香蕉EST-SNP标记的开发

为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46 665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点,并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46 665条EST进行拼接,共得到3 490条重叠群(contigs),在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点,从中筛选出127个候选SNP位点,其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因,证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大,能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。     

葡萄EST-SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。     

葡萄EST‐SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条,利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp.结果表明:仅在1195个contig中存在候选SNP位点,共5032个,其中包括1800个颠换类型,2896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4畅2SNP爛contig-1.利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高.     

日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测

利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP(Reliable SNPs)位点705个,较可信SNPs(High confidence SNPs)905个,潜在SNPs(Potential SNPs)1 144个。根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259~0.745和0.255~0.728。结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析。     

基于黄地老虎转录组测序的 SSR 和 SNP 特征分析

【目的】基于黄地老虎转录组测序结果，对其SSR及SNP位点信息进行分析。【方法】对黄地老虎 总RNA进行提取，使用Illumina平台对转录组进行测序，利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和 SNP位点特征信息进行分析。【结果】黄地老虎转录组数据库包含66 469条Unigene序列。利用MISA对Unigene序 列进行搜索，得到SSR位点4 438个，分布于4 048条Unigene序列上，占总序列的6.09%。其中，以单碱基和三碱 基重复为主，分别占总重复类型的54.73%和29.29%。A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元。SSR基元包含4~24次 重复，以5次重复（21.67%）为主。SSR位点序列长度为12~127 bp，包含3 493个中等多态性位点、820个高度多 态性位点。利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索，得到转换类型（237 619个）和颠换类型（133 529个） 共371 148个。C/T占SNP位点总数的18.61%，比率最高；G/A位居其次（18.28%），均属于转换类型。转换类型 （64.02%）显著高于颠换类型（35.98%）。【结论】黄地老虎转录组数据库中SSR位点分布频率较高、种类较 多且多态性丰富，转换类型是主要的SNP变异类型，可为今后开展黄地老虎种群遗传结构与分化、遗传进化关 系、迁飞规律及该害虫综合防治等研究提供重要科学依据。     

鮸鱼EST-cSNP位点发掘及其特征分析

为发掘鮸鱼的EST-cSNP位点,以测序获得的鮸鱼脾脏4609条高质量表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列为源序列,利用Vector NTI 11.0软件拼接出707条重叠群(contig)序列,检测到209个可信度高的编码区单核苷酸多态性(coding-region single nucleotide polymorphism,cSNP)位点;SNP位点数在包含SNP序列中的发生概率为0.743%,在209个SNP位点中包含114个碱基转换位点、74个碱基颠换位点和21个插入缺失位点,转换与颠换比为1.54;对所鉴定的SNP位点的相关序列进行基因注释表明,这些序列包括一批与免疫抗逆相关的基因,例如主要组织相容性复合体、免疫球蛋白、T细胞受体以及各类蛋白酶等.说明所发掘的SNP将有助于促进鮸鱼的分子遗传学及分子辅助育种研究.     

小果甜柿果实转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

【目的】对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析,为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础。【方法】以中国甜柿传统小果类型种质为材料,在果实发育的5个时期采样,抽提RNA,采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析。【结果】在小果甜柿果实转录组中共发现42 427个SSR位点,分布于26 928条unigenes上,发生频率为31.52%;在重复基元类型中,单碱基重复数量最多,六碱基重复最少,其中出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的40.91%;各类型重复基元的重复次数集中在5～20次,SSR序列长度介于10～74 bp。共检测到1 070 614个SNP位点和167 924个InDel位点,其中SNP位点平均每kb出现11.46个,InDel位点平均0.556 kb出现1个,且均以含1个位点的unigenes数最多。【结论】小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富,具有潜在较高的多态性,有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发。     

基于银鲳RNA－seq数据中SR标记的信息分析

[目的]开发银鲳分子标记技术。[方法]通过对银鲳（Pampus argenteus）进行高通量转录组测序（RNA－seq ）获得银鲳转录组原始试验数据，经过拼接后，获得3715603条unigene序列。采用生物信息学分析软件MISA对所有unigene进行简单重复序列（ simple se-quence repeat，SSR）位点鉴定。同时，利用软件对银鲳转录组SSR的多态性进行评价。[结果]银鲳转录组水平上，共鉴定出107007个SSR位点，分布在97289条unigene中，发生频率为2．62％，SSR平均密度为476个／Mbp。在银鲳转录组SSRs中，单核苷酸与二核苷酸重复序列为主要重复类型，分别占总SSRs的48．14％和34．10％。银鲳转录组数据中SSR序列共包括424种重复基元类型，单核苷酸重复基元A占较高比例，占同一重复类型SSRs的49．57％，二核苷酸重复基元TG／AC和三核苷酸重复基元GAG／AAC是优势重复基元，分别占同一重复类型SSRs的42．43％和9．61％。重复序列长度在12 bp以上的SSR标记位点数占总SSR的76．95％，具有丰富的多态性。[结论]银鲳SSRs位点具有极大的可开发性，可为银鲳遗传多样性研究、遗传图谱构建及分子辅助育种提供有效工具。     

基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析

为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布。结果表明:转录组数据共获得了226 488条contig序列,其中有42 570条unigene在数据库中得到注释。利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool,MISA)进行SSR位点的搜索,共得到18 016个SSR位点,SSR位点的出现频率为0.43个/kb。SSR位点共包含164种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6 942个,38.44%),其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6 113个,33.85%)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4 242个,23.49%),四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同。在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163 360个,发生频率为1/254 bp,6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高,分别为总数的30.80%和30.49%;其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T,分别占到总数的9.83%、9.78%、9.78%和9.32%。其中Transition类型显著高于Transversion类型,在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致,但以A/G发生频率略高。     

基于家蚕中肠、脂肪体转录组数据的SNP/Indels位点分析

为了解家蚕转录组中SNP/Indel位点的分布及序列特征,采用转录组测序技术对2个品种彩4、东肥家蚕的中肠、脂肪体组织分别进行高通量测序,并对含有SNP/Indel位点的基因功能进行GO、KEGG注释.结果表明,家蚕中肠、脂肪体转录组数据质量合格,分别检索到10万、7万多个SNP/Indel位点.脂肪体的SNP位点数量...     

雏鸡缺硒病的临诊观察

110只二日龄白洛克健雏随机分为三组,喂以缺硒(0.0065ppm)、补维生素E(100IU/kg)和补硒(0.2ppm)日粮,进行了系统临诊观察。缺硒雏鸡三周龄开始发病,四周龄达到高峰,发病率为100％,死亡率达71.79％。病雏主要表现为精神沉郁,食欲减损或废绝,生长缓慢,消瘦或呈恶病质。特征性症状-渗出性素质(发生率达74％),皮下明显水肿,尸检见皮下充血出血并积有多量兰绿色胶样水肿液。补维生素E能明显推迟发病时间,降低发病率(20％)、死亡率(10％)和预防渗出性素质。补0.2ppm硒可预防发病且促进了雏鸡的生长发育。     

四川麻鸭与几个肉用品种杂交效果的分析

用四川麻鸭母鸭与建昌鸭、北京鸭和狄高鸭公鸭杂交,纯种设平行的对照。在放牧为主、人工给饲为辅的条件下每隔10日龄测定鸭群至70日龄的体重,并于60和70日龄分别屠宰一半,进行屠体分析。建川、京川和狄川鸭60日龄体重分别为1458.0、1500.0和1436.0克,70日龄分别为1638.5、1792.5和1648.0克,均显著高于四川麻鸭(p<.05)建川和京川还具超双亲表现。自出壳至70日龄体重的杂种优势一般较高而显著。60日龄建川、京川和狄川鸭屠体重(分别为884.0、887.0和882.5克),胸肌重(分别为59.2、49.7和50.5克)和腿肌重(分别为142.4、140.2和136.6克)均超过各自的双亲,屠宰性状的杂种优势,建川和狄川70日龄比60日龄明显下降,而京川则有上升之势。建川鸭胸腿肌赖氨酸和蛋氨酸含量居参试品种和杂种之首,屠体脂肪含量以狄高鸭最高。试验还观察到三个优良肉用品种在放牧为主的条件下不能发挥其快速生长潜力。据此,在四川稻田养鸭条件下推广这三个杂种,可获较大的经济效益。     

建昌鸭、北京鸭与绿头鸭(Anas platyrhynchos)的核型及G带带型

本试验分析了两种家鸭(建昌鸭和北京鸭)和绿头鸭(Anas platyrhynchos的核型及G带带型。结果表明,三种鸭的核型相似。染色体数目2n=80(♂、♀)染色体基本臂数为86(♂)或85(♀)。性染色体为ZZ(♂)/ZW(♀)型。1号和2号染色体分别属亚中部(sm)和中部(m)着丝粒染色体。Z染色体(4号)属亚端部着丝粒染色体,具有明显的短臂。W染色体(大小相当于7-9号)和其余常染色体均属端着丝粒染色体。三种鸭的染色体G带带型显示出很大的同源性。本试验结果从核分类学角度说明了,在起源上家鸭与绿头鸭的亲缘关系密切,绿头鸭很可能是家鸭的祖先。     

柑桔抹芽放梢和修剪效应研究

1983—1984年研究了红玉血橙(Citrus sinensis Osbeck)、兴津和尾张温州(C.unshiu Tanaka)在雅安生态条件下抹芽放梢和修剪效应的研究。研究结果表明,三个供试品种抹除夏梢,放春、秋两次梢,对于减少初投产树的落果,提高早期产量有显著作用。八月上旬为放梢适期,八月梢为最佳梢类。秋梢结果母枝可以进行人工摘心,九、十月摘心对第二年结果影响不大。秋梢母枝二、三月摘心或较重程度短截,能减少花量,促发春梢营养枝。为柑桔密植、早结丰产提供依据。     

病、健鸡不同肠段正常菌群的研究

本项研究测定了病、健鸡空肠和直肠的双歧杆菌等11种细菌,结果显示鸡白痢病具有明显的肠内菌群失调。拟杆菌显著减少(P<0.01),大肠杆菌菌数增加(P<.0.1)而乳酸杆菌等7种茵无明显变化。     

几个水稻同核异质雄性不育系的比较研究

本文以三个水稻同核异质雄性不育系为材料,研究水稻雄性不育细胞质在异交习性,花药细胞解剖和同工酶方面表现的效应。结果是:1、不同雄性不育细胞质显著地影响着异交率、外露柱头长度、双柱头外露率、柱头羽部平面积、包粒率和闭颖率。对花时也有明显影响。2、不同雄性不育细胞质对部分花粉母细胞坏死、药壁细胞层之间的联系,和药隔维管束的退化等均有一定影响。但败育类型相同。3、在花粉发育过程中,不同雄不育细胞质明显影响着过氧化物酶同工酶一些强带的活性。本文还对作物雄不育胞质效应的利用,和形态表现,细胞结构及同工酶之间的关系进行了讨论。     

水稻几种不同细胞质主要性状的杂种优势效应及其遗传距离

以6组水稻同核异质杂种F_1和亲本为材料,用系×测验系分析法和主成份分析法研究了四种水稻细胞质在19个性状上的杂种优势效应及其遗传距离。系×测验系分析表明,供试胞质对结实率等4个性状的杂种优势仅表现胞质基因效应,对剑叶光合强度等5个性状的杂种优势既表现胞质基因效应,又表现核质互作效应,可育胞质对这些性状多数表现正向胞质基因效应。遗传距离分析表现,雄不育胞质与可育胞质间的遗传差异大于不育胞质间的遗传差异,D胞质、G胞质与野败胞质的遗传差异大于D、G胞质问的遗传差异。以上结果表明,胞质可用来改良作物目标性状,遗传距离分析可作为研究胞质亲缘关系的一种方法。     

成都麻羊生态特征的研究

成都麻羊的生态特征和其生态条件紧密联系。麻羊产区,在海拔升高、生态条件改变的情况下,麻羊的某些生态特征亦发生相应的变化。如汶川县麻羊的体重、体高、体长、胸围、管围、胸深、胸宽等指标都高于大邑县麻羊,红血球、白血球、血红蛋白和血清钾的量亦较大邑县麻羊为高;汶川县麻羊被毛深厚,粗毛较稀,皮肤变厚,气管粗而长,环状软骨两端问距离大,心脏发育良好;汶川麻羊的消化系统除小肠外,均较大邑麻羊发达;甲状腺和肾上腺发育亦好。此外,成都麻羊的耐热性较差,汗腺属“顶浆分泌型”,但不能排汗。     

日粮硒水平对山羊全血谷胱甘肽过氧化物酶活性和组织硒含量的影响

实验考察了在舍饲条件下,饲喂混合精料和干草时补硒对断乳山羊全血谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性、组织硒含量及其它指标的影响。风干基础日粮含硒0.03ppm,各实验组的补硒量分别为0、0.05、0.10、0.20、0.30ppm。结果表明;日粮含硒0.23ppm试羊全期增重、饲料/增重最佳,但各组间差异不显著。补硒后试羊全血GSH-Px活性显著升高,日粮含硒量大于或等于0.23ppm时酶活呈平稳状态,全血GSH-Px活性是表示山羊硒营养状况的较好指标。组织含硒量随日粮硒水平增加而上升,血硒、肾硒含量在日粮含硒0.23ppm时上升程度增大。由此可见,断乳山羊风干日粮硒需要量约为0.23ppm。     

成都白鸡数量性状遗传参数的初步估测

用半同胞测定法,估测了成都白鸡主要数量性状的遗传参数。估递结果: 1.蛋重的遗传力和重复力分别0.504和0.770。 2.开产日龄月龄、300 产蛋量和500日龄产蛋量的遗传力分别为0.63,0.33和0.10。 3.300日龄产蛋量和500日龄产蛋量间的遗传相关是0.83。 4.2月龄体重和6月龄体重的遗传力,母鸡分别为0.686和0.660,公鸡分别为0.600和0.040。 5.2月龄体重和6月龄体重之间的遗传相关,公鸡和母鸡分别为0.83和0.89。根据上述结果,我们可以办出这样的结论:仔母鸡300日龄的产蛋量,可以办未来产蛋量的选择指数。2月龄体重可用办为肉类济的选择指标。