巢式PCR检测油茶根腐病菌的研究

为建立油茶Camellia oleifera根腐病菌层生镰刀菌Fusarium proliferatum的巢式聚合酶链式反应（PCR）快速检测体系．扩增层生镰刀菌核糖体DNA基因间隔序列（ITS）区并测定其序列,比较该序列与GenBank中近似种的ITS序列差异．设计了特异性引物GF1和GR2,利用该对引物与ITS1和ITS4进行巢式PCR扩增检测层生镰刀菌。结果显示,巢式PCR对层生镰刀菌的检测灵敏度可达100ag基因组DNA,比常规扩增方法提高了1万倍。利用设计的GF1／GR2特异性引物与ITS区通用引物进行巢式PCR扩增．可灵敏地扩增出油茶根腐病菌层生镰刀菌DNA。     

首次测得蝴蝶兰基腐病菌rDNA ITS区序列

用White et al．于1990年设计的引物ITS4和ITS5对蝴蝶兰基腐病菌(Fusarium spp．)的rDNA ITS区片段进行了PCR扩增，并将扩增产物克隆到大肠杆菌JM109中进行测序，测得的序列长度为565bp。该序列的测得为蝴蝶兰基腐病菌的诊断提供了有利证据。     

基于ITS序列大豆茎褐腐病菌的PCR鉴定

提取了分别来自11个种共13株真菌(都是大豆上的常见病害的病原菌)的DNA.采用ITS序列扩增通用引物对其进行PCR扩增,并对大豆茎褐腐病菌的PCR产物进行测序.根据所得大豆茎褐腐病菌与其常见易混淆品所在属在ITS区的基因序列比较分析,设计并合成了1对特异性引物.采用此对引物,只有大豆茎褐腐病菌能扩增出500 bp条带,检测的灵敏度达到4.2 pg/μL.将此对引物应用于人工接种大豆茎褐腐病菌大豆的检测,结果表明,此方法能够成功区分大豆茎褐腐病菌及其近似种.     

濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化

通过设计濒危兰科植物DNA条形码ITS,matK和psbA-trnH序列的通用引物并对其PCR反应体系进行优化,对16种有代表性的濒危兰科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率。结果表明:ITS,matK和psbA-trnH序列引物对濒危兰科植物的扩增和测序成功率均较高,PCR反应的最佳退火温度分别为ITS 54℃,matK和psbA-trnH 50℃。在上述反应体系和条件下获得的目的条带清晰、明亮,可作为鉴别濒危兰科植物物种的DNA条形码组合。     

3种药用红树植物rDNA ITS序列初步研究

应用改良CTAB法分别提取生长于珠海和海南的3种药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的基因组DNA,以真核生物rDNA ITS区的通用引物分别对其rDNA ITS区进行nPCR扩增及测序,并对测序结果进行对位排列.结果表明,不同来源的药用红树植物的rDNA lTS序列上存在扩增碱基差异,rDNA ITS测序结果可作为鉴定药...     

应用种特异性ITS引物(SS-ITS)鉴别新菠萝灰粉蚧

[目的]研究新菠萝灰粉蚧的种特异性ITS引物,以快速准确鉴定该虫,可为口岸快速通关提供依据.[方法]采用PCR扩增方法,首次测定分析了11种粉蚧39个样品的新菠萝灰粉蚧及其他粉蚧的rDNA ITS全序列.基于ITS区序列差异设计了针对新菠萝灰粉蚧的特异性引物,通过筛选引物退火温度、优化PCR反应条件建立了新菠萝灰粉蚧的快速分子鉴定方法.[结果]种特异性ITS引物只对新菠萝灰粉蚧有扩增条带,能有效扩增出约665 bp的DNA片段,其余种类均未有扩增条带.灵敏度试验结果显示该对引物灵敏度高,其检测限可达0.1 ng/μL.[结论]采用设计的ITS区种特异性引物可以对新菠萝灰粉蚧进行快速分子鉴定,该方法可为口岸一线检测鉴定提供参考.     

卡氏住白细胞虫rDNA ITS-2的POR扩增与测序

运用PCR方法扩增了卡氏住白细胞虫rDNA的ITS-2及部分5．8S和28S序列(ITS2 )，并对该序列进行了克隆和测序。采用巨型裂殖体为材料，并根据Saccharomyces cerevisiae rDNA中的5．8S、28S保守序列所设计的通用引物ITS3、ITS4，进行了虫体ITS2 的PCR扩增，将所扩增片段纯化后成功地克隆于pGEM-T easy和PMDl8-T载体的T-T窗口。经双向自动测序显示，该ITS2 片段的大小为270bp；经NCBI Blast联机检索，结果显示，所扩片段中5．8S序列与S．cerevisiae的5．8S序列有部分相同，而ITS-2序列为虫体所特有；同时经wDNA-SIS软件分析，显示该ITS-2序列与S．cerevisiae间同源性相对较远，而与柔嫩艾美耳球虫间同源性相对较近，故而本试验中所测序列为卡氏住白细胞虫的ITS-2特有序列。     

云南高原湿地植物水葱的ITS序列分析

提取分布于云南高原湿地的水葱(Scirpus validus Vahl.)样品的DNA,采用ITS序列扩增通用引物,对其进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序。从GenBank搜索并下载水葱属其他种类的ITS序列,并通过BioEdit、ClustalX 2.02和MEGA 4x1软件分析和构建系统发育树。分析结果揭示了水葱属14个种之间的亲缘关系,并确定了样品在种间的位置以及和其他种的亲缘关系。     

基于ITS条形码的云南丹参及其近缘种鉴定研究

选取来自8个产地的材料,进行DNA提取、PCR扩增、测序。通过ITS条形码及其二级结构对云南丹参和正品药用丹参进行鉴定和聚类分析。采用DNAMAN 8.0进行碱基统计和序列比对;应用软件MEGA 6.0构建NJ系统进化树;并应用软件RNAstruct 6.0对各样品序列的ITS1和ITS2进行二级结构预测。结果表明:云南丹参和正品药用丹参ITS序列之间存在明显的差异,在NJ系统树上分为两支,其中5.8S r DNA序列基本一致,表现出高度的保守性。2级结构预测结果显示ITS1和ITS2区表现出了较大的种间差异。因此ITS序列可以作为云南丹参、正品药用丹参及其他近缘种的鉴别方法。     

中国兰中几种常见DNA条形码标准序列的PCR扩增方法

[目的]DNA条形码技术是分子鉴定的最新进展之一,为了研究中国兰的DNA条形码技术,实现中国兰的快速鉴定。[方法]该文通过电泳成像技术、BLASTN核苷酸相似序列检验等分析方法,对一种中国兰ITS、ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等常用DNA条形码标准序列PCR扩增的方法进行了可行性检验。[结果]该方法可以在中国兰中有效扩增ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等条形码序列,并通过双向测序获得序列信息,ITS标准序列由于引物存在非特异性扩增,需要重新设计合适的引物。[结论]利用该方法,可以有效获得中国兰中ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等几种常见DNA条形标准序列,并大大简化了PCR反应操作步骤,为进一步研究中国兰的DNA条形码技术提供了参考和借鉴。     

中草药青蒿(Artemisia annua L.)的实时荧光PCR检测

中草药青蒿,学名黄花蒿(Artem isia annuaL.),属于中国独有的抗疟药用植物资源之一。根据蒿属植物rDNA ITS序列多态性设计TaqM an探针及引物,通过实时荧光PCR方法对黄花蒿进行检测。结果表明:该组探针-引物对黄花蒿有很强的特异性,除黄花蒿外,其余8种对照蒿属材料均未检测到荧光信号。该方法快速、简便、安全、准确,适用于黄花蒿的出入境检验。     

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

贵州苗药头花蓼rDNA ITS序列分析

以改良CTAB法提取头花蓼的基因组DNA,采用通用引物对不同来源头花蓼的rDNA ITS 序列进行PCR 扩增,测序 和聚类分析。结果表明,不同来源头花蓼有13 处变异位点,序列长度变异范围为661-666 bp,序列差异主要集中在ITS1 区与ITS2区。rDNA ITS 序列可作为分子水平鉴定头花蓼的参考依据。     

悬钩子皮下盘菌种内遗传多样性的ITS序列分析

通过组织分离法对采自安徽各地的悬钩子皮下盘菌(Hypoderma rubi)鲜材料进行分离培养,共获得12个纯菌株,对各菌株进行DNA提取、rDNA-ITS区PCR扩增和序列测定.序列比较分析表明,悬钩子皮下盘菌ITS序列长度为443-456bp,G+C含量为48.7%-51.5%;不同菌株间的ITS区序列变异较大,该...     

珠海淇澳岛4种红树植物ITS区段的序列测定

以改良的CTAB法提取珠海淇澳岛4种红树植物的总DNA,使用通用引物分别对其ITS区段的序列进行PCR扩增及测序,并对所测序列进行比对分析.结果表明,桐花树、木榄、杨叶肖槿和海漆的ITS1长度分别为404、362、460、439 bp;ITS2长度分别为219、208、231、226 bp;将4种红树植物ITS区段的序列测定结果提交到GenBank,获得了登录号.     

天台山4种鹅耳枥属植物ITS序列的克隆与分析

通过克隆和分析雷公鹅耳枥(Carpinus viminea)、短尾鹅耳枥(C. londoniana)、多脉鹅耳枥(C. polyneura)和天台鹅耳枥(C. tientaiensis)的ITS序列,为鹅耳枥属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。利用PCR法从4种鹅耳枥叶片DNA中克隆到各自的ITS,以ClustalX,EXCEL和MEGA等软件分析和比较序列特征,并从NCBI数据库下载另外7种鹅耳枥的ITS序列用于进化分析。序列已上传至NCBI,登录号为JF796531JF796534。结果表明,4种鹅耳枥属植物ITS的全长为600～602 bp,具26个变异位点,部分位点有明显的物种特征,可用作DNA指纹特异性识别。进化分析的结果表明,11种植物的遗传距离为0.0048～0.0681,表现为种间关系。4种采自天台山的鹅耳枥分属3个不同进化枝,多脉鹅耳枥与阿里山鹅耳枥和云南鹅耳枥处于同一分枝,天台鹅耳枥与欧洲鹅耳枥和湖北鹅耳枥归为一类;而短尾鹅耳枥、雷公鹅耳枥则与美洲鹅耳枥聚为一组。     

基于ITS2序列的秤星树等冬青属8种药用植物的分子鉴别

[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。     

华南虎绦虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与序列分析

以从广州动物园华南虎体内采集的2条绦虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落,对菌落进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank公布的相关绦虫ITS序列进行对比分析,结果显示,采自广州动物园华南虎的2条绦虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为1387bp,序列相似性为100%,与猬迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei)、舌形属绦虫(Diphyllobothrium ligula)、宽节双叶槽绦虫(Diphyllobothriumlatum)的ITS及5.8S rDNA序列相似性分别为96.7%、66.5%、71.5%,结果显示,此次分离的绦虫属于迭宫属的猬迭宫绦虫,所测得的华南虎猬迭宫绦虫的ITS序列为首次报道。     

延边膜荚黄芪rDNA ITS区域克隆与序列分析

用PCR方法克隆延边地区膜荚黄芪的核糖体DNA ITS区域并进行序列分析。结果表明:延边地区膜荚黄芪ITS1的序列长度为228bp,5.8SrDNA长度为164bp,ITS2的序列长度为210bp;序列分析表明延边地区和甘肃的ITS1和5.8SrDNA完全一致,而ITS2第82位处有1个碱基的置换(T/C)。     

枸杞nrDNA ITS测序鉴定的初步研究（英文）

[Objective] The study aimed to identify wolfberry(Lycium Linn.)germplasm resources at molecular level by analyzing the nrDNA ITS sequence.[Method] Genomic DNA from wolfberry leaves extracted by modified CTAB method were regarded as templates for PCR amplification by specific primer,clone and sequencing.[Result] The nrDNA ITS sequences were obtained and then differentiated among three tested materials.[Conclusion] PCR amplification and sequencing on nrDNA ITS is a feasible approach to identify different wolfberry germplasm resources.