6个水稻杂交组合与其亲本的SSR标记多态性及其应用

选用分布于水稻12条染色体上的40对SSR引物对6个杂交水稻组合及其亲本的幼苗进行了SSR等位基因多态性分析。结果表明，位点RM224能够鉴别所有试验品种的F1及其亲本；Ⅱ优084和丰两优1号的F1及其双亲各有3对SSR引物可以区分；两优培九F1及其双亲有4对SSR引物可以区分。用位点RM224的引物对1份人为掺杂的两优培九F1样品进行了鉴定，试验结果与样本混合比例结果一致。     

4个两系杂交稻亲本的SSR多态性分析

用52对SSR引物对以培矮64S为母本的4个两系杂交稻组合的5个亲本DNA多态性进行了分析,并以1个杂交粳稻86优8号作为对照。结果表明:46对引物能在7个亲本间扩增出多态性条带;8对引物能将4个两系杂交稻与对照杂交粳稻区分开,且在86优8号的亲本中具有多态性;可区分两优培九、两优108、培矮64S/E32、两优122和86优8号F1及其亲本的SSR引物分别为34、32、31、30和14对;有16对SSR引物可用于区分4个两系杂交组合F1和亲本,引物RM206和RM286可区分5个组合和各自的亲本。应用其中1对引物RM505对两优培九进行鉴定验证,结果表明该引物能准确区分两优培九及其亲本。根据本试验中引物的多态性和特异性结果,有多种途径可鉴别这4个两系杂交组合。可通过RM13(或RM206、RM286等)、RM224(或RM337)、RM234(或RM252、RM505和RM565)和RM25(或RM217、RM248和RM585)等4对引物将两优培九、两优108、培矮64S/E32和两优122分别加以鉴别。     

利用SSR标记检测两系杂交稻两优培九种子的纯度

以两系杂交稻两优培九及其双亲的DNA为模板,采用294对SSR引物进行PCR扩增,筛选在亲本中有多态、杂种中能表现共显性的引物,试图在分子水平上区分两优培九杂交种子及其母本培矮64S低温自交结实的种子.结果表明,有26对SSR引物在双亲中表现多态性,其中12对引物能在F1表现明显的共显性.选择扩增条带清晰、PCR产物的分子量差异明显的6对引物进行二重PCR扩增试验,发现66号和175号两对SSR引物组合后,在F1中扩增得到6条电泳迁移率明显不同的条带(其中2条来自母本,4条来自父本),可以很清楚地区分两优培九杂种种子中混入的母本自交种子.进一步对两优培九南繁鉴定田中常见的几种类型杂株,用66号和175号两对SSR引物进行二重PCR扩增,未发现与两优培九杂种一样的谱带类型.由此建立了两优培九种子纯度的分子鉴定体系,应用该体系可在5～7 d内完成未知样品的检测,准确率在99.9%以上.     

利用SSR标记鉴定两系杂交稻“广两优7203”的种子纯度

利用SSR分子标记技术对两系杂交稻"广两优7203"及其父母本的多态性引物进行了筛选,对种子纯度进行了鉴定。结果表明:在24对SSR引物中有1对引物(RM224)在广两优7203及其双亲之间表现为稳定的共显性且能将杂交种及其亲本完全区分开。利用筛选的引物RM224对广两优7203的种子进行纯度鉴定,鉴定结果与田间鉴定结果基本一致。     

利用SSR标记鉴定两系杂交稻“广两优7203”的种子纯度

利用SSR分子标记技术对两系杂交稻"广两优7203"及其父母本的多态性引物进行了筛选,对种子纯度进行了鉴定。结果表明:在24对SSR引物中有1对引物(RM224)在广两优7203及其双亲之间表现为稳定的共显性且能将杂交种及其亲本完全区分开。利用筛选的引物RM224对广两优7203的种子进行纯度鉴定,鉴定结果与田间鉴定结果基本一致。     

5个粳稻杂交组合及亲本的SSR多态性分析

利用68对SSR标记对江苏省生产上应用的5个粳稻杂交组合的杂种F1及其亲本进行扩增。结果表明:在68对引物中有15对在亲本中表现出稳定的多态性且在杂种F1表现为父母本互补带型引物,每个组合获得了6~9对多态性引物,不同组合间多态性频率在8.8%~13.2%。引物RM5629和RM259可以区分5个组合内的亲本和杂交种,引物RM224不仅可以区分除86优8号以外的4个组合的组合内F1及亲本种子,可以同时区分3个不同的组合。     

两系超级稻丰两优四号指纹图谱构建及纯度快速鉴定

为加强两系超级稻丰两优四号的品种质量控制,打击假冒伪劣,该研究利用SSR分子标记技术构建丰两优四号的指纹图谱,筛选适用于该品种的SSR特征引物,并利用纯度SSR快速鉴定技术体系鉴定丰两优四号的纯度。结果表明:在48对标准SSR引物中,有19对引物在丰两优四号亲本间具有多态性,杂交种呈现双亲互补带型,可用于该品种纯度鉴定;利用SSR快速鉴定技术鉴定丰两优四号样品纯度的结果表明,引物RM224和RM336不仅能区分母本、父本混杂,还能鉴定多种串粉和机械混杂,是对丰两优四号纯度鉴定较为适宜的特征引物。     

基于SSR标记的“一管两步”法检测两系杂交稻种子纯度

利用SSR分子标记技术,对两系杂交稻盐两优888的双亲及F1之间的多态性进行引物筛选及纯度检测技术体系优化研究.结果表明,在已筛选的48对引物中有2对引物(RM208和RM225)表现出稳定的共显性,即杂交种呈现父母本互补的带型,采用“一管两步”简易法提取的DNA完全满足引物RM208纯度检测需要.利用RM208对4个盐两优888样品进行纯度鉴定,SSR标记结果和田间鉴定结果差异不显著,说明筛选的SSR分子标记能够快速、准确地鉴定盐两优888杂交种纯度.     

用近等基因池法定位与水稻柱头外露率相关的QTL

利用水稻柱头外露率差异极显著的亲本Ⅱ-32B和冈46B杂交,对亲本、F1和F2群体进行柱头外露率鉴定,F1柱头外露率介于高、低柱头外露率亲本Ⅱ-32B和冈46B之间;F2群体柱头外露率表现正态分布,说明柱头外露率是由多基因控制的数量性状.在498个F2单株群体中选择极端高柱头外露率和极端低柱头外露率的单株分别组成高、低柱头外露率池,利用914对SSR引物对其进行PCR扩增多态性检测结果发现,引物RM3437、RM31、RM3188、RM5310和RM3395在两亲本和两池间均检测到多态性;单标记分析法表明,第5染色体上的RM3437和RM31,第2染色体上的RM3188,第1染色体上的RM5310和第8染色体上的RM3395与柱头外露率呈极显著连锁关系,对该群体柱头外露率的贡献率分别为13.65%、13.62%、7.09%、4.63%和4.83%.第5染色体上的RM3437、RM31可能与同一个主效QTL连锁,该两标记可用于水稻高柱头外露率不育系的分子标记辅助选择育种.     

华南杂交稻亲本米质性状配合力的SSR标记鉴定

[目的]筛选与华南地区杂交稻亲本米质性状配合力连锁的分子标记,为华南地区杂交稻亲本米质改良和选配提供理论指导.[方法]利用SSR标记技术,结合不完全双列杂交法,对华南地区18个杂交稻亲本配制的61个F1进行亲本米质性状相关性及配合力分子标记鉴定.[结果]从糙米率、米粒长和米粒长宽比3个性状来看,不育系和恢复系对F1的相关系数相近;垩白粒率、垩白度、碱消值和直链淀粉含量等性状,恢复系与F1的相关系数则显著大于不育系,同时双亲间遗传距离与F1的相关系数也相对较高.经标记筛选获得了与这些性状极显著相关的17个亲本SSR分子标记,其中,直链淀粉含量6个,即RM5、RM250、RM274、RM549、RM336和RM427;碱消值5个,即RM236、RM18、RM274、RM336和RM427;垩白粒率两个,即RM5和RM276;糙米率、精米率、垩白度及胶稠度各1个,依次为RM274、RM246、RM276、RM549.[结论]筛选的SSR标记可以直接用于华南杂交稻的米质预测及亲本配合力分子辅助育种改良.     

利用SSR分子标记建立杂交水稻指纹图谱

利用微卫星标记对大穗稻1126进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定的研究,77对引物中具有多态性的引物共36对,占所用引物的46．75％。利用这些SSR引物建立了1126的DNA指纹数据库,可以有效解决杂交水稻亲本1126的真伪性及与其他品种的区分问题。三组引物RM21、RM505、RM212共同扩增可以很好地将1126与其亲本Lemont与蜀恢527区分开来,可作为大穗稻1126的特征引物加以鉴定。由此可见利用微卫星分子标记技术进行水稻种子质量鉴定应用前景广阔。     

东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及多样性分析(英文)

[目的]研究东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及对其进行多样性分析。[方法]以东乡野生稻(O.rufipogon Griff.,供体)和栽培稻协青早B(O.sativa sp.indica Kato.,受体)构建的BC1F6渐渗群体为研究材料,利用筛选出的分布在12对染色体上的25对SSR引物对群体中的239个株系进行多态性分析。[结果]适25个微卫星位点都有东乡野生稻DNA片段不同程度的渗入,群体均大部分保留亲本协青早B或东乡野生稻的DNA序列。渐渗系基因组中平均受体纯合条带百分率为78.13%,最高达94.98%(引物为RM131),最低为60.25%(引物为RM171)。平均供体纯合条带百分率为13.37%,最高达32.64%(引物为RM171),最低为2.93%(RM1095)。群体中还存在一些杂合位点,平均杂合率为5.62%,最高达10.04%(引物为RM401)。此外,BC1F6渐渗群体中发现有双亲条带的丢失和一些双亲所没有的新条带出现,其中平均亲本条带丢失率为2.88%,最高达13.39%(引物为RM311),最低为0(引物为RM401),平均新带率为1%。高世代渐渗群体平均Nei’s基因多样性(He)和平均Shannon’s信息多样性指数(I)分别为0.276和0.457。[结论]通过远缘杂交渐渗系发生了广泛遗传与表观遗传变异,扩大了遗传变异基础,为水稻品种改良与种质创新奠定了重要基础。     

油菜杂交种合油杂2号纯度鉴定的SSR引物筛选

以陕西渭北旱塬最新审定的双低油菜品种合油杂2号以及亲本为试验材料,用SSR标记技术研究杂种与双亲之间的扩增谱带多态性以甄别真假杂种。结果发现,200对SSR引物先用亲本进行预选,有45对引物可以特异区分两亲本,进一步反复筛选,其中引物CB10524分别在杂交种和其双亲之间存在扩增条带的多态性,表现为杂交种条带均为父母本的互补型,很适合做杂交种纯度鉴定。用该引物对合油杂2号杂交种进行SSR纯度鉴定,所测纯度分别为93%,与田间实测纯度94.27%非常接近,表明开发的SSR标记技术在合油杂2号油菜杂交种子纯度室内快速检测中具有广阔的应用前景。     

东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及多样性分析

[目的]研究东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及对其进行多样性分析。[方法]以东乡野生稻(O.rufipogon Griff.,供体)和栽培稻协青早B(O.sativa sp.indica Kato.,受体)构建的BC1F6渐渗群体为研究材料,利用筛选出的分布在12对染色体上的25对SSR引物对群体中的239个株系进行多态性分析。[结果]25个微卫星位点都有东乡野生稻DNA片段不同程度的渗入,群体均大部分保留亲本协青早B或东乡野生稻的DNA序列。渐渗系基因组中平均受体纯合条带百分率为78.13%,最高达94.98%(引物为RM131),最低为60.25%(引物为RM171)。平均供体纯合条带百分率为13.37%,最高达32.64%(引物为RM171),最低为2.93%(RM1095)。群体中还存在一些杂合位点,平均杂合率为5.62%,最高达10.04%(引物为RM401)。此外,BC1F6渐渗群体中发现有双亲条带的丢失和一些双亲所没有的新条带出现,其中平均亲本条带丢失率为2.88%,最高达13.39%(引物为RM311),最低为0(引物为RM401),平均新带率为1%。高世代渐渗群体平均Nei’s基因多样性(He)和平均Shannon’s信息多样性指数(I)分别为0.276和0.457。[结论]通过远缘杂交,渐渗系发生了广泛遗传与表观遗传变异,扩大了遗传变异基础,为水稻品种改良与种质创新奠定了重要基础。     

应用SSR技术对三个优质水稻品种的指纹鉴定

为了能够更加准确高效及时地对不同的水稻品种进行鉴定区分,应用SSR分子标记技术对3个优质水稻品种(象牙香占、抗白软占、抗倒丝苗)进行了SSR分子标记鉴定。对分布于水稻不同染色体上的73对SSR引物进行筛选,有8对能够在3个试验品种中显示较好的多态性。这些有多态性的8对引物分布在5条不同的染色体上。其中单用引物RM551就可以将3个供试品种完全区分开。其它7对引物之间相互组合使用也可以对3个供试品种进行很好的区分。试验表明将SSR分子标记技术应用到水稻品种的鉴定区分是一种完全可行,且高效简洁的方法,可以应用到实践生产中。     

32个两系杂交稻亲本的SSR分析

应用筛选的20对SSR引物对两系杂交稻的24个不育系和8个恢复系进行PCR扩增,获得2对能鉴别籼粳类型的特异引物RM125和RM322.根据遗传距离进行聚类分析,32个材料被分为籼粳两大类群.在籼稻群内,不育系培矮64S单独成为一个分支,7个安农S衍生的不育系与恢复系余红1号聚为一个亚类群,5个籼稻恢复系有3个聚类在一起,另外2个分散在不育系中间;在粳稻群内,不育系HN5S单独成为一个分支,3个粳稻恢复系聚为一类,与粳稻不育系区分开.比较5个籼型恢复系与培矮64S之间的遗传距离,"9311"与培矮64S之间的遗传距离最大,说明两优培九具有较强的杂种优势与两亲本间的遗传距离大小有一定关系.     

应用SSR标记技术鉴定强盛16号玉米单交种纯度

试验以强盛16号玉米单交种及相应亲本自交系和20对玉米SSR位点引物为材料,筛选出了适合该杂交种纯度鉴定的SSR位点引物。结果表明,bnlg2331引物的扩增产物呈现双亲互补的特征谱带,易于区分杂交种和亲本自交系。并通过对单籽粒DNA提取等技术环节的改进,建立了一套简单、快速、准确、可靠的种子纯度鉴定方法。     

水稻骨干亲本石狩白毛重要基因组位点在衍生品种中的传递

为探讨水稻骨干亲本石狩白毛遗传基础及重要标记位点在衍生后代中传递特点,利用1 000对SSR标记筛选石狩白毛标记,最终筛选出128对多态性较好引物,利用128对引物在分子水平分析石狩白毛及衍生品种。128对引物中有45个标记遗传贡献率超过50%,在子一代和子二代材料中,所有标记均被检测到,有27个标记在前两个世代传递频率在60%以上;在子三代和子四代材料中,除RM229外均被检测到,传递频率大于60%标记位点分别有25个和18个;子五代和子六代中遗传频率均超过60%标记分别有25个和24个;子七代中有7个标记传递频率在60%以上,RM84、RM254、RM556、RM309、RM217、RM109、RM22、RM599、RM331、RM20300、RM27850、RM22516在七个世代中传递频率均达50%以上;推测这些基因组位点及其附近染色体区域是育种重点选择部分。石狩白毛含有与重要农艺性状相关的特殊基因组位点/区段,是其成为骨干亲本的遗传基础。     

应用SSR标记技术鉴定玉米杂交种的纯度

以利用常规盐溶蛋白电泳技术难以进行纯度鉴定的强盛1号玉米杂交种及相应亲本自交系和6对玉米SSR位点引物为材料,筛选出适合该杂交种纯度鉴定的SSR位点引物,结果表明,bilg 116引物的扩增产物呈现双亲互补的特征谱带,易于区分杂交种和亲本自交系。并通过对单子粒DNA提取等技术环节的改进,建立了一套简单、快速、准确、可靠的种子纯度鉴定方法。     

SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度

采用SSR分子标记技术鉴定两系杂交水稻"荃两优2118"的种子纯度。从48对SSR引物中筛选到2组引物(RM7120、RM8277)。随机选取"荃两优2118"种子6组,每组样品随机取192棵种子苗种进行纯度检测,结果显示同一样品SSR标记与田间鉴定结果接近,最大、最小差异分别为2.05%和0.23%。因此,SSR标记技术适用于"荃两优2118"的种子纯度鉴定。