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1.
广西野生大豆种质资源SSR引物筛选   总被引:1,自引:1,他引:0  
【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0~8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67~5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。  相似文献   

2.
【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0~8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67~5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。  相似文献   

3.
【目的】揭示野生大豆Glycine soja Sieb.et Zucc.在特定微环境中演化和分化的信息,为自然居群的取样提供理论依据.【方法】采用41对SSR引物对湖南新田大冠岭地区及其周围的16个居群612份野生大豆材料的遗传多样性和群体结构进行了分析,并分析了居群多样性与空间分布间的关系.【结果和结论】41个SSR位点在612份野生大豆材料中共检测出414个等位变异,每个位点的等位变异范围为4~19个,平均为10.1个.每个位点Shannon指数(I)变异范围为0.283~2.542,平均为1.751.通过比较不同居群遗传多样性指数,发现大冠岭区域向西岭至桑梓一带野生大豆遗传多样性丰富,拥有较多的等位变异,与其周围居群间有较高的基因流.用基于混合模型的Structure2.3软件分析群体结构,可将野生大豆居群分为19个组群,大冠岭区域向西岭至桑梓一带野生大豆居群互混成不同组,而远离大冠岭的野生大豆居群则大都独立.空间自相关分析显示,1 400 m以内遗传距离与地理距离呈正相关;向西岭至桑梓一带是大冠岭区域野生大豆居群的一个多样性中心,周围野生大豆自然居群呈现出明显的空间分布特点,遗传多样性与地理距离、海拔呈正相关,大冠岭野生大豆传播方式为由高海拔地区向低海拔辐射传播.因此认为该地区野生大豆遗传结构模式应属于距离隔离模式和陆岛模式.  相似文献   

4.
利用28对SSR引物对吉林省龙井保护区一个居群的32份野生大豆进行了遗传多样性分析,共检测到120个等位变异,平均等位变异数为4.29个。32份野生大豆的遗传相似系数为0.58~1.0,平均相似系数为0.63。聚类分析结果表明,此居群野生大豆的生长趋势与地理位置有明显的相关性,呈遗传斑块生长。28对SSR引物得到的Simpson指数分布范围为0.119 1~0.673 8,平均值为0.454 4;Shannon-weaver指数分布范围为0.277 1~1.478 3,平均值为0.8865。通过遗传多样性指数表明:吉林省龙井保护区此居群的野生大豆具有较高的遗传多样性。  相似文献   

5.
【目的】粤北山区的野生大豆是全世界分布最南端的野生大豆自然居群,本研究对来源于广东乳源县大桥镇的一个自然居群的遗传多样性进行分析,为该自然居群的原位保护和异位保护提供理论依据.【方法】在广东乳源县大桥镇发现的1个野生大豆自然居群中根据地形等距离采集了98株野生大豆样本,分别用22和73对微卫星(SSR)引物对其遗传结构进行了分析.【结果和结论】在98个样品中分别检测到27和85个等位变异,平均位点等位变异数分别为1.23和1.02个,居群期望杂合度(He)平均为0.02.聚类结果表明,可将居群分为3个部分,沿坪乳公路两侧分布的野生大豆表现出相对较高的遗传多样性.综合各指标表明,广东乳源县大桥镇居群的遗传多样性较低,在保护和利用时选取部分单株即可代表该群体;在对居群遗传多样性初步评价时,用均匀分布的30对引物即可.  相似文献   

6.
【目的】旨在了解自20世纪50年代以来我国花生品种更替所引发的SSR位点遗传多样性变化,以期为花生育种提供参考。【方法】选用154对SSR引物对68个大面积推广种植品种进行检测。【结果】共获得173个位点,检测到872个等位变异,平均为5.04个等位变异/位点,遗传多样性指数的变化范围为0.014~0.881,平均0.477。20条染色体中,b07遗传多样性最高,染色体a04最低。品种更替过程中,20世纪80年代品种更替对SSR位点遗传多样性影响最为显著,与20世纪70年代及以前品种相比,表现为等位基因遗传丰富度增加、多样性指数增加、品种间遗传距离略有降低。20世纪80年代以后,SSR位点的等位基因丰富度增加、多样性指数和品种间遗传距离均无明显变化。检测到5个等位变异数随年代增加减少的SSR位点。聚类分析结果显示类群分布与系谱及地理来源相关,与品种更替年代无关。【结论】本研究结果表明,在花生品种更替过程中,主栽品种等位基因丰富度增加,而等位基因分布均匀度尚未产生显著性改变。  相似文献   

7.
【目的】本文旨在分析番茄资源材料的亲缘关系及它们的遗传多样性,挖掘与番茄品质性状相关的分子标记。【方法】选用37对SSR多态性引物对30份番茄资源材料进行聚类分析,在此基础上采用Tassel3.0GLM方法进行标记位点与品质性状的关联分析。【结果】SSR结果显示,37对SSR引物共检测到102个等位变异位点,各种质遗传相似系数为0.61~0.97。关联分析结果表明与品种性状显著相关的位点有9个。供试材料之间有一定的遗传差异,但遗传背景较狭窄。【结论】利用SSR标记分析了30份番茄资源材料的遗传多样性,30份番茄资源材料在遗传相似系数0.71处被划分为4大类,并通过关联分析模型,找到了9个与总酸、成熟前果色、成熟果色、果面棱沟、番茄红素相关联的标记。  相似文献   

8.
基于SSR标记的太湖流域粳稻地方品种遗传多样性研究   总被引:14,自引:1,他引:13  
 【目的】评价太湖流域粳稻地方品种的遗传多样性。【方法】利用58对SSR引物,对基于主要农艺性状构建的太湖流域粳稻地方品种核心种质库的122个品种进行DNA水平的多态性分析,并与15个现代育成品种做比较。【结果】(1)地方品种群体中53个SSR位点共检测到216个等位片段,每个多态性位点等位片段数的变化范围为2~7个,平均为4.08个;71.7%的SSR位点具有3个以上等位片段;53个位点PIC值的变化范围为0.031~0.773,平均为0.413;Nei’s基因多样性指数He为0.378;品种间遗传距离平均为0.419;12条染色体中,第5染色体平均等位片段数最多,第11染色体平均PIC值最大。(2)现代育成品种群体检测到的等位片段数、位点PIC值、Nei’s基因多样性指数和品种间遗传距离均比地方品种群体相应值小,地方品种的遗传多样性大于现代育成品种。(3)聚类分析显示,在遗传相似系数0.63处,地方品种和现代育成品种可以明确区分开来。【结论】太湖流域粳稻地方品种具有丰富的遗传多样性,且与现代育成品种有较大的遗传差异,可用以拓宽育成品种的遗传基础。  相似文献   

9.
广西野生大豆SSR标记的遗传多样性研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用23对SSR引物对广西1980—1981年收集的68份野生大豆资源进行遗传多样性分析。结果表明:23个SSR位点共扩增出157条多态性带,等位变异数目范围为4~11条,平均为6.83条;Simpson指数分布范围为0.539~0.835,平均为0.703;Shannon指数分布范围为0.624~0.941,平均为0.714。聚类结果把68份材料分为两大类,各地区材料之间存在明显的遗传差异,但有些同一地区内的材料也表现出明显的遗传分化。  相似文献   

10.
华北生态群普通杏遗传多样性与群体结构分析   总被引:2,自引:1,他引:1  
【目的】研究华北生态群普通杏在不同地理来源间的遗传多样性、特异性和群体结构差异。【方法】应用21对SSR引物对67份华北生态群普通杏的遗传多样性和群体结构进行分析。【结果】21个SSR位点在67份华北生态群的普通杏材料中共检测出301个等位变异,每个位点的等位变异范围为8—24个,平均为14.33个。每个位点Shannon’s多样性指数(I)变异范围为0.65—2.67,平均为1.934。通过不同地理来源间比较,发现来自西北黄土高原区域的杏种质多样性丰富,拥有较多的等位变异。不同地理群间存在较多的互补等位变异;各地理群体拥有各自特有等位变异。基于混合模型的Structure2.2群体结构分析显示,将华北生态群普通杏划分为7个组群,且不同地理来源的材料均被划分到3个或以上的聚类群体。当K=4时,除仁用杏外华北生态群普通杏可以划分为西南亚群、华北平原亚群和东部丘陵亚群(包括山东丘陵地和辽南丘陵地的普通杏)3个亚群,与传统生态亚群划分相似。【结论】华北生态群普通杏种质具有丰富的遗传多样性,其中来自于西北地区的普通杏多样性最为丰富,有较多的变异类型。仁用杏种质遗传基础狭窄,但具有较多的特有等位变异和独特的血缘关系。华北生态群普通杏可以划分为3个亚群,但地理来源相同的种质不一定属于同一类群。  相似文献   

11.
【目的】明确广西新收集野生大豆种质资源遗传多样性分布特点,为今后挖掘野生大豆资源的优异性状提供参考依据。【方法】将2008年9~10月收集的200份野生大豆种质资源进行种植,在生育期观察记载茸毛色、叶形、主茎类型等质量性状,分别进行赋值,然后计算Shannon-weaver和Simpson遗传多样性指数。【结果】野生大豆材料的11个质量性状的Shannon-weaver指数范围为0.0338~0.4320,Simpson指数范围为0.0300~0.5811,其中Shannon-weaver指数以泥膜类型最小,Simpson指数以粒色最小,而荚色的两类遗传多样性指数均最高。聚类结果将200份野生大豆材料聚为两大类,不同地区收集的材料之间存在明显的遗传差异,但部分地区内的野生大豆材料表现出明显的遗传分化。【结论】广西新收集的野生大豆质量性状的遗传多样性程度低,今后需继续对广西野生大豆种质资源进行收集和鉴定。  相似文献   

12.
基于SSR标记的黍稷种质资源遗传多样性及亲缘关系研究   总被引:7,自引:4,他引:3  
【目的】利用SSR标记,分析黍稷种质资源(野生材料和地方品种)的遗传多样性水平,揭示不同来源黍稷种质资源的亲缘关系和遗传群体结构差异,为黍稷起源进化研究奠定基础。【方法】用6份地理差异显著的黍稷种质资源对137对小宗作物课题组开发的具有多态性的SSR引物进行初步筛选,最终筛选103对条带清晰、扩增良好且多态性稳定的SSR引物,利用这103对多态性SSR标记对146份黍稷材料进行PCR扩增,通过遗传参数、聚类、遗传结构等分析,评估不同个体间及不同群体间的遗传多样性,探讨遗传结构差异。【结果】103对SSR标记共检测出308个等位基因(Na),平均值为2.99,平均Shannon-Weaver指数(I)为0.8478,平均期望杂合度为0.3642,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.5544。103对SSR标记的分布区间为0—1、1—2、2—3、3—4和4—5,分辨率范围为0.334—4.002,77.67%的标记分布于区间1—4,具有适度分辨力。国内资源的观测等位基因数(2.9126)、多样性指数(0.8302)、期望杂合度(0.5023)、多态性信息含量指数(0.5278)均高于国外资源,遗传多样性更丰富。12个群体的遗传距离的变化范围为0.0783—0.5762,均值为0.2938;遗传一致度变化范围为0.5620—0.9247,均值为0.75,遗传相似性与地理分布具有一定相关性,地理分布越近,遗传距离越小,遗传一致度越高。聚类分析在遗传距离为0.15处可以把12个群体分为4个组群,其中南美洲和山西资源各自独立分为一支,与其他资源亲缘关系较远。个体间聚类中,国内外资源划分非常显著,在遗传距离为0.63处,146份黍稷资源可分为3大组群,组群Ⅰ和组群Ⅱ为国外资源,组群Ⅲ为国内资源。组群Ⅱ在遗传距离为0.39处又分为3个亚群,组群Ⅲ在遗传距离为0.45处分为5个亚群,其中亚洲与欧洲资源、中国河北与中国山西、中国内蒙古资源的遗传关系较近。遗传结构分析结果显示国内外群体间存在明显的遗传分化,其中5个组群(组群2、组群5、组群6、组群7和组群9)为国内野生资源特有基因型,分布较为分散;2个组群(组群1和组群4)为国外资源特有基因型,分布较为集中。中国宁夏、南美洲资源的群体结构趋向单一化,中国河北、中国黑龙江、亚洲资源的群体结构趋向多元化。UPGMA聚类结果与遗传结构分析结果一致,且不同地区黍稷资源群体间遗传关系远近均与其地理分布相关。【结论】野生资源的遗传多样性高于国外资源,其中中国河北群体的遗传多样性最丰富,中国河北可能是黍稷的起源中心。  相似文献   

13.
【目的】明确广西新收集野生大豆种质资源遗传多样性分布特点,为今后挖掘野生大豆资源的优异性状提供参考依据。【方法】将2008年9~10月收集的200份野生大豆种质资源进行种植,在生育期观察记载茸毛色、叶形、主茎类型等质量性状,分别进行赋值,然后计算Shannon-weaver和Simpson遗传多样性指数。【结果】野生大豆材料的11个质量性状的Shannon-weaver指数范围为0.0338~0.4320,Simpson指数范围为0.0300~0.5811,其中Shannon-weaver指数以泥膜类型最小,Simpson指数以粒色最小,而荚色的两类遗传多样性指数均最高。聚类结果将200份野生大豆材料聚为两大类,不同地区收集的材料之间存在明显的遗传差异,但部分地区内的野生大豆材料表现出明显的遗传分化。【结论】广西新收集的野生大豆质量性状的遗传多样性程度低,今后需继续对广西野生大豆种质资源进行收集和鉴定。  相似文献   

14.
黄淮夏大豆遗传多样性分析   总被引:41,自引:1,他引:40  
 利用 4 9对SSR引物和 14个农艺性状对 96份黄淮夏大豆进行遗传多样性分析 ,以了解黄淮夏大豆产区的资源多样性状况 ,为种质资源的利用和开发提供帮助。结果表明 ,SSR的遗传多样性指数的分布范围为 1.0 70 0~2 .7310 ,Simpson指数分布范围为 0 .5 313~ 0 .92 0 3;14个农艺性状的遗传多样性指数平均值为 1.1912 ,Simpson指数的平均值为 0 .6 0 79,可见黄淮夏大豆具有丰富的遗传变异。 96份材料的农艺性状和分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规  相似文献   

15.
中国大蒜种质资源遗传多样性和群体遗传结构分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测,通过Mega软件进行最大相似性聚类分析,Structure 2.1软件进行群体遗传结构分析,SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测,考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点,多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体,划分的类别基本一致。然而,群体遗传结构分析划分的5个群体,群内遗传信息多样性指数较小。对212份种质的22个数量性状与分子标记的线型模型分析表明,包括大蒜辣素含量在内的多个数量性状受群体遗传结构的影响较小。【结论】中国大蒜种质资源遗传背景丰富,群体遗传结构对数量性状的分布影响较小,适合进一步进行性状与分子标记之间关联分析研究。  相似文献   

16.
【目的】评价中国栽培大豆微核心种质的群体结构和遗传多样性水平,为拓宽大豆遗传基础、发掘优异基因、改良大豆品种提供理论依据。【方法】利用大豆20个连锁群上的100个SSR位点,对来自全国28个省补充完善的248份栽培大豆微核心种质进行SSR遗传多样性及群体结构分析;采用PowerMarker Version 3.25软件统计等位变异数、平均等位变异数、多态性信息量(PIC值)及亚群特有等位变异数等参数;基于遗传距离建立了栽培大豆微核心种质的无根Neighbor-Joining树;用Structure2.2软件对微核心种质的群体结构进行评价。【结果】100个SSR位点在248份材料中共检测出等位变异1460个,每个位点变异范围为2—33个,平均为14.6个,每个位点PIC值变异范围为0.158—0.932,平均为0.743。基于模型的群体结构分析显示,依据LnP(D)无法判断最佳K值(群组数),但通过计算系数ΔK发现,K=3为微核心种质的最佳群体结构。结合种质的生态类型及品种类型分析发现,地理来源相同的种质具有聚在一起的倾向,但来源相同的种质也有分在不同组的情况。不同生态类型及品种类型间均存在较多的互补等位变异和特有等位变异。【结论】中国栽培大豆微核心种质具有丰富的遗传多样性,可以用来拓宽大豆品种遗传基础;不同生态类型及品种类型间存在较多的互补及特有等位变异,是种质创新及品种改良的物质基础;栽培大豆微核心种质存在明显的群体结构,为微核心种质在育种中的直接或间接利用提供了理论依据。  相似文献   

17.
【目的】从分子水平研究国内外黍稷种质资源的遗传多样性差异,为黍稷种质资源的研究、保护和利用提供依据。【方法】用不同地理来源且性状差异显著的6份黍稷种质资源对来自高通量测序技术开发的黍稷基因组SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰,稳定性好的63对SSR黍稷基因组引物,利用这63对SSR多态性引物对来自国内外的192份黍稷地方品种和野生种质进行遗传多样性分析。统计各试材在同一引物中的条带情况,并以此来分析试材的遗传多样性与所在群体间的亲缘关系。【结果】63对SSR引物共检测出161个等位变异位点,平均每个SSR位点2.56个;平均Shannon-Weaver指数(I)为0.6275,平均基因多样度(Nei)为0.3874,平均PIC值为0.4855。10个不同地理来源群体间表现出显著的遗传多样性差异,各群体的有效等位变异变化范围较窄,最小的是南方群体,为1.2407±0.4315;最大的是内蒙古高原群体,为1.8846±0.4892。国内群体Shannon-Weaver指数为内蒙古高原东北地区黄土高原西北地区南方地区,而国外Shannon-Weaver指数排序依次为前苏联欧洲蒙古印度美国。从Nei’s基因杂合度分析,观察杂合度(Ho)最小的是印度群体,为0.2372±0.2962,最大的是内蒙古高原群体,为0.3966±0.3250。期望杂合度(He)最小的是美国群体,为0.3114±0.2203;最大的是内蒙古高原群体,为0.4622±0.1862。从国外种、国内栽培种和国内野生种3个大群体来看,野生种质资源有效等位基因数(1.9285±0.5101)、Shannon-Weaver指数(0.6948±0.2852)、Nei基因多样性指数(0.4373±0.1773)远大于国外种和国内栽培种。而对国内外两大群体而言,国内资源的有效等位基因数(1.8145±0.4519)、Shannon-Weaver指数(0.6657±0.2413)和Nei基因多样性指数(0.412±0.1574)均大于国外资源(1.6862±0.4527、0.5897±0.2469、0.3652±0.1655)。UPGMA聚类分析结果显示,10个地理群聚为三大类,内蒙古高原地区、黄土高原地区、东北地区、西北地区、蒙古地区聚为一类,前苏联、美国、印度、欧洲地区聚为一类,南方地区单独聚为一类。其中,来自东北黑龙江齐齐哈尔的泰来小野糜(34号)在截距0.37处被独立分为一支,来自甘肃的野黍子(19号)在截距0.34处被分为独立个体,表明这两个材料与其他材料遗传差异较大。但从整体遗传多样性上来看192份材料国内外群体遗传分化不明显,群体间的亲缘关系较近,且不同群体间材料存在着互相渗透。【结论】内蒙地区、东北地区、黄土高原地区种质资源遗传多样性最丰富,是遗传关系最为复杂的地区,进一步印证了中国是黍稷起源的中心。  相似文献   

18.
【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群:第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。  相似文献   

19.
芝麻资源群体结构及含油量关联分析   总被引:5,自引:1,他引:4  
【目的】推测芝麻资源群体材料的遗传变异、群体结构和分子亲缘关系,通过关联分析检测群体中影响含油量表型的位点,为芝麻高油育种及开展其它性状关联分析等提供科学依据。【方法】利用20对SSR引物、43对SRAP引物及16对AFLP引物,对来自芝麻核心品的216份芝麻资源进行遗传多样性分析、群体结构分析和含油量性状关联分析。【结果】共检测到338个等位变异,群体遗传多样性为0.2493、多态性信息含量为0.2090。群体结构分析将216份芝麻资源分为2个亚群(POP1和POP2);其中,174份资源(80.56%)归属POP1亚群,42份资源(19.44%)归属POP2亚群。POP1亚群的遗传多样性(0.2180)、多态性信息指数(0.1840)等指标值都低于POP2亚群(分别为0.3190和0.2561),表明POP2亚群内种质遗传变异更为丰富。AMOVA分析表明,亚群内的遗传变异(86.83%)极显著高于亚群间的遗传变异(13.17%)(P<0.001)。关联分析重复检测出2年环境下与含油量性状极显著关联的分子标记8个(P<0.01)。这8个标记的性状变异解释率变幅为0.0343(标记M20E16-8)—0.0587(标记SSR12-2),总的变异解释率为0.2846(2008年)和0.3801(2009年)。【结论】以216份来自中国芝麻核心品的资源构成自然群体,群体结构简单、遗传变异较为丰富,可以用于开展芝麻重要目标性状的关联作图。应用关联分析方法在2个年度环境下重复检出8个标记与含油量性状极显著关联(P<0.01),这些标记可能与含油量性状存在稳定、可靠相关联。  相似文献   

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