10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

四株马铃薯甲虫白僵菌菌株的鉴定

[目的]通过形态学特征明确四株马铃薯甲虫致病菌分类地位,探讨利用18S及ITS核酸序列鉴定四株致病菌的可行性.[方法]通过传统形态学特征及18S、ITS序列分别对四株马铃薯甲虫白僵菌1572、1573、1576和1577进行鉴定.[结果]孢子形态、产孢结构、菌落等形态学特征表明四菌株均为球孢白僵菌.四菌株18S rDNA序列分析获得1 665个共同碱基,在GenBank比对,从结果中选择相似度大于98;的序列与四菌株一起构建系统发育树I,发现白僵菌属归于一个分支,四菌株均归属于白僵菌属球孢白僵菌.剔除遗传关系比较远的、冗余的属外菌重新构建18S系统发育树Ⅱ,结果四菌株都与Beauveria bassiana(登录号为EU334676.1)分到一个枝上.ITS核酸序列分析获得513个共同碱基,在GenBank比对,显现的序列均属白僵菌属,下载这些序列与四菌株构建ITS系统发育树I,发现球孢与布氏白僵菌归属在一个分支.选取Stephen A.Rehner注册的白僵菌属六个分支的代表种及数据库中部分球孢和布氏白僵菌与四菌株一起构建ITS系统发育树Ⅱ,四菌株与代表种Cordyceps bassiana(AY532041.1)分到一个枝上,但在该枝上有三株布氏白僵菌,球孢与布氏白僵菌不能完全区分开.[结论]利用18S和ITS核酸序列均可将白僵菌鉴定到属,根据ITS序列可以确定四株白僵菌归属于球孢白僵菌的分支.     

濒危植物大花黄牡丹根际土壤中一株青霉菌的分离与鉴定

[目的]从西藏林芝县米瑞乡大花黄牡丹根际土壤中分离耐盐青霉菌菌株,并对其分类地位进行鉴定。[方法]采用高盐察氏培养基从大花黄牡丹根际土壤中分离青霉菌菌株,通过形态学观察和rDNA转录间隔序列ITS测序的方法进行鉴定。[结果] ZP-01菌株菌落无特定形态,镜下可见扫帚状结构,属于青霉菌(MF942929.1),同源性达99%。[结论]耐盐青霉菌ZP-01在濒危植物大花黄牡丹根际土壤微生物群落组成结构研究中具有重要意义。     

两株灰黄霉素产生菌的18S rDNA和ITS序列测定与分析

灰黄霉素产生菌原始菌株4541和突变株D-756在形态与生理生化上具有很大差异。为了解两菌株的遗传背景差异,明确其系统发生关系,该研究分别克隆并测定了突变株D-756与出发菌株4541的ITS和18S rDNA基因序列,进行同源性分析并分别构建系统发育树。由ITS序列构建的进化树显示,突变株D-756及野生株4541与Genebank中的另外3株灰黄青霉、1株荨麻青霉菌株聚为一簇;由18S rDNA序列构建的进化树中突变株D-756、出发菌株4541与Genebank中的3株灰黄青霉菌株也聚为一支。研究结果表明,在分子水平上出发菌株4541及其突变株D-756属于灰黄青霉种。     

3株茶藨生柱锈重寄生木霉菌的形态鉴定及ITS序列分析

[目的]探讨更为客观的木霉菌鉴定手段。[方法]在形态分类的基础上结合分子鉴定手段(rDNA-ITS序列分析),对3株茶藨生柱锈重寄生木霉菌进行分类鉴定。[结果]依据TR1的培养性状和显微特征描述,初步鉴定该菌株为深绿木霉(T.atroviride);TR2、TR3的培养性状和显微特征在一定程度上相似,依据其形态特征,初步鉴定这2个菌株为绿色木霉(T.viridePers.ex Fr.)。从Genbank中深绿木霉和绿色木霉的6个菌株与TR1、TR2T、R3所作的系统发育树可知,TR1应该归为深绿木霉,TR2和TR3属同种真菌,应该归为绿色木霉,这与形态学观察结果一致。[结论]形态特征结合ITS序列分析可作为木霉菌分类鉴定的依据。     

一株高效秸秆纤维素降解真菌的分离、鉴定及系统发育分析

通过刚果红染色法初筛,结合产酶活性测定复筛,从奶牛、山羊瘤胃内容物中分离到一株纤维素高效降解菌NL-3,克隆了该菌的18SrDNA序列,并以其同源性为基础构建了相关属种的系统发育树。结果表明,18SrDNA序列全长504bp,Blast显示该菌株与青霉菌属同源;NL-3菌株在进化关系上也与青霉菌属（Penicillium）聚成一族。特别是与Penicillium decumbens strain JU - A10的同源性最高,序列相似性达99％。结合菌株形态学及18SrDNA基因序列分析结果对菌株进行鉴定,初步鉴定为青霉属的斜卧青霉（Penicillium decumbens）。     

红酵母系统发育及番茄红素的测定

[目的]介绍了红酵母分离纯化的方法,菌株系统发育分析及发酵产物番茄红素的测定。[方法]从土壤及落花样品中分离纯化出7株红酵母,对其进行18S rDNA序列分析,并用高效液相色谱法对7株野生菌株的胞内色素产物进行了初步分析鉴定。[结果]18SrDNA序列分析可初步鉴定这7株菌分别属于红冬孢酵母菌属和红酵母属。用高效液相色谱测定7株菌种胞内抽提物中的番茄红素含量,发现仅有菌株06944的胞内抽提物中含有番茄红素。将菌株06944发酵产番茄红素的HPLC图谱与番茄红素标准品的对比,可初步鉴定所筛出的菌株06944产番茄红素,产量为2.96μg/ml。[结论]菌株06944为红冬孢酵母属,无致病性,可直接作为工业生产菌种。     

3株茶蔗生柱锈重寄生木霉菌的形态鉴定及ITS序列分析

[目的]探讨更为客观的木霉菌鉴定手段.[方法]在形态分类的基础上结合分子鉴定手段(rDNA-ITS序列分析),对3株茶藨生柱锈重寄生木霉菌进行分类鉴定.[结果]依据TR1的培养性状和显微特征描述,初步鉴定该菌株为深绿木霉(T.atroviride);TR2、TR3的培养性状和显微特征在一定程度上相似,依据其形态特征,初步鉴定这2个菌株为绿色木霉(T.viride Pers.ex Fr.).从Genbank中深绿木霉和绿色木霉的6个菌株与TR1、TR2、TR3所作的系统发育树可知,TR1应该归为深绿木霉,TR2和TR3属同种真菌,应该归为绿色木霉,这与形态学观察结果一致.[结论]形态特征结合ITS序列分析可作为木霉菌分类鉴定的依据.     

西藏圆齿红景天茎内曲霉属真菌系统发育分析

[目的]对从健康的新鲜西藏景天科植物圆齿红景天茎内分离得到的曲霉属菌株进行形态学观察以及从分子生物学水平进行分离鉴定。[方法]用载片培养法进行菌株的判定和生物学特性的试验,利用rRNA基因ITS间隔区建立进化树分析法,进行该真菌的系统发育阐明。[结果]菌落在改良型KB培养基上和PDA培养基上形态表现一致,起初菌落为白色绒毛状,边缘列片状,浓密而不透明,基部菌丝体厚、平坦,具沟纹、绒毛状质地,菌株为无性型。通过分子生物学的rRNA基因ITS间隔区系统发育建立进化树的方法鉴定分离出的菌株为曲霉属黄绿组真菌。[结论]通过对菌落外部形态的观察、分析以及从分子生物学角度的无性型rRNA基因ITS间隔区系统发育分析,得知分离得到的菌株属于半知菌亚门曲霉属黄绿组真菌的一种。     

1株拟盘多毛孢菌的培养·纯化及其ITS区的克隆测序

[目的]为拟盘多毛孢菌分离、纯化及ITS区克隆测序相关研究提供依据。[方法]对鸡枞菌内生拟盘多毛孢菌进行分离、纯化,并通过形态学及分子生物学的方法进行鉴定,对其ITS区进行PCR扩增和克隆测序分析。[结果]形态学鉴定结果显示没有已报道的拟盘多毛孢菌与其相似,系统发育树结果也表明其属于一单独分支中。[结论]建立拟盘多毛孢菌的ITS序列数据库是十分必要的。     

利用ITS核酸序列分析鉴定海洋青霉菌

1材料与方法 1．1菌株试验鉴定的青霉菌由海洋一所分离保存，见表 1.1．2培养基固体培养基：马铃薯葡萄糖琼脂培养基（PDA），马铃薯浸汁1000ml，葡萄糖20g，琼脂20g。液体培养基：为该实验室改良，马铃薯浸汁200ml，蛋白胨2g，酵母粉1g，葡萄糖15g，NaCl30g，MgCl2·6H2O2．0g，KCl0．4g，FePO40．01g，蒸馏水1000ml。     

利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系(英文)

[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。     

基于ITS2序列的秤星树等冬青属8种药用植物的分子鉴别

[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。     

周口地区番茄白粉菌的鉴定

[目的]鉴定周口地区番茄白粉菌的形态学及分子生物学.[方法]通过显微学对周口地区的番茄白粉病菌分生孢子及孢子梗的形态、大小进行观察对比,并分析了核糖体DNA转录间隔区（ITS）和进化树.[结果]在扫描电子显微镜下病菌分生孢子呈圆柱形或椭圆形,无支链;目的序列同来自日本番茄上的O.neolycopersici（AB094991）和来自美国番茄上的O.neolycopersici（AB163915）同源性最高聚为一支,与来自韩国绣球花上的O.hortensiae（JQ669944）等由于寄主植物不同而另聚为一条分支.[结论]不同物种的白粉菌间的遗传距离较远,来自周口地区的番茄白粉菌为O.neolycopersici.     

中药秦艽基原植物的DNA分子鉴定

[目的]分析秦艽基原植物间不同DNA序列的差异,为秦艽药材DNA条形码的筛选和基原鉴定提供分子证据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定大叶秦艽G.macrophylla pall.、麻花秦艽G.straminea Maxim.、粗茎秦艽G.crassicaulis Duth-ieex Burk.、小秦艽G.dahurica Fisch、黄管秦艽G.officinalis H.Smith5种植物的核糖体DNAITS、叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸序列,并作序列同源性分析。[结果]cpDNA psbA-trnH序列长度变异范围为316-318bp,有7种不同的单倍型,单倍型间有7个变异位点,序列的GC含量为21.2%。最大简约树的聚类结果与单倍型反映的结果一致。nrDNA ITS序列长度变异范围为624～625bp。有5种不同的单倍型、单倍型间有12个变异位点,序列的GC含量为59.3%。最大简约树的聚类结果表明,小秦艽与麻花艽聚为一支,大叶秦艽与黄管秦艽聚为一支,粗茎秦艽位于聚类图的最基部。[结论]nrDNAITS序列较适合作秦艽基原植物的DNA分子鉴定。     

斑石鲷卵鞭虫病病原的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对严重危害斑石鲷鱼苗的卵鞭虫病病原——渤海分离株(Bohai-1407 isolate)进行分子生物学鉴定和系统发育分析。[方法]设计4对特异性引物,应用PCR方法克隆并测定渤海分离株的核糖体DNA(rDNA)序列;应用Blast比对分析渤海分离株rDNA的结构;依据rDNA序列,分别构建10种胚沟科鞭毛虫和19株眼点淀粉卵涡鞭虫分离株/克隆的系统发育树,分析渤海分离株的系统分类地位。[结果]扩增出了渤海分离株的4个DNA片段,拼接出长度为6 530 bp的r DNA操纵子序列;该操纵子由74 bp的部分外转录间隔区(ETS)、1 813 bp的小亚基(SSU)、352 bp的内转录间隔区1(ITS1)、159 bp的5.8S、698 bp的内转录间隔区2(ITS2)和3 388 bp的大亚基(LSU)串联而成,3'端还有46 bp的部分非转录间隔区(NTS);渤海分离株与眼点淀粉卵涡鞭虫宁德株(Ningde1412)的rDNA序列相似性高达99.5%;依据SSU序列建立了包含10种胚沟科鞭毛虫的系统发育树,渤海分离株与世界各地分离到的眼点淀粉卵涡鞭虫聚类在一起,将其鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫;依据ITS1和ITS2序列建立了包含19株眼点淀粉卵涡鞭虫的2个系统发育树,渤海分离株与从美国弗罗里达盐水池塘中分离到的墨西哥湾分离株FL_21(DQ490260.1)总是聚类在一起。[结论]斑石鲷卵鞭虫病的病原——渤海分离株可以鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫,该分离株与墨西哥湾分离株FL_21的亲缘关系最近。     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析

1材料与方法 1．1菌株来源菌株来源见表1。 1．2菌丝体培养将链格孢菌株接种到PDA培养基上，25℃恒温、倒置培养7d左右，用灭菌的刀片将菌丝从培养基上刮下，以备DNA提取用。     

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。     

6种模式生物热休克蛋白70家族的进化分析

[目的]研究柄海鞘和其他5个物种的热休克蛋白70家族的系统发育关系。[方法]通过在Ensembl中下载与筛选,获得柄海鞘和其他5种生物的热休克蛋白70家族的氨基酸序列,对其进行系统发育树和基因结构分析,并阐明其系统发育关系。[结果]经过筛选,共获得了来自线虫、果蝇、柄海鞘、斑马鱼、家鸡和人类6种生物的热休克蛋白70家族的33个氨基酸序列,其中25个具有明确的基因结构。系统发育分析表明,系统发育树并未完全按照来源物种聚类;6种生物热休克蛋白70的氨基酸序列相当保守,但其内含子插入位点并不整齐,表明热休克蛋白70家族是一个多基因、多结构的家族。[结论]这6个物种均发生了基因复制事件,新产生的基因仅仅是冗余的存在,还是具有新的功能,仍需作进一步的研究。     

一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法

[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。