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1.
遮光性套袋对桃果实转录组的影响   总被引:1,自引:1,他引:0  
【目的】探明遮光性套袋在桃果实上的转录组差异,丰富桃转录组数据信息。【方法】选取遮光性套袋与对照的桃果实样品,利用Illumina Hi Seq TM 2500进行高通量测序,构建桃果实转录组文库,并用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析。【结果】经过测序获得16.62 Gb clean data测序数据,且碱基百分比(Q30)大于91%,遮光性套袋和对照2个桃果实样品分别获得65 300 730个reads和66 603 686个reads,分别有85.73%和84.60%的reads与桃参考基因组匹配。以无袋处理为参考,对转录组数据进行比较,遮光性套袋处理共获得1 963个差异表达基因,其中,下调基因708个,上调基因1 255个;在Nr数据库中对差异基因进一步进行注释,注释到1 957个基因,其中,下调基因有705个,上调基因有1 252个;COG功能注释分析发现这些差异表达基因共获得853个功能注释,涉及23个功能类别;在GO功能注释分析中,注释到1 609个基因,可以分为53个功能分类,这些分类主要涉及到分子结合、催化活性、细胞过程、生物调节等诸多生理生化过程;KEGG分析发现共有421个基因被注释到94个代谢通路中,其中,光合作用相关通路、类黄酮生物合成、核糖体生物合成等通路显著富集。光合作用通路和类黄酮生物合成通路在果实着色中发挥了重要作用,而核糖体生物合成代谢通路在果实成熟着色中的作用尚不明确。同时也进行了两组样品的果实品质检测,结果表明,遮光性套袋对桃果实的可溶性固形物及可溶性总糖产生显著性影响,可溶性固形物及可溶性总糖显著降低,而对于果实总酸的影响不大,在果实大小上几乎没有影响。【结论】在遮光性套袋处理状态下,获得一定数量的桃果实差异表达基因,光合作用通路和类黄酮生物合成通路基因在果实着色中发挥重要作用,遮光性套袋对桃果实的可溶性固形物及可溶性总糖产生显著性影响。  相似文献   

2.
【目的】鉴定筛选出与卵形鲳鲹卵巢发育相关的候选基因及信号通路,为揭示其卵巢性成熟过程的分子机制打下基础。【方法】挑选卵巢发育处于?期和Ш期的雌性卵形鲳鲹,分别构建卵形鲳鲹卵巢?期和Ш期的cDNA文库,采用Illumina HiSeqTM 2500进行转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后获得的Unigenes在七大数据库(Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO)中进行比对;通过FPKM及DEGseq筛选出差异表达基因,以GOseq和KOBAS对差异表达基因分别进行功能注释及信号通路富集分析,并采用MISA和GATK3进行SSR鉴定及SNP分析。【结果】卵形鲳鲹卵巢组织转录组测序获得的325156432条Raw reads,经过滤筛选得到317206752条Clean reads,拼接组装后得到59554条Unigenes;69.65%的Unigenes在Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO等七大数据库中注释成功,其中有24599条Unigenes被注释到GO数据库,15997条Unigenes被注释到KEGG数据库。在卵形鲳鲹卵巢组织的2个发育时期共鉴定获得56115个基因,经差异表达分析后获得17737个差异基因,其中8169个基因在卵巢Ш期上调表达、9568个基因在卵巢Ш期下调表达。GO功能注释分析发现,卵形鲳鲹卵巢差异表达基因主要注释在细胞过程、氮化合物代谢过程、初级代谢过程、核、核部分、离子结合及水解酶活性等条目上;而KEGG信号通路富集分析结果显示,17737个差异表达基因显著富集在318条代谢途径上,其中前20条KEGG信号通路包括2-氧代羧酸代谢、PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路、磷脂酶D信号通路、Fc εRI信号通路和细胞周期等。卵形鲳鲹卵巢转录组(59554条Unigenes)中共存在30133个SSRs和82490个SNPs。【结论】GnRHR、FSHR、FSHβ、CYP11A、SIRT3和PEG3等差异表达基因及PI3K-Akt信号通路和VEGF信号通路等与卵形鲳鲹卵巢的发育密切相关,共同调节卵巢的发育与成熟,在卵巢性成熟过程中发挥重要作用。  相似文献   

3.
【目的】为发掘和研究红螯螯虾功能基因SSR标记奠定基础。【方法】对红螯螯虾肝脏、精巢以及卵巢转录组测序选用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000,同时借助生物信息学法展开基因表达谱探究及功能基因预测。【结果】肝脏组织获得47 629 414条clean reads,精巢组织获得47 018 968条clean reads,卵巢组织获得53 267 362条clean reads。所有reads组装后获得了67 369个Unigene。通过GO分类,16 989个Unigene被分为3个种类,即生物学过程、细胞组分、分子功能。通过COG分类,4 697个Unigene被分为25个种类。通过KEGG分类,9 842个Unigene分属331个代谢途径。【结论】通过对红螯鳌虾肝脏等3个组织转录组的测序,获得了其相关基因的表达图谱及其功能分类。  相似文献   

4.
旨在探讨单笼饲养、双笼饲养、散养和网上平养四种养殖模式对蛋鸭(Anas platyrhynchos)产蛋性能的影响及其影响机制.191羽优质蛋鸭品种山麻鸭被分成单笼、双笼、网上平养、散养四组,记录其产蛋率和日耗料量,研究不同饲养模式对产蛋性能的影响.同时,应用real-time PCR技术检测在不同养殖模式下山麻鸭下丘脑、垂体、卵巢、肾上腺等组织中产蛋相关基因的表达,筛选出其中差异表达基因.结果表明,双笼饲养的山麻鸭产蛋性能和饲料转化率最低,单笼饲养的产蛋性能最佳.产蛋相关基因差异表达检测发现,在不同饲养模式下,促肾上腺激素释放激素(corticotropin-releasing hormone,CRH)基因在下丘脑和垂体组织中,阿黑皮素原(proopiomelanocortin,POMC)基因在垂体组织中的表达无显著差异.在双笼饲养模式下,黑素皮质素受体(melanocortin 2 receptor,MC2R)基因在山麻鸭垂体中的表达量最高,催乳素受体(prolactinreceptor,PRLR)基因在卵巢中表达量最高,而骨形态发生蛋白4(bone morphogenetic proteins 4,BMP4)基因在卵巢中表达量最低.结果提示,(1)双笼饲养会导致蛋鸭的产蛋性能下降;(2)双笼饲养的蛋鸭可能长期处于应激状态,诱使垂体中MC2R基因高表达,进而调控HPA轴激素分泌,抑制HPG轴的活性,使得卵巢中的PRLR及BMP等产蛋相关基因异常表达,两个信号通路交互作用,最终影响了蛋鸭的产蛋性能.  相似文献   

5.
6.
【目的】对青花菜花蕾进行转录组测序分析,并挖掘与蜡粉合成相关基因,为探明青花菜花球表面蜡粉形成的分子机制提供理论参考。【方法】分别提取野生型和蜡粉缺失型青花菜花球总RNA,采用Illumina HiSeqTM 2500平台进行转录组测序,获得高质量Clean reads,采用Trinity进行序列组装后获得青花菜Unigene库,将获得的Unigene序列与Nr、Nt、KEGG、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot和GO数据库比对,获得基因功能注释信息;使用DESeq2进行差异表达分析。【结果】共获得44.68 Gb Clean data,De novo组装得到41244条Unigenes,N50长度为1847 bp。从所获得的Unigenes中筛选出8685个差异表达基因(DEGs)(上调基因5747个,下调基因2938个),共有8038个基因被注释到不同数据库,其中,5220个基因注释到Pfam数据库; 2066个基因注释到COG数据库,3866个基因注释到KOG数据库; 2580个差异表达基因被注释到75个转录因子家族中,注释最多的是MYB家族(235个);GO数据库中6095个差异表达基因注释到细胞组分、分子功能和生物学过程三大类的52个功能分类; KEGG数据库中,1671个差异表达基因富集到138条代谢通路,其中13个差异表达基因与脂肪酸合成有关,7个差异表达基因与蜡粉生物合成途径有关。【结论】转录因子MYB家族在调控青花菜蜡粉合成中发挥重要作用。蜡粉合成过程中相关酶基因的差异表达是调控青花菜蜡粉合成的关键,尤其是野生型和蜡粉缺失突变体中特异性表达的差异表达基因,可作为后续研究青花菜花球表面蜡粉形成分子机制的对象。  相似文献   

7.
【目的】筛选出凡纳滨对虾生长发育的功能基因及代谢调控网络,揭示其生长发育的分子机制,为后续开展凡纳滨对虾分子生物学研究提供宝贵的基因数据来源。【方法】以快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织为研究材料,通过Illumina HiSeqTM2500平台对构建的cDNA文库进行高通量测序分析,以StringTie进行拼接组装后利用DESeq2筛选差异表达基因,并基于KOG、GO、nr、COG、Swiss-Pro、KEGG和Pfam等数据库进行差异表达基因功能注释分析。【结果】经拼接组装共获得53458844条Clean reads,各样品Clean reads的Q30均在93.00%以上;Illumina测序获得的Clean reads与参考基因组的比对效率在87.75%~87.80%,说明转录组测序数据真实可靠。采用SnpEff进行SNP/InDel变异注释分析,结果显示,SNP位点中以A>G、G>A、C>T和T>C等4种类型的数量较多(14950~21562个),InDel位点则以SYNONYMOUS_CODING的数量最多(33630个)。使用StringTie对Mapped reads(比对到参考基因组的Reads)进行拼接,共发掘到4607个新基因,分别输入COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG和nr数据库中进行序列比对,最终发现共有1098个新基因被注释,以被nr数据库注释的新基因数量最多(1077个),而被COG数据库注释的新基因数量最少(416个)。基于Q-value<0.05且Fold Change>2的筛选条件,共获得1408个差异表达基因(661个为显著上调表达基因,747个为显著下调表达基因);1408个差异表达基因被注释到53个GO功能条目中,其中,22条被注释到生物学过程(Biological process),16条被注释到细胞组分(Cellular component),15条被注释到分子功能(Molecular function);KEGG信号通路富集分析发现3条重要的信号通路,分别是溶酶体通路(Lysosome)、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢(Amino sugar and nucleotide sugar metabolism)及鞘脂类代谢(Sphingolipid metabolism)。在溶酶体通路中,CTSL基因、Nramp基因、MyoG基因和Myf5基因在凡纳滨对虾快速生长群体肌肉组织中呈上调表达,而Trypsin基因呈下调表达。【结论】通过转录组测序分析从快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织中筛选出1408个差异表达基因(661个为显著上调表达基因,747个为显著下调表达基因),主要富集在溶酶体、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢及鞘脂类代谢等通路上,在对虾肌肉生长发育过程中发挥重要作用。  相似文献   

8.
【目的】开展荸荠球茎发育过程转录组测序研究,为研究荸荠球茎发育过程相关基因表达信息提供参考。【方法】运用高通量测序技术,对荸荠球茎不同发育时期进行转录组测序研究。【结果】组装共得到223 182条转录本和90 542条Unigene,平均长度为809 bp,N50为1119。组装完整性较高,效果较好。对所得Unigene进行不同数据库注释,共有50 583条Unigene成功注释到7个数据库(NR、GO、NT、Pfam、KEGG、KOG及Swiss-prot)。对差异表达基因分析,发现球茎膨大初期的差异表达基因数目最多,为最活跃阶段。GO功能富集分析结果表明,33 205个基因获得功能注释,分为分子功能、细胞组分和生物学过程等3大类和54个亚类。COG功能分类结果表明,17 743个基因分布于25个功能区域,其中碳水化合物代谢占重要地位。KEGG代谢通路注释结果表明有20 667个基因获得功能注释,共有116条代谢途径,其中淀粉-蔗糖代谢占主要作用。【结论】利用高通量转录组测序技术首次建立了荸荠优良品种‘桂蹄3号’球茎的转录组数据库,为进一步研究荸荠球茎淀粉生物合成相关基因的功能及形成的分子机制提供了数据基础。  相似文献   

9.
【目的】研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个(包含25个新转录本),其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因(oviductin,OVN)、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO(gene ontology)数据库注释,30个DEGs能够被COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)数据库注释,91个DEGs能够被KEGG(kyoto encyclopediaof genes and genomes)数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。  相似文献   

10.
【目的】辣木(Moringa oleifera Lam.)是一种营养价值丰富的新型食品或饲料资源,但是食用或饲用辣木后对动物机体代谢的调控机制仍不清楚。【方法】18只小鼠随机分为2组,即辣木叶粉饲料组(50%MO)和基础饲料组(对照组)。在饲料干预的第3、10和25天每组随机取3只小鼠进行解剖,采集肝脏组织样品,并利用高通量RNA-seq测序技术对小鼠肝脏进行RNA测序,使用Top Hat v2.0.13软件将测序得到的reads序列与小鼠(GRCm38)参考基因组序列比对,计算表达量并鉴定差异表达基因,同时对差异表达基因参与的GO功能及代谢途径进行富集。【结果】从18个样本中共获得转录组数据约109.063 Gb,1 136 175 196条clean reads;与对照组相比,辣木叶粉饲料组表达上调和下调的差异表达基因共有1 227个;GO功能分类注释发现,第3、10和25天的差异基因都主要集中在细胞过程(cellular process)、细胞(cell)和结合(binding)3个过程;差异基因显著富集的KEGG代谢通路有37条(P0.05)。【结论】辣木叶粉对小鼠肝脏中的过氧化物酶体、病毒性心肌炎和类固醇生物合成等代谢通路有一定影响。  相似文献   

11.
半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析   总被引:2,自引:2,他引:0  
【目的】研究半番鸭与番鸭精巢组织转录组差异表达基因,为进一步阐明半番鸭不育的遗传机制奠定理论基础。【方法】利用转录组测序方法对半番鸭和番鸭的精巢组织进行研究,筛选其差异表达基因,并对其功能进行注释和荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,QRT-PCR)验证。【结果】测序共获得43.84Gb Clean Data,组装后共获得193 535条Unigene。DESeq分析发现3 597个基因在两个鸭品种间差异表达,其中上调基因1 194个和下调基因2 403个,包括与生殖功能相关的基因,如成纤维细胞生长因子(fibroblast growth factor,FGF)、蛋白激酶A(protein kinase A,PKA)、丝裂原活化蛋白激酶7(mitogen-activated protein kinase 7-like,partial,BMK)、生长因子受体结合蛋白2(growth factor receptor-bound protein 2,GRB2)、c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)和肿瘤坏死因子受体超家族成员6(tumor necrosis factor receptor superfamily member 6,FAS)等。GO(gene Ontology)分析发现382个差异基因获得功能注释,其中97个基因涉及发育繁殖生物学过程。KEGG(kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析表明差异表达基因共富集到50条信号通路中,其中17个通路显著富集,包括丝裂原活化蛋白激酶信号转导通路(mitogen-activated protein kinase signaling pathway,MAPK)、甘油酯代谢(glycerolipid metabolism)以及钙信号途径(calcium signaling pathway)信号通路等,与生殖功能密切相关的有促性腺激素释放激素信号通路(gonadotropin releasing hormone(Gn RH)signaling pathway)和MAPK信号转导通路。经QRT-PCR验证,差异基因表达变化模式与转录组测序结果一致,测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出半番鸭和番鸭精巢组织差异表达基因,揭示了Gn RH和MAPK信号通路在鸭的生殖活动中发挥了重要作用,为进一步探索半番鸭生殖系统的分化机理提供可靠的参考依据。  相似文献   

12.
鸭坦布苏病毒病卵巢病变标准的判定   总被引:2,自引:2,他引:0  
【目的】了解产蛋鸭感染鸭坦布苏病毒后卵巢病变产生的进程和卵巢病变规律,为采用产蛋鸭卵巢病理变化检查法进行疫苗效力检验提供依据。【方法】70只260日龄产蛋樱桃谷鸭,以0.5m L/只(含100DID50)的剂量经胸部肌肉接种鸭坦布苏病毒(HB株)强毒。观察试验鸭的临床症状,统计每日产蛋数和采食量。攻毒后2 d,每只鸭经翅静脉采血,分离血清,经卵黄囊途径接种5枚6日龄SPF鸡胚,每胚0.1m L。接种后置37℃条件下继续孵化,24 h死亡鸡胚弃去。采用RT-PCR方法测定24—72 h死亡鸡胚的DTMUV核酸,将1/5或以上鸡胚死亡且DTMUV核酸阳性的鸭判为DTMUV感染鸭。攻毒后4—10 d,每日剖杀10只鸭,观察和分析生殖系统病变。统计病变率,检查输卵管内是否有蛋,卵泡是否变形、出血和破裂,依据病变率和病变,确定检查内容和病变卵巢的判定时间和标准。【结果】(1)攻毒后3、4、5、6 d,鸭几乎不采食,产蛋数明显下降。攻毒后7 d,鸭精神状况好转;攻毒后8 d,采食量开始回升。(2)70只鸭中,除1只鸭的病毒分离结果为阴性外,其余69只鸭的病毒分离结果均为阳性,病毒分离阳性率为98.6%(69/70)。(3)攻毒后4—10 d,共64只产蛋期鸭的生殖器官可以判定。(4)攻毒后4、5、6、7、8、9和10 d,卵巢病变率分别为66.7%(6/9)、100%(10/10)、100%(10/10)、100%(9/9)、100%(9/9)、100%(9/9)和100%(8/8)。(5)除攻毒后4 d有2只鸭输卵管中有蛋外,其余62只鸭输卵管中均无蛋,无蛋率为96.9%(62/64)。(6)攻毒后4—10 d,96.9%(62/64)鸭的卵泡变形,96.9%(62/64)鸭的卵泡出血,95.3%(61/64)鸭的卵泡变形和出血,34.4%(22/64)卵泡破裂。【结论】(1)确定卵巢病理变化检查时间为攻毒后7—8 d;(2)具有变形或出血病变之一,判病变卵泡。输卵管内无蛋且有3个及以上病变卵泡,判为病变卵巢。  相似文献   

13.
【目的】筛选出影响从江香猪产仔性状的基因调控网络,揭示其繁殖分子机理,为后期开展从江香猪繁殖性能研究及良种选育提供理论依据。【方法】以高产仔家系(平均产仔数≥12头,遗传稳定)和低产仔家系(平均产仔数8~10头,遗传稳定)从江香猪为研究对象,选择初情期不同产仔家系从江香猪卵巢组织各3个,使用Illumina HiSeqTM 2000测序仪进行转录组测序(RNA-Seq),并对筛选获得的差异表达基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路富集分析,以寻找与从江香猪产仔数相关的基因调控网络。【结果】从高产仔家系和低产仔家系从江香猪卵巢组织中测序获得的纯净序列(Clean reads)均超过5000万条,且有96.00%以上的Clean reads能比对上猪参考基因组。以|log2FC|≥1.0且P<0.01为标准,筛选获得高产仔家系和低产仔家系从江香猪卵巢组织差异表达基因212个,其中上调表达基因138个、下调表达基因74个。采用实时荧光定量PCR对随机选择的10个差异表达基因进行定量分析,发现OSAP、MSMB、FGFBP1、RLN、HAS1和PLBD1基因在高产仔家系从江香猪卵巢中的相对表达量显著高于低产仔家系从江香猪(P<0.05,下同),而EDG7、PTX3、BSP1和MRO基因在低产仔家系从江香猪卵巢中的相对表达量显著高于高产仔家系从江香猪,与RNA-Seq测序结果一致。212个差异表达基因共富集在48个GO功能条目上,包含分子功能(Molecular function)、生物学过程(Biological process)和细胞组分(Cellular component);经KEGG信号通路分析发现共有70个差异表达基因注释到特定的代谢信号通路上,其中显著性富集的KEGG信号通路有类固醇生物合成通路(Steroid biosynthesis)、钙信号通路(Calcium signaling pathway)、卵巢类固醇生成通路(Ovarian steroidogenesis)、心肌细胞肾上腺信号通路(Adrenergic signaling in cardiomyocytes)和肥厚型心肌病通路(Hypertrophic cardiomyopathy,HCM)。在卵巢类固醇生成通路上发现SCARB1、STAR、COX2、CYP11A、CYP17A、17βHSD和CYP19A等7个基因与从江香猪的繁殖性能存在密切联系。【结论】从江香猪卵巢类固醇生成通路上的STAR、CYP11A、CYP17A、17βHSD和CYP19A基因与其发情排卵密切相关,于发情期上调表达能促进卵泡发育成熟及类固醇激素合成,通过增加排卵数量而促使从江香猪表现高产,故可作为从江香猪繁殖性状的候选基因。  相似文献   

14.
半开放卷帘式鸭舍冬季保温性及其对产蛋的影响研究   总被引:3,自引:0,他引:3  
[目的]为科学养鸭、提高鸭群产蛋性能提供试验依据。[方法]以樱桃谷种鸭为试验鸭,通过在饲养试验中测定鸭舍温度和计算产蛋率评价鸭舍的保温性及其对鸭产蛋性能的影响。[结果]舍外温度降至-9℃时,舍内温度仍然在1℃以上。鸭舍内外同一时间点的温度呈高度正相关,除12:00外,其他时间点的鸭舍内外温度均有极显著差异。1栋与7栋鸭舍21:00的舍外温度有显著差异。1栋和7栋鸭舍种母鸭在1月20日~2月20日间的产蛋率分别为71.88%~87.25%和70.21%~88.63%,平均产蛋率分别为80.51%和80.10%。日平均气温及21:00的气温与产蛋率呈极显著正相关。21:00时的舍温越高,鸭产蛋率越高。[结论]半开放卷帘式鸭舍有一定的保温性,21:00时的舍内温度和日平均舍内温度与产蛋率呈显著正相关。  相似文献   

15.
二郎山山地鸡蛋用品系选育效果分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】探讨二郎山山地鸡蛋用品系的选育进展。【方法】试验通过比较二郎山山地鸡蛋用品系第一、第二世代孵化和产蛋性状,并对第二世代产蛋性状做相关分析。【结果】第二世代的受精率、孵化率、产蛋高峰期的产蛋率和高峰期持续时间均优于第一世代,第二世代开产日龄极显著大于第一世代(P<0.01),但300日龄产蛋量差异不显著;第二世代开产日龄与开产体重呈极显著正相关(r=0.18,P<0.01),与开产蛋重极显著正相关(r=0.24,P<0.01),与300日龄产蛋量极显著负相关(r=-0.20,P<0.01);开产体重与开产蛋重极显著正相关(r=0.19,P<0.01);开产蛋重与300日龄产蛋量显著负相关(r=-0.11,P<0.05)。【结论】通过两个世代的选育,二郎山山地鸡蛋用品系的选育效果明显。  相似文献   

16.
【目的】选择生长速度不同的高邮鸭和金定鸭为试验模型,3种不同品种鸭胚胎期和出雏早期下丘脑垂体生长轴相关基因的表达规律及其与体重和肝重的相关性。【方法】采用实时荧光定量PCR方法研究鸭13、17、21、25、27胚龄和出雏后7日龄下丘脑生长激素释放激素(growth hormone release hormone,GHRH)与生长抑素(somatostatin,SS)、垂体生长激素(growth hormone,GH)和肝脏生长激素受体(growth hormone receptor,GHR)与胰岛素样生长因子(insulin-like growth factors,IGFs) mRNA的表达规律。【结果】证实鸭下丘脑GHRH与SS、垂体GH和肝脏GHR与IGF-I在13胚龄已有表达;除了SS在鸭发育早期维持一个低表达状态外,其它的4种基因均呈现极显著的品种和时间特异性;除了GH外,发现鸭早期发育过程中GHRH、GHR和IGF-I mRNA的表达受到品种和日龄的交互作用的极显著影响。与鸡以往的研究相比,禽类胚胎期下丘脑垂体生长轴相关基因mRNA的表达存在着种属差异。本试验发现鸭早期发育过程中,体重和肝重的变化也呈现极显著的品种和时间特异性,且与下丘脑垂体相关基因的表达呈现不同程度的线性相关。【结论】结果提示下丘脑垂体生长轴基因 mRNA的表达可能在鸭早期发育过程中发挥着重要作用,遗传背景的差异可以导致鸭发育早期体重的差异生长和相关基因的差异表达。  相似文献   

17.
【背景】肌肉生长和脂肪沉积是猪生产中非常重要的经济性状,同时也是复杂的数量性状,受到众多因素的影响。长白猪原产于丹麦, 是目前世界上使用最为广泛的瘦肉型猪种之一, 具有生长速度快, 瘦肉率高等特点,但肉质欠佳。松辽黑猪是以民猪、长白猪和杜洛克猪为素材经过三元杂交育成的黑色母系地方培育品种,具有繁殖率高、肉质优良、适应性强、耐粗饲等特性。二者在肉质方面存在较大差异。【目的】采用高通量测序技术对松辽黑猪和长白猪的背最长肌转录组进行分析,筛选影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA),为猪肉品质研究提供新的参考信息。【方法】采集6头松辽黑猪和6头长白猪的背最长肌作为样本,提取其RNA,将每个品种内的个体取等量RNA混池,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对混池后的样本RNA进行测序,然后对所获得的Reads进行比对、注释和差异表达等分析,筛选出差异表达mRNA和lncRNA并进行相关生物学功能富集分析。而后在筛选出的差异表达mRNA和lncRNA中各挑选10个基因,包括5个上调基因和5个下调基因,采用荧光定量PCR(Real-time PCR, RT-PCR)方法鉴定所选mRNA和lncRNA的表达水平,并验证测序结果的可靠性。【结果】将得到的原始数据进行质量控制后,每个样本分别得到103 M和150 M reads,其中98%以上reads质量较高,满足进行下一步分析的要求。将reads比对到参考基因组上,共得到26 774个转录本,其中包括8 428个新的转录本。采用edgeR软件包进行差异表达分析,参考标准是错误发现率(false discovery rate, FDR)小于0.05和差异倍数大于2(fold change, FC)。在2个猪种中共得到4 239个显著差异表达的mRNA,其中在松辽黑猪肌肉中2 023个上调,2 216个下调。其中HLCS、BTD、DGKα、LPIN1、FGF1、FGF10、FGFR1和ZNF7等基因参与脂类代谢和肌肉发育相关的调控。差异表达的mRNA的生物学功能富集分析发现,其主要富集在细胞发育、生物代谢调控、肌肉发育、脂类代谢等相关的信号通路和生物代谢途径上。同时,在2个猪种中还检测到的178个差异表达显著的lncRNAs,其中在松辽黑猪肌肉组织中有84个上调,94个下调。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析,显示有4个差异表达的lncRNA与差异表达mRNA存在潜在的调控关系,分别是TCONS-00041713、TCONS-00041712、ENSSSCT00000034982、ENSSSCT00000034269。同时10个差异表达mRNA和10个差异表达lncRNA的RT-PCR结果显示:其表达水平在两组中同样差异显著,且与转录组测序中表达的趋势相似,表明高通量测序结果具有可靠性。 【结论】 获得了影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和lncRNA,同时发现了几对差异表达lncRNA和mRNA之间可能存在着潜在的调控关系。这些潜在调控关系的发现,可能对于研究调控肌肉组织代谢活动的分子机制的具有一定意义,并为其提供新的参考信息。  相似文献   

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【目的】 研究饲粮中添加发酵饲料对京红蛋鸡产蛋后期生产性能、蛋品质、血清参数及脂代谢的影响。【方法】 选取480只54周龄的京红蛋鸡随机分为2组(对照组和试验组),每组4个重复,每个重复60只蛋鸡,对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮的基础上添加30 g/kg发酵饲料。试验预试期为10 d,正试期为56 d。【结果】 (1)在生产性能方面,与对照组相比,试验组产蛋率显著升高4.56%(P<0.05)。(2)在蛋品质方面,与对照组相比,试验组的蛋壳强度极显著提高了17.18%(P<0.01);蛋黄比例极显著提高了7.48%(P<0.01);蛋白比例极显著降低了3.69%(P<0.01);蛋黄胆固醇含量极显著降低了24.90%(P<0.01)。(3)在血清生化指标和繁殖激素方面,试验组血清钙离子含量显著升高了11.99%(P<0.05);促卵泡素和促黄体素分别显著升高了24.55%(P<0.05)和12.88%(P<0.05)。(4)血清和肝脏总胆固醇含量分别显著降低18.86%(P<0.05)和18.54%(P<0.05),肝脏高密度脂蛋白极显著升高17.69%(P<0.01)。其余指标差异均不显著(P>0.05)。【结论】 在饲粮中添加30 g/kg的发酵饲料,对京红蛋鸡产蛋后期的生产性能以及蛋品质具有一定的改善作用。  相似文献   

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