贵州矮马与伊犁马基因组的RAPD分析

应用RAPD技术对贵州矮马的遗传多样性进行研究,并与伊犁马进行比较.以120条RAPD引物对两个马品种的混合基因组DNA进行筛选,发现6条引物可产生多态性,并用其对84份样品进行扩增,共获得123条带,其中101条为多态性条带.研究结果表明,贵州矮马与伊犁马的Nei指数分别为0.3136和0.3098,两个品种间遗传分化系数为4.74％,说明贵州矮马的遗传变异较伊犁马小,贵州矮马与伊犁马品种间的基因交流很少;计算个体的遗传相似系数并建立了系统发育树,获得9个分支.其中3个分支中两种马的分布比例相近,其他分支由1个马品种独享占主导,第4、5、6支中两种马所占的比例相近,说明两个马品种拥有共同的祖先,在较早的时间分离后单独进化.     

贵州小香羊GH基因5’端侧翼区多态性与生长性能的关系

为贵州小香羊品种遗传资源的保护和进一步开发利用提供科学依据,利用单链构型多态性(SSCP)技术对贵州小香羊GH基因5’端侧翼区多态性进行筛选,并分析其与生长性能指标的关系。结果表明:贵州小香羊GH基因5’端侧翼区第60位、372位发现C→T的突变,均产生3种基因型,其中,第60位突变产生AA型、AB型和BB型,AA型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且各生长性能指标(体重、体长、体高、胸围、管围)呈现AA基因型>AB基因型>BB基因型,但差异不显著(P>0.05);而第372位突变产生CD型、CC型和DD型,其中CD型为优势基因型,各基因型群体间的各项生长性能指标均没有显著差异(P>0.05)。GH基因5’端侧翼区存在多样性,但该多态性对贵州小香羊生长性能的影响甚微。     

贵州矮马、西南马和伊犁马刺豚鼠信号蛋白基因的多态性

为了探索贵州矮马、西南马、伊犁马刺豚鼠信号蛋白(Agouti signaling protein,ASIP)基因与马品种毛色之间的关系,采用缺口PCR技术分析了141份贵州矮马、西南马、伊犁马的ASIP基因型,并进行克隆测序。结果表明,扩增出的793 bp和385 bp 2个片段为ASIP基因,793 bp片段中缺失一段11 bp的核苷酸,定义为a基因型,385 bp片段结构完整,定义为A基因型;3个马群体中A等位基因在骝毛中占优势;但aa基因型对应的毛色只有小部分为黑毛,绝大部分为栗毛、骝毛和复色毛,与已知的aa基因型决定黑毛的规律不相符,说明aa基因型可能不是中国马品种黑毛的决定基因型。     

德保矮马生长激素基因的克隆与序列分析

克隆和分析德保矮马的生长激素(GH)基因全序列.阳性重组质粒测序表明:德保矮马GH基因碱基序列全长1 922 bp(GenBank登录号为EU939447),包含完整的5个外显子和4个内含子.与纯血马比较,有19个碱基位点突变,其中11个位于外显子区域,有义突变4个,第924位碱基C→T致使第70位氨基酸由Thr→Ile,第1 249位碱基C→T使第112位氨基酸Pro→Leu,第1 287位碱基A→T使第125位氨基酸Ser→Cvs,第1 309位碱基A→C使第132位氨基酸Asp→Ala.以GH编码区构建物种的亲缘进化树,GH基因在进化中比较保守.     

斑鳜胃蛋白酶原C及其5'侧翼区的克隆及序列特征分析

采用RT—PCR和RACE等技术克隆了斑鳜（Sinipercascherzeri）胃蛋白酶原C（pepsinogenC,PGC）的cDNA全长和部分DNA序列,结果表明：PGCcDNA序列全长1505bp,5’端非翻译区37bp,3’端非翻译区304bp,开放阅读框架（ORF）1164bp,共编码含有387个氨基酸的蛋白质,包括由16个氨基酸组成的信号肽、39个氨基酸的激活肽和332个氨基酸的成熟肽。斑鳜PGC氨基酸序列与斜带石斑鱼、伯氏豚虾虎鱼、狼鲈、美洲红点鲑4种鱼的相似度分别为92．0％、91．5％、90．2％、89．1％,与非洲爪蟾、鸡、人、兔、褐家鼠的序列相似度分别为76．8％、72．8％、72．5％、69．9％、67．3％,表明PGC基因在长期的进化中较为保守。PGC基因由9个外显子和8个内含子组成,内含子剪切位点符合GT—AG规则,在第7含子中发现（GACA）6、（CA）6类型的微卫星序列,第8内含子中发现（TG）,类型的微卫星序列。采用锚定PCR方法获得了PGC5’侧翼区长1924bp的序列,启动子区域位于-40～＋10bp,包含TATA盒以及GATA-1、CdxA、Hand1／E47、AP-1、Nkx-2、S8、FOX J2等转录因子的结合位点。结果为进一步研究该基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础。     

贵州小香羊生长激素基因的PCR-RFLP多态性分析

为给贵州小香羊品种遗传资源的合理开发利用及进一步选育提供科学依据,同时为更全面地了解其种质特性提供基础资料,利用PCR-RFLP技术对67只贵州小香羊生长激素基因外显子1到内含子2序列、外显子3到外显子5序列分别进行Hae Ⅲ和Fok Ⅰ内切酶酶切位点多态性检测.结果表明,所扩增的生长激素基因外显子1到内含子2序列存在Hae Ⅲ酶切位点多态性,并表现为2种基因型AA和AB,基因频率分别为0.73和0.27,等位基因A的频率(0.87)高于等位基因B(0.13);外显子3到外显予5序列中未检测到Fok Ⅰ酶切位点多态性.     

宁强矮马生长激素基因（GH）的遗传变异分析

 【目的】通过分析不同动物和中国几个地方马种生长激素基因序列,为宁强矮马起源和矮化形成机制的研究提供分子水平的试验依据。【方法】通过PCR扩增宁强矮马生长激素基因并进行测序,用DNAMAN软件对不同动物的生长激素基因序列进行比对分析。【结果】马品种间29个位点发生遗传变异,编码区11个位点发现遗传多态现象。以蒙古马生长激素氨基酸序列为标准,宁强矮马仅在1 765位点的变异导致氨基酸发生改变。以生长激素的mRNA序列为基本数据进行聚类分析,宁强矮马和德保马67的同源性为100%,与百色马的同源性为99.8%,与蒙古马的同源性为99.7%。【结论】马属动物生长基因序列与猪和狗的同源性较高,宁强矮马1 765位的G→A可能影响到宁强矮马的生长发育。     

西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区多态性分析

根据β-乳球蛋白基因的DNA序列设计了1对引物，用PCR-RFLP技术对56只西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区进行了多态性分析。结果发现，在西农萨能奶山羊群体中，PCR所扩增出的710bp片段经限制性内切酶Sam I消化后，表现出3种基因型。等位基因A，B的频率分别为0．91和0．09，3种基因型AA，AB，BB的频率分别为0．821，0．179和0．000。经检验，在所研究的群体中，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

猪神经元蛋白3.1基因3'侧翼区多聚腺苷酸数目多态性及其与肉质性状的关系

选取54头莱芜猪和40头鲁莱黑猪,宰后测定肉质性状,利用聚合酶链反应及单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)技术检测其神经元蛋白3.1(neuronal protein 3.1,P311)基因3'侧翼区2个多聚腺苷酸(poly A)结构的长度多态性,测序确定连续腺苷酸的数目,并与肉质性状进行关联分析,以期发现有效多态位点.结果表明:1)在莱芜猪和鲁莱黑猪中共检测出2个连续腺苷酸数目的多态位点poly A-L1和poly A-L2,两者的poly A数目分别为18、15和15、12,2个位点的3种基因型分别记为poly A-L1位点的MM型、NN型和MN型,以及poly A-L2位点的BB型、DD型和BD型;这2个多态位点在莱芜猪和鲁莱黑猪群体中均处于哈代-温伯格平衡(P0.05),其多态性在2个猪种间的分布差异在统计学上均不显著.2)莱芜猪poly A-L1位点的3种基因型之间在肉质性状上均未表现出统计学上的显著差异,但MN型个体各项肉质性状普遍优于2个纯合型,肉质较好,鲁莱黑猪中的结果与此相同.3)莱芜猪poly A-L2位点的3种基因型之间在肉质性状上均未表现出统计学上的显著差异,但鲁莱黑猪在该位点处的失水率和烹饪损失指标在统计学上差异显著,其中DD型个体的失水率显著高于BD型个体,BB型和DD型个体的烹饪损失显著高于BD型,其余各指标的基因型间在统计学上差异不显著.总之,在这2个位点处普遍表现为杂合型的肉质性状优于纯合型,生产中应重视2个纯合型个体间的杂交利用,以产生更多肉质优良的杂合型个体.     

鸡OVR基因5′侧翼区多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联分析

【目的】分析鸡卵母细胞卵黄生成受体(OVR)基因5′侧翼区多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联性。【方法】以丝羽乌骨鸡为研究对象,测定936枚丝羽乌骨鸡蛋黄和全蛋胆固醇含量,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法结合PCR产物测序技术,对丝羽乌骨鸡OVR基因5′侧翼区进行多态性检测,并分析其多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联性。【结果】丝羽乌骨鸡蛋黄胆固醇含量为13.411mg/g,全蛋胆固醇含量平均为456.502mg/hg。在鸡OVR基因5′侧翼区检测到g.9511GA和g.10428TC 2个突变位点,其与鸡蛋蛋黄和全蛋胆固醇含量显著或极显著相关,胆固醇含量较低的基因型分别是GG和TT(P0.05)。【结论】鸡OVR基因5′侧翼区多态性对鸡蛋胆固醇含量有一定影响。     

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为探明2012-2013年贵州省紫云县马匹大量死亡的病因,为其科学防治提供参考,采用酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)方法对当地养殖的贵州矮马、西南马进行马传染性贫血病毒(Equine Infectious Anemia virus,EIAV)、马动脉炎病毒(Equine arteritis virus,EAV)和马疱疹病毒Ⅰ型(Equine herpesvirus type-1,EHV-1)3种病毒的抗体水平检测,并与伊犁马进行比较.结果表明:3个马群中均未检测到EIAV抗体,EHV-1抗体阳性率达98.15％～100％;与伊犁马相比,贵州矮马和西南马EAV抗体的阳性率较高,分别为48.15％和19.35％,并与2个马群的血液理化指标存在一定相关性.紫云县贵州矮马和西南马存在较高比例的EAV感染,马驹和虚弱马匹感染EAV后死亡率较高,因此推测EAV可能是导致马匹死亡的原因之一.     

山羊FSHR基因5''''端侧翼序列的克隆与分析

为找寻山羊FSH受体基因的SNP突变位点,进行FSH受体基因的多态性分析和探索该受体基因在山羊多胎中的可能作用,利用比较基因组学的方法,根据绵羊FSH受体基因序列设计引物,以湖南湘东黑山羊基因组为模板,PCR扩增了FSH受体基因5' 端侧翼调控区,通过克隆进行了序列测定及分析,并与牛、绵羊该区段序列进行了比较.结果表明,PCR扩增获得的片段为844 bp,与中国西门塔尔牛该段序列相比,同源性为94.08%,在-364 bp处的左翼发生了多碱基插入,湘东黑山羊该序列有5个碱基的插入,另在-625~-619 bp处的7个碱基缺失;与澳洲绵羊的FSHR基因比较,同源性为93.60%,在-367 bp处的左翼,湘东黑山羊该段序列有2个碱基的插入,在-630,-145,-97 bp 处各有1个碱基缺失.     

猪GH基因全序列PCR-RFLPs研究

实验利用PCR-RFLPs技术分析了大约克猪和长白猪GH基因的BstⅪ和HhaⅠ两种内切酶酶切位点多态性。结果表明,在所检约克夏猪和长白猪两个品种中,pGH基因全序列内仅有1个BstⅪ酶切位点,未发现BstⅪ酶切位点多态性;pGH基因全序列中存在丰富的HhaⅠ酶切位点多态性,约克夏猪中有10种带型,长白猪中检出了8种带型,其中B带型频率最高,长白猪中为41 67%,约克夏猪中占31 11%,二者差异极显著(P<0 01)。其他各带型频率分布在两品种间差异不显著。     

驴生长激素基因cDNA的克隆及生物信息学分析

[目的]研究驴GH基因的特性与功能。[方法]以驴肝组织为材料,设计一对特异性引物,采用RT-PCR技术克隆驴GH基因cDNA序列。[结果]测序得到706bp的驴GH基因cDNA序列,此序列包含完整的GH基因的阅读框,编码216个氨基酸,驴GH基因编码的蛋白有7个的疏水区域,存在7个跨膜区和信号肽,二级结构主要以α-螺旋和不规则卷曲为主,三级结构包含第27～215位氨基酸残基。[结论]驴GH基因在进化上非常保守,基于CDS序列构建的系统进化树与比较形态学和比较生理学结果一致。     

小鼠ISG15基因5′调控区序列的克隆及序列分析

采用LA-PCR技术扩增小鼠ISG15基因1194bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEGFP-N1-ISG15,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明:试验成功构建了包含小鼠ISG15基因5′调控区的重组质粒;经同源性比对发现ISG15基因5′调控区在不同物种中同源性不高,在转录起始位点近端的启动子区域中小鼠与人、牛、乌鳢的同源性分别为41.36%,37.89%,38.71%;经过预测该调控区富含GAS、GR、SP1、NF-1、CBF-B等转录因子结合位点,有五处Enhancer区、一处ISRE元件以及一处保守的NF-κB结合位点。本研究为进一步确定小鼠ISG15基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。     

水貂生长激素基因重组腺病毒的构建

本研究利用AdEasyTMXL腺病毒载体系统构建了水貂生长激素基因重组腺病毒。利用PCR、酶切、凝胶回收等方法,从质粒pCMVmGH中获得水貂生长激素基因(mGH),构建穿梭质粒pShuttle-CMV-mGH。pShuttle-CMV-mGH经PmeⅠ酶切线性化后转化至BJ5183感受态大肠杆菌内与腺病毒骨架质粒pAdEasy-1进行同源重组,构建重组腺病毒质粒pAd-CMV-mGH。重组质粒经PacⅠ酶切线性化后转染AD-293细胞。PacⅠ酶切结果表明质粒重组成功。转染第10天,细胞出现圆缩、死亡、漂浮等典型病变,透射电镜检测到重组病毒。TCID50测得第2代重组病毒的滴度达到10-7.89/0.1ml。RT-PCR结果证实,重组病毒能够正确转录目的基因。结果表明本试验成功构建了水貂生长激素基因重组腺病毒,为水貂促生长的研究提供了新的科学手段。     

两个西南马种GHR基因第10外显子SSCP分析

通过PCR-SSCP检测10匹宁强矮马和12匹贵州马GHR基因第10外显子的多态性分析,结果表明,宁强矮马和贵州马GHR基因外显子10的第2和第4区域的保守性较高,基因多样性相对较低,第1和第3区的遗传变异较大,基因多样性水平较高。分析比较发现宁强矮马GHR基因外显子10的多态性比贵州马稍高,首次表明宁强矮马在GHR10上存在较大的遗传多态性。     

驴生长激素基因的克隆与分析

 【目的】克隆驴生长激素基因DNA和cDNA的全序列,分析其序列和cDNA编码的蛋白序列特征及其在不同物种中的遗传差异。【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果设计引物,应用RT-PCR和PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的DNA和cDNA及推定的氨基酸序列进行分析。【结果】从驴肝组织和血液中分别得到驴GH基因全序列1 928 bp和包括完整的编码区的cDNA序列706 bp,两者序列比对后证明驴GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽。序列比较结果表明,驴GH基因的序列与马同源性最高,启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而是CATA盒,该基因在进化过程中是保守的。【结论】从驴肝组织和血液中克隆了GH基因DNA和cDNA,DNA序列在1 267位的C→G可能影响到驴和马生长发育的差异,为下一步驴GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。