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相似文献
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1.
ERF是植物所特有的一类重要的转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。本研究利用In silico克隆方法获得葡萄VvERF2基因,并利用生物信息学方法对该基因编码产物从氨基酸组成、理化性质、进化关系、二级及三级结构、功能等方面进行预测和分析。结果表明,VvERF2为亲水性蛋白,与其他物种的ERF在序列组成、结构及活性位点等方面均具有高度的一致性。  相似文献   

2.
R2R3-MYB转录因子能够有效调控丹参酚酸类物质的积累。将丹参的SmMYB33、SmMYB54和SmMYB93与拟南芥的R2R3-MYB进行比对,找到拟南芥中与丹参3个转录因子亲缘关系最近的功能已知的转录因子,根据这些功能已知的转录因子,对丹参3个转录因子的功能进行预测。构建含有绿色荧光报告基因的载体pA7-GFP-SmMYB33、pA7-GFP-SmMYB54和pA7-GFP-SmMYB93,使用基因枪方法将载体分别转化洋葱表皮细胞进行亚细胞定位分析,结果表明3个转录因子主要定位在细胞核,绿色荧光也有少部分出现在细胞质中。构建酵母表达载体pDEST-GBKT7-SmMYB33、pDEST-GBKT7-SmMYB54和pDESTGBKT7-SmMYB93用于酵母自激活活性分析,结果表明SmMYB33有自激活活性,SmMYB54和SmMYB93没有自激活活性。  相似文献   

3.
【目的】生育期相关性状是玉米育种研究的重点之一。作为重要的生育期性状,开花期(抽穗期、吐丝期和散粉期)的提前,可保证玉米充分脱水,适宜机收;也为中国黄淮海地区小麦-玉米一年两熟耕作模式下的小麦播种减轻压力。转录因子是转录水平基因表达调控的重要上游因子,对目标基因发挥转录激活或转录抑制的作用。在全基因组水平上解析转录因子对玉米开花期的调控作用,获得开花期提前且不影响产量的玉米转录因子单倍型组合,进而挖掘优异种质资源,可为培育开花期适宜的玉米育种研究提供基因资源。【方法】使用候选基因关联分析方法,对开花期相关转录因子及显著SNP进行分析;并利用DAP-seq技术捕获了关键转录因子的结合位点和下游基因;随后对转录因子调控的下游基因进行GO分析,探究转录因子通过影响其下游基因对开花期进行调控的基因网络。【结果】玉米开花期3种性状(吐丝期、散粉期、抽穗期)中,与吐丝期和抽穗期性状以及吐丝期和散粉期性状同时关联的转录因子显著SNP均为75个,与抽穗期和散粉期性状同时关联的显著SNP为128个,同时关联到3种表型的显著SNP为58个。表明开花期3种性状可能受相同的转录因子调控。选取含有3个及以上开花期相关显著SNP的转录因子基因,通过DAP-seq,捕获了这些转录因子结合的关键基序及调控的下游基因。转录因子结合的下游基因显著富集于转录因子活性、DNA结合、RNA结合、有机氮化合物的合成代谢过程、与生殖有关的发育过程等;不同的转录因子存在共同调控的下游基因,生育期相关性状关键调控性转录因子为ARF、MYB和NAC。对关键上游转录因子进行单倍型分析,发掘了玉米生育期提前,同时对产量无负向影响的转录因子最优单倍型组合。【结论】运用DAP-seq技术并结合前人研究绘制了全基因组水平上转录因子对生育期相关农艺性状的调控网络,并发掘了既提前玉米生育期又对产量无负向影响的转录因子最优单倍型组合。  相似文献   

4.
MYB转录因子家族是植物最大的转录因子家族之一,在植物生长发育、形态建成、次生代谢等的调控中起着重要作用。本研究在漆树转录组测序的基础上,应用生物信息学方法,筛选到48个漆树MYB转录因子,依据MYB保守域的特点将其分为3类:1条R3-MYB 序列,21条R2R3-MYB序列和26条R1-MYB序列。结果表明,蛋白序列分析显示,48条漆树MYB转录因子大部分属疏水性蛋白,且无规则卷曲和α螺旋在二级结构中占有较大比例。GO分析发现漆树R2R3-MYB蛋白共注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3大类功能的27个亚类。系统进化分析将48个漆树MYB转录因子分为了8个亚组。表达谱数据分析表明,漆树MYB基因的表达具有组织特异性,11个在叶片中高水平表达,21个在茎中的表达量较高。研究结果为今后进一步解析漆树MYB转录因子的结构和生物学功能奠定基础,有助于进一步研究漆树MYB转录因子在次生代谢产物中的调控功能。  相似文献   

5.
为了研究多穗柯(Lithocarpus polystachyus Rehd)MYB转录因子在光胁迫时调控多穗柯黄酮类物质合成的作用,以不同光处理条件的多穗柯为试验材料,通过转录组学测序和生物信息学分析方法,对多穗柯MYB转录因子和多穗柯黄酮类物质合成关键基因进行了分析。结果标明:在多穗柯的转录组学测序数据中,鉴定得到60个LpMYB转录因子,按照DNA结合结构域的特点,将这些转录因子分为4个亚族(1R-MYB,R2R3-MYB,3R-MYB,4R-MYB),其中R2R3-MYB数量最多,占总LpMYB转录因子的43.33%。多穗柯大部分MYB转录因子能够适应红光胁迫;长时间的光照、适当的光照度提高了LpMYB转录因子的表达。鉴定得到10个参与调控黄酮类物质生物合成的S4、S5、S6和S7亚族LpMYB转录因子。多穗柯黄酮类物质合成相关基因与LpMYB转录因子的相关性分析结果表明,LpMYB转录因子在调控黄酮化合物的合成中发挥着重要的作用,LpMYB转录因子能够正调控黄酮类物质合成基因PAL、C4H、CHS3、ANS的表达,从而提高多穗柯的品质。  相似文献   

6.
基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析   总被引:4,自引:2,他引:2  
【目的】MYB基因家族是植物中最大的一类转录因子家族,广泛参与植物的生长发育和代谢调控过程。目前仍没有针对枸杞等木本作物MYB转录因子家族的系统分析。基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞MYB基因家族,可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考。【方法】基于黑果枸杞转录组测序(RNA-Seq)数据,利用NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞MYB基因进行筛选注释;利用Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0软件进行保守结构域、亚细胞定位和系统进化等生物信息学分析。基于转录组数据分析MYB基因在黑果枸杞果实不同发育期的差异表达模式,并采用荧光定量PCR方法进行验证。【结果】基于转录组测序数据,注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,根据结构特性将其分为4大类:R2R3-MYB、1R-MYB、3R-MYB和4R-MYB。结构域分析表明:R2R3-MYB类转录因子的R2 MYB基序中包含3个极度保守的色氨酸残基,R3 MYB基序中的第一个色氨酸残基被疏水氨基酸替代。比较分析黑果枸杞MYB家族和拟南芥MYB家族共同构建的进化树发现,黑果枸杞的MYB家族在进化上包括3个大类,6个亚类。亚细胞定位预测结果显示,44个MYB转录因子定位于细胞质中,37个定位于细胞核中。基于转录组数据的MYB差异表达模式分析表明,黑果枸杞MYB基因可能参与了果实不同发育时期花青素变化的调控;基于荧光定量PCR的差异表达数据进一步验证了部分MYB转录因子在果实不同发育时期的花青素合成中可能起到调控作用。【结论】黑果枸杞MYB基因家族注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,为进一步研究MYB家族的基因结构和生物学功能奠定了基础。  相似文献   

7.
在白桦(Betula platyphylla Suk.)转录组数据库中获得5个MYB转录因子,将其进行蛋白质分子量与等电点、核定位信号、跨膜结构域和蛋白保守结构域预测,并与拟南芥的MYB蛋白质进行氨基酸序列比对分析和系统树构建。结果表明,白桦的5个MYB转录因子都属于R2R3-MYB类蛋白;系统进化树表明白桦的5个MYB转录因子与拟南芥抗逆相关的MYB转录因子亲缘关系较近,而与非抗逆相关的转录因子亲缘关系较远,说明白桦的5个MYB转录因子可能具有植物抗逆相关功能。  相似文献   

8.
【目的】明确桑树基因组中WRKY转录因子家族结构及其功能特征,为进一步揭示WRKY转录因子家族生物学功能提供科学依据。【方法】利用生物信息学方法对桑树WRKY转录因子的数目、类型、结构、系统进化关系、保守结构域和密码子使用偏性等进行全面分析。【结果】基于桑树全基因组蛋白数据库,共鉴定出55个桑树WRKY转录因子家族基因,占桑树基因总数(29261)的1.88%。桑树WRKY转录因子存在6种内含子数量类型及15种内含子相位类型,其中27个基因含有2个内含子,25个基因的相位类型为2-2型。保守结构域系统进化分析结果显示,桑树WRKY转录因子家族蛋白主要分为三大类(Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ),Ⅰ类可分为ⅠN和ⅠC两个亚组,Ⅱ类根据聚类情况又可分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe等5个亚组。桑树WRKY转录因子蛋白保守结构域分析发现有五类Motif的保守性较强,桑树WRKY转录因子蛋白中均包含C端Motif 1,Ⅰ类蛋白同时含有N端Motif 3。桑树WRKY转录因子家族基因启动子区富含PBF(C2H2锌指因子)和AHL(拟南芥hook因子)元件。密码子使用偏性分析结果显示,桑树WRKY转录因子家族基因的有效密码子数(ENC)介于48.00~60.00,密码子第3位GC含量(GC3s)介于0.330~0.722,平均亲水性值(Gravy)均为负值;同义密码子相对使用度(RSCU)1.000的密码子有29个,且以A(6个)或T(11个)结尾较G(4个)或C(8个)结尾的略多。【结论】桑树WRKY转录因子家族包含55个成员,内含子相位类型一致的同组成员可能来源于同一祖先基因,且与基因复制和基因组重排有关;蛋白序列高度保守,在植物抵御环境胁迫过程中发挥作用;基因密码子使用偏性较弱,主要受碱基突变选择压力影响。  相似文献   

9.
[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选,分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化,为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法,分析灵芝蛋白数据库,将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较,从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库比对,获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白,其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C2H2保守结构域的同源蛋白数量最多,分别为61、55和40个。进化树分析结果表明,灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示,Chr 3上的转录因子同源蛋白数量最多,Chr 13上的最少。亚细胞定位预测结果表明,位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数量较多,分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明,含有TEA结构域的GL22568_R1在乙酸处理后转录水平显著下调;含有C2H2...  相似文献   

10.
从梅花基因组中鉴定出R2R3型MYB转录因子,与拟南芥R2R3型MYB转录因子进行系统进化分析,利用qRT-PCR方法检测了27个响应低温驯化R2R3型MYB转录因子在低温胁迫下表达量的变化。结果表明:1)从梅基因组中鉴定出106个R2R3型MYB转录因子,基于氨基酸序列的进化分析显示44个梅R2R3-MYB转录因子和拟南芥中的22个亚类具有同源性;2)表达分析的结果表明多个梅花PmR2R3-MYB基因的表达受低温调控,其中17个基因响应低温迅速,5个基因只在后期应答低温胁迫,而5个基因的表达量变化没有明显规律。  相似文献   

11.
葡萄GRAS基因家族生物信息学分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为研究葡萄中GRAS基因家族的特征,本文首先利用生物信息学方法对葡萄91条GRAS蛋白序列的系统发生和GRAS基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了葡萄与拟南芥的GRAS基因家族之间的联系。结果显示这91条蛋白序列与拟南芥35个GRAS基因蛋白序列一起分成了8个亚族,说明拟南芥与葡萄GRAS基因间具有较高的保守性。基因组定位结果发现91条GRAS基因分布在17条染色体上。研究还发现不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;而二级结构预测结果发现,91条氨基酸序列以α-螺旋和随机卷曲为主要组成部分,且91条氨基酸序列三维结构相似。  相似文献   

12.
为了对含氨基酸水溶性肥和含海藻酸水溶性肥在巨峰葡萄上的应用效果进行评价,在14 a生巨峰葡萄上,试验设Algifol肥(含海藻酸水溶性肥)1 000倍液、Sipfol肥(含氨基酸水溶性肥)600倍液和清水(空白对照,CK)3个处理,分别于开花前、果实膨大期和果实转色期各喷施1次,研究了不同类型有机叶面肥对葡萄新梢基径、果实产量和品质的影响。结果表明:施用有机叶面肥能够增加新梢生长量,提高果实产量和品质,其中,Sipfol肥能够显著促进葡萄新梢加粗生长,对增加穗长和单粒质量效果较好;Algifol肥能够明显提高果实的可溶性固形物含量,对增大单穗质量和糖酸比效果较好。在葡萄生长期,施用Sipfol肥有利于新梢生长量的积累,施用Algifol肥有助于提高果实产量和可溶性固形物含量。  相似文献   

13.
行间生草对赤霞珠葡萄与葡萄酒含氮化合物的影响   总被引:1,自引:1,他引:0  
【目的】研究葡萄园行间生草对葡萄果实不同部位与葡萄酒中含氮化合物的影响。【方法】在酿酒品种赤霞珠葡萄园行间播种白三叶草、紫花苜蓿和高羊茅,以清耕为对照,在果实成熟期及酒精发酵结束后,采用凯氏定氮法及全自动氨基酸分析仪测定分析各处理葡萄果皮、果肉、种子及葡萄酒中的总氮、可溶性蛋白质及氨基酸含量。【结果】除紫花苜蓿处理使葡萄种子中可溶性蛋白质含量显著高于清耕(对照)外,行间生草总体使葡萄果皮、果肉及种子中的总氮和可溶性蛋白质含量降低,果实中不同部位总氮及可溶性蛋白质含量也有差异,种子中总氮含量最高,占葡萄果实总氮含量的41.6%,果肉与果皮分别占总氮含量的33.9%及24.5%;葡萄果实中可溶性蛋白质占总氮含量的46.0%,种子、果肉及果皮中可溶性蛋白质分别占果实中可溶性蛋白质总含量的50.9%、33.9%及15.2%;葡萄酒中总氮和可溶性蛋白质含量无显著差异。高羊茅和紫花苜蓿处理使葡萄果实中氨基酸总含量升高,白三叶草处理使其降低,但均无显著差异,各处理葡萄果实中均以脯氨酸含量最高,占氨基酸总含量的45.9%—56.9%,其次是赖氨酸和精氨酸,占氨基酸总含量的16.4%—24.2%。行间生草使葡萄酒游离氨基酸总含量升高,其中高羊茅处理最高,其次是紫花苜蓿处理,这两种生草处理与清耕之间差异达显著水平;各处理葡萄酒中的氨基酸,均以脯氨酸含量最高,占氨基酸总含量的90.11%—92.45%。【结论】行间生草使葡萄果实总氮和可溶性蛋白质含量降低,但总体提高了葡萄与葡萄酒中游离氨基酸总含量,有利于提高葡萄酒的质量。  相似文献   

14.
不同叶面肥在3个葡萄品种上的应用   总被引:6,自引:0,他引:6  
研究3种叶面肥对克瑞森无核葡萄、红地球葡萄和木纳格葡萄产量和品质的影响,以期为葡萄生产中高效叶面施肥提供理论依据。结果表明,在葡萄不同生育时期喷施螯合氨基酸钙液肥、腐植酸液肥和平衡营养肥均明显增加了3个葡萄品种叶片叶绿素含量(SPAD值)、产量、可溶性固形物含量和还原型Vc含量,显著降低可滴定酸含量。其中吐鲁番地区的克瑞森无核葡萄以连续喷施4次腐植酸液肥的效果最显著:产量增幅为21.26%,品质显著改善;阿克苏地区的红地球葡萄和木纳格葡萄,以喷施螯合氨基酸钙液肥效果最好:产量增幅分别为8.50%和17.15%,明显高于其他两个喷肥处理,品质也优于其他两个喷肥处理。  相似文献   

15.
【目的】通过克隆细胞分裂素脱氢酶/氧化酶基因VlCKX4及其启动子,进行表达特性分析和启动子活性分析并进行转录因子预测,为深入解析VlCKX4介导细胞分裂素信号途径调控葡萄坐果的分子机制提供依据。【方法】使用生物信息学方法分析‘巨峰’葡萄(Vitis vinifera×Vitis labrusca)细胞分裂素氧化酶/脱氢酶4(VlCKX4)的序列特征;利用PCR技术克隆该基因以及它的启动子,使用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)分析VlCKX4的表达特性,GUS活性试验用于分析其启动子活性;利用PlantTFDB、CisBP等转录调控数据库对VlCKX4的转录调控关系进行预测分析,输出结果使用Gephi软件进行可视化。【结果】VlCKX4全长1 582 bp,其中包含1 566 bp的开放阅读框,编码522个氨基酸,具有家族特征的FAD结构域和细胞分裂素结合(ck-binding)结构域。qRT-PCR结果表明VlCKX4在花序中高表达,其次是叶片,在卷须中表达量最低;细胞分裂素CPPU处理后VlCKX4表达量先下降后上升,细胞分...  相似文献   

16.
[目的]分析夏黑葡萄果粒品质,并对其挥发物进行SPME-GC-MS分析。[方法]在长势良好的葡萄植株上采摘3~5个成熟果穗,测定粒重、出汁率、可溶性糖含量、游离氨基酸含量、可溶性蛋白质含量、酸度,另对其挥发物进行GC-MS分析。[结果]夏黑葡萄果粒中蛋白质、氨基酸、可溶固性物及糖含量分别为0.47 mg/g、1.99μg/g、15.83%和15.33%,酸度为0.43%,糖酸比为36∶1,各项指标均优于维多利亚品种。GC-MS分析出夏黑葡萄挥发性物质有16种,其中含量较高的酸酯类物质可能是夏黑葡萄气味特征的主要构成成分。[结论]该研究对进一步提高夏黑葡萄推广种植效益有指导意义。  相似文献   

17.
【目的】研究刺葡萄发酵过程中氨基酸的化学组成与果香酯类物质生成的关联,为刺葡萄酒增香酿造提供理论指导。【方法】试验以刺葡萄品种‘湘珍珠’为研究对象,以‘赤霞珠’葡萄为对照,添加酿酒酵母启动酒精发酵,每隔24 h取样,分别采用HPLC和GC-MS方法测定氨基酸和酯类物质的组成及含量,并通过Pearson相关性分析建立二者之间的数学关联。【结果】刺葡萄中除脯氨酸之外的氨基酸总体含量为‘赤霞珠’葡萄的3倍,天冬氨酸、缬氨酸、谷氨酸、γ-氨基丁酸、精氨酸含量分别达到‘赤霞珠’葡萄中对应氨基酸含量的2.4倍、2.2倍、4.2倍、7.7倍和3倍,但丙氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸含量仅为‘赤霞珠’葡萄中对应氨基酸含量的10%、35%和20%。刺葡萄发酵产生的乙酸酯、短链脂肪酸乙酯、中链脂肪酸乙酯含量仅为‘赤霞珠’葡萄发酵所得上述酯类物质的55%、11%和69%。Pearson相关性分析显示,刺葡萄发酵过程中丙氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸与乙酸酯、脂肪酸乙酯的相关性系数在0.552—0.837,较‘赤霞珠’葡萄发酵体系中相应的相关性系数显著偏低,这可能与刺葡萄酒果香酯类物质含量偏低有关。【结论】刺葡萄中含量偏低的丙氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸可能限制了刺葡萄酒发酵体系中果香酯类物质的积累。  相似文献   

18.
为解决平菇栽培原料供应价格飙升、供应紧张的现状,以平菇为试材,在平菇栽培培养料中按不同比例添加葡萄枝屑(0、30%、50%、70%),研究葡萄枝屑对平菇菌丝体生长、子实体产量及子实体营养成分的影响。先将葡萄枝屑、玉米芯、土霉素药渣等原料按不同比例浸泡混匀,装袋培养灰色平菇栽培种,采用柱前衍生反相高效液相色谱法测定平菇子实体氨基酸含量,按照国家标准测定方法测定平菇中微量元素含量。结果表明:添加适宜比例葡萄枝屑栽培平菇,菌丝体长势强,生长速率高,菌丝洁白、粗壮、紧密;添加葡萄枝屑可显著提高平菇产量,其中以添加50%葡萄枝屑的平菇产量最高(324.0 g/袋),且加入葡萄枝屑3个处理的生物学效率为90.3%~99.7%;添加葡萄枝屑可提高平菇子实体中铁、锌、硼等微量元素的含量;4个基质配方栽培的平菇基本能满足人体对必需氨基酸的搭配需求,且添加葡萄枝屑栽培的平菇赖氨酸含量显著高于不添加葡萄枝屑的对照。因此,加入葡萄枝屑可提高平菇的产量及微量元素含量,满足人体对必需氨基酸的需求。  相似文献   

19.
刘鑫  张亚红  袁苗  党仕卓  周娟 《中国农业科学》2022,55(20):4020-4035
【目的】 葡萄是我国重要的果树树种,花芽分化直接影响葡萄的质量和数量。对‘红地球’葡萄花芽分化过程中的花芽进行比较分析,探索‘红地球’葡萄花芽分化机制,挖掘关键基因,为了解‘红地球’葡萄花芽分化提供理论基础。【方法】 对‘红地球’葡萄花芽分化过程中4个发育阶段:S1(未分化期)、S2(花原始体发育期)、S3(花序主轴发育期)和S4(花序二级轴发育期)的芽进行形态学观察和植物激素测定,并进行转录组测序分析及验证。【结果】 ‘红地球’葡萄花芽分化过程中共发现13 729个差异基因,其中S1-S2、S2-S3、S3-S4和S1-S4分别有4 158、2 050、3 425和7 652个差异基因。在S1-S4差异基因的富集调控网络中发现差异基因在激素介导的信号通路、脱落酸代谢过程、对酸性化学物质的反应和植物细胞壁组织或生物发生等通路富集。在激素介导的信号通路中发现大量与生长素、赤霉素和脱落酸等相关基因,测定表明,生长素在S2时期含量最高,而在S3和S4时期含量最低;赤霉素含量在花芽分化过程中不断降低,在S4时期为S1时期的80%;脱落酸含量在S1和S4时期较高,而在S2时期最低。此外,S1-S4差异基因来自转录因子家族(MYB、ERF、bHLH和MADS-box等),表明这些转录因子家族基因参与了‘红地球’葡萄花芽分化。对差异表达的13个MADS-box家族基因进一步分析表明,MADS8AGL65AGL15AGL12MADS2在花芽分化进程中表达上调,而AGL30LeMADSFBP24AGL14MADS3表达下调。对这些MADS-box基因进行qRT-PCR验证,基因表达趋势与转录组数据一致且相关系数较高,表明数据分析结果可靠。【结论】 ‘红地球’葡萄花芽分化是一个复杂的生物过程,其中,植物激素介导的信号通路以及MADS-box家族基因在花芽分化中发挥重要作用。研究结果提供了一个关于转录因子、基因和激素的信息,有助于揭开这一复杂的发育过程,并为‘红地球’葡萄花芽分化综合模型的建立提供理论基础。  相似文献   

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