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相似文献
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1.
基于SSR标记的楸树遗传多样性及核心种质构建   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 7。用MEGA6.0软件对192份楸树材料进行遗传距离分析,通过聚类分析构建出供试材料楸树种质资源间的聚类图。利用SSR分子标记,采用多次聚类结合位点优先的取样策略,比较了样本数不同的4个核心样本群的等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s指数和Nei’s遗传多样等参数,初步构建了192份楸树种质材料的46份核心种质。核心种质保留了初始种质23.96%的样品。  相似文献   

2.
利用ISSR分子标记构建新疆野杏核心种质资源   总被引:10,自引:0,他引:10  
刘娟  廖康  赵世荣  曹倩  孙琪  刘欢 《中国农业科学》2015,48(10):2017-2028
【目的】通过对不同取样策略和遗传距离相结合的组合结果进行分析对比,以此探讨分子水平构建新疆野杏核心种质的方法,确定最适核心种质资源,以利于种质的保护与利用。【方法】以分布于新疆伊犁地区霍城县大西沟、新源县博尔赛和巩留县伊依克台3个分布区的135个新疆野杏实生株系为材料,根据SM、Jaccard和NeiLi遗传距离,采用UPGMA聚类法对新疆野杏整体进行多次聚类抽样,直到其中某个采样点再次聚类时无种质被抽取;以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野杏核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数各遗传多样性指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对原种质和核心种质进行分析,以此对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略构建的核心种质比对照随机取样策略丢失的多态性位点数少,且同一遗传距离下位点优先取样策略构建的核心种质具有较高的遗传多样性,更能构建一个具有代表性的核心种质;通过NeiLi遗传距离构建的新疆野杏核心种质各遗传多样指标具有较大值,优于SM和Jaccard遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和NeiLi遗传距离构建的新疆野杏核心种质能够较全面的代表野杏原种质的遗传多样性;31份野杏核心种质资源,保留了原种质22.96%的样品,多态性位点、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.69%、98.83%、99.42%、103.26%、109.24%和108.31%。【结论】采用位点优先法和NeiLi遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建新疆野杏核心种质的方法,构建的31份核心种质能最大程度代表原种质的遗传多样性,同时本研究所采用的方法对其他作物核心种质的构建具有重要的参考价值。  相似文献   

3.
以168个大白菜种质材料为研究样本,采用SSR标记对供试群体的遗传多样性进行分析,在此基础上构建供试群体的核心种质库。结果表明,115个标记平均扩增6.92个条带,6.15个为差异条带,多态比例为88.94%,扩增条带平均化Shannon’s信息指数为0.419 3,平均Nei’s多样指数为0.272 4,有效等位基因数(Ne)为1.458 0;通过抽样以22.6%的比例构建的初级核心种质库保留了44个材料,Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数保留率分别为108.8%、108.7%,多态性标记保留率为90.4%。  相似文献   

4.
基于表型和SSR分子标记构建芝麻核心种质   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】便于管理、研究和利用芝麻种质资源,为芝麻育种提供优异基因资源。【方法】利用新收集和种质库保存的5 020份芝麻种质资源为基础,首先基于标准化的表型数据按地理来源分组后采用组内比例法聚类抽样构建初级核心种质,然后基于SSR分子标记应用位点优先取样策略逐步聚类,使用t检验检测每次聚类形成的核心种质与初级核心种质的Nei’s基因多样度(He)和Shannon-Wiener指数(I),直到核心种质的遗传多样性与初级核心种质开始有显著差异时,终止多次聚类取样,选择上一个与初级核心资源没有显著差异的核心种质作为最佳核心种质。利用Nei’s多样性指数、Shannon-Wiener多样性指数、多态条带百分率(PB,%)、多态条带保留率(PBR,%)、变异系数符合率(VR)、极差符合率(CR)、方差差异百分率(VD,%)、均值差异百分率(MD,%)等参数进行核心种质代表性检验和评价。【结果】构建了含有816份资源的初级核心种质和含有501份资源的核心种质,分别占全部种质资源的16.25%和9.98%;核心种质包括国内资源442份,国外资源59份;Nei's基因多样度(0.2789)和Shannon-Wiener指数(0.4243)在P0.05概率条件下与初级核心资源(He=0.2791,I=0.4302)无显著性差异,多态条带百分率(PB,%)、多态条带保留率(PBR,%)、变异系数符合率(VR)、极差符合率(CR)分别为91.25%、95.23%、99.14%、86.85%。方差差异百分率(VD,%)和均值差异百分率(MD,%)均为0。t测验结果表明,核心种质的遗传多样性指数与原始种质差异不显著。位点优先取样策略构建的核心种质比对照随机取样策略丢失的多态性位点数少,且同一遗传距离下位点优先取样策略构建的核心种质具有更高的遗传多样性,更能构建一个具有代表性的核心种质,Shannon-Wiener多样性指数比Nei’s多样性指数检测效率高。【结论】基于地理来源分组,组内按表型数据聚类按比例法抽样构建芝麻初级核心种质,再结合SSR分子标记数据,采用SM相似系数进行UPGMA逐步聚类是构建芝麻核心种质较适宜的方法,所构建的核心种质较好地代表了基础种质的遗传多样性。  相似文献   

5.
利用AFLP分子标记技术构建花莲核心种质资源   总被引:4,自引:0,他引:4  
杨美  付杰  向巧彦  刘艳玲 《中国农业科学》2011,44(15):3193-3205
 【目的】构建花莲核心种质,以利于对花莲种质资源的保存、研究和利用。【方法】利用AFLP分子标记,对395份花莲原始种质按照种属来源分组后采用组内简单比例法和聚类抽样法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终确定花莲核心种质,并进行核心种质与原始种质的遗传多样性比较和t检验。【结果】所获得88个品种的花莲核心种质包括60份中国花莲品种,3份美洲黄莲,16份中美杂交莲和9份日本莲品种。核心种质保留了原始种质22.27%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率为99.27%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为100.00%、101.72%、110.00%、106.67%。t测验结果表明,核心种质的遗传多样性指数与原始种质差异不显著。【结论】根据聚类分析结果剔除原始种质中的冗余种质后,建立的核心种质以最少的花莲资源可代表原始种质最大的遗传多样性。本文所构建的花莲核心种质在遗传上能最大程度地代表原始种质资源。  相似文献   

6.
【目的】探讨构建传统菊花品种核心种质的最优取样方法并构建核心种质,以便于传统菊花种质资源的收集与保存。【方法】以《中国菊花》专著中记载的2 249份传统菊花品种为材料,依据舌状花花色分为8组,采用逐步聚类法基于4种总体取样规模(5%、10%、15%、20%)和4种组内取样比例方法(简单比例、对数比例、平方根比例、多样性比例)构建了传统菊花备选核心种质16个,探讨最优的取样策略。筛选出最优取样策略后进一步比较2种组内取样方法(随机和聚类)的构建效果。对最优方法下建立的核心种质代表性进行检验,利用多个特征值(最小值、最大值、均值、标准差、变异系数、Shannon-Weaver遗传多样性指数)和评价参数(均值差异百分率(MD)、方差差异百分率(VD)、极差符合率(CR)、变异系数变化率(VR)和表型保留比例(RPR))综合地评价核心种质。【结果】传统菊花按照花色进行分组,各组品种呈现正态分布,能够确保取样的均匀性;对数比例法和多样性比例法都能够使每组的取样份数更加均衡,起到良好的修正作用,对数比例法下构建的核心种质各项参数值达到最大,是最优取样比例法;随着总体取样规模的增加,遗传多样性指数呈现先增大再减小的趋势,变异系数变化率不断减小,极差符合率和表型保留比例不断增大;当取样规模大于10%时,遗传多样性指数和变异系数变化率减小,而极差符合率和表型保留比例的升幅并不大,因此,构建传统菊花核心种质最适宜的总体取样规模为10%;聚类取样构建的备选核心种质各项参数值均大于随机取样构建的对应备选核心种质的参数值,以聚类取样方法构建的核心种质变异的丰富性和均匀程度更好。核心种质各特征值与原始种质表现一致,多个评价参数值表明核心种质的均度和丰度较好,充分体现了表型的遗传多样性。通过补充聚类丢失的“追抱”1个花抱性状和对花序高度、外层瓣长2个性状的完善,最终构建得到228个传统菊花品种的核心种质,占原始材料的10.14%。【结论】本研究基于2 249份传统菊花品种材料的15个表型性状,系统地比较了多种总体取样规模、组内取样比例方法、组内取样方法构建的备选核心种质后,确定了最佳的核心种质构建方法,并对核心种质的代表性进行了分析和验证,各特征值和评价参数表明本研究构建的核心种质是有效的,核心种质充分地代表了传统菊花原始种质的遗传多样性。  相似文献   

7.
中国茶树核心种质的初步构建   总被引:16,自引:0,他引:16  
按照茶树的原产地(生态区)、树型和品种类型将我国茶树种质资源分为18组,各组通过离差平方和法聚类,采用系统取样和随机取样相结合,并依遗传多样性指数加以调整.从615份茶树种质资源中选取126份种质作为核心样品,经过遗传多样性t测验、农艺性状检验.结果表明,初选出的核心样品具有良好的代表性.  相似文献   

8.
为科学利用现有板栗种质资源并对其进行高效管理和保存。本研究利用简单重复序列(SSR)标记,采用非加权算数平均聚类法(UPGMA)对来自12个省(市或自治区)的279份板栗种质进行多次聚类抽样。聚类抽样时将2种遗传相似系数(SM系数和Dice系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)分别组合获得不同样本群,再比较不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei’s多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I),研究构建板栗初级核心种质的适宜方法,并采用t检验和主坐标分析评价初级核心种质的代表性,结合表型特征对其进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的种质比随机取样法具有更高的Ne、HI;应用SM相似性系数构建的核心样本,其遗传多样性指标要优于Dice相似性系数;根据主坐标结合形态学指标分析,利用位点优先取样法和SM相似性系数经过3次聚类构建了68份板栗初级核心种质,保留了原种质24.37%的样品,Ne、HI分别为1.539、0.329和0.502,均高于原种质各遗传多样性指标,能够较全面的代表整个板栗资源的遗传多样性。综上,基于SSR标记利用SM系数聚类,并结合位点优先取样法是构建板栗初级核心种质较适宜的方法。  相似文献   

9.
该文对中国蜡梅野生资源和品种资源分别构建了核心种质。并按居群进行分组,共分为2大组13个小组。各组内在9个表型性状聚类的基础上,按平方根法取样,并依遗传多样性指数和遗传丰富度进行调整,构建了中国蜡梅种质资源的163份初选核心种质,其中野生初选核心种质77份,占总数的26·9%,几乎覆盖了蜡梅的全部分布区,品种初选核心种质86份,占总数的50·6%。根据对9个性状遗传多样性指数的t检验和观赏性状特征值检验,结果表明,初选种质较好地代表了全部供试种质的遗传变异幅度。  相似文献   

10.
构建中国石榴的核心种质,对中国石榴种质资源的保存、研究和利用,具有重要意义。根据中国石榴135份总体种质的14个植物学、农艺学性状,采用Popgen Version 1.31软件,分析总体种质、初级核心种质以及8个不同产区石榴种质资源的遗传多样性。用SPSS 11.0 for Windows软件,以欧氏距离平方为系数,采用组间连接法,对总体种质进行系统聚类,采取系统取样和随机取样法,构建石榴初级核心种质。对不同产区初级核心种质、总体种质的香浓信息指数以及总体和初级核心种质性状的Nei基因多样性进行差异显著性测验,计算初级核心种质和总体种质性状的符合率,以检测初级核心种质构建效果。试验结果表明,135份总体种质的观察位点数是2-6、有效等位基因位点数为1.211-4.084、Nei基因多样性系数0.174-0.755、香浓信息指数0.317-1.511。选取41份资源构建了石榴初级核心种质。初级核心种质和总体种质遗传多样性t检验未达到显著水平。初级核心种质和总体种质14个性状均值、极差、标准差和变异系数的平均符合率分别为96.77%、95.1%、93.7%、92.1%,说明构建的核心种质能够代表全部种质资源的遗传多样性。  相似文献   

11.
观赏石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了解观赏石榴种质资源遗传多样性及其亲缘关系,对35个观赏石榴品种利用ISSR标记技术进行遗传关系分析。筛选出多态性高的8条ISSR引物,共扩增出168个DNA位点,其中多态性DNA位点有158个,多态性位点比率(PPB)为94.05%。平均观察等位基因数(Na)为1.940 5,平均有效等位基因数(Ne)为1.678 5,平均Nei's基因多样性指数(He)为0.379 9,平均Shannon信息指数(I)为0.553 0。品种间遗传相似系数(GS)介于0.416 7~0.922 6,表明观赏石榴品种间存在比较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法构建分子树状图,以遗传相似性系数(GS)0.668为阈值,将35个观赏石榴品种分为6个类群。  相似文献   

12.
‘美人’梅的父系推测分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
以宫粉型梅花、‘紫叶李’与‘美人’梅共计 71个样品的AFLP指纹数据为基础 ,采用NTSYSpc2 1t软件计算Nei’s(1 972 )遗传距离和Dice相似性系数 ,分别进行聚类、排序分析。依据所显示的亲缘关系以及花粉可育性 ,初步推测确定‘美人’梅可能的父系为‘清明晚粉’、‘大宫粉’、‘粉玉宫粉’和‘蔡山宫粉’。  相似文献   

13.
梅染色体研究   总被引:4,自引:0,他引:4  
为了研究梅染色体,鉴定梅品种资源的倍数性,为梅分类起源和遗传育种提供细胞学依据,该文采用“去壁低渗法”对我国9个省区梅5个变种,2个变型,108个栽培品种的染色体数目进行了观察.首次发现原产我国的云南杏梅是二倍体2n=2x=16,但有9.5%的四倍体2n=4x=32细胞.江苏南京的‘迟红’梅品种是二倍体和四倍体的嵌合体,2n=2x=16,2n=4x=32.其余供试材料均为二倍体2n=2x=16.  相似文献   

14.
利用RAPD分析梅栽培品种间的遗传变异   总被引:1,自引:1,他引:0  
利用RAPD标记分析了梅16个栽培品种间的遗传变异。32个10碱基的随机引物扩增出181条谱带,其中138条为多态性谱带。相似系数的计算结果表明:梅栽培品种间存在较大的遗传多态性,但主要表现在真梅系与杏梅系、樱李梅系之间;聚类分析结果显示,RAPD能区分开梅的3个系,并且支持形态学分类中将枝姿作为一级分类标准的论断。  相似文献   

15.
南京梅,尤以钟山梅,始盛于六朝。今日梅花山以"天下第一梅山"的面貌饮誉于世。钟山梅可应用于观赏、食用等方面。今后应进一步挖掘钟山梅资源,高度发展梅切花、微型盆景、梅食品等的生产,并选育优质的花果兼用型、行道树等品种,尽可能满足消费市场及城市绿化的需求。  相似文献   

16.
以包括野梅在内的15个梅品种、1个野生种和其近缘种杏、山杏、桃、山桃、李和‘垂枝’毛樱桃、‘紫叶’李为试材,运用AFLP标记,采用7对引物组合(E-ACTM-CAT、E-GAM-CTC、E-ACTM-CCA、E-ACTM-CAC、E-ACTCTC、E-ACTCAG、E-ACCM-CAG)选择性扩增得到287个多态性条带的6888条带数据,使用NTSYSpc2.1t软件,采用Nei’s(72)遗传距离,SAHNClustering进行不加权成对算术平均法聚类分析,得到了梅品种与近缘种的亲缘关系与形态学、育种记录等相关记录相符的结论,并支持梅花二元分类系统的相关分类。  相似文献   

17.
梅花主要优良品种花器特征及观赏价值   总被引:4,自引:1,他引:3  
该文依据梅花花蕾的色与形及花型、花径、花色、花香、花期、着花繁密度等主要花器特征,探讨其观赏价值,对南京中山陵园梅花山的80个国产品种和80个日本品种取样测试评估,筛选综合性状优良和具特殊优良性状的品种共40个,以供生产和观赏参考  相似文献   

18.
梅根系丛枝菌根真菌AFLP分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了解决梅根系共生的丛枝菌根(AM)真菌难以应用形态学鉴定的问题,以巢式PCR的AFLP方法研究梅根系AM真菌DNA多态性。试验采集梅花期的根系样品,应用改良CTAB法提取总DNA,经纯化处理后,应用巢式PCR扩增根系AM真菌基因片段,进行AFLP分析。结果表明,18个梅品种的30个根系样品中,仅有8个样品经巢式PCR后获得纯化的DNA片段,占试验样品数的26.7%;8个样品共得到指纹图谱带24条,各样品平均多态性位点数为3.0个,Nei’s基因多样性为0.4097±0.0848,Shannon信息指数为0.5968±0.0955;利用Nei’s遗传相似性系数聚类,梅品种根系内AMF基因组DNA的聚类类别与梅"品种群"这一分类级别无相关性。该试验为植物根系共生AM真菌DNA多态性研究提供了一种简便的技术。  相似文献   

19.
采用扩增稳定且谱带清晰的18对SSR引物,对360份山葡萄资源进行遗传多样性分析.用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的5个核心样本群的等位基因数、等位基因频率、有效等位基因数、Nei's 遗传多样性和Shannor's信息指数等参数,最终选择了79个样本组成的样本群作为核心种质.用DPS软件对初始种质和核心种质...  相似文献   

20.
梅树品种分类研究进展   总被引:2,自引:0,他引:2  
该文回顾了梅树品种分类方面的研究,重点介绍了30年来的成果,将品种分类历程划分为4个阶段,即传统园艺分类阶段、品种收集整理阶段、形态系统分类阶段和综合系统分类阶段.概述了梅的起源、品种演化等方面的重要进展.  相似文献   

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