鳊鲂鱼类的染色体核型及DNA含量分析

为了解我国主要鳊鲂鱼类细胞遗传学特征,用肾细胞体内培养法分析鳊鲂鱼类染色体核型,并首次测定了广东鲂、三角鲂、长春鳊等的DNA含量。结果显示团头鲂核型为2n=24m+20sm+4st,NF=92,DNA含量为2.66 pg;广东鲂核型为2n=26m+18sm+4st,NF=92,DNA含量为2.57 pg;厚颌鲂核型为2n=26m+18sm+4st,NF=92,DNA含量为2.81 pg;三角鲂核型为2n=24m+20sm+4st,NF=92,DNA含量为2.60 pg;长春鳊核型为2n=26m+22sm,NF=96,DNA含量为2.34 pg。鲂属鱼类在进化过程中染色体核型存在着趋同性,与长春鳊核型差异明显。无论是DNA含量还是总臂数(NF)鳊鲂鱼类差异都很显著。此外,按总臂数多少划分,长春鳊为特化类群,鲂属鱼类为较原始类群。这些结果可为鳊鲂鱼类的染色体组操作和基因组学研究提供必要资料。     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究。为了阐明翘嘴红鲌与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲌的414bp细胞色素b基因片段序列。所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点（14．73％）,大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换。翘嘴红鲌与鳊之间的序列同源性最高,为93．48％,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分别为90．58％,90．82％,91．30％。以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树。该结果显示,翘嘴红鲌和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲌与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远。     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究.为了阐明翘嘴红鲐与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲐的414 bp细胞色素b基因片段序列.所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点(14.73%),大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换.翘嘴红鲐与鳊之间的序列同源性最高,为93.48%,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分剐为90.58%,90.82%,91.30%.以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树.该结果显示,翘嘴红鲐和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲐与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远.     

不同鳊鲂属鱼类群体的形态差异分析

运用3种多元统计方法对我国鳊属长春鳊(Parabramis.pekinensis)、鲂属团头鲂(Megalobrama.amblycephala)、东江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、钱塘江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、厚颌鲂(Megalobrama.pellegrini)和广东鲂(Megalobrama.hoffmanni)6个群体的可数性状、可量性状和框架性状的形态学差异进行了分析。结果显示,鳊鲂属鱼类6群体在侧线鳞数、侧线上鳞数、侧线下鳞数、背鳍条数、胸鳍条数、腹鳍条数、臀鳍条数等7项形态可数性状上的差异不显著(P0.05)。对9项可量比例参数和20项框架比例参数的聚类分析结果表明,团头鲂与同属的厚颌鲂、三角鲂亲缘关系较近,这3个鲂属种群与鳊属长春鳊形态差异较大,与同为鲂属的广东鲂形态差别最大;另外,聚类分析表明三角鲂的2个地理群体(东江三角鲂、钱塘江三角鲂)也存在一定的形态差异。判别分析构建了鳊鲂属鱼类6群体的判别函数,其综合判别率为93.7%。主成分分析提取的前2个主成分的累积贡献率为77.9%,其中主成分1的贡献率为70.9%,对鳊鲂属鱼类群体间形态学差异起决定性作用的特征集中在背腹轴方向。     

团头鲂红体色突变体的发现及其种质遗传分析

以自然环境下发现的5尾红色鳊鱼(雌鱼3尾,雄鱼2尾)为材料,进行种质遗传鉴别。形态可数性状测定显示,红色鳊鱼胸鳍条数为14,背鳍和臀鳍棘数均为2,而其他6群体鳊鲂鱼类(东江三角鲂、钱塘江三角鲂、广东鲂、团头鲂、厚颌鲂和长春鳊)的胸鳍条数为16-19,背鳍和臀鳍棘数均为3。对9项形态学可量比例参数和20项框架参数进行主成分分析,显示红色鳊鱼突变体在这些形态上与团头鲂较近。微卫星聚类分析发现,红色鳊鱼突变体首先与团头鲂聚类,遗传距离最近,为0.309 4,与长春鳊的遗传距离最远,为3.743 9。最后,通过线粒体COX1和COX2基因序列分析,发现这5尾突变体与团头鲂的遗传相似度高达99%,与三角鲂、长春鳊、大眼华鳊、翘嘴鲌、蒙古鲌、鲫、鲤和斑马鱼的遗传相似度分别为95%、95%、94%、94%、93%、86%、86%和82%,聚类分析结果也显示红色鳊鱼突变体首先与团头鲂聚类,表明红色鳊鱼突变体与团头鲂间存在极近的亲缘关系,应属于团头鲂的体色突变类型。团头鲂红色突变体可为团头鲂的遗传育种研究提供宝贵的研究材料。     

钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、二代测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser~((UCN))、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser~((AGY))外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与㊣属、半㊣属和细鳊属亲缘关系上较远。     

基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

为探讨中国南海裸胸鳝属（Gymnothorax）鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列（504bp）。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明：（1）504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异（37.1%）;（2）序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;（3）细斑裸胸鳝（Gymnothorax fimbriatus）与黑斑裸胸鳝（G.favagineus）之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;（4）在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。     

四种■属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究

测定和分析了4种■属(Sillago)鱼类:斑■(Sillago aeolus)、亚洲■(S.asiatica)、多鳞■(S.sihama)和少鳞■(S.japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同■属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞■和亚洲■首先聚类、再与多鳞■和斑■相聚,斑■是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785—1400年前的第三纪中新世(Miocene)。     

油茶白朽病菌ITS基因的克隆及序列分析

分离油茶白朽病的病原菌,并对该菌的ITS基因进行克隆和测序 将所得序列在Genbank中经B lastn搜索,构建分子系统发育树。结果表明：病原菌ITS序列与Genbank数据库中已有的序列同源性较低,最高仅为94%,系统发育树也显示该菌不与其他菌株聚类而是单独聚为1支。由于Genbank数据库有限,难以根据同源性来确定其属种关系。     

钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser^(UCN)、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser^(AGY)外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与属、半属和细鳊属亲缘关系上较远。     

基于18S rDNA V4区序列的16种蚜茧蜂系统发育关系(昆虫纲,膜翅目)

利用18S rDNA的V4区序列对蚜茧蜂科部分物种的分子系统进化关系进行了分析.利用MEGA3.1软件NJ、ME、MP和UPGMA 4种方法构建蚜茧蜂的分子系统,从总体上看,NJ树、ME树、MP树和UPGMA树基本一致,按照大的分类阶元,聚类大体上遵循了Aphidiini、Trioxini、Praini、Ephedrini等的界限,这与传统的形态分类结果大致相符.根据这些树所得的一致性指数(CI)和存留指数(RI)都较大,表明整棵树的置信度较高.其中,UPGMA树的CI值和RI值最大,分别为0.8092和0.7126.     

三种礁膜属藻类的分子遗传多样性和亲缘关系的RAPD分析

用RAPD技术对礁膜、袋礁膜和宽礁膜进行了DNA多样性分析,这3种礁膜的基因组DNA分子量均约23Kb。在使用的88个随机引物中,有43个引物在所有样品中都能重复性较好地扩增出条带清晰的多态性片段,多态引物比例为48.86%,袋礁膜、宽礁膜和礁膜多态位点比例分别为55.93%、65.28%和53.14%。礁膜与宽礁膜、宽礁膜与袋礁膜以及礁膜与袋礁膜种间遗传距离分别为0.4118,0.4148,0.4375。通过对遗传距离分析,结果表明采自3个不同海区的样本为同一礁膜属的3个种,与传统分类鉴定结果相吻合。UPGMA和NJ法构建的种间分子系统树一致,结果是宽礁膜和礁膜之间的亲缘关系最近,宽礁膜与袋礁膜之间的亲缘关系较远,礁膜与袋礁膜之间的亲缘关系最远,这与宽礁膜与礁膜共有形态特征较多,袋礁膜与宽礁膜、礁膜共有形态特征少相验证。     

三种礁膜属藻类的分子遗传多样性和亲缘关系的RAPD分析

用RAPD技术对礁膜、袋礁膜和宽礁膜进行了DNA多样性分析,这3种礁膜的基因组DNA分子量均约23Kb。在使用的88个随机引物中,有43个引物在所有样品中都能重复性较好地扩增出条带清晰的多态性片段,多态引物比例为48.86%,袋礁膜、宽礁膜和礁膜多态位点比例分别为55.93%、65.28%和53.14%。礁膜与宽礁膜、宽礁膜与袋礁膜以及礁膜与袋礁膜种间遗传距离分别为0.4118,0.4148,0.4375。通过对遗传距离分析,结果表明采自3个不同海区的样本为同一礁膜属的3个种,与传统分类鉴定结果相吻合。UPGMA和NJ法构建的种间分子系统树一致,结果是宽礁膜和礁膜之间的亲缘关系最近,宽礁膜与袋礁膜之间的亲缘关系较远,礁膜与袋礁膜之间的亲缘关系最远,这与宽礁膜与礁膜共有形态特征较多,袋礁膜与宽礁膜、礁膜共有形态特征少相验证。     

我国近海中国对虾种群遗传差异的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对取自我国近海烟台、长岛、青岛、宁波等4个地方的20只中国对虾进行了种群内和种群间遗传差异分析。在使用的50个随机引物中，有9引物扩增出条带清晰的多态性片段。烟台、长岛、青岛、宁波等4个地理种群内的遗传距离分别为0．0154、0．0370、0．0462、0．0550，种群之间的遗传距离分别为0．0793、0．1139、0．0988、0．1485、0．0880、0．1260。UPGMA和NJ法构建的种群间分子系统树基本一致，结果表明不同地理种群这间存在一定程度的遗传差异。     

我国近海中国对虾种群遗传差异的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对取自我国近海烟台、长岛、青岛、宁波等4个地方的20只中国对虾进行了种群内和种群间遗传差异分析。在使用的50个随机引物中，有9引物扩增出条带清晰的多态性片段。烟台、长岛、青岛、宁波等4个地理种群内的遗传距离分别为0．0154、0．0370、0．0462、0．0550，种群之间的遗传距离分别为0．0793、0．1139、0．0988、0．1485、0．0880、0．1260。UPGMA和NJ法构建的种群间分子系统树基本一致，结果表明不同地理种群这间存在一定程度的遗传差异。     

黄瓜黑星病菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析

为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,其中ITS1长154bp,5.8S rDNA长159bp,ITS2长150bp,各碱基的个数分别为G 119个、C 118个、A 120个、T 106个,GC含量为51.2%。利用MEGA4软件中的NJ法和ME法,对3个样品序列以及GenBank中登陆的枝孢霉属其他25个种构建ITS聚类分析树状图,NJ法和ME法构建的结果基本相同,枝孢霉属可以分为5个聚类组,所测的3个样品和Cladosporium cucumerinum在一个聚类组中。     

泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。     

利用微卫星标记分析5个家兔品种的亲缘关系

选用10个微卫星标记分析了我国5个引进家兔品种的亲缘关系。结果表明:5个家兔品种内,比利时兔平均多态信息含量和平均杂合度最大,分别为0.5704和0.8233;加利福尼亚兔平均多态信息含量和平均杂合度最小,分别为0.4997和0.5897。根据计算Ds遗传距离,分别采用NJ和UPGMA两种方法进行聚类分析,结果表明由Ds得到的UPGMA聚类图可信度最高,可以在一定程度上反映5个家兔品种间的血缘关系。     

三角鲂与团头鲂正反杂交F1的遗传性状

采用聚类分析、主在分分析和判别分析3种数理统计方法，对团头舫、三角鲂及其正反杂交F1的比例性状和框架参数进行分析，探讨了亲本形态性状在子代中的遗传传递情况。结果表明：（1）正反交F1形态都表现出较多的母性遗传特征，但三角鲂母本对杂交F1遗传特征的影响强于团头鲂母本。（2）躯干部特征、头尾轴特征及背棘等为区分团头鲂、三角鲂及其正反杂交F1的重要因子。     

三角鲂与团头鲂正反杂交F1的遗传性状

采用聚类分析、主在分分析和判别分析3种数理统计方法，对团头舫、三角鲂及其正反杂交F1的比例性状和框架参数进行分析，探讨了亲本形态性状在子代中的遗传传递情况。结果表明：（1）正反交F1形态都表现出较多的母性遗传特征，但三角鲂母本对杂交F1遗传特征的影响强于团头鲂母本。（2）躯干部特征、头尾轴特征及背棘等为区分团头鲂、三角鲂及其正反杂交F1的重要因子。