广西甘蔗鞭黑粉菌遗传多样性分析

【目的】分析广西甘蔗主产区甘蔗鞭黑粉菌遗传多样性水平,为研究病菌毒力变化及甘蔗病害综合治理提供新思路。【方法】从广西各甘蔗主要产区采集甘蔗鞭黑粉菌样品,提取其中70份单倍体菌株基因组DNA,使用优化的随机扩增多态性DNA标记(RAPD)反应体系和经筛选获得的RAPD引物进行PCR扩增,电泳谱带使用NTSYS2.1进行聚类分析,并构建系统发育进化树。【结果】使用筛选出的10个RAPD引物进行扩增,获得77条条带,每个引物扩增得到的条带数为4~11条,大小为150~3000 bp,包含6个多态性位点,群体多态位点百分率为7.79%。70个甘蔗鞭黑粉菌的相似系数为0.96~1.00,在0.96的遗传系数上菌株可分为两大类,其中类群1聚集了来自横县校椅镇的两个菌株,其余68个菌株分布在类群Ⅱ中。【结论】广西甘蔗鞭黑粉菌遗传分化度较低,片段多态性和菌株地理来源、寄主和交配型无显著相关性。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

21株尖镰孢菌SSR遗传多样性分析

采用SSR分子标记技术对21株尖镰孢菌进行遗传多样性分析。结果表明,60对SSR引物中有11对引物多态性较好;11对引物共扩增出39条多态性条带,平均每对引物扩增3.6条多态性条带,多态性位点比例高达100%;各个菌株间的遗传相似系数在0.436～0.949,平均为0.662,当相似系数为0.95时,21株供试菌株全部分开。结果说明基于全基因组的尖镰孢菌SSR标记具有丰富的多态性,可用于尖镰孢菌的遗传多样性分析。     

吉林省烟草野火病菌群体分子多态性分析

为研究烟草野火病菌的群体遗传多样性,采用正交试验方法,对5个多态性引物(REP,ERIC,BOX,J3,IS1112)的Rep-PCR反应体系分别进行了优化,同时优化了体系中的Mg2+、dNTP、rTaq酶等几个因素,并在此基础上对来源于吉林省不同地区的70株烟草野火病菌进行了分子多态性分析。结果表明:优化的PCR反应体系电泳图谱清晰,多态性丰富,重复性好,适合烟草野火病菌群体分子标记研究。通过聚类分析发现,吉林省烟草野火病菌群体存在分子多态性,在遗传相似系数为0.9时,70个菌株被聚为4个类群(G1~G4),其中G1类群最大(39个菌株,占55.71%),而G3类群最小,仅包括2个菌株。G1和G2类群分别包含了5个和3个亚群。不同类群和亚群的菌株地理来源存在多样性。     

SSR分子标记分析彩色马铃薯品种间的遗传关系

利用SSR分子标记对来源不同的30份彩色马铃薯种质材料进行遗传多样性研究.结果表明,41个SSR引物扩增30个供试品种得到152条带,其中128个为多态性带,平均每个引物扩增3.12个多态性条带,其中包括一些品种特异性的SSR位点.UPGMA法进行聚类分析,在简单遗传相似系数SM=0.65处可将供试材料分成两大类群:类群Ⅰ为来自北美和欧洲的彩色马铃薯品种,在SM=0.72处可分为紫色马铃薯亚群,红色马铃薯亚群和白色马铃薯亚群;类群Ⅱ主要是不同来源的彩色马铃薯种质资源,包括二倍体原始栽培种,二倍体野生种和四倍体栽培种安弟斯亚种资源.聚类遗传关系表明类群Ⅰ和类群Ⅱ遗传关系较远,性状差异较大,可以作为极好的遗传资源进行杂交育种,扩展和丰富彩色马铃薯种质遗传背景     

贵州马铃薯推广品种SSR分子标记及遗传多样性分析

为了鉴定马铃薯品种的亲缘关系,采用10对SSR分子标记引物,对19份贵州马铃薯生产品种进行SSR分子标记及遗传多样性分析。结果表明:10对SSR引物中5对获得60条清晰条带,其中49条为多态性条带,多态性比率为81.67%,平均每个引物的多态性条带数为9.80条。19份马铃薯品种的遗传相似性系数为0.43~1.00。经聚类分析,在遗传相似系数为0.56处全部参试材料聚在一起,在遗传相似系数为0.63处可明显聚为3个类群。第Ⅰ类群包括11份材料,第Ⅱ类群包括7份材料,第Ⅲ类群只有1个材料。在相似性系数0.65处,57.89%的参加品种聚在一起,表明参试品种的遗传背景较为狭窄。     

利用SSR标记划分微胚乳超高油玉米的杂种优势群

利用SSR分子标记研究了50份微胚乳超高油玉米自交系的遗传变异。从64对SSR引物中,选出扩增带型稳定的58对引物进行遗传多样性分析,共检测出207个多态性条带,涉及58个SSR位点,平均每个位点检测到的等位基因变异数为3.569个,变化范围2~7个;平均PIC值为0.560,变化范围从0.232到0.784。经遗传多样性和聚类分析把供试微胚乳超高油玉米自交系划分为4个类群(8个亚群)。聚类后的群内遗传相似系数大于群间遗传相似系数,这表明所选取的SSR引物可以有效地区分微胚乳超高油玉米自交系的遗传多样性,划分结果是客观合理的。     

57株镰孢菌ISSR分子标记及其遗传多样性分析

为明确美丽组尖孢镰孢菌和李瑟组镰孢菌种间和种内的差异与亲缘关系,以采自不同寄主的57株镰孢菌(Fusarium)为研究对象,采用ISSR-PCR标记技术对其进行遗传多样性分析,结果表明:利用11条引物对供试的3种菌株进行ISSR-PCR扩增,共扩增出121条条带,其中多态性位点为117个,多态性比例为96.7%,平均每条引物产生条带为11条。说明镰孢菌基因组DNA的SSR区域具有明显的多态性,镰孢菌的遗传多样性采用ISSR技术是可行的分析。聚类分析结果表明:57个菌株间的遗传相似系数为0.568～0.992,当相似系数为0.568时,供试菌株可明显分为两大类群,第一类群IG-I为1～35,全部为美丽组尖孢镰孢菌,第二类群IG-II为36～57,全部为李瑟组镰孢菌;第二类群又可以分为两大亚类群,第一亚类为轮枝镰孢菌,第二亚类为层生镰孢菌。ISSR类群划分与镰孢菌菌种分类之间具有一定的相关性,而与其地理来源无相关性。本研究镰孢菌种间与种内均表现出明显的遗传差异。     

基于SRAP分子标记的春大豆杂交种核心亲本杂种优势群划分

为明确杂交大豆核心亲本的遗传多样性特点及群体结构特征，以来源中国东北和国外的100份杂交大豆核心亲本为材料，通过SRAP分子标记多态性分析和UPGMA聚类分析等方法进行聚类分析。结果表明:1)SRAP标记共扩增出2 135条条带，其中多态性条带2 130条，多态性位点占比99.76%，每对引物组合扩增出的多态性谱带数为137~204条，平均为178条，引物的多态性信息含量范围在0.074 0~0.153 7，平均值为0.125 7；2)根据遗传相似系数于0.450 0处划分为2个类群，在遗传相似系数0.460 0处将类群Ⅰ划分2个亚群，又在遗传相似系数0.480 0处将类群Ⅱ划分2个亚群，并将主要来源于中国东北的保持系材料划分为类群Ⅰ，主要来源于美国的恢复系材料划分为类群Ⅱ；3)通过对10个已审定强优势杂交种的13个亲本进行分析发现，杂交种亲本间的遗传相似性多分布在0.329 2~0.637 6；4)通过遗传多样性分析发现，类群I与类群Ⅱ内遗传多样性相似，4个亚群中的亚群Ⅰ-1和Ⅱ-2遗传多样性均大于亚群Ⅰ-2和Ⅱ-1；通过主坐标分析，亲本同样被划分为2个类群，验证了聚类分析的结果。综上，基于SRAP分子标记成功将100份春大豆杂交种核心亲本划分为两大类群；其中，类群Ⅰ的中国东北材料与类群Ⅱ的国外材料之间杂交配制组合存在较强的杂种优势。     

葡萄SSR-PCR体系优化及其诱变单株遗传多样性分析

利用正交试验设计L16(45)筛选适合葡萄SSR标记的PCR反应体系,对52份葡萄种质进行SSR标记,采用UPGMA聚类法分析葡萄诱变群体和亲本的遗传关系.优化的葡萄SSR-PCR反应体系为:Mg2+1.5 mmol·L~(-1),d NTP 0.2 mmol·L~(-1),Taq酶1.0U,引物0.4μmol·L~(-1),模板DNA 50 ng,总体积20μL.48对引物共扩增出270条带,其中多态性条带249条,多态性百分率为92.2%,有31对引物的多态性百分率达到了100%.每对引物可扩增3~10个等位基因,平均为5.6个.52个葡萄样品的遗传相似系数为0.681~0.889,各诱变单株与‘醉金香’母本的遗传相似系数为0.730~0.859.利用SSR分子标记能将供试验的52份葡萄样品相互区分.在遗传相似系数0.756处将所有葡萄样品分为5个类群,大部分诱变单株与原始母本聚在一起.构建的SSR分子标记体系适用于葡萄种质资源的遗传多样性分析,SSR标记也适合葡萄诱变群体的分子鉴定.