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相似文献
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1.
DRD1及DRD2基因多态性与鸡冠高和体重的相关性   总被引:1,自引:0,他引:1  
研究鸡DRD1及DRD2基因与冠高和体重的关系。在DRD1和DRD2基因上共选取20个多态位点,对586只宁都三黄鸡的基因型进行检测,分析各位点与77、84及91日龄冠高和体重性状的相关性。结果表明:位于DRD2基因5′侧翼区的位点A-6543G与91日龄体重显著相关(P<0.05),位点C-6539T与91日龄冠高显著相关(P<0.05);DRD1基因编码区上6个多态位点与不同日龄的鸡冠高和体重无显著相关(P>0.05),但由C+765T、C+1011T与G+1065A这3个位点组成的单倍型块与77日龄冠高呈显著的相关性(P<0.05)。研究结果提示:DRD1基因的单倍型块可作为77日龄冠高的辅助选择的有效分子标记;而DRD2基因上A-6543G可作为91日龄体重的有效分子标记,位点C-6539T可为91日龄冠高标记辅助选择提供参考。  相似文献   

2.
鸡冠高度是早熟性性状选育的重要间接指标,鉴定与鸡冠高度相关的候选基因对优质鸡生产具有重要的意义.采用PCR-RFLP方法对宁都三黄鸡母系1 301个个体进行基因型检测,分析家鸡繁殖性状侯选基因GARNL1多态位点与母鸡鸡冠高度的相关性,结果表明GARNL1基因上多个位点与鸡的冠高性状显著相关,是影响母鸡鸡冠高度选育的候选基因;位点rs14532831和rs15701119与鸡77日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关;位点rs14532831, rs14532824和rs15701119与鸡84日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.基因上的4个位点rs14532831,rs14532779,rs14532824及rs15701119与鸡91日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.GARNL1基因的变异对鸡冠高度性状具有遗传效应.  相似文献   

3.
家禽繁殖内分泌调控机制和血管活性肠肽I型受体(vasoactive intestinal peptide receptor-1,VIPR-1)基因的体内体外表达实验证明,VIPR-1基因参与了繁殖行为的调控。研究以鸡VIPR-1基因的C1704887T与C1715301T位点作为繁殖性状的候选标记,对512只清远麻鸡进行基因型检测并分析其与繁殖性状的相关性。研究表明:位于内含子6的位点C1704887T与40周龄、43周龄以及54周龄的总产蛋数和总正常蛋数显著相关(P<0.05),等位基因C有利于产蛋;位于内含子8的位点C1715301T与30周总畸形蛋数显著相关(P<0.05);这2个位点组成的二倍型与开产日龄呈显著的相关性(P<0.05),但这2个位点与开产性状无显著相关。研究结果提示:位点C1704887T可作为产蛋量的标记辅助选择的潜在分子标记。  相似文献   

4.
为明确促甲状腺激素释放激素(thyrotropin-releasing hormone,TRH)作为鸡繁殖性状辅助选育基因的可行性,采用PCR产物测序法对瑶山鸡TRH基因编码区进行序列变异检测,并与繁殖性状进行关联分析。结果表明:瑶山鸡TRH基因存在1个编码区变异位点、1个外显子非编码区变异位点和1个内含子区变异位点,编码区变异位点引起蛋白质相应氨基酸发生错义突变。外显子区A2699T、G3857T变异位点与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、首次就巢持续时间、300日龄就巢次数存在显著或极显著关联。外显子区A2699T、G3857T位点可作为瑶山鸡繁殖性状选育的辅助选择标记。  相似文献   

5.
为探明多巴胺(Dopamine,DA)受体基因与鸡繁殖性状的关联性,找出可作为鸡繁殖性状的重要标记,选用贵州省地方鸡种荔波瑶山鸡,采用PCR测序法对5种DA受体基因(DRD1~DRD5)的多态位点进行检测,并进行与繁殖性状的关联分析。结果表明:DRD1基因有1073(G→A)1个多态位点,分别与300日龄产蛋量、首次就巢日龄呈极显著相关(P0.01);DRD2基因上有15个多态位点,分别与繁殖性状存在显著或极显著相关,其中14个位点分布于各内含子上,仅有4260(G→C)1个位点位于第6外显子,该位点与开产日龄、300日龄产蛋量和首次就巢日龄呈显著相关(P0.05);DRD3基因11720(C→G)与300日龄产蛋量存在显著相关(P0.05),该位点CC型个体在试验期间无就巢现象;DRD4基因5365(C→T)与开产日龄存在显著相关(P0.05),5546(G→A)与首次就巢日龄和首次就巢持续时间存在显著相关(P0.05)。以上多态位点可作为与相关繁殖性状有显著或极显著影响指标的辅助选择标记。  相似文献   

6.
为探明促甲状腺激素释放激素受体基因TRHR(thyrotropin-releasing hormone receptor,TRHR)与瑶山鸡繁殖性状的关联性,以找出可作为瑶山鸡繁殖性状选育的重要标记,采用PCR产物测序法对促甲状腺激素释放激素基因TRH(thyrotropin-releasing hormone,TRH)编码区进行序列变异检测,并与繁殖性状进行关联分析。结果表明,在瑶山鸡群中,TRHR基因检测到5个编码区变异位点和1个内含子变异位点,5个编码区变异位点均能引起蛋白质相应氨基酸发生同义突变;统计分析表明,6个位点与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、首次就巢持续时间和就巢次数等性状均没有显著关联性;初步说明,该基因不能作为瑶山鸡繁殖性状选育的候选基因开展辅助选育,但可以作为鸡生长性状的候选基因开展进一步研究。  相似文献   

7.
文昌鸡神经肽Y基因多态性与开产性状的关系   总被引:2,自引:1,他引:1  
[目的]检测文昌鸡神经肽Y基因(NPY)的多态性及其与开产性状的关系,为高产文昌鸡的育种提供资料。[方法]通过PCR-RFLP方法检测文昌鸡NPY基因Dra I位点上的多态性,分析其基因型、群体的遗传稳定性以及该位点多态性与开产日龄、开产体重和开产蛋重的关系。[结果]文昌鸡在NPY基因Dra I位点上有3种基因型(AA、AB、BB);基因型的分布符合Hardy-Weinberg定律;不同基因型间的开产日龄、开产蛋重差异不显著(P〉0.05),开产体重差异极显著(P〈0.01)。[结论]文昌鸡NPY,基因Dra I位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其基因多态影响开产体重。  相似文献   

8.
鸡胸腺重和脾脏重性状的全基因组关联   总被引:2,自引:2,他引:0  
【目的】全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是复杂性状和疾病相关基因定位的新策略。【方法】试验利用鸡60K SNP芯片对来自50个公鸡家系的728只北京油鸡进行SNP分型检测,采用全基因组关联分析方法对影响100日龄胸腺重和脾脏重的基因进行定位研究。【结果】结果发现24个达5%全基因组水平显著的位点,与100日龄胸腺重和脾脏重显著相关,并在这些位点附近发现Janus kinase 1(JAK1)、 zinc finger DHHC-type containing 8(ZDHHC8)、vav 3 guanine nucleotide exchange factor(VAV3)、SATB homeobox 1(SATB1)等候选基因;84个与这两个性状潜在关联同时达到5%染色体水平显著的位点。【结论】利用GWAS分析策略筛选和鉴定的重要突变位点及候选基因,将为揭示鸡免疫器官发育的分子调控机制和抗病育种分子标记辅助选择提供必要的分子基础。  相似文献   

9.
为研究优质肉鸡M系NPY、NCOA-1、IGF-1和GDF-9基因聚合与繁殖性能的关联性分子标记,进一步提升多基因聚合技术在优质肉鸡分子育种中的应用普及率,试验采用SNP分型检测和x2检验等生物统计方法分析了NPY、NCOA-1、IGF-1和GDF-9基因多态性及优质肉鸡多基因聚合后混合基因型与繁殖性能的关联性。结果表明,优质肉鸡M系4个基因均有多种基因型,其中NPY、IGF-1和GDF-9基因SNP位点所在受试群体达到Hardy-Weinberg平衡,NCOA-1基因所在受试群体未达到Hardy-Weinberg平衡。Aa BBCCGg基因型在开产日龄上显著低于其他基因型(P0.05),在开产体重上显著高于AABBCCGg(P0.05),在300日龄合格种蛋率上显著高于其他基因型(P0.05);AABBCCGg在开产蛋重、300日龄蛋重上显著低于其他基因型(P0.05),而aa BBCCGg在300日龄产蛋量上优势显著(P0.05)。聚合基因型Aa BBCCGg基因型在开产日龄、开产体重和300日龄合格种蛋率上显著优于其他基因型(P0.05),AABBCCGg在开产蛋重、300日龄蛋重上显著低于其他基因型(P0.05),而aa BBCCGg在300日龄产蛋量上优势显著(P0.05)。综合比较得出Aa BBCCGg聚合基因型为最有利聚合基因型,可作为有效改良优质肉鸡繁殖性能的候选标记。  相似文献   

10.
【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关(P<0.05),AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著(P<0.05);C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关(P<0.05),C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著(P<0.05)。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关(P<0.05);与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关(P...  相似文献   

11.
《农业科学学报》2023,22(7):2200-2212
Many different chicken breeds are found around the world, their features vary among them, and they are valuable resources. Currently, there is a huge lack of knowledge of the genetic determinants responsible for phenotypic and biochemical properties of these breeds of chickens. Understanding the underlying genetic mechanisms that explain across-breed variation can help breeders develop improved chicken breeds. The whole-genomes of 140 chickens from 7 Shandong native breeds and 20 introduced recessive white chickens from China were re-sequenced. Comparative population genomics based on autosomal single nucleotide polymorphisms (SNPs) revealed geographically based clusters among the chickens. Through genome-wide scans for selective sweeps, we identified thyroid stimulating hormone receptor (TSHR, reproductive traits, circadian rhythm), erythrocyte membrane protein band 4.1 like 1 (EPB41L1, body size), and alkylglycerol monooxygenase (AGMO, aggressive behavior), as major candidate breed-specific determining genes in chickens. In addition, we used a machine learning classification model to predict chicken breeds based on the SNPs significantly associated with recourse characteristics, and the prediction accuracy was 92%, which can effectively achieve the breed identification of Laiwu Black chickens. We provide the first comprehensive genomic data of the Shandong indigenous chickens. Our analyses revealed phylogeographic patterns among the Shandong indigenous chickens and candidate genes that potentially contribute to breed-specific traits of the chickens. In addition, we developed a machine learning-based prediction model using SNP data to identify chicken breeds. The genetic basis of indigenous chicken breeds revealed in this study is useful to better understand the mechanisms underlying the resource characteristics of chicken.  相似文献   

12.
In modern pig breeding programs, growth and fatness are vital economic traits that significantly influence porcine production. To identify underlying variants and candidate genes associated with growth and fatness traits, a total of 1 067 genotyped Duroc pigs with de-regressed estimated breeding values(DEBV) records were analyzed in a genome wide association study(GWAS) by using a single marker regression model. In total, 28 potential single nucleotide polymorphisms(SNPs) were associated with these traits of interest. Moreover, VPS4 B, PHLPP1, and some other genes were highlighted as functionally plausible candidate genes that compose the underlying genetic architecture of porcine growth and fatness traits. Our findings contribute to a better understanding of the genetic architectures underlying swine growth and fatness traits that can be potentially used in pig breeding programs.  相似文献   

13.
Improving the production of broiler chicken meat has been a goal of broiler breeding programs worldwide for many years. However, the genetic architectures of skeletal muscle production traits in chickens have not yet been fully elucidated. In the present study, a total of 519 F2 birds, derived from a cross of Arbor Acres broiler and Baier layer, were re-sequenced (26 F0 individuals were re-sequenced at a 10-fold depth; 519 F2 individuals were re-sequenced at a 3-fold depth) and the coupling of genome-wide association study (GWAS) and selection signatures (FST (fixation index) and θπ (nucleotide diversity)) was carried out to pinpoint the associated loci and genes that contribute to pectoral muscle weight (PMW) and thigh muscle weight (TMW). A total of 7 890 258 single nucleotide polymorphisms (SNPs) remained to be analyzed after quality control and imputation. The integration of GWAS and selection signature analyses revealed that genetic determinants responsible for skeletal muscle production traits were mainly localized on chromosomes 1 (168.95–172.43 Mb) and 4 (74.37–75.23 Mb). A total of 17 positional candidate genes (PCGs) (LRCH1, CDADC1, CAB39L, LOC112531568, LOC112531569, FAM124A, FOXO1, NBEA, GPALPP1, RUBCNL, ARL11, KPNA3, LHFP, GBA3, LOC112532426, KCNIP4, and SLIT2) were identified in these regions. In particular, KPNA3 and FOXO1 were the most promising candidates for meat production in chickens. These findings will help enhance our understanding of the genetic architecture of chicken muscle production traits, and the significant SNPs identified could be promising candidates for integration into practical breeding programs such as genome-wide selection (GS) to improve the meat yield of chickens.  相似文献   

14.
基于新疆褐牛产奶和繁殖性状全基因组关联分析研究结果,对候选基因进行生物信息学功能分析,进一步筛选出与新疆褐牛产奶和繁殖性状显著相关的关键基因。根据关联分析结果中显著单核苷酸多肽位点的物理位置共找到55个候选基因,其中49个基因可在数据库中检索到相应功能注释信息。GO分类结果显示,这些基因涉及代谢、转录等30个GO条目;KEGG代谢通路富集分析结果显示,候选基因富集于7个通路中,其中基因数最多的是Wnt信号通路和钙黏素信号通路。通过查阅各候选基因相关研究进展和相关基因的生物学功能、生理生化分析,发现对产奶性状候选基因中的CDH2、GABRG2和繁殖性状候选基因中的EPRS基因可进行下一步的基因功能研究。  相似文献   

15.
16.
王怡悦  刘红  徐姚 《南方农业学报》2022,53(10):2701-2713
【目的】构建凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,并对生长相关性状进行QTL定位,筛选出生长性状相关候选基因,为后续开展凡纳滨对虾分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供理论依据。【方法】以耐低盐选育凡纳滨对虾为父本,厄瓜多尔野生凡纳滨对虾为母本,单尾交配,以2个亲本及150个F1代个体为作图群体,通过2b-RAD测序挖掘SNP分子标记并构建遗传连锁图谱;结合生长性状表型数据,使用MapQTL 6.0在构建的遗传连锁图谱上对体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高等13个生长相关性状进行QTL定位。筛选QTL区间SNP分子标记附近的基因,经GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,挖掘生长相关候选基因;并采用实时荧光定量PCR检测候选基因在凡纳滨对虾不同组织及不同群体间的表达情况。【结果】构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱包括3136个SNPs标记,分布在44个连锁群上;总图谱全长为5430.54 cM,平均图距为1.73 cM。生长性状QTL定位共产生79个生长性状相关QTLs,LOD范围为3.00~11.04,可解释的表型变异范围为9.0%~28.8%。根据GO功能注释及KEGG信号通路富集分析结果,最终筛选出4个生长相关候选基因(TOB2、CRAT、CCT6、KLF4)。4个候选基因在凡纳滨对虾各组织中均普遍表达,且CCT6、KLF4和TOB2基因在耐低盐选育家系群体中的相对表达量均高于常规的凡纳滨对虾群体,其中CCT6基因表达差异达显著水平(P<0.05)。【结论】基于2b-RAD技术构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱鉴定出79个与生长性状相关的QTLs,并筛选出4个与凡纳滨对虾生长性状相关的候选基因(CCT6、KLF4、TOB2和CRAT)。可见,以2b-RAD技术结合QTL定位能高效、快捷挖掘出凡纳滨对虾生长性状相关候选基因,为开展分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供技术支持。  相似文献   

17.
油菜耐盐相关性状的全基因组关联分析及其候选基因预测   总被引:2,自引:1,他引:1  
【目的】通过对甘蓝型油菜耐盐相关性状进行全基因组关联分析,寻找可能与油菜耐盐性相关的SNP位点,发掘与油菜耐盐性有关的候选基因。【方法】以1.2%NaCl溶液作为培养液,去离子水为对照,对307个不同品系的甘蓝型油菜进行发芽试验。播种后7 d测定幼苗根长、鲜重及发芽率,计算盐胁迫下各性状相对值,并作为评价耐盐的指标。结合油菜60K SNP芯片,利用SPAGeDi v1.4软件对该群体307份甘蓝型油菜进行亲缘关系分析,并计算亲缘关系值的矩阵。利用软件STRUCTURE v2.3.4对关联群体进行了群体结构分析。为有效排除假关联的影响,将群体结构和材料间的亲缘关系考虑进关联分析中,同时进行了PCA+K模型、Q+K模型以及K模型3种混合线性模型分析和比较,根据所有SNP的–lg(P)观察值和期望值,确定每个性状GWAS分析的最优模型。采用TASSEL 5.0软件,在最优模型下对307份材料耐盐各性状的相对值分别与SNP标记进行全基因组关联分析。利用油菜基因组数据库,在显著SNP位点侧翼序列200 kb范围内提取基因。根据拟南芥中已经明确功能的耐盐相关基因,筛选出目标基因组区段内与耐盐相关的油菜同源基因。【结果】全基因组关联分析共检测到164个与根长显著关联的SNP位点,23个与鲜重显著关联的SNP位点,38个与发芽率显著关联的SNP位点。其中与根长、鲜重、发芽率最显著关联的SNP位点分别位于染色体A08、A02和A06,贡献率分别为23.84%、18.59%和31.81%。在这些显著SNP位点侧翼序列200 kb范围内发掘出可能与油菜耐盐性有关的50个候选基因。这些候选基因主要包括转录因子MYB、WRKY、ABI1、b ZIP、ERF1、CZF1、XERICO等以及一些下游受转录因子调控的不同功能基因NHX1、PTR3、CAT1、HKT、CAX1、ACER、STH、STO等。在根长和发芽率2个不同耐盐性状的分析结果中均筛选出位于A03染色体上的耐盐基因BnaA03g14410D。另外,这些耐盐候选基因中包含两组串联重复基因,分别是位于A03染色体上的BnaA03g18900D和BnaA03g18910D,位于C09染色体上的BnaC09g19080D、BnaC09g19090D和BnaC09g19100D。除此之外,耐盐候选基因中还包含2个距离非常近(中间只间隔2个基因)的重复基因BnaC02g39600D和BnaC02g39630D。【结论】共检测到225个与耐盐性状显著关联的SNP位点,筛选出50个可能与油菜耐盐性有关的候选基因。  相似文献   

18.
【目的】通过对芝麻产量相关性状的全基因组关联分析,挖掘与产量性状关联的SNP位点及预测候选基因,为通过分子标记辅助选择育种等方式提高芝麻产量提供技术基础。【方法】以363份不同遗传背景和地理来源的芝麻种质资源构成的自然群体为研究对象,调查2年2点4环境下8个产量相关性状(单株产量、单株蒴数、蒴粒数、千粒重、株高、主茎果轴长、始蒴高度和表观收获指数)的表型值,借助覆盖全基因组的42 781个SNP标记,利用多位点SNP随机效应混合线性模型(multi-locus random-SNP-effect mixed linear model,mrMLM)对8个产量相关性状进行全基因组关联分析,检测与产量相关性状显著关联的SNP位点,并预测候选基因。【结果】在4个不同环境下,8个产量相关性状表现出广泛的表型变异,变异系数为6.51%—33.57%;相关性分析表明单株产量与单株蒴数、株高、主茎果轴长、表观收获指数呈极显著正相关;方差分析表明产量相关性状的基因型效应、环境效应、基因型与环境互作效应均达到了极显著水平。通过多位点全基因组关联分析共检测到210个与产量相关性状显著关联的SNP,在2018年南阳环境下检测到47个SNP,解释表型变异的1.63%—17.29%;在2019年南阳环境下检测到35个SNP,解释表型变异的1.94%—11.90%;在2018年平舆环境下检测到35个SNP,解释表型变异的2.15%—15.90%;在2019年平舆环境下检测到53个SNP,解释表型变异的1.25%—11.13%;在4个环境的综合BLUP条件下检测到75个SNP,解释表型变异的1.44%—13.58%。上述210个SNP涉及到175个位点,其中10个位点在3个及以上环境中被重复检测到。在这10个位点基因组区域内,共鉴定到214个候选基因,其中156个候选基因具有功能注释,主要涉及植物代谢、生物调控、生长发育等生物学过程。根据功能注释筛选出4个可能与芝麻产量相关的候选基因,其中SIN_1006338编码1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶3(1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 3-like),参与乙烯的生物合成;SIN_1024330编码碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix)转录因子,负向调控植物细胞和器官的伸长;SIN_1014512编码吲哚-3-乙酸-酰胺合成酶GH3.6(indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6),参与调控茎和下胚轴细胞的伸长生长;SIN_1011473编码泛素受体蛋白DA1(protein DA1-like),参与调节植物细胞增殖周期。【结论】通过多位点SNP随机效应混合线性模型的全基因组关联分析,检测到175个与产量相关性状显著关联的位点,筛选出4个可能与产量相关的重要候选基因。  相似文献   

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