基于SSR构建中国主栽草莓品种指纹图谱

【目的】利用SSR分子标记构建中国主栽草莓品种的DNA指纹图谱,为保护育种者权益和实现草莓资源的高效鉴定提供基础数据。【方法】以中国目前主栽的草莓品种(70个)为材料,采用荧光毛细管电泳技术对28个SSR分子标记进行评估,利用筛选后的高效SSR标记构建草莓品种的DNA指纹图谱。【结果】从28对引物中选出了5对多态性较高、重复性较好的核心引物。核心引物共检测出40个等位位点,平均每对引物检测出8个等位位点;共检测到142个带型,平均每对引物检测出28.4个带型;各标记的多态信息含量(PIC)为0.79～0.87,平均PIC值为0.83;聚类分析结果表明,草莓品种之间的相似系数范围为0.65～0.97。【结论】成功构建了具有唯一对应关系的70个草莓品种的DNA指纹图谱,为未来草莓品种的资源保护和利用推广提供数据支撑。     

油菜品种镇油6号的指纹图谱分析

利用单核苷酸多态性标记(SNP)构建镇油6号等15个油菜品种(系)的指纹图谱,分析它们之间的遗传相似性,并通过聚类分析明确它们之间的关系;利用SSR标记分析5个品种的遗传相似系数,SNP标记与SSR标记的遗传相似系数间的相关系数为0.82,达显著水平,表明2种方法所得的指纹图谱间具有较高的一致性,但SNP标记指纹图谱所含差异位点信息较多,比SSR标记图谱更好。     

5个美洲黑杨品种EST-SSR指纹图谱的构建及遗传差异分析

【目的】利用新型分子标记EST-SSR,从分子水平上区分亲缘关系较近、形态上难以区分的5个美洲黑杨品种,并构建其指纹图谱。【方法】采用EST-SSR分子标记,从22对引物中筛选多态性引物,用以鉴别I-69杨、陕林3号、创新杨1号、南抗1号、北抗1号5个美洲黑杨品种,并根据多态性条带计算各品种间的遗传相似系数,构建各自的指纹图谱。【结果】从22对引物中筛选出的17对多态性引物共扩增出86条谱带,其中多态性条带69条,多态性比率为80.23%,有5对引物可以将5个美洲黑杨品种完全区分开;各品种间的遗传相似系数为0.444 4~0.717 2,平均相似系数为0.580 8;构建了各品种的EST-SSR特征指纹图谱。【结论】5个美洲黑杨品种间的遗传差异较小,其中创新1号与陕林3号遗传差异最大。     

基于SSR标记的甜瓜品种（系）DNA指纹图谱库的构建

【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种（系）筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种（系）进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4-14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量（PIC）平均为0.68,变化范围为0.55-0.82。105份材料间的相似系数为0.70-0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【结论】SSR标记适于构建甜瓜品种  （系）的DNA指纹图谱库,可为甜瓜品种鉴定提供依据。     

9个白杨品种SSR指纹图谱构建及遗传关系的研究

利用SSR分子标记,对4个白杨杂交新品种及父母本和3个近缘品种进行了指纹图谱构建和遗传关系分析。结果表明:筛选出的9对引物共扩增出106条清晰条带,平均每对引物扩增条带为11.7条,其中,多态性条带89条,多态性比率为83.1%,说明这些品种间具有较高的遗传多样性。9个品种间的遗传相似系数在0.41~0.75之间;通过系统聚类分析发现,4个杂交新品种与父本截叶毛白杨遗传相似度较高。选用扩增效果好,重复性高的3对引物构建了DNA指纹图谱,为这些品种的商业化生产应用提供了技术依据。     

新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

基于SSR标记的茶树新品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用EST-SSR标记对14个茶树新品种进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明:10个SSR标记在14个品种中共检测到29个等位基因,平均每个标记2.9个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.387和0.756,参试品种中多态性适中。不同等位基因的出现频率有较大差异,其变异范围在3.57%~89.29%。参试品种的Nei′s遗传距离(D)在0.036~0.472之间,当D=0.12时,可将14个茶树品种聚为三类。利用4个核心标记即可区分全部14个品种,并根据获得的等位基因带型,构建了各个品种的分子指纹图谱。     

玉米SSR与盐溶蛋白指纹图谱分析

利用SSR标记法与盐溶蛋白法对32份玉米自交系和13个杂交种的指纹图谱进行分析，结果表明，盐溶蛋白图谱中共有35条不同的谱带，多态性信息量占74．29％。筛选了50个SSR引物，其中6个多态性好的SSR引物能区分所有供试材料。在32个自交系中共检测到29个等位基因，平均每个引物4．83个，多态性信息量占93．10％。仅用2个引物就检测到10个位点，把13个杂交种分开，并构建了13个杂交种的数字指纹图谱。     

柑橘品种鉴定的SSR标记开发和指纹图谱库构建

【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。     

榧树基因组SSR分子标记开发

基于榧树(Torreya grandis)基因组DNA测序数据开发SSR分子标记,利用MISA和Primer 3.0脚本设计SSR引物,从中选择合成20对SSR引物并在10个榧树品种中进行多态性扩增,其中6对引物成功扩增并鉴定到多态性,各个位点的等位基因数量介于4~9个之间,平均等位基因数约为6个,多态信息含量PIC平均值为1.779 2。本研究开发的SSR引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建提供依据。     

Analysis of SSR Fingerprints in Introduced Silkworm Germplasm Resources

Thirty-five SSR markers were used to construct 96 silkworm races fingerprint. All the SSR markers were polymorphic and unambiguously separated silkworm strains from each other. A total of 467 alleles were detected with a mean value of 13.34 alleles/locus （range 3-28）. The mean polymorphism index content （PIC） was 0.71 （range 0.299-0.919）. UPGMA cluster analysis of Nei＇s genetic distance grouped silkworm strains on the basis of their origin. The results indicated that SSR markers are efficient tools for fingerprinting cultivars and conducting genetic diversity studies in the silkworm.     

家蚕卵线粒体DNA限制性内切酶长度多态性研究

利用29种限制性内切酶对34个不同品种家蚕卵mt DNA进行酶切分析,发现一化、二化品种与多化品种的HaeⅢ酶切图谱有差异,但不同的地理品种间没有出现酶切多态性现象。另外,一些家蚕品种的受精卵和非受精卵mt DNA在Bgl I和Pst I酶切焉,呈现不同的酶切带型。同时,绘制了较精确的家蚕mt DNA限制性内切酶酶切图谱。     

中粳水稻品种资源遗传多样性Ⅲ. 不同时期育成品种SSR多样性的比较分析

利用 42个SSR标记对我国中粳水稻稻区不同时期育成的137份品种进行遗传多样性分析,33个标记具有多态性,在多态性位点共检测到107个等位基因,每个引物上的等位基因数为 2～7个,平均3.2个。供试品种Nei多样性指数平均值为0.290,变异范围为0.162～0.419。供试品种在籼粳分化程度上差异明显,TDj值平均为0.7787,变幅为0.3620～0.9445,多数品种的籼粳分化较为彻底,地方品种和早期育成品种存在粳型倾籼类型。利用SSR分子标记进行UPGMA聚类分析,可将130个典型粳型品种、3个籼稻对照品种和7个粳型倾籼型品种明显分开,与形态分类的结果相一致,130个粳稻品种可分为多个类群。Nei基因多样性指数He,TDj值、SSR多样性变化趋势表明,我国中粳水稻稻区不同时期育成的品种遗传多样性呈下降趋势,因此,水稻育种中应发掘新的种质资源,拓宽品种的遗传多样性。     

家蚕对核型多角体病毒（NPV）抗性的遗传学研究

】以１０个家蚕原种和２个杂交种为材料,采用机率分析法研究了不同家蚕品种对ＮＰＶ的抗性差异。结果表明,不同家蚕品种对ＮＰＶ的抗性差异极显著。抗性主要受微效多基因控制,并具有偏父遗传现象。日本系统的品种的抗性比中国系统的品种强。     

The power of microsatellite markers and AFLPs in revealing the genetic diversity of Hashemi aromatic rice from Iran

Hashemi, a popular aromatic rice among Iranians, is famous for its fragrance and taste. Such features are major reasons for its higher price compared to non-aromatic varieties available in Iran. Therefore, the knowledge of genetic diversity of this profitable crop is a fundamental ineterst for plant breeders in future breeding programs. In the present research, genetic diversity among 35 genotypes of Hashemi aromatic rice(Oryza sativa L.) from Guilan and Mazandaran provinces of Iran was estimated using simple sequence repeat(SSR) and amplified fragment length polymorphism(AFLP) markers. Out of 21 SSR and 12 Eco RI-Mse I AFLP marker combinations, only 16 SSRs and 10 AFLPs exhibited polymorphic patterns while others were monomorphic. The 10 AFLP primer combinations produced a total of 142 of bands and 20 were polymorphic(14.08%). Moreover, 40 out of 47 bands amplified with 16 SSR markers showed polymorphism(85.1%). The average number of alleles identified by SSR primers was 2.56 alleles per locus with a range of 2 to 4. The average value of polymorphic information content(PIC) was 0.393 and 0.468 for AFLP and SSR markers, respectively. However, the genetic similarity values ranged from 0.26 to 1 for SSRs and 0.21 to 1 for AFLPs. Later, a unweighted pair group method with arithmetic mean(UPGMA) dendrogram was generated and genotypes were clustered into four groups with SSRs at similarity coefficient of 0.55 while AFLPs clustered them into six groups at similarity coefficient of 0.41. Cluster analysis revealed a narrow genetic diversity and low correlation between geographical differentiation and genetic distance within cultivars.     

实秆小麦86-741遗传背景的SSR标记分析

川86-741,是采用CIMMYT小黑麦与小麦杂交培育出的高穗整齐度、实心矮秆种质。以四川地方品种中国春(CS)和育成普通小麦品种川麦47为对照,选用小麦A,B和D基因组的166个SSR标记,对实秆材料86-741的遗传背景进行了比较分析,共检测到264个等位变异,每对引物可检测到1~3个,平均1.59个;小麦遗传材料86-741与中国春在66个位点(39.76%)上存在差异;与川麦47在58个位点(34.94%)上存在差异。     

家蚕品种资源的遗传多样性与分子系统学研究

利用微卫星(SSR)标记,在DNA分子水平上对不同地理系统和化性的家蚕品种之间的遗传差异进行了研究。结果表明:在11对引物中均出现稳定的扩增带,扩增带总数为106条,最多的有16条,最少有4条,平均每个引物9.6条。利用单匹配相似系数和UPGMA聚类法对结果进行分析,发现其SSR不但具有品种特异性,而且具有系统特异性,证明不同化性及地理系统的家蚕在进化上属有显著差异的类群。     

Development of a Highly Informative Microsatellite （SSR） Marker Framework for Rice （Oryza sativa L.） Genotyping

To select highly informative microsatellite markers （SSRs） and establish a useful genetic SSR framework for rice genotyping, 15 rice （Oryza sativa L.） cultivars including six indica varieties and nine japonica varieties were used to analyze the polymorphism information content （PIC） value of 489 SSR markers. A total of 1 296 alleles were detected by 405 polymorphic markers with an average of 3.2 per locus. The PIC value of each chromosome was ranged from 0.4039 （chromosome 2） to 0.5840 （chromosome 11）. Among the two rice subspecies, indica （0.3685-0.4952） gave a higher PIC value than japonica （0.1326-0.3164） and displayed a higher genetic diversity. Genetic diversity of indica was high on chromosome 12 （0.4952） and low on chromosome 8 （0.3685）, while that for japonica was high on chromosome 11 （0.3164） and low on chromosome 2 （0.1326）. A SSR framework including 141 highly informative markers for genotyping was selected from 199 SSR markers （PIC〉0.50）. Ninety-three SSR markers distributed on 12 chromosomes were found to be related to indica-japonica differentiation. Of these 93 pairs of SSR primers, 17 pairs were considered as core primers （all the japonica varieties have the same specific alleles, while the indica varieties have another specific alleles）, 48 pairs as the second classic primers （all the japonica or indica varieties have the same specific alleles, while the indica or japanica varieties have two or more other specific alleles ） and 28 pairs as the third classic primers （all the japonica and indica varieties have two or more alleles, but the specific alleles are different between japonica and indica）. Thirty-two SSR markers were selected to be highly informative and useful for genetic diversity analysis of japonica varieties. This work provides a lot of useful information of SSR markers for rice breeding programs, especially for genotyping, diversity analysis and genetic mapping.     

黄淮麦区近年大面积推广小麦品种的遗传多样性分析

采用31对SSR引物对黄淮麦区近年大面积推广的25份小麦品种进行微卫星标记位点扫描及遗传多样性分析,共检测到148个等位基因变异,变化范围为2~15个,平均每个位点检测到的等位基因数为4.77个。位点多态性信息指数(PIC)变幅为0.253~0.889,平均0.552。3个基因组的平均等位变异丰富度为D>B>A,遗传多样性指数为D>A>B。7个部分同源群的平均等位变异丰富度为1>7>2>5>3=4>6,平均遗传多样性指数为5>3>6>4>2>1>7。聚类分析表明,品种间的遗传相似系数(GS)变幅0.34~0.85,平均为0.61,SSR标记能将25份小麦品种相互区分开,在遗传相似系数(GS)0.59处,可将供试品种聚为5大类,其中80%的品种被聚在第Ⅰ类,同一地区或育种单位的品种大致聚在一个类群里。表明黄淮麦区近年大面积推广的小麦品种间遗传差异较小,遗传基础狭窄。     

云南小麦地方品种及铁壳麦遗传多样性比较分析*

 为了给云南省小麦新品种选育以及物种保护研究提供依据,选用20对SSR引物对37份云南铁壳麦和35份云南地方小麦品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明：在20个SSR标记位点上共检测到54个等位变异,每一位点检测到的等位变异数目为1~5个,平均2.7个。综合Neis基因多样性指数和Shannon多样性指数两个指标分析结果表明,云南铁壳麦品种遗传多样性水平较低。根据SSR标记数据计算云南小麦品种间的遗传距离,其结果表明云南地方小麦品种具有更高的遗传多样性。从UPGMA法可将72个品种分为3个类群,聚类结果表明同一地方的品种没有整齐地聚为一类。