可将38个品种分为两大类,以遗传距离0.40来划分时,又可以把第2大类分为6个亚类。结果显示,RAPD优化体系适合甜菜亲缘关系鉴定。     

红花檵木RSAP-PCR反应体系的建立与优化

分别采用单因子试验和正交设计试验对影响红花檵木RSAP-PCR反应体系的5个因素(DNA模板量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶量)在4个水平上进行优化.结果表明,2种方法得到的影响因素的最优水平存在差异,通过综合比较与分析,选取红花檵木RSAP-PCR最优反应体系为:在25 μL的反应体系中,模板量70 ng, Mg2+浓度1.50 mmol/L,dNTPs浓度0.25 mmol/L,引物浓度0.20 mmol/L,Taq酶量2.50 U.     

思茅松RAPD反应体系的优化

从思茅松幼苗的嫩叶中提取基因组DNA作为模板,运用均匀设计方法,获得思茅松RAPD扩增反应的优化体系:20μL反应体系中,DNA模板用量50ng,引物浓度0.5mmol.L-1,Mg2 浓度4mmol.L-1,TaqDNA聚合酶用量2.0U,dNTP浓度0.75mmol.L-1。用19条引物进行验证,证实该体系重复性好、结果稳定。     

水稻DNA快速提取及RAPD分析体系的优化

以水稻幼苗为材料,比较了3种不同DNA提取方法,获得了一种以CTAB法为基础的DNA的简便、快速提取方法,并对RAPD反应体系进行了优化。结果表明,改良CTAB法所提取的DNA产量高、质量好,完全能够满足RAPD分析的要求。通过对DNA模板、Mg2+、dNPT、Taq DNA聚合酶浓度等因素的试验,对水稻RAPD分析体系进行了优化。新建的分析体系扩增谱带清晰、多态性强,稳定性好。     

苦荞SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(312)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选.结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+×dNTP、Mg2+×Taq酶)对苦荞SSR-P...     

优化麝香百合RAPD反应体系的研究

[目的]建立适合百合种质的RAPD优化体系。[方法]从麝香百合中提取基因组DNA,进行RAPD反应。通过正交试验设计,优化麝香百合的RAPD反应条件和反应体系。[结果]优化的RAPD反应条件为:DNA 50 ng,Primer 0.3μmol/L,Taq酶1.0 U,dNTPs 200μmol/L,Mg2+3.0 mmol/L。在麝香百合的RAPD扩增程序中,各因素显著性程度依次为:循环次数>延伸时间>复性温度>复性时间。麝香百合的最佳RAPD反应程序为:37℃复性50 s,延伸60 s,循环35次。[结论]该研究建立了一套稳定的RAPD反应体系,具有较好的扩增效果。     

光皮桦SSR分子标记体系的建立

采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B. platyphylla var. japonica和欧洲白桦B. pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记（SSR）反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应（PCR）反应的因素进行分析。结果表明：在20 μL反应体系中,模板DNA用量、Mg²⁺浓度、脱氧核糖核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度、T_aq DNA聚合酶用量分别为60 ng,1.500 mmol·L^－1,0.175 mmol·L^－1,2.500 mmol·L^－1,1.0 × 16.67 nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1 ℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度（max ident值）均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。图7表2参17     

石榴RAPD反应体系优化及亲缘关系研究

利用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物、酶4种因素3个水平上对石榴RAPD反应体系进行优化,确立了适合石榴RAPD反应体系:在25μl反应体系中,含1×PCRbuffer、2.5mmol/LMgCl2、200μmol/LdNTP、0.2μmol/L引物、50ng模板DNA、0.5UTaq DNA聚合酶。通过梯度PCR测验,确定了适宜的退火温度37℃。利用优化的RAPD反应体系对11个石榴品种进行亲缘关系分析,结果表明,11个品种之间的多态性比较高,变异大。聚类图结果表明,11个品种被明显分为临选1号、净皮甜、新大甜、临选14号;大粒三白甜、大青皮酸、小红皮酸、白花、江石榴、薄皮糙、玉石籽两个类群。因此,这一优化体系适合于石榴品种间的亲缘关系鉴定。     

茶薪菇基因组DNA的RAPD反应体系优化

[目的]旨在筛选出茶薪菇RAPD反应体系的最佳条件。[方法]采用单因素试验,对RAPD反应体系所需的Mg2+浓度、模板DNA浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度以及退火温度进行初步筛选。[结果]茶薪菇RAPD扩增的最佳反应体系为:2.5μl Buffer,2.0mmol/L Mg2+,75 ng DNA,0.5μmol/LPrimer,150μmol/LdNTPs,2.0 UTaq酶。反应程序为:92℃预变性5 min,(92℃1 min,35.5℃1 min,72℃延伸2 min)35个循环,72℃10 min。[结论]为茶薪菇RAPD分析及其亲缘关系、遗传多样性研究提供了参考依据。     

荷包猪RAPD-PCR反应条件研究

[目的]建立适合荷包猪RAPD-PCR反应的最佳反应体系。[方法]以荷包猪为试验材料,以MgCl2浓度、引物浓度、dNTP浓度、模板DNA用量、TaqDNA聚合酶用量及退火温度为影响因子,在保持其他影响因子一致的条件下,变化单一因子,筛选最优参数,研究各影响因子对RAPD-PCR反应的影响。[结果]最佳反应体系的总体积为20.0μl,MgCl2浓度为2.5μmol/L、引物浓度2.0μmol/L、dNTP浓度400.0μmol/L、模板DNA为100 ng/μl、TaqDNA聚合酶为1.0 U。PCR反应程序:94℃预变性2 min(94℃变性1 min,36℃退火1 min,72℃延伸1 min,循环40次),72℃延伸5 min。此反应体系所扩增出来的结果比较稳定,带型清晰且亮度适中。[结论]该研究为应用RAPD技术对荷包猪作进一步的遗传分析奠定了基础。     

抗旱型小麦基因组DNA的提取及RAPD反应体系优化

采用CTAB法和SDS法提取抗旱性小麦基因组DNA.结果表明:CTAB法提取的DNA纯度高,RNA和蛋白质含量低,可用于RAPD反应.同时对影响RAPD反应的5个重要因素进行了筛选,确定了RAPD最优反应体系:25μL反应体系为2.5 mmol/L Mg2+,0.2 mmol/L dNTP,10 pmol引物,25 ng模板,0.75 UTaq酶.