烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析

采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

四川不同地区慈竹的遗传多样性研究

【目的】比较四川不同地区慈竹的遗传多样性,为其遗传改良研究提供理论依据。【方法】以四川具有代表性的12个地区慈竹为材料,选取29条随机扩增多态性DNA标记(RAPD)和12条简单序列重复区间标记(IS-SR)引物,利用RAPD和ISSR技术,对慈竹的遗传多样性进行研究,并对扩增的特异性条带进行克隆分析。【结果】筛选出14个RAPD引物,扩增出168条条带,其中142条具有多态性,多态率高达84.52%;筛选出8个ISSR引物,扩增出73条条带,其中56条具有多态性,多态率为76.71%。慈竹RAPD和ISSR遗传距离分别为0.140 4~0.570 1和0.071 0~0.706 9。引物OPAA-04从眉山青神慈竹(C-MSQS)中可扩增出长度为570 bp的特异性条带,与细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基相关。【结论】四川不同地区慈竹资源具有较高的遗传多样性。     

四川省不同地区梁山慈竹RAPD与ISSR遗传多样性研究

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列区间(ISSR)对四川省6个不同地区梁山慈竹进行遗传多样性分析。研究表明,筛选出的6个RAPD引物扩增出多态性条带57条,多态性高达95%;筛选出的6个ISSR引物扩增出多态性条带34条,多态性为58.64%。利用Popgen32软件进行聚类分析,结果表明,聚类结果可区分不同地区的梁山慈竹,其遗传距离分别为0.2657-0.9589和0.1092-0.5639,且树状聚类图分类总体趋势一致,表明RAPD和ISSR分子标记结合是一种在DNA水平上有效地检测梁山慈竹遗传结构的优良方法。     

中国部分地区冠耳霉的遗传多样性研究

为研究来自我国不同地区冠耳霉菌株的遗传多样性,用RAPD和ISSR分子标记,对来自中国安徽、山东、贵州、山西和陕西5省的131个冠耳霉菌株(Conidiobolus coronatus)进行遗传多样性分析。筛出的4个RAPD引物和3个ISSR引物共扩增出131条带,其中多态性条带为129条,多态性比率为98.4%,遗传相似性系数范围在0.59~0.99之间,说明受试的冠耳霉具有较为丰富的遗传多样性。利用RAPD和ISSR标记的结果,采用UPGMA聚类分析方法可将绝大多数供试材料分为4大类群。根据所划分的类群,发现冠耳霉之间的亲缘关系与地理来源存在一定的相关性。研究表明,RAPD和ISSR标记可用于冠耳霉遗传多样性的研究。     

应用ISSR标记研究黑麦属植物遗传多样性

对黑麦属(Secale L．)4个种8个亚种共16份材料进行了ISSR标记分析。结果表明。被测材料间ISSR标记多态性较高。35个ISSR引物中。有7个引物(占20％)可扩增出清晰的且具多态性的条带。7个引物共扩增出269条带，其中229条(占85．1％)具有多态性，每个引物可扩增出17～70条多态性带．平均32．7条。ISSR标记遗传相似性系数(GS)变异范围为0．478～0．935，平均值为0．732。聚类分析表明，16份材料可聚为5类。其中S．sylvestre与其它材料问的遗传分化最大，单独聚为一类。据此认为，ISSR标记可以有效地评价黑麦属植物遗传多样性，并可为黑麦属系统学研究提供分子证据。     

利用RAPD和ISSR 2种分子标记鉴定西瓜杂交种的遗传纯度

为了鉴定西瓜杂交种抗病苏蜜和苏蜜5号的遗传纯度,利用RAPD和ISSR 2种分子标记技术对F1杂种及其相应亲本的基因组DNA进行了分析。结果显示:在抗病苏蜜杂交种的分析中,对450个随机RAPD引物进行了筛选,其中139个引物产生了235个多态性条带,平均每个引物扩增出了3.12个条带,多态率为16.7%。139个多态性引物中,3个引物产生了母本特异标记,4个引物产生了父本特异标记,2个引物产生了共显性标记。引物JAASRP388的扩增图谱显示产生了1个母本特异标记JAASRP3881200及2个父本特异标记JAASRP3882010、JAAS-RP388500。引物JAASRP410的扩增图谱显示也产生了1个母本特异标记JAASRP410625及2个父本特异标记JAAS-RP4102000、JAASRP4101000。在杂交种苏蜜5号及其亲本的分析中,100个RAPD引物产生了325条扩增带,其中27个RAPD引物成功地扩增出了37个多态性条带,平均多态率为11.38%。在27个多态性RAPD引物中,4个引物产生了母本特异标记,1个引物产生了父本特异标记。此外对62个ISSR引物进行了检测,45个引物成功地产生了188个扩增条带,每个引物平均产生了4.18个条带,15个为多态性引物产生了23条多态性带,平均多态率为12.23%。在ISSR检测中,只发现了2个引物能产生母本特异条带。研究结果说明,不管是1个母本特异引物和1个父本特异引物组合还是利用1个共显性引物都是杂交种种子质量检测过程中一个非常有效的工具。     

基于ISSR标记的29种石斛遗传多样性分析

遗传多样性分析可为野生植物的开发与保护提供科学依据。采集贵州地区的29份石斛资源,通过简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeats,简称ISSR)标记对其进行遗传多样性和亲缘关系分析,从16条引物中筛选出13条多态性稳定的ISSR引物进行扩增。结果表明,13条引物共扩增出214个条带,其中多态性条带数为212个,多态性比例为99.07%,平均每个引物扩增的条带数为16.46条。随后利用非加权平均距离法(UPGMA)对其进行聚类分析,结果显示,29份石斛材料的遗传相似系数为0.678～0.804。在遗传相似系数为0.715处,可以把29种石斛植物划分为10个类群,从而证明所取石斛材料的遗传多样性十分丰富。     

20份新疆紫花苜蓿种质RAPD和ISSR遗传多样性分析

【目的】采用RAPD和ISSR分子标记对新疆20份野生紫花苜蓿种质进行遗传多样性分析。【方法】用梯度PCR仪对RAPD引物和ISSR引物进行扩增筛选,筛选出多态性好的引物用于20份种质材料的研究。【结果】通过筛选分别得到6对RAPD和ISSR引物对20份新疆紫花苜蓿进行遗传多样性分析。6对RAPD引物共扩增出93个条带,多态性带91个,多态带百分率97.85%;平均每引物扩增出15.50条带,每引物平均扩增出的多态条带15.17。6对ISSR引物共扩增出157个条带,多态性带152个,多态带百分率96.82%;平均每引物扩增出26.17条带,每引物平均扩增出多态条带25.33。RAPD标记的Nei’s基因多样性变异范围为0.176 3~0.274 0,平均0.207 1;ISSR标记的Nei’s基因多样性范围为0.085 0~0.154 1,平均0.113 3。【结论】2种标记聚类分析结果均表明种质聚类与地理来源有一定的相关关系。     

ISSR标记在茶树品种遗传多态性研究中的应用

用筛选出的12个ISSR引物对17个茶树品种的基因组DNA进行扩增,共扩增出61个条带,其中多态性条带53条,占87.08%,平均每个引物组合扩增出5.08个条带.根据Nei-Li系数将17个茶树品种聚为2类.结果显示,ISSR是一种重复性好、效率高的分子标记,可以用于茶树品种的遗传多态性分析.     

鄂西地区青蒿遗传多样性研究

利用RAPD和ISSR分子标记技术对11份鄂西野生青蒿种质进行了遗传多样性研究.结果表明,筛选出的8条RAPD和8条ISSR引物分别产生86条和102条扩增带,其中多态性条带分别为53条和62条,分别占总数的61.63%和60.78%.用POPGENE对两种标记方法的遗传多样性进行计算.有效等位基因数分别为1.355 2和1.370 7,基因多样性为0.2110和0.214 3,Shannon信息指数为0.318 8和0.321 6.以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法聚类分析RAPD和ISSR标记的遗传距离分别为0.035 5～0.411 3和0.142 3～0.401 1,平均值各为0.228 8和0.233 8,表明青蒿种质具有比较丰富的遗传变异,同时也说明,尽管Mantel相关性检测两种标记方法相关性较低(r=0.543 9,P0..05).但都可以有效地揭示青蒿种质的遗传多样性状况.     

利用ISSR和RAPD标记构建红麻种质资源分子身份证

【目的】对来源于不同国家和地区的51份红麻栽培种、野生种和近缘种进行遗传分析,构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用ISSR和RAPD标记对不同类型的51份红麻种质资源进行分析,计算其遗传相似系数,利用UPGMA法作聚类图,建立分子身份证。【结果】19个ISSR标记共产生113条条带,其中101条为多态性带,多态性比率(PPB)为89.38%;20个RAPD标记共产生118条条带,其中112条为多态性带,多态性比率(PPB)为94.92%。品种间多态性丰富,结合特征带、特异谱带类型和不同引物组合3种分析方法,可有效建立51份红麻种质资源的特异分子身份证。【结论】材料间遗传多样性较高,有较远的遗传距离和较宽的遗传基础,ISSR和RAPD标记技术可有效用于建立红麻种质资源分子身份证。     

用RAPD和ISSR法研究新疆红花主栽品种的遗传多样性

【目的】对29份新疆红花栽培品种的遗传多样性进行检测。【方法】RAPD和ISSR分子标记技术。【结果】20个RAPD引物和18个ISSR引物分别扩增出156和112条带,多态条带比率(PPB)分别为92.31%和93.77%。RAPD和ISSR检测的有效等位基因数分别为1.508 1和1.513 7,基因多样性为0.3115和0.3416,Shannon多样性指数为0.4738和0.4798。以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法聚类分析结果RAPD和ISSR标记的遗传距离分别为0.108 2~2.0541和0.123 4~2.1535。【结论】红花不同品种之间具有比较丰富的遗传变异。对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性和检测变异的能力表明,对于实验条件的稳定性而言ISSR优于RAPD,且总的来说ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异。Mantel检测表明:这两种标记的分析结果有极显著的相关性r=0.963。     

山蜡梅复合体的遗传多样性和居群遗传分化研究

将山蜡梅、浙江蜡梅、突托蜡梅统称为山蜡梅复合体,应用RAPD和ISSR标记分别对来自7个不同居群共201个山蜡梅复合体单株进行DNA多样性检验。结果显示:从38个ISSR引物中筛选出12个条带清晰、重现性好、多态性高的引物,扩增出总条带数142条,大小在300～2800bp,多态率达94.37%,PIC0.31,MI3.33。在80个RAPD引物中,选出了12条合适的引物,扩增出条带数226条,大小在150～2200bp,多态率达95.13%,PIC0.37,MI4.91。两种分子标记计算出山蜡梅复合体居群的Nei’s基因多样性指数为0.2952,Shannon信息指数为0.4884,反映出山蜡梅复合体丰富的遗传多样性。进一步的AMOVA分析显示,山蜡梅复合体遗传变异大部分来自居群内变异,并且都达到极显著水平,这表明7个地理居群间存在着比较明显的遗传分化。UPMGA聚类分析发现,7个山蜡梅复合体居群被归为明显的3大支,且地理距离相邻的居群遗传距离也近,说明居群的聚类和地理距离有关。同时分析结果还为解决存在争议的新种的分类工作提供分子水平的有力证据。     

RAPD和ISSR标记检测黄麻属遗传多样性的比较研究

应用RAPD和ISSR标记,分别对来自非洲地区和中国的15份黄麻野生种(10个种),以及来自中国、印度、越南、日本等地的12份黄麻栽培品种基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果表明:(1)参与分析的所有RAPD和ISSR引物都对DNA模板浓度的梯度变化不敏感,对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性,ISSR优于RAPD;(2)25个RAPD和ISSR引物分别扩增出329条和283条带,多态比率分别为89.36%和92.5%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(3)RAPD和ISSR标记检测同组供试材料种间或种内的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.48～0.98和0.33～0.97,ISSR检测出种间遗传多样性的分辨力较RAPD为高,但两者GS相关系数高达0.955;(4)RAPD和ISSR标记的分子聚类获得了趋势相近,但不完全相同的聚类树,两种标记均能准确地把原始黄麻野生种与栽培种中的长果种和圆果种及其近缘野生种聚在不同的种群中,分子分类结果与传统经典分类相符,并揭示出种间或种内基因型的遗传差异与亲缘关系,而ISSR比RAPD能检测到种间更高的遗传差异性;(5)两种标记均可揭示种间与种内的遗传多样性及其进化的亲缘关系,可为进一步开展黄麻分子辅助育种和起源与进化研究提供有价值的理论依据。     

薹菜种质资源的RAPD和ISSR分析

【目的】对29份薹菜(Brassica campestris L.ssp.chinensis Makino var.tai-tsai Hort) 种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为薹菜的种质资源保护和利用奠定基础。【方法】利用优化的RAPD和ISSR标记体系,对采自山东、江苏和北京的29份薹菜品种进行DNA多态性分析,并采用类平均法对29份薹菜品种的RAPD和ISSR扩增结果进行聚类分析。【结果】从273条RAPD引物中筛选的33个RAPD引物,共扩增出了336条清晰的谱带,其中293条显示多态性,平均每个引物扩增出10.2条多态性谱带,多态性比率为87.2%。利用RAPD标记构建了29份薹菜资源的聚类树状图,距离系数为0.63～0.79。从100条ISSR引物中筛选的45个ISSR引物,共扩增出了522条清晰的谱带,其中414条显示多态性,平均每个引物扩增出9.2条多态性谱带,多态性比率为79.3%;利用ISSR标记构建了29份薹菜资源的聚类树状图,距离系数为0.70～0.86。【结论】基于RAPD和ISSR标记构建的29份薹菜品种的聚类树状图虽有一定差异,但总体趋势一致,1、20、21号薹菜与其他品种的遗传距离相对较远。     

橡胶树抗寒种质遗传多样性分析

应用RAPD和ISSR技术对20份橡胶树抗寒种质进行遗传多样性分析。结果表明,16个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出条带113和101条,多态性条带指数(PPB)分别为61.1%和63.4%。据Nei-Li相似系数,ISSR标记在相似系数约0.74处,可将20份材料分为野生种质和栽培种质两大类;RAPD标记在相似系数约0.70处,也可将供试材料分为野生种质和栽培种质两类,但只有XJ002420为野生种质。对2种标记的分析结果进行相关分析,结果表明,RAPD和ISSR所检测的遗传相似系数呈极显著正相关,相关系数为0.672。以上结论表明,RAPD和ISSR标记可用于橡胶树种质资源的遗传多样性研究,但鉴于ISSR较RAPD有更强的多态性检出能力,ISSR技术应作为遗传多样性研究的首选单引物标记。     

光皮桦天然群体遗传多样性研究

该文对福建省光皮桦11个天然群体的RAPD和ISSR的遗传多样性和基因多样性进行分析,选择34个引物(25个RAPD引物,9个ISSR引物),对11个光皮桦群体77个个体进行扩增.RAPD引物共检测到270个位点,多态位点267个,占98.52%.ISSR引物共检测到113个位点,均为多态位点.研究结果表明,11个天然群体中沙县罗卜岩自然保护区和武平梁野山自然保护区群体的遗传多样性和基因多样性最丰富,三元群体的遗传多样性和基因多样性最低;群体内的遗传多样性和基因多样性明显高于群体间的遗传多样性和基因多样性;邵武卫闽和沙县罗卜岩自然保护区群体遗传相似度最低.两种标记的UPGMA聚类分析结果虽存在差异,但都将11个天然群体明显分为两大类.该研究结果为光皮桦树种今后的遗传改良奠定了基础.