砂梨45 S rDNA和5 S rDNA的染色体定位研究

45 S rDNA和5 S rDNA是砂梨中与核糖体RNA合成有关的2个功能片段.通过双色FISH(fluorescence in situ hybridization)确定了45 S rDNA序列和5 S rDNA在砂梨中期染色体上的分布,其中45 S rDNA位于砂梨的第4号,第11号和第15号染色体的短臂末端.5 S rDNA序列位于第12号染色体上着丝粒附近,而在第6和第13号染色体上则分布在长臂上.     

25S rDNA和5S rDNA在大白菜中期染色体上的FISH定位

【目的】确定rDNA在中国大白菜基因组中的位点数目和分布位置，并建立识别大白菜不同染色体的特异标记。【方法】用荧光原位杂交技术对25S rDNA和5S rDNA在大白菜有丝分裂中期染色体进行了定位研究。【结果】在大白菜中期染色体上，分别检出了5对25S rDNA杂交信号和3对5S rDNA杂交信号。对应于大白菜中期染色体形态图，确定5对25S rDNA信号分别分布在大白菜1号染色体长臂（1L）的近末端，2号染色体长臂（2L）的近中部，3号和4号染色体长臂（3L、4L）的近着丝点处和10号染色体的随体上，信号强度为10号>2号>3号和4号>1号；而5S rDNA的3对信号分别位于2号染色体的长臂（2L）和9号、10号染色体的短臂（9S、10S）。【结论】在分子水平上为大白菜部分染色体提供了识别标记。     

鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位

应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinus carpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位.结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程.     

长尖叶蔷薇基于rDNA FISH的核型分析

【目的】为精确地识别蔷薇属植物染色体组的核型特征,文章研究了长尖叶蔷薇基于染色体荧光原位杂交(FISH)的核型。【方法】利用45S和5S rDNA为探针对长尖叶蔷薇有丝分裂中期的染色体进行FISH研究。【结果】长尖叶蔷薇的染色体组有1对45S rDNA位点和2对5S rDNA位点。除4、5号是亚中部着丝点(sm)染色体外,其它都是中部着丝点(m)染色体。4号染色体是1对异形同源染色体,长臂(4L)上有1对5S rDNA杂交位点,其中位于较短染色体上的5S rDNA杂交信号极强; 5号染色体也是1对异形同源染色体,其短臂(5S)上有1对45S rDNA,长臂(5L)上则有另1对5S rDNA,两条染色体上的rDNA信号强度没有明显差异。【结论】以rDNA为探针的FISH能准确地识别长尖叶蔷薇染色体组中的同源染色体,体现其在染色体水平上的特征,为该物种用于现代月季的遗传改良提供了分子细胞遗传学背景资料。     

45S和5S rDNA序列在20种葫芦科植物染色体上的定位

【目的】了解45S和5S rDNA序列在20种葫芦科Cucurbitaceae植物基因组中位点数目和分布特点,为研究葫芦科植物核型、遗传育种和进化分类等提供依据。【方法】采用改进的荧光原位杂交(FISH)法,在45S rDNA和5S rDNA的5′端进行荧光修饰,对20种葫芦科植物中期染色体进行45S和5S rDNA的物理定位,在Nikon 80i荧光显微镜下观察,冷CCD收集图像并分析。【结果】确定了金瓜Gymnopetalum chinense、波棱瓜Herpetospermum pedunculosum、葫芦Lagenaria siceraria、木鳖子Momordica cochinchinensis、云南木鳖Momordica dioica、西葫芦Cucurbita pepo、蛇瓜Trichosanthes anguina、糙点栝楼Trichosanthes dunniana、全缘栝楼Trichosanthes ovigera、钮子瓜Zehneria maysorensis、红瓜Coccinia grandis和佛手Sechium edule等12种植物45S rDNA和5S rDNA荧光位点在中期染色体上的数量、位置和特征,在这些植物中分别检测到3、7、2、4、2、5、3、3、5、1、2和2对45S rDNA,检测到2、1、1、1、1、2、1、1、1、1、1和1对5S rDNA。20种植物中,45S rDNA和5S rDNA在染色体短臂、短臂顶端和着丝点等位置均有分布。【结论】FISH是葫芦科植物构建精细核型的有效工具,可帮助判断随体、鉴别染色体和鉴定同源染色体,是核型分析的有力佐证。     

利用45S rDNA探针对宽叶野生稻和高秆野生稻基因组的FISH分析

利用45S rDNA作为探针,通过荧光原位杂交(FISH)技术对同样含有CCDD基因组的高秆野生稻(Oryza alta)和宽叶野生稻(O.latifolia)进行rDNA的荧光原位杂交定位分析和核型分析。结果显示:宽叶野生稻中45S rDNA信号分布于多条染色体上,位点数目为10~16;高秆野生稻中有6个信号点,分布于3对同源染色体上,其中2对信号位点位于染色体短臂,1对位于染色体长臂。研究结果表明,高秆野生稻45S rDNA在基因组中位点数目稳定,宽叶野生稻中45S rDNA位点数在不同个体中呈现一定的动态变化,显示这2种野生稻基因组存在一定差异;核型分析结果也表明二者基因组存在较大的差异。由此推测,高秆野生稻分化较早而趋向稳定,宽叶野生稻可能形成较晚,还处于进化过程之中。鉴于二者在基因组结构上的明显差异和进化上的不平衡性,建议把这2种野生稻划分为不同野生稻种,可能会更加符合二者的进化特性。同时,讨论了45S rDNA在染色体中分布特点与机制。     

甘蓝2号染色体的高分辨率5S rDNA荧光原位杂交

 【目的】羽衣甘蓝5S rDNA 的染色体定位和拷贝数分析,为进一步利用FISH进行2号染色体基因定位和细胞遗传图谱构建奠定基础。【方法】以羽衣甘蓝为材料,采用荧光原位杂交技术将DIG标记的5S rDNA探针定位于不同分辨率的绒毡层细胞中期染色体、粗线期染色体以及伸长DNA纤维上。【结果】在中期染色体和粗线期染色体上,都同时获得3个杂交信号位点（a、b、c）,且位于2号染色体的长臂近着丝粒区域,其信号强度为b＞a＞c;而在伸长DNA纤维上,出现了3种不同长度的念珠状长链（a、b、c）, 其物理大小分别为257、359和134 kb,这3种长链分别与3个信号位点形成一一对应关系。【结论】在羽衣甘蓝2号染色体上存在3个串联重复位点,粗略估算出3个5S rDNA位点的拷贝数分别为510、712和266。     

现代月季45S rDNA的荧光原位杂交分析

以45S rDNA为探针对和平、粉和平、奇异玫瑰、红双喜、蜜糖等5个现代月季品种进行了荧光原位杂交研究。结果表明,5个品种的45S rDNA杂交位点数量均为3个,杂交位点的大小和荧光强度比较一致。在细胞分裂间期的核中,5个品种的45S rD-NA杂交位点都位于核仁内,均表现为较小且荧光较弱的杂交点,呈圆形,相互间在大小和荧光强度上比较接近。基于研究结果对现代月季品种45S rDNA的特点及演化过程进行了初步探讨。     

基于基因组原位杂交快速构建黄瓜变种间核型

【目的】利用基因组荧光原位杂交（genomic in situ hybridization,GISH）技术,对黄瓜（Cucumis sativus L.,2n=2x=14）种内两个变种（栽培黄瓜C. sativus var. sativus和野生黄瓜C. sativus var hardwickii）进行中期染色体分析,建立黄瓜变种染色体核型的快速分析方法,为黄瓜细胞分子遗传学研究提供基础。【方法】以栽培黄瓜‘9930’和野生黄瓜C. sativus var. hardwickii为材料,利用CTAB法提取栽培黄瓜‘9930’的基因组总DNA,采用缺刻平移法,将栽培黄瓜‘9930’基因组DNA和45S rDNA分别利用地高辛和生物素标记为探针,与栽培黄瓜‘9930’和野生变种C.sativus var. hardwickii的中期染色体进行荧光原位杂交,根据杂交结果显示的栽培黄瓜与野生变种每条染色体GISH荧光带型的不同,结合45S rDNA位点信号特征,区分栽培黄瓜与野生变种的每条染色体,并进行核型分析。【结果】荧光原位杂交结果显示,GISH信号并非平均分布于所有染色体上,而是在不同染色体的特定部位产生独特的信号,且两个变种间中期染色体的GISH信号模式差异显著。在栽培黄瓜‘9930’有丝分裂中期染色体上,除了6号染色体仅在短臂末端和近着丝粒处产生GISH信号外,其他染色体上的GISH信号集中分布于染色体的两端和近着丝粒的一侧或两侧,且每条染色体的信号特征差异明显;45S rDNA信号主要分布于‘9930’的第1、2、3、4和7号染色体的近着丝粒处,有3对强信号和2对弱信号。在野生黄瓜C. sativus var. hardwickii有丝分裂中期染色体上,杂交信号的位置及强弱与栽培黄瓜‘9930’表现明显不同,近着丝粒处均有GISH信号,但仅在第1、2、4和5号染色体的一端产生GISH信号,45S rDNA信号仅出现在第1、2和3号染色体上,表现为第1号染色体上信号极强,第2和3号染色体上信号极微弱。这些结果显示,以栽培黄瓜基因组DNA为探针的荧光原位杂交能反应出两个变种中期染色体独特的信号分布模式,通过信号的分布模式和强弱,结合45S rDNA位点信号的特异分布,可对每条染色体进行清晰地鉴别,并据此建立了两个变种的核型模式。比较前人发表的黄瓜已有重复序列的分布图,发现GISH揭示的信号分布主要位于黄瓜染色体串联重复序列区域。【结论】黄瓜基因组原位杂交能一次性快速显示基因组串联重复序列的分布图,能有效地用于不同黄瓜变种的快速核型分析;同时发现染色体上串联重复序列的分布及强弱在黄瓜变种间表现出明显的分化。     

玉米和类玉米中45S rDNA位点的CPD显带识别

采用CPD（PI和DAPI组合）染色对玉米和类玉米有丝分裂中期染色体进行了显带分析,供试物种所有的45SrDNA位点都能够有效地被CPD染色显示为红色带纹。在栽培玉米、墨西哥玉米、二倍体多年生类玉米中只有一对染色体上具有45S rDNA位点,在多年生类玉米的2对染色体上具有45S rDNA位点。     

新疆南疆羊蜱蝇基于12S rDNA,16S rDNA和18S rDNA基因的分子生物学鉴定

旨在建立羊蜱蝇的分子生物学鉴定方法,从新疆南疆库车县的绵羊体表采集样品,形态学鉴定初步确定为羊蜱蝇,随后进行羊蜱蝇12SrDNA、16SrDNA和18SrDNA基因的扩增和测序,将所得序列进行Blast在线分析和MEGA 5.0分析。结果表明,12SrDNA序列与云南2016年提交的相似性为100%,16S rDNA序列与丹麦2007年、捷克2017年和新疆2017年提交的相似性均为99%,18SrDNA序列与新疆2016年提交的相似性为99%。羊蜱蝇16SrDNA和18SrDNA序列均能与GenBank数据库中已知羊蜱蝇基因序列聚类,且羊蜱蝇种内K2P遗传距离为0～2.3%,通过12SrDNA、16SrDNA和18SrDNA基因的扩增和测序可准确鉴定羊蜱蝇。     

Chromosomal Localization of the 5S and 45S rDNA Sites and 5S rDNA Sequence Analysis in Nelumbo Species

The physical location of 45S and 5S rDNA sites by double-target fluorescence in situ hybridization (FISH) and 5S rDNA non-transcribed spacer (NTS) sequences was studied in five accessions of Nelumbo nucifera Gaertn. and one accession of N. nucifera subsp. lutea (Willd.). The chromosome number of all tested materials was 2n=16. The loci ofSS rDNA were close to the centromere regions of chromosome 3, and the loci of 45S rDNA were found on chromosomes 7 and 8 in all the six tested accessions, respectively. Similarly, 45S rDNAs were also located on chromosome 4 in four tested aocessions.The 5S rRNA gene sequences were conserved and the NTS sequences were variable among the samples. N. nucifera subsp. Iutea was the longest branch in the phylogenetic tree and clustered with N. nucifera cv. Liangzihu. N. nucifera cv.Heilongjiang and N. nucifera cv. Weishanhu showed a close relationship with each other. N. nucifera cv. Dahe Lian was closer to N. nucifera cv. Nihelu Lian than to other tested accessions. Analysis of the molecular karyotype and the 5S rRNA gene spacer sequence suggested the genetic diversity was limited within Nelumbo species and it seems suitable that American lotus was considered as the subspecies of N. nucifera.     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.     

芸薹属基本种45S rDNA重复序列的染色体定位

用45S rDNA作探针,对芸薹属3个二倍体种(白菜型油菜、甘蓝和黑芥)进行有丝分裂和减数分裂的原位杂交分析,发现在白菜型油菜的20条染色体中有10条、黑芥16条染色体中有6条、甘蓝18条染色体中有4条染色体上存在杂交信号.其中白菜型油菜和黑芥的减数分裂为首次报道,研究结果对研究芸薹属二倍体基因组A、B或C的亲缘关系以...     

两性生殖卤虫16S rDNA分子系统学研究

[目的]对两性生殖卤虫的分类地位和系统发育情况进行探讨。[方法]测定了中国分布的A.sinicatibetiana、未定名的新疆鲸鱼湖卤虫和青海小柴旦卤虫3种两性生殖卤虫的16SrDNA序列,测序结果与Genbank已发表的另外11个两性生殖种卤虫的16SrDNA序列进行分析比较,并选取丰年虫科Artemiopsisstefanssoni为外群,运用MEGA软件中的NJ法构建分子系统树。[结果]A.persimilis是卤虫属中原始的类群,A.franciscana和A.monica为进化类群,A.urmiana与A.s.sinica以及中国的其它种类有密切的亲缘关系。[结论]基于线粒体16SrDNA序列的两性生殖卤虫系统发育关系为：A.persimilis→A.urmiana、A.sinica和A.tibetiana→A.tunisiana→A.monica→A.Franciscan.     

基于18S rDNA序列的涡虫纲三肠目分子系统发育研究

采用18S rRNA对我国常见的4种三肠目涡虫的18S rDNA基因进行序列测定和分析,共获得三肠目2科3属4种的序列,同时结合GenBank中的三肠目18S rDNA序列(22条),以其姐妹群原序列目中的Archimonocelis crucifer为外群,采用MEGA3.0、PHYLIP、PAUP 4.0等分子生物学软件分别构建NJ树、ME树、MP树和ML树,分析三肠目的系统发育关系。结果表明,不同构树方法所得系统树的拓扑结构基本一致。     

蜡状芽胞杆菌群16S rDNA分析

蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis).GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定.对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1417 bp.这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们应该属于同一个种.在亲缘关系上,枯草芽胞杆菌离蜡状芽胞杆菌群最近.