中华鳖黄河群体选育世代F1、F2及F3遗传变异微卫星分析

以中华鳖黄河群体的选育基础群体（F₀）和太湖群体为对照群体，采用微卫星标记技术对黄河群体的选育世代F₁、F₂及F₃的遗传变异进行了测定和分析。结果表明：（1）从所筛选的10个微卫星位点中，5个测试群体共检测出240个等位基因；平均等位基因数(N_a) 为4.60～5.30，平均有效等位基因数(N_e)为3.24～3.59，平均观察杂合度(H_o)为0.483 3～0.530 0，平均期望杂合度(H_e)为0.594 9～0.645 9，平均多态信息含量(C_PI)为0.534 0～0.568 4，这些遗传参数表明中华鳖存在丰富的可供选育用的遗传多样性基础。（2）F₁、F₂及F₃选育世代的遗传多样性参数H_o、H_e及C_PI一致地显示出随着选育代数的增加而降低的明显趋势，证明以生长、体色、体型等表型指标为直观选育指标的群体选育，对遗传型指标产生了可检测到的影响。（3）黄河群体的选育基础群体和3个选育世代在聚类分析中聚为一支，而太湖群体单独为一支，显示中华鳖的黄河、太湖两大地理群体间存在较大遗传分化，3代选育并未改变这一历史性格局。     

日本沼虾太湖和鄱阳湖群体及其F1的遗传结构分析

采用12对微卫星标记分析了日本沼虾太湖、鄱阳湖两个野生群体及其双列杂交的F₁的遗传结构和遗传多样性。结果显示，所用引物的平均等位基因数(N_a)为17.67个，有效等位基因数(N_e)为12.48个，大小在112～427 bp之间。平均观测杂合度(H_o)为0.693 8，平均期望杂合度(H_e)为0.913 4。2个亲本及4个子代组合的两两遗传分化指数F_ST值在0.020 5~0.042 7之间，基因流(N_m)数值在5.607 5~11.957 0之间，表明日本沼虾组合间分化不明显。聚类分析结果表明，TP（太湖♀?鄱阳湖♂）组合与PT（鄱阳湖♀?太湖♂）组合，TT（太湖♀?太湖♂）组合与TH（太湖亲本）组合，PP（鄱阳湖亲本）组合与PY（鄱阳湖♀?鄱阳湖♂）组合分别先聚在一起，之后是TP，PT，TT，TH组合聚在一起，最后再与PP，PY组合聚合在一起。试验结果显示，杂交组合的观测杂合度有明显提高；杂交组合与其它组合分化不明显；杂交子代与母本的遗传结构更相似。本试验通过杂交来分析亲本及子代各个组合之间遗传多样性及遗传结构的变化情况，为日本沼虾资源保护和开发利用提供理论依据。     

基于D-Loop序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析，47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点，占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进，呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势，F₀、F₆、F₇、F₈、F₉分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明，随选育的进展，选育群体逐步纯化。选育基础群体F₀与F₆、F₇、F₈、F₉之间的遗传距离呈增大趋势，表明较短时间内的人为选择可以造成与长期地理隔离效应相当的群体遗传分化。     

东湖F1代BMPR-1B和BMP15基因多态性 与产羔性能关联性分析

为探究候选基因BMPR-1B、BMP15与东弗里生羊♂和湖羊♀的杂交F₁代（东湖F₁羊）产羔数间的关联性，评估东弗里生羊作为引入品种的经济利用价值，使用PCR-RFLP技术对东湖F₁羊和湖羊的BMPR-1B、BMP15基因多态性与产羔数进行关联分析。结果显示，东湖F₁羊与湖羊群体内均未检测出BMP15基因的FecX^I突变。BMPR-1B基因FecB突变位点在湖羊群体中检测出AG、GG两种基因型，基因频率分别为0.064和0.936，优势基因型为GG型，等位基因A、G的基因频率分别为0.032和0.968，优势基因为等位基因G；在东湖F₁羊群体中检测出AA、AG和GG 3种基因型，基因频率分别为0.146、0.683和0.171，优势基因型为AG型，等位基因A、G的基因频率分别为0.488和0.512。表明对产羔有利的G等位基因可以通过东弗里生和湖羊杂交遗传给后代，可作为其分子育种的辅助选择标记。湖羊AG型与GG型个体产羔数差异不显著（P＞0.05），东湖F₁羊 GG型、AG型个体产羔数极显著高于AA型个体（0.01＜P＜0.05），GG型与AG型个体产羔数差异不显著（P＞0.05）。结果表明东湖F₁羊产羔数与BMPR-1B基因显著相关。     

翘嘴红鲌（♀）×团头鲂（♂）杂种F1的SRAP标记分析

相关序列扩增多态性(sequencerelated amplified polymorphism，SRAP)是基于PCR技术的一种新型分子标记技术。运用SRAP分子标记技术对翘嘴红鲌（♀）×团头鲂（♂）杂种F₁及其父母本的遗传变异进行了分析。从24个SRAP引物组合中筛选到21个多态性引物组合，共得到136条清晰稳定的扩增位点，其中124个扩增位点具有多态性，平均每个引物组合产生6.48个多态性条带，显示了较高的多态性比率。杂种F1的SRAP扩增条带均能在亲本中找到，未发现杂种F1特异性条带，直观显示杂种F₁确为杂交种。翘嘴红鲌、团头鲂及其杂种F₁的Nei’s多样性指数（H）分别为0.194 5、0.172 2、0.198 4，Shannon’s信息指数（I）分别为0.289 1、0.254 7、0.290 5，表明杂种F1比其父母本有更高的遗传多样性水平。翘嘴红鲌与团头鲂间的遗传距离为0.420 6，两者基因组有较大的相似性。杂种F₁与翘嘴红鲌和团头鲂间的遗传相似性分别为0.767 1、0.751 2，两者相差甚微，显示杂种F₁与双亲的相似程度没有明显的倾向性，表明属间杂种F₁整合了翘嘴红鲌和团头鲂的遗传信息。研究结果也表明SRAP分子标记技术是比较稳定可靠的标记系统，可有效用于鱼类杂种真实性的鉴定和遗传变异分析。     

尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其杂交后代微卫星标记鉴别和种质纯度分析

从罗非鱼微卫星遗传图谱前6个连锁群上随机选取43个微卫星位点，对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、尼罗罗非鱼吉富品系(GIFT)、奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)以及尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼杂交后代的DNA进行PCR扩增，筛选出7个位点（UNH995、GM066、GM166、UNH162、GM017、GM440、UNH948）在不同罗非鱼中扩增的条带差别明显，具有特异性，可作为罗非鱼鉴定的分子标记，用其中任意一个位点都可以将尼罗罗非鱼或吉富罗非鱼、奥利亚罗非鱼、杂交罗非鱼区别开来。这7个标记位点在尼罗罗非鱼、吉富罗非鱼和奥利亚罗非鱼中平均每个位点检测到等位基因个数分别为3.1、2.3、1.7，等位基因大小在130～316 bp。这7个标记位点上，尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼PCR扩增的条带大小相差在20 bp以上，对其中2个位点扩增的条带进行测序分析，结果表明是由于微卫星重复次数的差异而造成的。用这7个位点对尼罗罗非鱼、吉富罗非鱼和奥利亚罗非鱼群体的种质纯度进行检测，结果表明，这3个罗非鱼群体中分别有8%、4%、4%的个体在有些位点上的谱带与杂交罗非鱼的相似，可能存在基因污染。     

4个不同世代凡纳滨对虾群体AFLP遗传多样性分析

利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)技术对4个不同世代的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体进行遗传分析,探讨亲本、F₁、F₂和F_n4个世代群体间的遗传差异。选取10对AFLP引物组合对4个世代凡纳滨对虾群体共80尾个体进行比较分析,共扩增出483个位点,其中348个为多态位点;4个群体的多态位点比例为:61.90%、49.28%、50.52%、46.38%;4个群体的Shannon多样性指数分别为:0.3134、0.2621、0.2594、0.2262;结果表明亲本与F₁,F₂与F_n相互间遗传距离更为紧密。通过对4个不同世代群体的遗传多样性研究,为下一步进行杂交选育提供理论支持。     

不同尼罗罗非鱼尧奥利亚罗非鱼亲本群体的遗传特征分析

从86对尼罗罗非鱼遗传图谱标记中筛出17对种间差异性微卫星引物,分别对杂交亲本尼罗罗非鱼苏丹群体、新吉富群体、奥利亚罗非鱼以色列群体、茂名群体的遗传特征进行分析。结果表明,4个罗非鱼群体有效等位基因数：新吉富（2.8）>苏丹（2.72）、以色列（2.96）>茂名（2.6）;遗传杂合度：苏丹（0.73)>新吉富(0.68),以色列(0.89)>茂名(0.56);多态性含量：苏丹（0.58）>新吉富（0.51）,以色列（0.56）>茂名（0.52）,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼分别以新吉富、茂名群体遗传多样性较低。尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼群体间平均遗传距离为0.3057。尼罗罗非鱼苏丹群体与新吉富群体间的遗传距离为0.107。奥利亚罗非鱼以色列群体与茂名群体间的遗传距离为0.1268。尼罗罗非鱼苏丹群体与奥利亚罗非鱼茂名群体间的遗传距离最大。     

大黄鱼（♀）×鱼（♂）杂交F1和大黄鱼初孵仔鱼盐度适应性的比较研究

比较了盐度对大黄鱼Pseudosciaena crocea (♀)×大黄鱼(（♂）)自交F₁和大黄鱼(♀)×鮸鱼Miichthys miiuy(（♂）)杂交F₁初孵仔鱼存活的影响。将大黄鱼和杂交F1初孵仔鱼从盐度27的海水中分别转移至盐度12、17、22、27、32、37和42的海水中。结果表明,大黄鱼和杂交F₁初孵仔鱼的存活率、平均存活时间（MST）、不投饵存活系数（SAI）随着盐度的升高呈下降趋势。在盐度12～32范围内,杂交F₁初孵仔鱼的SAI值高达62.42~86.56,明显比大黄鱼初孵仔鱼高（46.18~53.89）。在盐度12条件下,大黄鱼和杂交F₁初孵仔鱼的MST达到最大值,分别为（10.69±0.16） d和（13.47±0.35） d;盐度42时,MST降至最低（4.91±0.27） d和（6.30±0.27） d。相同盐度下,对大黄鱼和杂交F₁初孵仔鱼的存活率下降趋势、半数死亡时间（DT₅₀）、平均存活时间（MST）和不投饵存活系数（SAI）的分析显示,杂交F₁初孵仔鱼具有更好的存活能力,表现出较强的杂种优势。     

西太公鱼微卫星的筛选与分析

利用磁珠富集法从西太公鱼（Hypomesus nipponensis）基因组中筛选到14对多态性微卫星引物,并对来自黑龙江镜泊湖的西太公鱼24个样本进行检测：扩增的等位基因数在3～25个之间,平均为8.4个;观察杂合度（H_O）和期望杂合度（H_E）分别为0.266 7～1.000 0和0.282 5～0.932 2;多态信息含量（PIC）为0.239 2～0.910 6;位点HN-075和位点HN-250显著偏离哈迪-温伯格平衡（P<0.05）,这些多态性微卫星位点可用于公鱼属鱼类种群遗传结构及其相关研究。