宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联

【目的】揭示宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了120头宣和猪PRKAG3基因外显子5区域的SNP位点,借助最小二乘模型分析了各位点不同基因型及合并基因型对6个肉质性状的影响。【结果】宣和猪PRKAG3基因外显子5区域检出3个SNP位点,包括2个同义突变位点(T579C、T580C)和1个错义突变位点(G595A),分别以TT、TT、GA基因型和T、T、G等位基因的频率最高,且都处于Hardy-Weinberg平衡状态。T579C、T580C位点的TT和TC基因型可显著提高大理石纹(P<0.05)和降低失水率(P<0.01),分别呈显著的加性效应及加性—显性效应(P<0.05或P<0.01);G595A位点的AA基因型失水率最低(P<0.05)、熟肉率最高(P<0.05),呈显著的加性效应(P<0.05);3个位点的合并基因型TTTTGG、TCTCGG和TTTTAA分别具有最高的大理石纹、pH1和最低的失水率(P<0.05或P<0.01),CCCCGG基因型的大理石纹和pH...     

牦牛PRKAG3基因部分序列多态性分析

采用PCR-SSCP技术,对甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛的PRKAG3基因第3、第9内含子的多态性进行检测.结果表明,牦牛PRKAG3基因在第3、第9内含子中均存在多态位点,2个位点分别存在AA、AB和EE、EF基因型.其中,A和E为优势等位基因,2个位点在3个牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态.独立性检验结果表明,在1806 bp处天祝白牦牛与甘南牦牛之间差异显著(P＜0.05),大通牦牛与甘南牦牛、天祝白牦牛之间差异不显著(P＞0.05);在4487 bp处大通牦牛和天祝白牦牛、甘南牦牛之间差异极显著(P＜0.01),天祝白牦牛与甘南牦牛之间差异不显著(P＞0.05).     

山羊THRSP基因5'调控区与外显子Ⅰ多态性研究

以7个中国地方山羊品种和2个引入山羊品种为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测山羊THRSP基因5’调控区和外显子1的多态性。结果表明,在THRSP基因的5’调控区发现C-233T多态位点,该位点是NF-KB转录因子的结合位点;在外显子1发现G113A和A138G位点,G113A能引起蛋白质发生Arg38Gln突变。在9个山羊品种中共检测到9种基因型,其中TCAAGG、TTGAAG和TTAAGG型的基因型频率均低于0.05;113G和138A在9个山羊品种中是优势基因,而223C和223T在不同品种中的分布体现出特异性,湘东黑山羊(0.715 5)、圭山山羊(0.649 0)和云岭山羊(0.613 6)携带233C的频率均在0.6以上。湘东黑山羊分别与其他山羊品种的遗传距离较大,而圭山山羊、云岭山羊和马头山羊之间的遗传距离则较近。     

山羊生长激素基因第二外显子SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测了黄淮山羊、长江三角洲白山羊以及波尔山羊等168只个体生长激素(GH)基因第二外显子的遗传多态性。结果表明,3个群体GH基因第二外显子在扩增片段上均发现多态性,并都检测到AA、AB两种基因型,未检测到BB基因型,其中AB基因型个体在3个山羊群体中出现频率最高,在0.716~0.909之间,A等位基因频率高于B等位基因频率。测序结果表明:山羊GH基因第二外显子的782位发生了G→A的突变,并且该处突变导致了丙氨酸→苏氨酸的改变。     

5个山羊品种GoLA-DQA 1基因的多态性分析

【目的】比较和揭示崂山奶山羊、西农萨能奶山羊、关中奶山羊、板角山羊和贵州白山羊5个地方山羊品种GoLA-DQA1基因的遗传多态性。【方法】采用PCR-RFLP技术对5个山羊品种231个样本的GoLA-DQA1基因部分内含子1、外显子2和部分内含子2的385 bp片段进行了多态性分析,运用Popgen32软件计算了相应的遗传参数。【结果】在TaqⅠ-RFLP位点上,5个山羊品种A、B等位基因频率的平均值分别为0.846和0.154,A为优势等位基因;除了关中奶山羊和崂山奶山羊外,其他品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在HaeⅢ-RFLP位点上,5个山羊品种M、N等位基因频率的平均值分别为0.819和0.181,M为优势等位基因,5个山羊品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。经双酶切分析,共发现9种组合基因型,其中AAMM、ABMM和AAMN 3种组合基因型存在于5个品种中。遗传参数分析表明,GoLA-DQA1基因外显子2的2个酶切位点在西农萨能奶山羊表现为中度多态,而在其他品种表现为低度多态。【结论】5个山羊品种GoLA-DQA1基因外显子2在TaqⅠ和HaeⅢ2个酶切位点具有较低的遗传多样性。     

5个山羊品种GH基因第Ⅱ、Ⅴ外显子的多态性及其应用

为了将GH基因应用于山羊标记辅助选择中,利用PCR-SSCP技术分析了西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕北白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊5个山羊品种生长激素(gGH)基因外显子Ⅱ、Ⅴ的多态性及其与西农萨能奶山羊生产性能的关联。结果表明,gGH基因外显子Ⅱ在西农萨能奶山羊和关中奶山羊群体中存在多态性,外显子Ⅴ在除波尔山羊外的其他山羊品种中均存在多态性;品种间gGH基因外显子Ⅴ位点的基因型频率、基因频率分布与品种特性显著相关(P<0.05);gGH基因外显子Ⅱ的多态性与产羔数之间存在显著关联(P<0.05),外显子Ⅴ的多态性与产奶量之间显著关联(P<0.05)。说明gGH基因位点对产奶量、产羔数有显著影响,gGH基因外显子Ⅱ、Ⅴ的多态性分别可作为产羔数、产奶量标记辅助选择的DNA标记。     

山羊TGFB3基因的多态性及生物学信息分析

为了解山羊TGFB3基因的多态性,并为优秀山羊品种的选育提供理论依据,选择牛TGFB3基因组序列(NM_001101183)设计1对特异性引物,采用DNA池PCR直接测序法快速检测黔北麻羊、内蒙古白绒山羊和关中奶山羊3个山羊品种的TGFB3基因的多态性.结果表明,只在黔北麻羊TGFB3基因第1外显子212 bp处发现1...     

中国5个牛种leptin基因外显子3的多态性分析

利用改进的DNA提取方法和PCR-RFLP技术,对南阳牛、秦川牛、西镇牛、鲁西牛(地方黄牛品种)和荷斯坦奶牛等5个牛品种的263头个体lep tin基因外显子3多态性进行了分析。结果表明,牛lep tin基因外显子3长度为330 bp,存在H aeⅢ和Ap aⅠ限制性内切酶的酶切位点,但在这2个酶切位点上无多态性,2种酶酶切片段长度均为70 bp和260 bp。说明牛lep tin基因外显子3在H aeⅢ和Ap aⅠ2个酶切位点上具有保守性。     

牛LAP3基因内含子12和外显子13单核苷酸多态性

采用单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)、创造酶切位点PCR(created restriction site-PCR, CRS-PCR)、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)以及直接测序方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛LAP3基因第12内含子和第13外显子的单核苷酸多态性(SNP)。共检测到5个SNP,分别为24 794（T/G）、24 803(T/C)、24 846（T/C）、24 564（G/A）和25 415（T/C）,其中24 564（G/A）为首次报道的位点。经PCR-SSCP结合测序图谱发现24 794（T/G）、24 803(T/C)、24 846（T/C）位点完全连锁,但该连锁位点在鲁西黄牛群体中未检测到。5个SNP位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别是T、T、T、G、T,其等位基因频率分别是T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、G(CH 0.584/ LY 0.775/BB 0.500)和T(CH 0.596/LY 0.796/BB 0.750),多态信息含量均在0.25至0.5之间,属于中度多态。     

山羊级进杂交后代GH基因第4和第5外显子的多态性与体重性状的相关分析

【目的】研究波尔山羊级进杂交后代GH基因第4、5外显子的遗传多态性及其与体重性状的相关性。【方法】采集波尔山羊及其与关中奶山羊级进杂交F1、F2和F3代羊的血样,利用PCR-SSCP技术分析其GH基因第4、5外显子的多态性,并用最小二乘法研究了第5外显子多态性与体重性状的关系。【结果】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性(有AA,AB,AC,AD 4种基因型);第5外显子发生了2处突变,AB基因型在237 bp位发生了C→T突变,AD基因型在第289 bp位发生了C→A突变,但突变均没有导致氨基酸的变化。波尔山羊及其F1代群体中AD型个体的初生重极显著高于AC型(P<0.01);在F2代群体中,AB型个体的初生重和1月龄体重显著高于AA型(P<0.05);不同基因型个体的3月龄体重均差异不显著(P>0.05)。【结论】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性。GH基因第5外显子可能对波尔山羊级进杂交后代体重性状有影响。     

16种山羊和6种绵羊GDF9基因G7和FecGV突变检测

生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)是第一个被发现的由卵母细胞分泌的生长因子,能直接影响动物的产仔数.G7或c.1111G＞A突变是Belclare和Cambridge绵羊GDF9基因编码区1111 bp处发生的G→A突变,导致第371位氨基酸由Val改变为Met(V371M).G7突变对挪威白绵羊的产羔数有显著影响.FecGv是高产的Ile de France绵羊GDF9基因编码区943 bp处发生的C→T突变(c.943C＞T),导致非保守氨基酸Arg改变为Cys(p.Arg315Cys). FecGv突变杂合子绵羊的排卵数和产羔数显著高于野生型.采用测序方法检测FecGv突变和PCR-RFLP方法检测G7突变在16个山羊品种(济宁青山羊、贵州白山羊、成都麻羊、萨能奶山羊、板角山羊、关中奶山羊、辽宁绒山羊、大足黑山羊、古蔺马羊、波尔山羊、内蒙古绒山羊、金堂黑山羊、川东白山羊、安哥拉山羊、圭山山羊和太行山羊)和6个绵羊品种(小尾寒羊、洼地、湖羊、杜泊、黑萨福克和中国美利奴)中的分布情况.结果表明,在16个山羊品种和6个绵羊品种中均未检测到G7和FecGv突变,提示GDF9基因G7和FecGv突变对以上山羊和绵羊品种的繁殖力均没有显著影响.     

4个绒山羊群体i<>KAP13-1基因的遗传多态性分析

【目的】对中国河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和陇东绒山羊4个绒山羊群体KAP13-1基因的遗传特征进行分析,为揭示绒山羊遗传特征和生产利用提供基础数据。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊及陇东绒山羊(共721只)KAP13-1基因的多态性。同时基于DA遗传距离用UP-GMA法进行聚类分析,以明确各群体间的遗传关系。【结果】基因组DNA扩增后得到491bp的扩增产物,经SSCP分析,从4个绒山羊群体KAP13-1基因中共发现6种基因型,4个等位基因中存在5个变异位点,这些多态位点主要为点突变,且均处于编码区,其中转换位点3个(占60%),颠换位点2个(占40%)。在170和197位分别发生了T→G、C→G的错义突变,导致氨基酸分别由Leu、Thr变为Arg、Ser。该基因在河西绒山羊与陇东绒山羊中均存在4个等位基因,而内蒙古绒山羊未检测到C和D等位基因,辽宁绒山羊未检测到D等位基因。聚类结果显示,河西绒山羊与陇东绒山羊之间的遗传距离较小,在系统发生树中聚为一支,辽宁绒山羊与内蒙古绒山羊聚为一支。【结论】KAP13-1基因在4个绒山羊群体中呈中度多态,群体间存在差异。生态学作用对4个绒山羊品种的进化过程有一定的影响。     

5种家畜IGFBP3基因遗传变异研究

利用PCR-RFLP技术对山羊(西农萨能奶山羊和关中奶山羊)、绵羊(小尾寒羊)、普通牛(南阳牛)、水牛(湖南彬洲水牛)和牦牛(青海牦牛)等5种家畜213份样品IGFBP3 Hae位点进行了遗传多样性研究,并对山羊、绵羊、普通牛和水牛IGFBP3基因序列进行了同源性分析。结果显示,5种家畜物种IGFBP3基因Hae酶切表现明显物种间多样性,在普通牛上表现多态性,而在山羊、绵羊和牦牛上未表现多态性;山羊IGFBP3基因序列与绵羊、普通牛和水牛的同源性分别为97%,93%,93%,绵羊IGFBP3基因序列与普通牛和水牛的同源性分别为93%和92%,而普通牛和水牛的IGFBP3基因序列同源性为96%;绵羊和山羊的亲缘关系最近,首先聚为一支,然后再与普通牛、水牛相聚。表明Hae酶切位点具有物种多样性,可用于物种间亲缘关系的分析。     

黄淮山羊FSHβ基因第2外显子SSCP多态性研究

采用PCR-SSCP技术检测分析黄淮山羊FSHβ(follicle-stimulating hormone β)基因第2外显子多态性.结果显示,黄淮山羊FSHβ基因有AA、AB和AC 3种基因型,基因型频率分别为O.851 4,0.121 6和0.027 0:AB型与AA型相比在47 bp和147 bp两处发生C→T突变,AC型与从型相比在147 bp和156 bp两处分别发生C→T和G→A突变.     

陕北白绒山羊DGAT1基因外显子14多态性及其与部分生长和胴体性状的关系

【目的】探讨陕北白绒山羊DGAT1基因的SNPs及其与部分生长、胴体性状的相关性,为陕北白绒山羊分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】测定234只陕北白绒山羊的部分生长、胴体指标,利用PCR-SSCP技术分析其DGAT1基因外显子14的多态性及与生长和胴体性状的关系。【结果】该座位存在一个突变位点(G→A),此SNPs导致甘氨酸(G)突变为谷氨酸(E);该群体的该位点有1对等位基因A和B以及3种基因型AA、AB和BB,A基因为优势等位基因,AA型为优势基因型,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;AA型与BB型之间、AB型与BB型之间均在断奶重、周岁重、胸围和管围4个性状上差异极显著(P<0.01),但AA型与AB型之间在此4个性状上差异不显著(P>0.05);3种基因型间在其他性状上差异均不显著(P>0.05);在初生重、周岁重和胸围上均表现为BB型>AA型>AB型,在断奶重、体高和管围上均表现为BB型>AB型>AA型。【结论】该基因的此突变位点与绒山羊育种指标具有一定的相关性,通过提高BB型的频率可望改善绒山羊的生长发育及胴体性状;DGAT1基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因,也可作为绒山羊肉用性能的分子标记。     

RIP140基因多态性及其与济宁青山羊产羔数关系的研究

根据牛RIP140基因mRNA序列,设计5对引物(P1～P5),利用每对引物分别扩增随机选取的济宁青山羊和辽宁绒山羊各5个个体,PCR产物克隆测序,获得山羊RIP140基因全部CDS序列。通过序列比对在此序列822位发现C→T的沉默突变。根据获得的山羊RIP140基因的CDS序列设计引物P6,采用PCR-RFLP技术检测C822T多态位点在高繁殖力品种(济宁青山羊、贵州白山羊)和低繁殖力品种(辽宁绒山羊、波尔山羊、内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性,并研究该基因对山羊产羔数的影响。结果发现,引物P6扩增片段在济宁青山羊、贵州白山羊、辽宁绒山羊和波尔山羊中均检测到CC、CT和TT 3种基因型,内蒙古绒山羊中只检测到CT和TT两种基因型。济宁青山羊CC、CT和TT基因型频率分别为0.056、0.309和0.635,CC型和CT型母羊平均产羔数分别比TT型多0.81只(P0.05)和0.65只(P0.05),CC型比CT型多0.16只(P0.05)。研究结果初步表明,RIP140基因的C等位基因是提高山羊产羔数的一个潜在有效的DNA标记。     

5个绵羊品种CAST基因多态性及其与肉品质的相关性

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的CAST基因多态性与肉品质的相关性,探讨以CAST为候选基因,提高绵羊肉品质的可能性。采用PCR SSCP技术对5个绵羊品种的CAST基因内含子3多态性进行检测,并就CAST基因多态性与9月龄肉品质进行相关性分析。根据比对结果发现,与等位基因A相比,等位基因B发现G62T以及C110T突变,等位基因C发现C92T突变,形成AA、AB、BB和AC 4种基因型;经检验表明,5个绵羊品种均处于非 Hardy Weinberg 平衡状态;群体遗传多态性分析表明,5个绵羊品种的多态信息含量均为中度多态;关联分析表明,5个绵羊品种 CAST基因变异位点的4个基因型间失水率AC基因型显著高于其他基因型（P<005）,对于剪切力AC基因型显著低于其他3种基因型（P<005）;不同绵羊品种间基因型分析表明,对于5个绵羊品种AC基因型的失水率显著高于其他3种基因型,除蒙古羊外,AC基因型的剪切力显著低于其他基因型;变异对眼肌面积没有显著性影响。这些关联说明CAST 基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。