用EST-SSRs研究小麦遗传多样性

 小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明，这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物，共检测到129个等位变异，其中87.6%有多态性，大多数引物有2～4个等位变异；其中部分引物可用于普通小麦及其近缘种属的亲缘关系研究，并可根据特征带谱鉴定部分小麦品种；在相似系数为0.745的水平可将人工合成双二倍体小麦材料和一般小麦品种区分开来。与基因组SSR标记相比，EST-SSRs这种新型分子标记来源于表达基因，将其用于小麦遗传研究可直接反映相关基因在不同小麦品种间的表达差异。     

微卫星(SSR)分子标记在杂交水稻不育系不同株系遗传差异分析中的应用

以杂交水稻两用核不育系628S衍生的5个株系为材料,用SSR分子标记进行遗传差异分析.供试材料中株系11S和628S带型相同,即基因型相同,其植株形态差异为表现型差异;株系21S、20S、6S、29S则各有特异谱带,其形态差异为基因型差异.试验表明SSR分子标记能鉴别真正可遗传的基因型差异,可在杂交水稻三系辅助育种中充分利用.     

离子束介导外源DNA转化小麦的当代生物效应分析

为拓宽小麦种质资源,创造优异新种质,以6个玉米品种和1个银杏品种的总DNA为转化供体,以4个小麦品种为转化受体,进行了离子束介导遗传转化研究试验.结果表明,离子注入和离子束介导遗传转化后,受体材料田间出苗率有明显降低,离子注入、DNA溶液浸泡和离子束介导遗传转化处理小麦当代都有一定的变异率,具有明显的生物效应;离子注入和离子束介导遗传转化的当代生物效应二者间没有明显差异,但较DNA溶液浸泡均更明显.田间出苗率和当代变异率能较一致地反映离子束介导遗传转化存在基因型上的差异.     

基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究

为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。     

小麦ILs群体SSR分子标记遗传连锁图谱构建

【目的】为小麦回交导入系(introgression lines,ILs)群体(‘晋麦47’ב西峰20’)构建简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记遗传连锁图谱.【方法】通过小麦ILs群体160个株系对2 306对均匀分布在21条染色体上的SSR标记进行多态性筛选,利用筛选出的多态性SSR标记对该群体进行遗传多样性分析和遗传连锁图谱构建.【结果】该群体共筛选出442个多态性SSR标记,每个SSR位点平均遗传多样性指数(H′)为0.31,多态性信息量(PIC)为0.25.其中,B基因组和第Ⅲ同源群H′与PIC较高,而D基因组和第Ⅰ同源群较低.通过聚类分析,该群体160个株系可分为5大类群.利用多态性SSR标记构建了1套涵盖小麦21条染色体的遗传图谱,总长度5 857.39 cm,每条染色体的平均长度为277.27 cm,标记间的平均距离为13.25 cm.【结论】构建了1条可用于小麦复杂数量性状精细定位和分子标记辅助选择育种的遗传连锁图谱.     

小麦Rht矮秆基因的分子标记研究进展

简述了利用RFLP、SSR、STS、RAPD等分子标记方法对不同矮秆基因进行标记和定位的结果。在小麦矮秆基因标记中，RFLP标记应用得最多，其次是SSR标记和STS标记，RAPD标记应用得较少。     

小麦矮秆新基因的SSR标记

以小麦矮秆种质系山农31504-1作父本与中国春杂交,获得F2分离群体。利用定位于2A染色体上的179对SSR、EST-SSR引物,采用BSA法,对亲本及197株F2分离群体单株进行SSR分析,筛选出2个与矮秆基因紧密连锁的SSR标记(Xwm c522、Xwm c198),其遗传距离分别为5.4 cM、3.2 cM,可用于分子标记辅助选择。     

乌拉尔图小麦全基因组NBS-SSR位点分析及标记开发

[目的]本研究旨在诊断乌拉尔图小麦NBS家族所在基因组序列的SSR位点,并为抗源的发掘和利用开发分子标记。[方法]利用NBS隐马模型文件检索数据库获得目标序列,通过软件诊断序列SSR位点并开发标记,利用乌拉尔图小麦抗白粉病材料UR207和感病材料UR203进行标记验证。[结果]本研究从乌拉尔图小麦全基因组中分离出463个NBS基因,分为N、CN、NL和CNL共4类。从NBS所在scaffold序列上发现4 292个SSR位点,以二碱基重复位点最多,占78.1%。随机开发了42个分布于各染色体臂的TuNBS-SSR标记,有12个标记在UR207和UR203间存在多态性。[结论]本研究从乌拉尔图小麦全基因组中诊断出4 292个NBS-SSR位点,开发的12个标记在抗感材料间有多态性,可用于乌拉尔图小麦材料抗病性鉴定和抗病基因筛选。     

不结球白菜抗芜菁花叶病毒基因的遗传分析及SSR标记

为了找到与不结球白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)基因连锁的分子标记,采用群体分离分析法(BSA法)和SSR标记进行了与抗病基因连锁标记的筛选。通过对亲本、F1、BC1和F2群体进行病毒接种,研究了试验材料对TuMV的抗性遗传模型,结果表明:不结球白菜对TuMV的抗性由显性单基因控制。通过SSR引物筛选,得到在双亲间稳定表现多态性的引物54对。用这些引物筛选抗感池,得到1个与芜菁花叶病毒抗病基因连锁的SSR标记Ra3E05,连锁距离为8.7 cM。将该标记测序,得到1条184 bp的序列,根据该序列重新设计引物,将SSR标记转化为序列特异扩展区城(SCAR)标记SCRa2,用F2群体对其验证,带型与原SSR标记表现一致,可用于分子标记辅助育种。     

小麦矮秆种质系山农342-9矮秆基因的分子标记定位

为了明确小麦矮秆种质系山农342-9矮秆性状的遗传特点,本研究对其赤霉酸敏感性及矮秆性状的遗传特点进行了鉴定分析,利用分子标记技术对矮秆基因进行了分子标记定位。结果表明,山农342-9为赤霉酸不敏感型,其矮秆性状受一对位于小麦6B染色体上的隐性主效基因控制;从2 606对引物中筛选出2个与矮秆基因连锁的分子标记Xwmc398和Xgwm508,利用F2分离群体计算出它们与矮秆基因的遗传距离分别为1.2 cM和8.1 cM。     

EMS诱变小麦河农822的SSR及SDS-PAGE鉴定

为给小麦育种提供基础材料,利用SSR技术和高分子量麦谷蛋白SDS-PAGE对由EMS诱导河农822获得的矮秆、短芒、密穗、棒状穗、早熟等8个小麦性状变异株进行鉴定。结果表明:在DNA水平,除矮秆变异株外,其余均缺失了1条50~190 bp的片段,各个不同性状突变株均增加了3~4条44~574 bp的片段;在蛋白质水平,不同性状突变株高分子量麦谷蛋白亚基在Glu-1B和Glu-1D位点呈现出缺失和新增亚基2种情况。这表明突变材料与对照相比,不仅在生物学形态存在明显差异,而且在DNA和蛋白质水平上也产生了突变,为小麦突变产生提供了充分的分子生物学证据。     

Analysis of Genetic Diversity in Cultivated and Wild Tomato Varieties in Chinese Market by RAPD and SSR

RAPD and SSR were applied to assess genetic diversity in 61 tomato varieties from different species （Solanum lycopersicum L., hirsutum. Humb L., pimpinellifolium Miller L., chilense Dun. L., chmielenskii L., peruvianum Miller L., parvuflorum Miller L.）. 2 062 and 869 clear fragments were amplified by RAPD and SSR, respectively. On the other hand, more polymorphic products were found by SSR as compared to RAPD, i.e., 100 and 43.84%, respectively. In addition, a higher value of the average similarity coefficient and lower PIC value were reflected in RAPD （0.79, 0.407） compared to SSR （0.56, 0.687）. It can be inferred that SSR was a higher effective marker than RAPD to assess genetic diversity in tomato accessions. Similarly, the genetic base of tomato varieties in Chinese market was narrow. It is suggested that wild tomato varieties should be used to enrich the genetic base of the cultivated tomato varieties.     

水稻空间诱变矮秆新种质CHA-1的遗传分析及基因定位

经空间诱变获得1个稳定遗传的水稻矮秆突变体CHA-1,对该突变体进行了株高遗传分析.结果表明,CHA-1的新矮生基因(暂命名为h)为1对隐性主效基因,与sd-1基因之间存在互补作用,并且表现为一定程度的连锁关系,2对矮生基因共同控制着CHA-1的株高性状.利用SSR分子标记将CHA-1的新矮生基因h定位在水稻第1染色体的长臂上,与标记RM302遗传距离为5.1 cM.     

利用离子束注入技术筛选陆地棉矮化株

【目的】降低棉花生产中每年因喷施缩节胺和打顶等农技措施增加的棉花生产成本,促进增产增收,提高棉农收益。【方法】2005年4月通过离子束注入技术,分别用注入剂量为8×1016和12×1016N+/cm2处理早熟陆地棉高代品系B-02,从中获取棉花矮化突变体植株。【结果】通过2005~2009年连续多代的筛选获得了不用喷缩节胺、不用打顶、株高小于60和60~70 cm,且品质优于原高代品系B-02的两个系列矮化株系。【结论】通过对矮化植株的SSR分析,表明矮化突变株与原高代品系B-02相比具有较多的遗传差异,为新疆棉花矮化育种创造了新的种质资源。     

EST-SSRs在小麦研究中的应用

小麦EST-SSR s是从小麦ESTs序列中开发的一种新型SSR标记。这种分子标记来源于表达基因,其多态性直接反映了基因的多样性,基于表达序列设计的小麦EST-SSR s引物具有很好的扩增效果,在小麦遗传分析中应用广泛。本文阐述了EST-SSR s的特点,介绍了小麦EST-SSR s的研究进展。     

陆地棉不同纤维发育突变体及其SSR指纹分析

 本研究对3组不同纤维发育突变体的近等基因系，利用SSR分子标记技术，进行了多态性分析及遗传相似性和聚类分析。3组近等基因系分别是：（1）陆地棉遗传标准系TM-1、无绒有絮突变体光子Nn、光子nn、H-154（n2）和毛子NN2-2；（2）无绒无絮突变体徐州142无絮和徐州142；（3）无绒无絮突变体新乡小吉无絮可能是中棉所12或豫棉4号的突变体。本文SSR分子标记和形态学鉴定表明新乡小吉无絮可能来源于豫棉4号，并从分子标记的角度表明了XZ142w突变体与野生型相比较，具有较多基因突变和遗传差异。研究还表明多态性SSR引物能将相似表现型的突变体聚在一起，这说明种质的表型变异度与SSR聚类分析结果间有很好的吻合度，因而，SSR标记技术是分析种质间遗传差异和遗传多样性的有效方法。     

小麦抗白粉病基因Pm4b的RGA分析

为克隆抗性基因和发展Pm4b的特异分子标记奠定基础。利用10对RGA引物,对小麦抗白粉病基因的一些载体品种(系)进行扩增,将引物对R11F/R11R从Pm4b基因的载体品种VPM中扩增出的稳定多态性条带回收、克隆、测序,获得与小麦Pm4b基因的相关抗病基因的同源片段,并对不同的小麦Pm基因载体品系作了检测分析。该稳定多态性条带全长1 321 bp。序列分析表明这个片段属于RGA类序列。用该标记检测小麦不同Pm基因载体品种(系),发现该多态性片段仅出现在Pm4b基因载体品种中。该研究可为分离抗性基因和发展Pm4b的特异分子标记奠定基础。