基于16S rRNA技术的长江口微生物分子生物学鉴定与分析

基于2007年12月与2008年6月长江口上海附近海域采集的海水样品,使用27F和1492R两种通用引物对海洋微生物16S rRNA基因片段进行直接扩增,克隆并测序,构建细菌16S rRNA文库,通过NCBI数据库的基因比对,区分微生物种群,并使用Mega 4.0软件利用16S rRNA序列建立微生物的分子发育树。通过直接提取DNA进行扩增的方法,共检测出17个属的53种不同微生物,微生物种群结构随温度变化明显,优势种随温度变化有所不同,在不同季节水温下,微生物优势种优势明显;冬季以不动杆菌属为优势种群,分子发育树体现的遗传差异性较小;夏季微生物种群结构较复杂,其中以希瓦氏菌属及假单胞菌属为优势种群,分子发育树体现的遗传差异性较大;微生物分布存在明显的季节变化。     

16S rRNA在兽医病原菌分类鉴定中的应用

介绍16S rRNA基因的特点,阐述其用于病原菌分类鉴定的基本原理,综述其在兽医病原菌分类鉴定中的应用。     

16S rRNA基因序列在动物消化道细菌鉴定中的应用研究

在概述细菌16SrRNA基因特点和动物消化道微生物生态系统的基础上,对16SrRNA基因序列在动物消化道微生物分离鉴定中的应用进行了综述,并展望了其研究方向。     

16S rRNA基因序列分析技术在细菌分类中应用的研究进展

由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。     

应用16S rRNA基因序列分析鉴定猪源肠球菌

对河南省不同地区病猪分离的11株疑似肠球菌提取基因组DNA,PCR扩增16SrRNA基因片段,经克隆后测序,并与GenBank中注册的相关肠球菌菌株的16SrRNA基因序列进行比较、绘制系统发育树,进行鉴定。结果表明,4株临床分离株鉴定为粪肠球菌（E.faecalis）,7株为屎肠球菌（E.faecium）。首次从分子水平上证实了猪肠球菌在河南省的存在,为临床诊断及分子鉴定提供依据。     

基于16S rRNA高通量测序的鳢肠道微生物群落结构研究

为探究鳢肠道微生物与鳢健康养殖间的关系,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对不同养殖环境中成年健康乌斑杂交鳢Channa argus♀×Channa maculata♂(体质量100～150 g)及野生斑鳢(体质量50～100 g)肠道内容物进行微生物测序及信息分析。结果表明:不同环境(珠海斗门DM,佛山南海BRCT、BRSNC,佛山顺德杏坛XT,阳江YJ)鳢肠道内容物共31个样品间OTU数具有一定差别,总数达585,表明不同环境下鳢肠道内容物中优势菌群较为丰富;采集的样品中优势菌群主要为红球菌属Rhodococcus、梭菌属Clostridium、微杆菌Microbacterium、弧菌属Vibrio、气单胞菌属Aeromonas和邻单胞菌属Plesiomonas等,其中,梭菌属、红球菌属在所有样品中均存在,但不同环境所占的比例不同;热图分析显示,鳢肠道微生物群落中还包含变形杆菌属Proteus、肠球菌属Enterococcus、乳杆菌属Lactobacillus、拟杆菌属Bacteroides、棒杆菌属Corynebacterium等其他菌属,但占比不高,说明菌群数量不多;PCA分析显示,人工养殖杂交鳢(DM、BRCT、BRSIVC、XT)的肠道微生物群落结构比较接近,但与野生鳢(YJ)的群落结构具有一定差异。研究表明,相同环境下鳢肠道内容物中微生物群落菌属有所相似,不同环境条件下的鳢肠道微生物类群数量和优势菌群均存在显著差异。     

长白山天池水可培养细菌的16S rRNA鉴定

为了解长白山天池水中细菌的种类及多样性,用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基从长白山天池水样品中分离出25株细菌菌株,对其进行16S rRNA基因序列的系统发育分析及形态观察,结果得到9种具有代表性的菌株,9株细菌在系统发育上与芽孢杆菌属(Bacillus sp.)及厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)关系密切,其中芽孢杆菌属为分离获得的优势菌属.     

16S rRNA鉴定乳酸片球菌分离株

根据乳酸片球菌的16S rRNA基因序列,设计2条特异性引物,以PCR方法扩增从酸白菜中分离得到的具有抑制单核细胞增多症李氏杆菌作用的乳酸片球菌菌株的16S rRNA基因序列,经克隆和测序后,与以往发表的基因序列进行比较,同源性99%,从基因水平上进一步证明该菌株为乳酸片球菌。     

奶牛子宫内膜炎致病菌的16S rRNA序列鉴定

【目的】对奶牛产后子宫内膜炎致病菌进行16S rRNA序列鉴定。【方法】从产后子宫内膜炎患牛子宫分泌物中分离致病菌,通过细菌培养、纯化、分离、革兰氏染色和生化试验进行初步鉴定。选取代表性菌株11株,利用细菌通用引物,通过PCR方法,对其16S rRNA基因的核苷酸序列进行扩增,将扩增产物与pMD19-T载体连接构建克隆载体,经PCR和双酶切鉴定正确后测序,测序结果与GenBank中已注册菌株的16S rRNA基因序列进行比对。【结果】共分离到致病菌株60株,有代表性的11株细菌归类为:SD01为琼氏不动杆菌,SD02为粪肠球菌,SD03为金黄色葡萄球菌,SD04为中间葡萄球菌,SD05为溶血葡萄球菌,SD06为鲁菲不动杆菌,SD07为无乳链球菌,SD08为芽孢杆菌,SD09为枯草芽孢杆菌,SD10为大肠杆菌,SD11为假单胞杆菌。【结论】通过国际公认的16S rRNA序列鉴定技术,准确鉴定出引起奶牛子宫内膜炎的致病菌种类,为临床治疗该病提供了理论依据。     

基于16S rRNA基因序列分析的临床分离乳源菌鉴定和系统进化研究

利用16S rRNA基因序列分析方法对1株临床分离乳源菌进行鉴定并确定菌株的进化位置。抽提细菌DNA基因进行16S rRNAPCR扩增,并对扩增产物测序。成功扩增出长度为1 432 bp的核苷酸序列。该临床分离的乳源菌与GenBank上的已知序列进行了同源性比较,克隆到的序列与Y15856的同源性最低,为99.6%;与AB305019、D83353.1和FM875711.1的同源性最高,达99.9%。该试验菌为金黄色葡萄球菌且16S rRNA基因是高度保守的。利用16S rRNA基因序列分析鉴定细菌是一种快速、准确、方便的方法。     

我国主要养殖罗非鱼的16S rRNA序列特征分析

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗♀×奥利亚♂）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚成一支、红罗非鱼与莫桑比克成一支、奥利亚独成一支。     

我国主要养殖罗非鱼的16S rRNA序列特征分析

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗♀×奥利亚♂）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚成一支、红罗非鱼与莫桑比克成一支、奥利亚独成一支。     

采用16S rRNA基因序列分析海扇贝与3种扇贝的亲缘关系

采用16S rRNA基因序列分析技术,对2005年引自加拿大的海扇贝Placopecten magellanicus以及中国现有种类——虾夷扇贝P.yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians进行了遗传学比较分析。每个扇贝种群随机抽取2个个体,利用通用引物进行16S rRNA基因片段扩增并双向测序。所得序列去掉不可信位点后,得到433 bp的基因片段。序列比对分析得到306个变异位点,其中转换位点为124个,颠换位点为111个,既有转换又有颠换的位点为45个,插入和缺失为26个。核苷酸变异值及分子系统树结果表明,海扇贝与虾夷扇贝的亲缘关系较近。     

外源16S rRNA在大肠杆菌中的可替换性研究

16S rRNA对于构建功能性核糖体是十分重要的,人们普遍将其作为原核生物进化中保守的系统发育标志.为了进一步研究16S rRNA的进化,本文将Escherichia coli中最后一个拷贝的16S rRNA基因替换为Bacillus subtilis的16S rRNA 基因,得到了菌株SQ110BSX.菌株SQ110BSX的代时与出发菌株SQ110基本一致,但是SQ110BSX表现出冷敏感性,而且rRNA/蛋白比值为SQ110的148%.实验结果表明,菌株SQ110BSX中的核糖体效率明显下降.由于E.coli和B.subtilis在遗传距离上较远,两者的可替换性证明了16S rRNA的高度保守性.     

副猪嗜血杆菌的分离与鉴定及其16S rRNA 生物信息学分析

从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS 16S rRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16S rRNA序列的同源性为90.4%~99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS.     

基于16S rRNA基因的7种乳酸杆菌的分子系统发生

对7种乳酸菌的16SrRNA基因的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,进行序列比对后,以清酒乳杆菌为外组群,运用MEGA2.0和Tree-Przz5.0遗传分析软件以邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)构建系统发生树。结果表明:4种乳酸菌(类干酪乳杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、戊糖乳杆菌)为一支系,另外3种(类植物乳杆菌、弯曲乳杆菌、草乳杆菌)构成另一支系,这两个支系又互为姊妹群。结果还显示,乳酸菌高级分类单元(超科及以上分类阶元)的系统发生与现行形态分类体系间存在明显的分歧。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响,降低了种质资源的丰富度。