中国扁蓿豆遗传多样性的表型和SSR标记分析

【目的】揭示中国扁蓿豆种质资源的遗传多样性,为扁蓿豆种质资源的收集、保护及更好地利用提供参考。【方法】利用15个表型性状(株高、叶长、叶宽、荚果长、荚果宽、种子长、种子宽、千粒质量、花序花朵数、单枝花序数、花序种子数、叶型、花色、叶色和生长习性)和16对SSR标记,检测来自中国7个省(市)的44个扁蓿豆种质资源的遗传多样性。【结果】表型性状分析结果表明,15个扁蓿豆表型性状表现出较大差异;花序种子数、种子长、种子宽和单枝花序数等性状是居群间和居群内差异较大的性状,是造成表型差异的主要因素;表型聚类将44个扁蓿豆划分为8个类群,大部分材料聚在第Ⅱ类群内,但仍有部分材料独立成群。SSR标记分析结果表明,筛选出16对苜蓿SSR引物,每对引物可以稳定检测到3～10个等位基因,共扩增119条谱带,平均每个位点6个等位基因,多态性比率为80.7%,每对引物产生有效基因96个,平均多态信息含量(PIC)为0.26;16对引物将44个扁蓿豆划分为8个类群,大部分材料主要集中在第Ⅲ类群内。Mantal测验表明,表型性状欧式遗传距离矩阵与SSR标记遗传距离矩阵之间存在极显著正相关,相关系数r=0.013 8,t=0.188 7,表明重要的表型性状能够较准确地反映亲缘相近材料的遗传变异。【结论】中国扁蓿豆种质资源的遗传多样性水平较高。     

利用表型和SSR标记分析西北旱区优质蛋白玉米自交系的遗传多样性

对西北旱区有代表性的30份优质蛋白玉米(QPM)自交系农艺性状的分析表明,大部分自交系在一个类群内,但仍有部分自交系独立成群。SSR分析表明,每对引物可以检测到3~8个等位基因,29对引物共检测到141个等位基因,平均每个位点检测到4.86个等位基因。SSR标记聚类分析和主坐标分析将这些材料分为4个类群,但大部分仍集中在黄改系群内。表明西北旱区QPM玉米自交系来源较单一,遗传多样性差,仅少部分自交系较为独立,可以有针对性的进行保存和改良利用。     

广西地方玉米种质和加拿大群体的遗传多样性分析

 【目的】分析45份广西地方玉米品种和15份加拿大改良群体的遗传多样性，为更好地利用地方品种拓宽广西玉米种质的遗传基础提供理论依据。【方法】采用混合取样法（每个群体中随机提取4个混合样本，每个样本包括10个单株）和SSR分子标记技术进行研究。【结果】70对SSR引物在60个群体的240份样本中扩增出245条等位基因，每对引物检测出的等位基因数目为2～6条，平均每个位点3.5条。加拿大的15份群体和广西的45份地方品种分别聚为二大类群。加拿大的15份群体又可以分为硬粒型和马齿型两个亚群。在45份广西地方种质中，同样可以分为硬粒型和马齿型两个亚群；糯玉米没有单独聚类，而是分散在硬粒型类群当中。【结论】广西亚热带种质比温带的加拿大种质具有更大的遗传变异，研究这些材料的遗传多样性可更好地扩增广西玉米种质的遗传基础，对玉米育种中发现潜在突破性种质可能会起到一定的作用。     

玉米诱导系遗传多样性及诱导率与母本遗传背景的关系

【目的】研究玉米单倍体诱导率与遗传背景的关系及诱导系的遗传多样性。【方法】选用东北地区主要的玉米杂种优势模式下骨干自交系所组配的F1代为母本进行单倍体诱导,统计诱导率;利用SSR标记对诱导系遗传多样性进行分析和类群划分。【结果】母本不同的材料间单倍体诱导率变异幅度较大,相同杂交模式下的基础材料间诱导率变化也较大,杂交模式间诱导率无显著差异;同一亲本组配的诱导基础材料的诱导率变化范围较大,不同亲本的组合间差异不显著。SSR标记分析表明,35对SSR引物共检测出152个等位基因变异,每对引物检测出2~7个等位基因,平均4.342 9个,每对引物多态性信息量(PIC)为0.113 7~0.676 5,平均为0.442 0。聚类分析结果表明,供试玉米诱导系分为4个大群,第2类群可以被划分为6个亚群。【结论】单倍体诱导率与母本基础材料的基因型有一定的相关性;供试诱导系可划分为4个大群;在对诱导系评价或父本诱导系改良时,应考虑测定母本基因型等综合因素。     

新疆长绒棉种质资源遗传多样性SSR分析

【目的】利用SSR分子标记对新疆长绒棉种质资源材料进行基因组检测及遗传多样性分析。【方法】从39对SSR核心引物中筛选多态性好而且稳定的34对,对19个长绒棉材料基因组进行检测,用NTSYS-pc2.11e软件遗传多样性分析。【结果】34对引物共扩增出108个多态性条带,平均每个引物为3.17个。共检测出160个等位基因,变异的多态信息含量(PIC)在0.1~0.89。材料间的遗传相似系数在0.635~0.933,平均相似度为0.784。遗传相似系数阀值在0.69时,可把19个材料分为5个类群。大部分新疆自育品种和部分中亚及埃及资源材料聚类在第2类群中。【结论】材料聚类与资源来源相吻合,材料遗传相似度较高,遗传差异不大,遗传基础狭窄。     

西双版纳地区糯玉米品种四路糯、小黄糯的遗传多样性分析

【目的】研究西双版纳地区四路糯、小黄糯的遗传多样性和遗传结构。【方法】利用SSR标记，对来自西双版纳地区不同来源的四路糯、小黄糯3个地方糯玉米品种7个亚居群及1个地方爆裂玉米和1个薏苡居群进行遗传多样性分析，并以黄早四和Mo17为对照，进行聚类分析。【结果】（1）用21对玉米核心SSR引物，在7个糯玉米亚居群中总共扩增出201个等位基因，平均多态信息量PIC值为0.82，标记索引系数MI值7.92，Shannon多样性指数I为0.4094。(2) 品种内的遗传分化系数在0.0968～0.2216之间，品种间的遗传分化系数为0.3409。 (3) 遗传相似度和聚类分析的结果表明：7个糯玉米亚居群被划分为3组；与地方爆裂玉米及2个自交系的亲缘关系较远。【结论】四路糯和小黄糯均具有丰富的遗传多样性；不同品种间具有较大的遗传分化；品种内居群间也存在一定程度的遗传分化。     

河北省花生地方品种基于SSR标记的遗传多样性

 【目的】揭示河北省花生地方品种的遗传多样性,为花生育种提供理论依据。【方法】利用20对SSR引物对75个河北省不同植物类型花生地方品种遗传多样性进行分析。【结果】共检测到65个等位基因,每个位点的等位基因变幅为2～6个,平均3.25个;平均Shannon信息指数为0.5448,变幅为0.1680(7G02)～1.3617(PM15);平均Nei基因多样性指数为0.6458,变幅为0.3385(7G02)～0.9013(PM384);普通型花生地方品种的遗传多样性明显大于多粒型和珍珠豆型。采用类平均法对欧氏距离进行聚类,可以将各地方品种分为两大类,第Ⅰ类群为珍珠豆型和多粒型花生地方品种,第Ⅱ类群为普通型花生地方品种,品种间的亲缘关系与地理来源关系不大。【结论】SSR检测结果表明,河北省花生地方品种的多样性程度较高。     

SRAP分子标记分析广西糯玉米地方品种的遗传多样性

【目的】研究广西糯玉米地方品种的遗传多样性,初步划分类群,为其改良和创新利用提供参考。【方法】利用SRAP分子标记技术对广西49个糯玉米地方品种进行遗传多样性分析及杂种优势群划分。【结果】49份糯玉米地方品种被划分为5个类群,广西特别是广西西部和北部糯玉米地方品种具有丰富的遗传多样性;百色和河池地区大部分地方品种被划分在同一类群,这些糯玉米地方品种具有较强的区域性,即同一地区大部分糯玉米地方品种亲缘关系较近,且相邻的百色和河池地区的大部分糯玉米地方品种亲缘关系也较近。【结论】广西糯玉米地方品种具有较丰富的遗传多样性,且这些地方品种的遗传类群与地理来源和地理环境有较大关系。     

SRAP分子标记分析广西糯玉米地方品种的遗传多样性

【目的】研究广西糯玉米地方品种的遗传多样性,初步划分类群,为其改良和创新利用提供参考。【方法】利用SRAP分子标记技术对广西49个糯玉米地方品种进行遗传多样性分析及杂种优势群划分。【结果】49份糯玉米地方品种被划分为5个类群,广西特别是广西西部和北部糯玉米地方品种具有丰富的遗传多样性;百色和河池地区大部分地方品种被划分在同一类群,这些糯玉米地方品种具有较强的区域性,即同一地区大部分糯玉米地方品种亲缘关系较近,且相邻的百色和河池地区的大部分糯玉米地方品种亲缘关系也较近。【结论】广西糯玉米地方品种具有较丰富的遗传多样性,且这些地方品种的遗传类群与地理来源和地理环境有较大关系。     

云南84个玉米杂交种的SSR遗传多样性分析

【目的】通过对云南84个玉米杂交种的遗传多样性进行分析,为云南玉米育种提供参考依据,提高育种效率。【方法】利用SSR分子标记技术和UPMGA方法对试验材料进行分析。【结果】筛选出均匀分布在玉米10条染色体上的61对SSR标记引物对供试材料进行SSR标记,共检测到622个等位基因变异,每对引物2~22个等位变异位点,平均为10.23个;每对引物的多态信息量(PIC)在0.324~0.920,平均为0.779,相似系数在0.662~0.918;以0.745为界,将84份供试杂交种划分为5大类群,以0.753为界,将类群Ⅰ划分为4个亚群,84.5%的杂交种均聚在类群Ⅰ。【结论】试验表明云南玉米杂交种遗传基础较狭窄,杂交种间具有同质化趋势。     

中国大麦地方品种的遗传多样性及α-淀粉酶活性的 全基因组关联分析

【目的】了解中国大麦地方品种的遗传多样性,为大麦α-淀粉酶活性基因寻找有效的分子标记。【方法】利用覆盖全基因组的41对简单重复序列（SSR）标记引物,对257份中国大麦地方品种进行PCR扩增;采用Nei’s遗传距离和邻接（neighbour-joining）法进行聚类分析;在对群体结构和连锁不平衡分析的基础上,进行基于全基因组的表型与基因型的关联分析。【结果】共鉴定出709个等位变异,平均每个位点的等位变异数为17个。41个SSR标记位点的多态性信息指数（PI）变化范围为0.23（Bmag 0385）—0.94（Bmac0032）,平均为0.6385。257个中国大麦地方品种聚合成9个不同的结构类群,发现5个与大麦α-淀粉酶活性显著关联的标记位点。【结论】中国大麦地方品种中蕴藏着丰富的遗传等位变异;各类群的特性和品种来源符合“遗传关系密切、表型特征特性相同、地理生态相近”的同类群聚集规律。在5个关联位点中,位于7H染色体上的Bmag0385位点,其等位变异A215的酶活增强效应最大;此外,7H上Bmac0273的等位变异A141的增效作用较大,可用于啤酒大麦育种的分子标记辅助选择。     

玉米地方品种Glb1基因克隆及其遗传多样性分析

【目的】了解我国西南地区不同玉米地方品种的遗传多样性,为合理利用这些玉米种质资源提供参考。【方法】以西南地区12份玉米地方品种为材料,对Glb1基因片段进行克隆、测序及序列比对,分析其遗传多样性。【结果】12份玉米材料Glb1基因序列长度为1138-1149 bp,其序列一致性为96.21%。12份材料Glb1基因序列间存在较多的变异位点,大于等于3 bp的插入/缺失有8个,主要位于第81-84、122-128、161-164、368-371、428-442、668-680、966-976和1003-1011 bp。不同玉米地方品种材料间的遗传相似系数为96.50%-100.00%,平均为98.58%。根据聚类分析结果可将12份材料分为五大类,且来源于同一地区的玉米材料趋向于聚为一类。【结论】Glb1基因具有较高的保守性,所选材料间Glb1基因序列存在一定的遗传多样性,利用Glb1基因序列可作为鉴定不同玉米地方品种的一种理想分子标记。     

中国不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性研究

【目的】通过对中国旱稻地方品种的遗传多样性检测,分析不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性和遗传差异,为旱稻地方品种在水稻遗传育种中的有效利用提供理论依据。【方法】利用39对SSR引物对来自中国17个省份或地区的158份旱稻地方品种以及20份巴西旱稻种质进行SSR标记多态性、遗传相似性和聚类分析。【结果】在中国旱稻地方品种中共检测到等位基因308个,每对引物等位基因数变异在2—21个,平均等位基因数为7.8974个,其中RM72、RM241、RM232和RM412的等位基因数较多,分别为21、17、16和15个。Nei’s基因多样性指数变异在0.0435—0.8989,平均基因多样性指数为0.6153,其中RM232、RM72和RM241的基因多样性指数较高,分别为0.8989、0.8914和0.8883。籼型旱稻地方品种的平均等位基因数和平均基因多样性指数分别为6.4359和0.6227,而粳型旱稻地方品种分别为6.9744和0.5087。籼型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.4007—0.8959,平均为0.7168,而粳型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.5803—0.9581,平均为0.7643。【结论】籼型旱稻地方品种的基因多样性显著高于粳型旱稻地方品种;各省份或地区间粳型旱稻地方品种的遗传一致性高于籼型旱稻地方品种;各省份或地区粳型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置密切相关,而籼型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置未见相关。     

利用SSR标记揭示中国粳稻地方品种遗传多样性

【目的】通过中国粳稻地方品种的遗传多样性分析,阐明各省份粳稻地方品种的遗传结构及其亲缘关系,为中国粳稻杂交育种的亲本选配提供科学依据。【方法】利用43对SSR多态性标记,对原产于中国17个省(市、自治区)的187份粳稻地方品种进行等位基因多样性、遗传结构和聚类分析。【结果】共检测到等位基因351个,每个位点等位基因变幅为2—21,平均每个位点等位基因数为8.2;基因多样性指数变异范围为0.117—0.908,平均为0.550;多态信息含量(PIC)变异范围为0.114—0.902,平均为0.523。在RM72、RM241、RM219、RM412和RM232等位点所检测到的遗传多样性参数值较大。西南、华南、华中粳稻地方品种的遗传多样性明显高于华北和东北地区;云南省粳稻地方品种遗传多样性最丰富,天津和吉林的粳稻地方品种的遗传多样性相对较低。基于Nei’s遗传距离的系统聚类把供试材料分为8个小类群,南方粳稻地方品种主要聚类于第ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ和ⅴ等5个小类群,北方粳稻地方品种主要聚类于第ⅵ、ⅶ和ⅷ等3个小类群。基于模型的群体结构分析,供试材料被分为11个亚群,有144份材料被分到相应的11个亚群,其余43份材料被分到混合亚群。【结论】南方稻区粳稻地方品种的遗传多样性明显高于北方稻区,其中西南稻区的粳稻地方品种遗传多样性最为丰富,而云南是粳稻地方品种遗传多样性最丰富的省份。北方与南方粳稻地方品种间存在较大的遗传差异,粳稻地方品种间亲缘关系与地域性存在一定的相关性,这种相关性在北方粳稻地方品种中更为突出。RM72、RM241、RM219、RM412和RM232适合应用于粳稻地方品种的遗传多样性检测。     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

轮枝镰孢SSR标记开发及在玉米分离群体遗传多样性分析中的应用

【目的】开发轮枝镰孢（Fusarium verticillioides）的SSR标记,为轮枝镰孢遗传多样性研究提供技术支持。【方法】利用Fastpcr在轮枝镰孢基因组中查找符合条件的SSR位点,采用Primer5.0软件设计引物,利用NTSYS及Popgene分析来自玉米的轮枝镰孢单孢分离物群体的PCR扩增结果。【结果】共设计有效扩增SSR引物158对,经筛选,109对（69.0%）可扩增出2条及以上的条带,其中55对引物（34.8%）多态性较好,可扩增出3条及以上的条带。从11条已组装的轮枝镰孢染色体上各选出2对多态性引物,计22对引物,对66株轮枝镰孢玉米分离物进行扩增,共获得125个等位变异,变异范围为2—11个,平均为5.68个。轮枝镰孢玉米分离物之间Nei’s基因多样性指数为0.1139—0.8687,平均为0.6199,表现出较高的遗传多样性。【结论】基于轮枝镰孢基因组序列开发的SSR标记具有很好的多态性,可用于轮枝镰孢的遗传多样性分析。用22对SSR引物扩增,以遗传相似系数0.3进行划分,可将66株轮枝镰孢玉米分离物分为3群;中国轮枝镰孢玉米分离物的遗传多样性与地理分布无相关性。     

中国桃主要品种资源及其野生近缘种的分子身份证构建

 【目的】以国家果树种质郑州葡萄、桃圃保存的237份中国桃地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材，进行种质分子身份证构建工作，并对构建方法进行探讨。【方法】采用筛选后的SSR标记对品种进行区分，然后根据引物对不同品种扩增条带分子量的大小进行编码、组合。【结果】从80对引物中筛选出来自桃8条染色体上的16对SSR引物，在供试种质间共检测出等位基因203个，每对引物平均检测到等位基因数为12.7个。根据等位基因既位于地方品种、育成品种，又位于近缘野生种的选择方法，筛选出123对等位基因并赋值后可用于构建种质的分子身份证。【结论】在237份种质中有202份具有的可辨分子身份证编码，继续对不同引物组合对种质的筛选效率进行分析，筛选出8对核心引物使176份种质具有可辨的分子身份证，平均每对引物区分种质达22.1份，即在保证每对引物区分效率较高的基础上，兼顾了总的区分数量。最后，为使区分品种简便化，依据引物的多样性指数先后选择引物组合，达到用最少的引物组合区分不同品种的目的。     

中国不同省份籼稻地方品种的指纹图谱分析

【目的】通过对中国不同省份籼稻地方品种的SSR标记多样性分析,为中国籼稻地方品种的指纹图谱构建及其有效保护和利用提供理论依据。【方法】利用78对SSR引物,对中国14个省280份籼稻地方品种进行指纹图谱检测,分析不同省份籼稻地方品种间SSR标记遗传多样性差异、等位基因组成及其出现频率等。【结果】共检测到330个等位基因,每对引物等位基因数为2—12个,平均等位基因数为4.141个。RM336、RM334、RM264、RM297、RM204、RM248、RM444的等位基因数和有效等位基因数较多,分别在6和3以上,且遗传多样性指数较高,在1.4以上。78对SSR引物各等位基因的出现频率变异在0.18%—99.56%,RM338的A等位基因出现频率最高,RM131的E等位基因和RM276的F等位基因出现频率最低。RM338、RM308、RM484、RM29等44对SSR引物的某个等位基因在单个或多个省份籼稻地方品种中出现频率为100%。RM336、RM334、RM264、RM204、RM297、RM248、RM263、RM276、RM444、RM21、RM246和RM258等12对引物在多数省份中均表现为较高的遗传多样性。【结论】上述12对SSR引物适用于中国籼稻地方品种的指纹图谱构建。