绵羊痘病毒甘肃流行株糖蛋白基因orf118的克隆及序列分析

从甘肃景泰疑似羊痘患病绵羊的皮肤组织中提取基因组DNA,利用PCR技术,克隆糖蛋白orf118基因.比较分析表明,该基因由516个核苷酸组成,编码171个氨基酸,相对分子质量为19 500,其碱基组成极不平衡,其中A T含量占72.48%,G C含量仅占27.52%.甘肃景泰株orf118基因同绵羊痘病毒TU-V02127 株之间的核苷酸同源性最高达99.8%,氨基酸的同源性为100%;与疙瘩皮肤病病毒肯尼亚株和山羊痘病毒G20-LKV 株之间的同源性分别为96.5%和94.8%.结构预测结果显示,orf118蛋白为分泌蛋白,具有2个N键连结糖基化位点和1个跨膜区.以上结果表明,orf118蛋白在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,具有潜在的疫苗和诊断价值.     

绵羊痘病毒新疆株的分离及结构蛋白P32基因序列分析

【目的】对绵羊痘病毒当地流行毒株的分离和其结构蛋白P32基因的克隆和序列进行分析,明确引起新疆本地绵羊流行痘病的病毒种类,掌握当前流行毒株的变异情况,为绵羊痘的预防控制及将来研制高效安全疫苗提供科学依据。【方法】将两例疑似患有羊痘的绵羊肺脏组织病料接种于MDBK细胞进行病毒分离,细胞病变组织经处理后通过电子显微镜观察分离病毒。以分离病毒基因组DNA为模板,通过PCR扩增绵羊痘病毒结构蛋白P32基因,并对目的基因进行克隆和基因序列和蛋白生物信息学分析。【结果】两例病料组织接种MDBK细胞后均产生明显的细胞病变,电子显微镜观察可见到约200 nm大小、椭圆形有囊膜的典型痘病毒粒子。对两株病毒表面膜结构蛋白P32基因PCR扩增均可获得与预期大小一致的约972 bp片段,氨基酸序列分析表明分离毒株SPV/Miquang/2013和SPV/Kuche/2013病毒P32基因与绵羊痘病毒参考株同源性分别达96.9%~99.4%和97.5%~100%,生物信息学分析发现SPV/Miquang/2013株P32蛋白有两个关键氨基酸位点发生变异,即第78位谷氨酸突变为赖氨酸,第293位异亮氨酸突变为苏氨酸。【结论】从疑似病例中分离到两株病毒,通过电镜观察及P32基因扩增测序,与其他羊痘病毒比对后鉴定分离毒株为绵羊痘病毒,分别命名为SPV/Miquan/2013和SPV/Kuche/2013。SPV/Miquan/2013的P32蛋白同其他绵羊痘病毒的两个氨基酸位点发生明显突变。     

绵羊痘病毒甘肃流行株膜蛋白ORF23基因的克隆及序列分析

从甘肃景泰县疑似患羊痘的绵羊皮肤组织中提取基因组DNA,PCR扩增膜蛋白ORF23基因.序列分析表明,该基因由1113个核苷酸组成,编码370个氨基酸,A+T含量占69.90%,G+C含量仅占30.10%.绵羊痘病毒甘肃株ORF23基因与A株、NISKHI株之间的核苷酸同源性分别为99.6%和99.5%,氨基酸同源性分别为98.7%和98.4%;与皮肤疙瘩病病毒NW-LW株和山羊痘病毒Pellor株之间的核苷酸同源性均为98.2%.结构预测显示,ORF23膜蛋白为非分泌蛋白,具有一个O连结糖基化位点.可见,ORF23膜蛋白在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,具有潜在的疫苗和诊断研究价值.     

山羊痘病毒P32基因的PCR—RFLP分析

根据羊痘病毒基因组设计引物,建立了检测羊痘病毒P32基因的PCR方法,并扩增了疫苗毒株、标准毒株、贵州分离株的P32基因;应用生物学软件对山羊痘和绵羊痘病毒P32基因的酶切位点进行分析,选择合适的限制性内切酶对P32基因进行酶切.结果表明,以SDS-蛋白酶K法提取的病毒DNA在含量和纯度上均高于Trizol法,更有利于PCR扩增;所建立的PCR方法对细胞感染物及山羊痘疹样本均能扩增出特异性的目的DNA条带;软件分析选择限制性内切酶Hinf I对羊痘病毒P32基因的PCR产物进行酶切鉴定,可以有效区分山羊痘病毒和绵羊痘病毒.     

羊痘病毒P32基因生物信息学分析

为获得羊痘病毒P32基因生物信息学资料,扩增山羊痘病毒贵州LD株的P32基因,并进行克隆、测序与序列分析；以P32基因的推导氨基酸序列为材料,应用计算机技术和生物学软件预测P32蛋白的跨膜结构、亲水性、抗原指数、柔韧性、表面可及性和二级结构,综合评价P32蛋白的抗原表位.结果表明,羊痘病毒P32基因核苷酸和氨基酸同源性...     

山羊痘病毒P32基因的克隆、测序及在原核细胞表达

为比较山羊痘病毒贵州分离株P32基因与国内外分离株的关系,并获得P32蛋白,应用PCR方法从贵州山羊痘病毒分离株的核酸样本中扩增出P32基因片段,将PCR产物克隆至pMDl8-T载体,对重组质粒进行了基因序列测定.将测定的P32基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列与GenBank中相应序列作比较,同源性分别达到99.4%和98.4%,表明山羊痘病毒的P32基因具有高度保守性.将P32基因克隆至原核表达载体pET-28a,成功构建重组表达质粒pET-28a-P32/LD,转化至大肠杆菌BL2l(DE3)进行诱导表达.SDS-PAGE检测显示,重组细菌在35.5 kDa处表达一条特异性的蛋白带,而阴性对照未见这条蛋白带;Western-Blotting检测证实,这条蛋白带能与山羊痘高免血清反应而显示其免疫学活性.     

绵羊痘病毒甘肃古浪株RING finger基因的克隆表达及序列分析

【目的】对绵羊痘病毒甘肃古浪株RING finger蛋白的基因进行克隆,表达以及序列分析,初步探究绵羊痘病毒RING finger蛋白是否具有E3泛素连接酶活性,为阐明其在绵羊痘病毒感染过程中对泛素蛋白酶体系统的调控作用奠定基础.【方法】以绵羊痘病毒甘肃古浪株DNA为模板,通过PCR扩增RING finger基因.利用Pfam数据库、DNAstar等软件进行序列及遗传进化分析;将RING finger基因片段插入原核表达载体pGEX-4T-1中,构建pGEX-SPPVRFP重组表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,并进行SDS-PAGA和Western-blot分析.【结果】绵羊痘病毒RING finger基因由723个核苷酸组成,编码的240个氨基酸的分子量约为28.5 ku,具有RING finger结构域.不同羊痘病毒株间RING finger基因核苷酸序列同源性高达99.2%,氨基酸序列同源性高达98.3%.不同的RING finger蛋白都含有8个保守的半胱氨酸和组氨酸.SDS-PAGA分析显示,重组SPPVRFP大小约为55 ku,Western-blot分析显示,重组SPPVRFP不能与绵羊痘病毒阳性血清反应.【结论】成功克隆、表达并纯化了绵羊痘病毒RING finger基因,对SPPV GS-GL株RING-finger蛋白进行序列分析,推测其可能具有E3泛素连接酶活性.     

浅议绵羊痘和山羊痘的症状区别及防治方法

绵羊痘和山羊痘分别是由痘病毒科羊痘病毒属的绵羊痘病毒和山羊痘病毒引起的绵羊和山羊的急性热性接触性传染病,主要通过呼吸道感染,对山羊、绵羊的生长造成不利影响,为一类动物传染病。笔者就绵羊痘和山羊痘的症状进行分析,对绵羊痘和山羊痘提出了具体的预防与治疗措施。     

山羊痘病毒059蛋白表达及鉴定

为研究山羊痘病毒的059蛋白,本研究用PCR技术扩增山羊痘病毒THX株059基因,并构建了融合表达His标签的原核表达载体,测序鉴定并分析了059基因的核苷酸序列特征和推测的氨基酸序列结构特征,将重组质粒转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导表达,用SDS-PAGE和Western-blot鉴定其蛋白表达情况。结果成功扩增并构建了山羊痘病毒059基因的原核表达载体PET-42b-059,THX株059基因全长为765 bp,与参考株的相似性高达99. 34%,与山羊痘病毒在亲缘关系上较近,而与疙瘩皮肤病病毒与绵羊痘病毒的亲缘关系较远。059蛋白会长255aa,由多个α螺旋和β片层交错构成,分子量大小为29 KDa,SDS-PAGE结果显示其以包涵体的形式表达,大小与理论相符,Western Blot结果证明059蛋白与His标签进行了融合表达。结果表明059蛋白可以较好原核表达,为进一步研究该蛋白的其他生物学特性奠定了基础。     

山羊痘病毒疫苗株TK基因的克隆与序列分析

用绵羊睾丸细胞培养山羊痘病毒疫苗株G14-STV44-55,提取其基因组为模板,设计TK基因的特异性引物并进行PCR扩增,获得了2405bp的DNA片段,并将PCR产物克隆至pGEM-TEasy载体。酶切鉴定、PCR鉴定和测序结果表明,成功获得了TK基因,获得的TK基因内存在唯一的ACC65I酶切位点和3′末端早期转录终止信号TTTTTN(T)T。核苷酸和氨基酸同源性分析表明,弱毒疫苗株G14-STV44-55TK基因与基因Bank中发表的13个参考毒株的同源性在96%和95%以上,说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性。     

绵羊鸟苷素基因的克隆与序列分析

基于电子延伸序列,本试验克隆并分析了绵羊鸟苷素基因.从绵羊十二指肠黏膜组织中提取总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR扩增,PCR产物与pMD19-T载体连接后转化到E.coliJM109感受态细胞,检测阳性克隆并测序.结果表明:克隆的绵羊鸟苷素基因长341 bp,编码109个氨基酸,与人、豚鼠、小鼠和牛的同源性分别为77%7、5%、47%和94%,推测的氨基酸序列信号肽为1~16 aa,整个氨基酸构成一个模域,编码鸟苷素前体蛋白.     

弓形虫自然弱毒株棒状蛋白2基因克隆及序列分析

应用PCR法从弓形虫QHO株速殖子基因组DNA中扩增ROP2的基因片断,连接到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌JM109,经酶切及PCR鉴定后进行测序,并进行序列分析.结果表明,自然弱毒株的开放阅读框架(ORF)与ROP2基因已知序列(Z36906)的ORF具有97%的同源性,氨基酸序列具有95%的同源性.     

猪多杀性巴氏杆菌5:A型Ts-8株psl基因的克隆和序列分析

根据禽多杀性巴氏杆菌psl基因序列,设计了1对引物,从猪源多杀性巴氏杆菌5:A型Ts-8株中扩增出453bp的psl基因,将其克隆到pMD18-T载体后测序。序列分析表明,该基因与禽多杀性巴氏杆菌T16株的psl基因序列只相差2个碱基,同源性高达99%;与流感嗜血杆菌编码P6蛋白的基因序列同源性为83%。猪psl基因的推导氨基酸序列与禽psl基因、P6蛋白的氨基酸序列同源性分别为100%,87%。结果表明,多杀性巴氏杆菌psl基因在猪和禽的菌株中是高度保守的,而且与P6蛋白的氨基酸序列具有较高的同源性。     

甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析

应用PCR产物混合样本DNA池法检测甘南牦牛心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因CDS区多态性,并应用生物信息学方法分析甘南牦牛H-FABP蛋白质特性.结果表明:甘南牦牛H-FABP基因CDS区序列与九龙牦牛相同,而与普通牛对比在第3外显子存在*76G>A的同义突变;甘南牦牛H-FABP氨基酸序列没有明显的疏水性区域,也未形成跨膜螺旋区及信号肽,推测其主要在细胞质中发挥生物学作用;甘南牦牛H-FABP基因编码产物二级结构是以α-螺旋和β-折叠为主的mixed型;氨基酸序列与普通牛、山羊、马、人、小鼠、大鼠、鸡、草雀及绿鸭9个物种间同源性较高,与其实际亲缘关系远近一致.     

Gene product of v-fgr onc: hybrid protein containing a portion of actin and a tyrosine-specific protein kinase

The nucleotide sequence of the region of Gardner-Rasheed feline sarcoma virus (GR-FeSV) encoding its primary translation product, p70gag-fgr, has been determined. From the nucleotide sequence, the amino acid sequence of this transforming protein was deduced. Computer analysis indicates that a portion of P70gag-fgr has extensive amino acid sequence homology with actin, a eukaryotic cytoskeletal protein. A second region of P70gag-fgr is closely related to the tyrosine-specific kinase gene family. Thus, the v-fgr oncogene appears to have arisen as a result of recombinational events involving two distinct cellular genes, one coding for a structural protein and the other for a protein kinase.     

胡萝卜抗冻蛋白AFP基因的克隆与序列分析

以胡萝卜幼苗为材料,提取基因组DNA,根据GenBank中的已知序列设计引物,利用聚合酶链式反应技术(PCR)体外扩增获得胡萝卜抗冻蛋白基因(AFP),将其连接到pGEM-Teasy vector载体上,并对其进行生物学信息分析.结果表明:克隆的AFP基因片段全长1 206bp,其中编码区长1 026bp,共编码341个氨基酸,蛋白质分子量为38.048ku,等电点为5.43,该蛋白为亲水性分泌型蛋白,有信号肽存在;其蛋白质二级结构以α-螺旋、β-折叠和无规卷曲为主.与GenBank中(A91926.1)的基因序列和氨基酸序列比较,同源性分别为99.4%和97.6%,表明AFP基因克隆成功.与不同地方品种胡萝卜AFP基因做同源性比较,结果发现不同品种间的AFP基因保持着很高的内同源性.     

北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因外显子2的克隆与序列分析

采用PCR技术扩增出北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因的外显子2的267 bp大小的片段,将该片段克隆到pGEM-T Easy质粒中,重组质粒用PCR和酶切分析进行阳性克隆鉴定,然后测定核苷酸序列,并推导其氨基酸序列.北京荷斯坦牛、蒙古牛、人类、瑞典红白花牛、蒙古绵羊、西班牙山羊之间DRB3基因外显子2的核苷酸序列同源性为80.9%～95.5%,氨基酸序列同源性为75.3%～91.0%.     

香蕉钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白基因MaCBL1的克隆及序列分析

[目的]为香蕉钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白基因MaCBL1调控机理的研究奠定基础。[方法]根据在香蕉果实抑制缩减文库中获得的一个CBL基因片段,采用PCR方法克隆了MaCBL1基因全长cDNA序列并对其进行了初步的生物信息学分析。[结果]MaCBL1基因cDNA序列全长1 078 bp,编码213个氨基酸残基。多重序列比对结果显示,MaCBL1推导的氨基酸序列与其他植物来源的CBL基因的氨基酸序列同源性较高。遗传进化分析表明MaCBL1与其他植物如杨树、甘蓝、沙冬青、棉花和水稻的CBL基因的亲缘关系较近,并在同一个进化枝上。[结论]该研究为进一步研究香蕉钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白对香蕉生长发育、果实的成熟调控及对各种逆境反应的调控提供了依据。     

3个品种鸡α干扰素基因的克隆与序列分析*

 根据GenBank中鸡α干扰素（IFN-α）基因序列设计1对引物，应用PCR技术直接从鸡肝组织基因组中扩增罗曼鸡、海兰鸡及固始鸡α干扰素基因，并进行克隆和测序。结果表明，获得了3个品种鸡IFN-α全基因序列，长度均为582bp，编码193个氨基酸残基。3个品种鸡IFN-α基因及推导的氨基酸序列比较结果显示，海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因序列完全一致，而固始鸡与海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因核苷酸同源性99.3%，有4个碱基发生非同义变异，氨基酸同源性为97.9％。克隆的3个品种鸡IFN-α基因序列与GenBank上发表的7条鸡IFN-α基因序列进行比较分析发现，核苷酸同源性在98.1%～100%之间，氨基酸同源性在96.9%～100%之间。