新扬州鸡IGF-Ⅰ基因多态性的PCR-SSCP检测及其与生长发育性状的相关性

以新扬州鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因作为控制其生长、发育性状的候选基因,通过对IGF-Ⅰ基因主要部分序列进行PCR-SSCP检测,发现了2个多态位点.测序结果表明,IGF-Ⅰ基因存在2个突变位点:插入(G)和(G→C).分析多态位点与0-12周龄鸡生长发育性状的关联性,结果表明:插入(G)突变基因型中,2周龄鸡体重BB型与AB型差异显著(P<0.05),但AA型与AB型和BB型差异均不显著,而(G→C)突变各基因型间没有显著差异;插入(G)突变位点对0-12周龄鸡的龙骨长、胫骨长均没有显著影响,而(G→C)突变位点仅在鸡6周龄时表现出与龙骨长、胫骨长间的差异显著性.     

IGFⅡ基因SNPs及其与京海黄鸡生长性能关系的研究

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术检测到IGFⅡ基因外显子区5个SNPs位点,并分析其对不同周龄京海黄鸡体重的遗传效应。结果表明:5个位点分别发生G64A、C173A、G6707C、T7506C、G7641A的单碱基突变,P3位点偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘方差分析表明,FF和FG基因型个体的12周龄体重存在显著差异,FF基因型个体的16周龄体重显著大于其余基因型;组合基因型AB/CC/EE的12、16周龄体重显著大于AB/CD/EE基因型个体,AB/CD/EG基因型个体的8周龄、300日龄体重均显著大于AB/CD/EE基因型个体,推断IGFⅡ基因可能是影响京海黄鸡体重的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。     

鸡IGF1R、IGFBP-3基因SNP位点之间互作效应分析

以IGF1R、IGFBP-3基因作为影响鸡生产性能的候选基因,采用DNA测序和PCR-SSCP技术分析了单核苷酸多态性(SNP),并对两基因SNP位点之间的互作效应进行相关分析。结果表明,在IGF1R和IGFBP-3基因中分别发现2个SNP位点(IGF1R基因的G26333A和G26336A,IGFBP-3基因的T160G和C1087T),其中IGF1R基因G26336A位点对鸡的生长性状具有显著的影响(P0.05);G26336A位点DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型(P0.05),DD基因型个体12周龄体质量显著高于CC和CD基因型(P0.05);IGFBP-3基因C1087T位点GH基因型个体的开产日龄显著低于HH基因型(P0.05)。IGF1R基因G26336A位点与IGFBP-3基因C1087T位点之间对12周龄体质量有互作效应。可见,IGF1R和IGFBP-3基因可能是影响鸡生产性状的主效基因。     

蛋用鹌鹑的VIPR-1基因的多态性与早期生长性状的关联分析

为分析VIPR-1基因是否能作为鹌鹑早期生长性状的相关分子标记或者候选基因,以中国黄羽鹌鹑、中国白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个蛋用鹌鹑品种作为实验对象,采用PCR-RFLP技术和测序技术检测VIPR-1基因的外显子6-7的多态性,并分析该基因多态性与蛋用鹌鹑早期生长性状的关联程度。结果表明,在3个蛋用鹌鹑品种中的VIPR-1基因外显子6-7区域共检测出15个SNP位点,分别为A94G、G97T、C201T、A204G、A233G、C260G、A299T、C354T、A355G、C378T、C407G、A425C、A543G、G585T、A586G。对HpyCH4IV位点(A355G)进行酶切分析,可以检测到3种基因型即AA(285 bp/811 bp)、AG(285 bp/811 bp/1 096 bp)和GG(1 096 bp)。中国黄羽鹌鹑和中国白羽鹌鹑的AA、AG、GG基因型频率分别为0.227、0.636、0.136和0.087、0.609、0.304。朝鲜鹌鹑AG和GG基因型频率分别为0.235和0.765。1~4周龄时,VIPR-1基因的HpyCH4IV位点与中国黄羽鹌鹑的日增重、体重、胫长、胸宽、胸深、胸骨长、胫围有显著关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与中国白羽鹌鹑的胫围有显著关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与朝鲜鹌鹑的体重、胸宽、胸深有显著关联性(P<0.05)。5~7周龄时,VIPR-1基因的HpyCH4IV位点与中国黄羽鹌鹑的体重、胸骨长、胫长、体长、胸宽、胸深、胫围、日增重和相对生长率均有显著的关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与中国白羽鹌鹑的日增重和相对生长均有显著的关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与朝鲜鹌鹑的体重有显著的关联性(P<0.05)。综上研究表明,VIPR-1基因外显子6-7的HpyCH4IV位点(A355G)对蛋用鹌鹑的早期生长性状具有一定影响。     

苏禽黄鸡IGF1R基因第16外显子多态性及其与生长性状的关联研究

本研究以IGF1R基因作为影响苏禽黄鸡生长性状的候选基因,基因第16外显子单核苷酸多态性采用DNA测序和PCR-SSCP技术进行分析,并与鸡的生产性能进行关联分析。结果表明,共发现2个SNPs位点(C143082G和A143135G),在初生重方面,CC基因型个体的体重显著高于AA、AB、AC、BB和BC基因型个体的体重(P<0.05)。推测IGF1R基因可能是影响鸡体重的主(效)基因或与影响体重主(效)基因紧密连锁。     

山羊GDF9基因多态性与产羔数关联分析研究

采用PCR-SSCP技术检测山羊GDF9基因外显子突变位点,发现编码序列第183 bp、719 bp、959 bp、1189bp处分别发生了C→A、C→T、A→C、G→A的单碱基突变。序列分析显示C183A突变没有引起氨基酸的改变,C719T突变使蛋白质第240位氨基酸残基由缬氨酸变为丙氨酸,A959C突变使第320位氨基酸残基由谷氨酰胺变为脯氨酸,G1189A突变导致第397位氨基酸残基由缬氨酸变为异亮氨酸。应用LDR技术对济宁青山羊(234只)、鲁北白山羊(90)只、沂蒙黑山羊(84只)进行GDF9四个突变位点的群体检测,利用SAS软件GLM过程对四个位点的基因型效应和产羔数进行了最小二乘分析,结果表明C183A突变对济宁青山羊和鲁北白山羊产羔数没有显著影响,但对沂蒙黑山羊的产羔数有显著影响(P<0.05),CC型产羔数比AC型多0.11只(P<0.05);C719T突变和A959C突变对济宁青山羊、鲁北白山羊、沂蒙黑山羊的产羔数均没有显著影响(P>0.05);G1189A突变对山羊产羔数没有显著影响(P>0.05),对鲁北白山羊产羔数有显著影响(P<0.05),AG型产羔数比AA型多0.42只(P<0.01),G1189A突变对沂蒙黑山羊产羔数有极显著影响(P<0.01),AA型产羔数分别比AG型、GG型多0.34只(P<0.05)、0.38只(P<0.05)。     

羽速基因对0～20周龄固始鸡生长发育的影响

对 0～ 2 0周龄固始鸡快、慢羽纯系生长发育的研究结果表明 :羽速基因对固始鸡早期的生长发育有一定的影响 ,初生重、2周龄、4周龄、8周龄慢羽系鸡体重高于快羽系鸡 ,且初生重和 4周龄体重达显著水平(P <0 .0 5 ) ;羽速基因对固始鸡育成公鸡体重有极显著影响 ,8周龄快羽系公鸡体重极显著小于慢羽系公鸡 (P<0 .0 1 )。但 1 0～ 2 0周龄 ,快羽系公鸡各周龄体重均极显著地大于慢羽系公鸡 (P <0 .0 1 ) ;羽速基因对固始鸡1 8周龄和 2 0周龄的育成母鸡体重有极显著影响 ,快羽系母鸡体重极显著地低于慢羽系母鸡 ,对 8～ 1 6周龄母鸡的体重无显著影响。     

山羊级进杂交后代GH基因第4和第5外显子的多态性与体重性状的相关分析

【目的】研究波尔山羊级进杂交后代GH基因第4、5外显子的遗传多态性及其与体重性状的相关性。【方法】采集波尔山羊及其与关中奶山羊级进杂交F1、F2和F3代羊的血样,利用PCR-SSCP技术分析其GH基因第4、5外显子的多态性,并用最小二乘法研究了第5外显子多态性与体重性状的关系。【结果】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性(有AA,AB,AC,AD 4种基因型);第5外显子发生了2处突变,AB基因型在237 bp位发生了C→T突变,AD基因型在第289 bp位发生了C→A突变,但突变均没有导致氨基酸的变化。波尔山羊及其F1代群体中AD型个体的初生重极显著高于AC型(P<0.01);在F2代群体中,AB型个体的初生重和1月龄体重显著高于AA型(P<0.05);不同基因型个体的3月龄体重均差异不显著(P>0.05)。【结论】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性。GH基因第5外显子可能对波尔山羊级进杂交后代体重性状有影响。     

肉羊心型脂肪酸结合蛋白基因第2外显子多态性与肉质性状相关分析

文章以杜泊×小尾寒羊为研究对象,采用PCR-SSCP方法对H-FABP基因exon2进行SNP检测,结果发现,g.939 A→G、g.980 G→A、g.1013 A→C、g.1018 T→C四个突变。与部分肉质性状、脂肪酸、氨基酸相关分析发现,基因型BB对剪切力有显著负效应(P<0.05),基因型BB对棕榈酸含量有显著正效应(P<0.05),基因型BB型对硬脂酸、亚油酸含量有极显著负效应(P<0.01),基因型BB对谷氨酸、丝氨酸、苏氨酸、丙氨酸含量以及氨基酸总和均有显著负效应(P<0.05),对脯氨酸含量有极显著负效应(P<0.01)。     

MC4R基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关研究

黑素皮质素受体4(melanocortin4receptor,MC4R)是G蛋白偶联受体(GProteincoupledreceptors,GPCRs)超家族的一个成员,在人和鼠的体重、能量稳态和采食量的调控中具有重要作用。实验以东北农业大学建立的高低脂双向选择肉鸡品系为研究材料,采用PCR-SSCP和测序方法检测MC4R基因编码区的SNPs,结果在编码区发现1个G315T的突变。最小二乘分析表明,该位点基因型在高低脂系6世代中与7周龄体重、屠体重呈显著相关(P<0.05),多重比较显示,AA型个体的7周龄体重、屠体重显著高于AB型的个体(P<0.05);在高低脂系8世代中基因型与1、5、7周龄体重、屠体重、胸肌重、胸肌率显著相关(P<0.05),多重比较结果表明,AA型个体的5、7周龄体重、屠体重、胸肌重显著高于AB型和BB型个体(P<0.05)。由结果可初步推测MC4R基因可能是影响鸡早期生长和肌肉性状的主效基因或与主效基因相连锁。     

鸡ApoB基因多态位点与生长和体组成性状的相关性研究

载脂蛋白B(Apolipoprotein B,ApoB)是血浆脂蛋白的主要成分,对脂类代谢具有重要的调控作用。本研究以东北农业大学高、低腹脂双向选择品系第9世代仔鸡为试验材料,对鸡ApoB基因进行SNP检测,分析ApoB基因多态性与生长和体组成性状的关系。根据鸡基因组测序结果提供的SNP,发现鸡ApoB基因5′调控区的-112A>G、3′调控区的9 bp插入缺失以及exon26上T>G的同义突变3个突变位点在研究群体中存在多态性。统计分析结果表明,5′调控区的-112A>G突变位点和3′调控区的插入缺失突变位点对7周龄体重和屠体重有显著影响(P<0.05),exon26上T>G对屠体重有显著影响(P<0.05),对7周龄体重有一定的影响(P<0.01)。本研究首次推测ApoB基因可能是影响鸡体重的主效基因或与影响该性状的主效基因紧密连锁。     

生长素基因Ghrelin对高邮鸭产蛋性能的遗传效应

运用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测高邮鸭Ghrelin基因多态性,分析其对产蛋性能的遗传效应。结果表明:①Ghrelin基因内含子1的157 bp处发生了9 bp缺失,发现了AA、BB、AB 3种基因型,A、B等位基因频率分别为0.24和0.76。B等位基因对产蛋数、开产体重表现为正效应,BB、AB基因型个体的产蛋数显著高于AA基因型个体(P<0.05)。②内含子2的431 bp处发生了T→C的突变,发现了CC、DD、CD 3种基因型,C、D等位基因频率分别为0.41和0.59。C等位基因对开产体重具有正效应,CD基因型个体开产体重显著高于DD基因型(P<0.05)。③外显子3的909 bp处发生了A→G的突变,同时产生了苏氨酸→丙氨酸的变化,发现了EE、FF、EF 3种基因型,E、F等位基因频率分别为0.33和0.67。F等位基因对开产体重、蛋重、最大连产天数具有正效应,EF基因型个体的最长连产天数显著高于EE、FF基因型(P<0.05)。     

The SNPs Analysis of the Exons of Three Genes of MyoD Gene Family in Seven Swine Breeds (Line)

The study objects includes seven swine breeds: Minzhu, Sanjiangbaizhu, Yorkshire, Landrace, Junmuyihao, Duroc and Double muscle Yorkshire. According to the sequences of MyoG, MyoD and Myf5 of swine in GenBank, seventeen pairs of primers for MyoG, MyoD and Myf5 were designed. PCR-SSCP technology was applied to detect SNPs of the exons of the three genes. The results showed that no polymorphism was in MyoG and MyoD, and some SNPs were in three exons of Myf5. There was one mutant site in the first exon of Myf5 (G → C), three mutant sites in the second exon of Myf5 (C → A, A → G and G → A); in the third exon of Myf5, there was one base A deficiency at 3 387 bp, three bases T deficiency at 3 417 bp, one mutant site at 3 443 bp (T → C).This study obtained a tendency conclusion that gene frequency of allele M of Myf5 on the one hand is positively correlated with lean meat percentage, on the other hand is correlated with the orientation of selective breeding; it also deduced that allele F is possibly correlated with high lean meat percentage. Through statistical analysis, allele A, B, C of Myf5 have no obvious correlation with lean meat percentage of different swine breeds, In addition, the high polymorphism of Myf5 showed that seven swine breeds are rich in genetic variation, and have high selective competency.     

6个地方鸡种Sox8基因编码区的PCR-SSCP分析

通过PCR-SSCP技术对6个地方鸡种的Sox8基因的编码区进行了单核苷酸多态性分析,在外显子3发现两个突变位点:即786 C→T和1 350 G→A。经统计分析和计算各种基因型频率及基因频率表明,在786 C→T的突变中,等位基因A在肉鸡中的频率比在蛋鸡中的频率高。因此,本试验得出趋势性结论:等位基因A的基因频率同脂肪性状呈正相关。     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS(18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25PIC0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC0.25)。χ2检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关(P0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P0.05)。C14T位点贵州黑山羊(公羊)CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型(P0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体(P0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和Cp G岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致m RNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主(48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

肉鸡高、低脂系体脂性状和血清生化指标的比较分析

以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系为试验材料,分析第11、12世代肉鸡体重、体脂性状和血清生化指标在两系间的差异。结果表明,在体重和体脂性状方面,肉鸡高脂系的腹脂重、腹脂率、肝脏重极显著高于低脂系肉鸡的相应性状(P<0.01),而肝脏内脂肪含量性状差异则只达到显著水平(P<0.05);对于胸肌和腿肌内脂肪含量等性状,高脂系则极显著低于低脂系肉鸡(P<0.01);与此同时,高、低脂系间7周龄体重则无显著性差异(P>0.05)。在血清生化指标方面,高脂系肉鸡血清中HDL-C、VLDL、FFA、apoB和胰岛素(Insulin)水平高于低脂系肉鸡的相应指标(P<0.01);相反Glu和LDL-C低于低脂系的相应指标(P<0.01);高、低脂系间TG、TC的水平则无显著差异(P>0.05)。上述结果表明,对肉鸡腹脂率的持续定向选择对血液中脂质代谢各项生化指标具有显著的影响。有助于理解肉鸡血脂代谢与体脂沉积的关系,对低脂肉鸡的进一步选育具有积极的指导意义。     

饲粮中添加不同剂量Vc对0～21日龄肉仔鸡腹水综合征的影响研究

试验采用2×3因子设计,研究正常和T3诱导2种条件下,3个不同梯度饲粮Vc水平对肉鸡生产性能、血液生化指标、机体氧化和抗氧化功能、腹水综合征(AS)发病率及死亡率的影响。180只1日龄AA肉鸡随机分配到6个处理,每处理3重复,试验期为21 d。结果表明:①T3诱导肉鸡AS可显著或极显著降低肉鸡0~21日龄平均增重(P<0.01),血液、肝脏、肺脏总抗氧化能力(T-AOC,P<0.05);显著或极显著增加血液乳酸(Lac)浓度(P<0.01)、乳酸脱氢酶(LDH)活性(P<0.05)、心脏指数(P<0.01)、肺脏Vc含量(P<0.05),血液、肝脏和肺脏丙二醛(MDA)极显著增加(P<0.01);②饲粮Vc可极显著降低肉鸡血液Lac的浓度、LDH活性及MDA的含量(P<0.01),可显著增加肺脏T-AOC(P<0.05),降低肝脏MDA(P<0.05),1000 mg/kg Vc对肉鸡生产性能、机体抗氧化功能的改善作用比500 mg/kg Vc好;③饲料Vc对AS肉鸡的料肉比、心脏指数和血液T-AOC有显著的影响(P<0.05)。从本结果可看出,为增进0~21日龄正常和腹水肉鸡机体健康,预防肉鸡AS发生,其饲粮Vc的适宜添加量为1000 mg/kg。