基于ISSR分子标记的红豆草资源遗传多样性分析

【目的】分析评价红豆草（Onobrychis viciaefolia）种质资源间亲缘关系的远近，为红豆草的良种选育提供了科学依据。【方法】利用ISSR分子标记技术对国内外22份红豆草种质资源进行遗传多样性分析。【结果】用13条引物扩增共获得101条谱带，其中多态性条带98条，多态性比率为97.12%，平均每条引物扩增出7.8个条带，平均多态性条带为7.5条，平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）和香农多样性指数（I）均值分别为1.97、1.49、0.30和0.46。【结论】遗传相似性系数聚类分析表明，22份红豆草种质资源在遗传系数0.69处可聚为4大类群，其中2668号和1号单独聚为一类，与其他材料遗传差异较大。     

基于ISSR分析湖北省枫香资源的遗传多样性

为了给湖北省枫香资源的保护与利用提供科学依据,选取湖北省远安（YA）、红安（HA）、赤壁（CB）、竹溪（ZX）、南漳（NZ）、利川（LC）和武汉（WH）的枫香资源为研究对象,并以安徽黄山（HS）、重庆丰都（FD）、江西铜鼓（TG）和海南霸王岭（BWL）的枫香资源为对照,采用ISSR分子标记对这11个枫香群体的335份个体样品进行了遗传多样性分析。结果表明：（1）湖北省7个枫香群体的215份样本共扩增得到334个条带,其中多态性条带306条。群体内的遗传变异为84.19%,群体间遗传变异为15.81%,基因流（N_m）为2.663 3。在群体内部,HA和WH的遗传多样性最丰富,ZX的遗传多样性最低。ZX和LC的亲缘关系最近,YA和LC的亲缘关系最远。当遗传相似系数为0.94时,可将7个群体分为4个大类,NZ、LC和ZX群体聚为一类,YA和WH群体聚为一类,HA群体、CB群体分别单独聚为一类。 （2）11个枫香群体共扩增出349个条带,其中多态性条带320个,平均多态性百分比为91.69%。不同群体的多态位点百分率范围为54.29% ~ 77.14%,平均值为67.01%。WH和HA的遗传多样性最丰富,BWL的遗传多样性最低。11个群体中,18.01%的遗传变异存在于群体间,群体内的遗传变异为81.99%,基因流（N_m）为2.276 5。在群体内部,HA和WH的遗传多样性最丰富,BWL的遗传多样性最低。遗传相似度和遗传距离均显示,ZX和TG的亲缘关系最近,TG和BWL的亲缘关系最远。当遗传相似系数为0.93时,可将11个群体分为四大类：第1类包括NZ、ZX、TG和LC;第2类包括FD、HA和CB;第3类包括YA、WH和HS;第4类是BWL单独一类。 可见湖北省7个枫香群体的聚类结果与其自然地理分布大致吻合,可分为东部、中部和西部三大类;4个省外枫香群体中,除BWL单独聚成一类外,其余3个群体（TG、FD和HS）并未与湖北省内地理位置临近的群体聚为一类。     

基于SRAP分子标记的黄颡鱼属遗传多样性分析

选用64对SRAP引物对黄颡鱼属进行遗传多样性研究。结果显示,有46对引物能成功扩增,其中19对条带清晰、显示较高多态性。检测其PCR产物共获得179条,每对引物扩增条带5~15条不等,扩增片段介于90~510 bp之间,物种间遗传相似系数范围为0.500~1.000,黄颡鱼属各物种间具有较大的遗传差异性。SRAP聚类结果显示,瓦氏黄颡鱼与其他物种差异最大,普通黄颡鱼、长须黄颡鱼和中间黄颡鱼亲缘关系较近。遗传多样性分析结果显示,5种黄颡鱼遗传多样性处于较高水平,有助于后续深入对黄颡鱼属各物种亲缘关系和系统演化进行分析。     

4个西南桦品系的遗传多样性分析

以云南省种植的4个西南桦品系为研究对象,采用改良CTAB法提取DNA,以普通商品品系作对照,运用SSR分子标记技术,采用UPGAM进行聚类分析,对4个西南桦品系的遗传多样性、遗传距离和遗传聚类关系进行研究。结果表明:从121对引物中筛选出4对具有特异性的引物进行SSR-PCR扩增,共扩增出60个位点,多态位点百分率PPB为95.00%,Nei's基因多样性指数H为0.326 5,Shannon信息指数I为0.489 7,居群间的遗传分化系数Gst为0.211 4。西南桦样本具有较高水平的遗传多样性,且遗传变异主要存在于品系内;品系1与2的遗传距离最近(D=0.089 1),品系3与4的遗传距离最远(D=0.172 7)。5个西南桦品系共聚为3类:品系1和品系2聚为一类;品系4与商品种聚为一类;品系3独为一类。     

猬草属与其近缘属物种的RAPD和ISSR分析

对猬草属及其近缘属(新麦草属、赖草属)物种11种1变种共13份材料进行了RAPD和ISSR分析。聚类分析结果表明:①新麦草属物种和赖草属物种各自聚类在一起;②猬草属模式种Hystrixpatula与其他猬草属物种间存在明显的遗传差异;③Hystrix coreana、H.duthiei ssp.duthiei和H.duthiei ssp.longearistata与含Ns基因组的新麦草属物种及具NsXm基因组的赖草属物种聚在一起。以上结果与细胞学结果类似,表明H.patula与其他猬草属物种存在较大的遗传变异,而H.coreana、H.duthiei ssp.duthiei和H.duthiei ssp.longearistata与新麦草属及赖草属物种具有较近的亲缘关系。两种标记得到的Jaccard遗传相似系数和遗传聚类图基本一致,但ISSR引物扩增的多态性高于RAPD标记,且PCR扩增反应优于RAPD反应。RAPD和ISSR标记可作为评价小麦族物种遗传多样性和亲缘关系的分子标记技术。     

金鱼品系的遗传多样性分析及亲缘关系初探

采用RAPD技术对草金(Grassgoldfish)、红龙睛(Red dragoneye goldfish)、鹤顶红(Red-head wen goldfish)、水泡(Blisters-eye goldfish)、黑寿(White-head oval goldfish)等5个金鱼代表品种的遗传多样性及其亲缘关系进行研究。用14个引物在5个金鱼群体中共检测出116个位点,其中多态性位点27个。金鱼群体总的DNA多态位点百分率为23.3%。结果表明,5种金鱼群体间的遗传相似性指数均在0.8759￣0.818之间,存在一定的差异,但未达到显著水平,群体间遗传多样性差异不明显。群体间遗传相似性度最小的为草金和黑寿(0.8759),其遗传距离最大(0.1241),说明这2种群体亲缘关系最远;鹤顶红与黑寿的遗传相似性度最大(0.9182),其遗传距离最小(0.0818),可推断两者的亲缘关系较近。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,草金和红龙睛,鹤顶红和黑寿有较近的亲缘关系,这与传统金鱼品种演化关系的观点一致。研究金鱼遗传多样性对保护金鱼的种质资源有重要意义。     

西藏拟溞遗传多样性的初步研究

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对西藏拟溞Daphniopsis tibetana4个群体（新疆赛里木湖、西藏色林错、纳木卡错和班戈湖）的遗传多样性进行了初步研究,用21个随机引物对4个群体80个样本进行了随机扩增,从中筛选出5个扩增效果比较稳定的引物,共得到多态位点为25个。利用POPGENE32分析表明,西藏拟溞各群体遗传变异由高向低依次为色林错（SLC）〉赛里木湖（SLM）〉纳木卡错（NMKC）〉班戈湖（BGH）。根据遗传距离结果,采用UPGMA和NJ方法分别进行聚类分析,结果表明,赛里木湖（SLM）和色林错湖（SLC）两群体亲缘关系较近,纳木卡错（NMKC）与班戈湖（BGH）两群体之间的亲缘关系比较近。     

微卫星分子标记在木薯种质资源遗传分析中的应用

采用28对微卫星标记（SSR）对我国现存89个木薯品种进行遗传多样性分析，共获得93个基因位点，其中多态性位点88个，平均多态性水平为94．6％。运用Gensury软件统计了总群体的遗传杂合度（HI）、群体内的平均基因多样性（Hs）、群体间的基因漂变频率（Dst）和遗传分化系数（Gst=Dst／Ht），结果表明，群体的基因杂合度居中，群体内部遗传多样性较小，存在一定程度的基因漂流；进一步用NTSYS—pc计算品系间的遗传相似系数，获得UPGMA聚类图，表明品系间遗传相似系数变化范围为0．430-0．952，以平均遗传相似系数0．58为阈值，所有品系分为4类（A，B，C和D组）。其中A组最大，有72个品系，包括3个亚组：Al为国内收集的农家品系，A2品系均来自哥伦比亚，A3为一个独立品系。说明木薯引入中国已经发生了一些遗传分化。进一步分析表明，分组后每组内部的遗传多样性指数在0．20～0．30之间，其组内的遗传多样性贫乏。     

样本数量对白桦群体遗传参数估算的影响

群体遗传参数是群体遗传学研究的主要内容之一,估算值的大小受群体样本数量的影响。以帽儿山试验林场白桦Betula platyphylla种源试验林为对象,采用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)技术分析了种源内不同样本数量对白桦群体遗传多样性的影响。结果表明:不同样本数量对白桦的估算的各遗传参数有一定影响,但影响各异。其中,对白桦群体多态位点百分率、群体内遗传变异和群体间遗传参数影响显著,对总位点数、多态位点数和基因流影响不显著。样本数量对于群体间与群体内遗传变异的大小的研究结果也产生影响,如样本数量超过8个,显示白桦种源内的遗传变异幅度大于种源间;而样本数量为4个,显示为种源间遗传变异幅度大于种源内。此外,不同样本数量揭示出的种源间亲缘关系不同,如样本数量超过8个,15个种源的聚类结果基本一致;而样本数量为4个,聚类结果无法反映白桦群体的亲缘关系。最后,提出了白桦遗传多样性研究时样本数量的计算公式,认为白桦多态位点百分率达98.5%的样本数量应为11个。     

中国美国白蛾种群遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术分析我国重大外来入侵害虫美国白蛾8个群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:5对AFLP引物共扩增出564个位点,其中多态位点为548个,多态位点百分率（P）为97.16%,Neis遗传多样性指数（h）为0291 0,在物种水平上美国白蛾具较高的遗传多样性;AMOVA显示美国白蛾有较高的遗传分化,群体间变异占31.05%,群体内变异占68.95%,遗传分化指数（Fst）为0.310 5;美国白蛾8个群体平均遗传相似度为0.892 7,平均遗传距离为0.114 7。聚类分析结果表明,沈阳、济南、烟台和寿光群体亲缘关系较近,天津、济宁群体聚为一类,而廊坊、北京群体分别独立分支。进而对美国白蛾遗传多样性与其适应机制和扩散传播模式之间的关系进行了讨论。      

云南特有茶树种质资源遗传多样性的RAPD研究

运用RAPD技术对云南主产茶区具有代表性的野生型古茶树、过渡型古茶树、栽培型品种、野生种、地方品种及其近缘植物———金花茶等48份材料进行遗传多样性分析,从核基因组DNA的角度深入探讨了云南特有茶树种质资源的分类及其亲缘关系。用已筛选出的12个引物对48份供试材料进行RAPD扩增反应后,共检测到112条扩增片段,所有片段均为多态,其多态性程度高达100%.材料间的遗传距离为0 116～0 527,平均为0 202.对48份供试材料间的亲缘关系进行UPGMA聚类分析,研究结果表明:当以欧氏距离为6 0来划分时,可分为5个组,其中3个复合组,2个独立组,基本上与传统分类水平相吻合。     

一串红品种（系）遗传多样性RADP分析

用RAPD分子标记技术分析了8个一串红品种(系)DNA的多态性,从200个10碱基随机引物中筛选出多态性高的30个引物,扩增出162条DNA谱带中,119条是多态的,多态性占73.5%,通过聚类分析,获得品种(系)聚类树状图;聚类分析的结果,按照株高可将供试的8个一串红品种(系)分为两大类。     

基于ISSR的野生桑树桑黄菌株遗传多样性分析

为保护开发野生桑树桑黄种质资源,对17个不同来源的野生桑树桑黄菌株开展种内遗传多样性分析,利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记技术对桑黄菌株DNA进行扩增,分析扩增条带,利用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果表明:16条ISSR引物中,有10条ISSR引物多态性丰富,条带清晰;10条引物共检测到904个位点,其中,多态性位点717个,多态性百分比79.3%。在DNA指纹图谱中,引物P5、P812扩增条带多态性最高。NTSYS-PC2.10e软件分析表明,17个桑树桑黄遗传相似系数为0.57~0.99。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数(GS)约0.65处,可将17个桑树桑黄划分为2大类群: S4,S23,S26为一大类群,其余为一大类群。综上可知,桑树桑黄种质资源具有丰富的遗传多样性,ISSR分子标记可有效区分不同桑树桑黄菌株。     

云南特有茶组植物遗传多样性的ISSR研究*

 以云南茶组植物为材料，利用ISSR技术对云南茶组植物进行了遗传多样性分析。从所筛选出的12个引物对25份供试材料进行ISSR扩增反应后，共产生141条谱带，其中多态性谱带为139条，其多态条带比率(PPB)高达98.5%,表明25份材料具有丰富的多态性。并根据遗传距离利用UPGMA构建了云南茶组植物亲缘关系树状聚类图。25个材料可分为6个类群(取值水平GD=0.378 )，20个茶组植物分为2个类群。从DNA分子水平探讨了云南茶组植物的遗传多样性，突出了种间的遗传差异，种间的遗传距离为0.151~0.580,表明25份材料间遗传基础较宽。PCA分析与聚类分析结果基本一致。结果显示，ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记，应用于茶树品种鉴别和亲缘关系分析是非常有效的。     

中国红、绿茶适制品种(系)遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

[目的]探讨中国红、绿茶适制品种(系)的遗传多样性和亲缘关系,了解遗传背景对于品种适制性差异的影响与作用,为茶树育种研究提供分子生物学方面的参考.[方法]利用自主开发的具有多态性的39对SSR引物对中国157份红、绿茶适制品种(系)进行遗传多样性评价和亲缘关系分析.[结果]引物在供试材料中平均可检测4.90个等位基因,...     

甜瓜种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]对甜瓜种质资源遗传多样性进行ISSR分析。[方法]以27份甜瓜品种为材料,对其基因组DNA进行ISSR分析,计算它们之间的遗传相似系数并进行聚类分析。[结果]从69个ISSR引物中筛选出9条扩增谱带清晰、反应稳定的引物,共扩增出73条条带,其中56条为多态性条带,平均每个引物6.2条。品种间遗传相似系数在0.65～0.97间,表明这27份甜瓜品种间的遗传基础相对较狭窄。利用UPGMA聚类分析,以相似系数0.65为标准,将27份甜瓜种质划分为薄皮甜瓜和厚皮甜瓜2大类群;以相似系数0.80为标准,将薄皮甜瓜分为7个亚类群。[结论]为遗传背景相对狭窄的甜瓜品种选育工作提供了分子水平上的依据。     

用RAPD和ISSR法研究新疆红花主栽品种的遗传多样性

【目的】对29份新疆红花栽培品种的遗传多样性进行检测。【方法】RAPD和ISSR分子标记技术。【结果】20个RAPD引物和18个ISSR引物分别扩增出156和112条带,多态条带比率(PPB)分别为92.31%和93.77%。RAPD和ISSR检测的有效等位基因数分别为1.508 1和1.513 7,基因多样性为0.3115和0.3416,Shannon多样性指数为0.4738和0.4798。以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法聚类分析结果RAPD和ISSR标记的遗传距离分别为0.108 2~2.0541和0.123 4~2.1535。【结论】红花不同品种之间具有比较丰富的遗传变异。对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性和检测变异的能力表明,对于实验条件的稳定性而言ISSR优于RAPD,且总的来说ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异。Mantel检测表明:这两种标记的分析结果有极显著的相关性r=0.963。     

江苏省稻曲病菌的群体遗传结构

为了分析来源于江苏省徐州市、苏州市、南京市、盐城市和南通市的48个稻区稻曲病菌[Ustilaginoideavirens(Cook.)Tak.]的群体遗传多样性,通过Rep-PCR技术,用3对特异性引物BOX、REP和ERIC对48个菌株基因组DNA进行了PCR扩增,以彼此间的带位相似率达90%为界,BOX扩增的谱型被分为4簇,REP的谱型被分为4簇,ERIC的谱型被分为5簇。48个稻曲病菌株接种于感病品种两优培九上,被划分为3个致病力类型,其中弱致病性类型占50%,为优势致病性类型。由于参试菌株遗传多样性值最大(0.55),簇群分类与地理位置显著相关,所以BOX引物较其他两种引物更适合进行稻曲病菌的群体遗传多样性分析。群体遗传多样性值BOX为0.55,REP为0.44,ERIC为0.42,说明江苏省这5个地区稻曲病菌群体的遗传分化不明显,遗传多样性稳定。江苏省5大稻区48个稻曲病菌的BOX、REP、ERIC簇群分类与地理位置、致病性类型均无显著的相关性。     

基于SCoT分子标记的黄河鲤抗嗜水气单胞菌不同群体遗传多样性分析

【目的】基于SCoT分子标记探讨黄河鲤遗传多样性与其抗嗜水气单胞菌能力的关系,为黄河鲤的抗病育种提供理论依据。【方法】通过腹腔注射对300尾黄河鲤进行人工感染嗜水气单胞菌,按死亡顺序分为最先死亡群体（FP）、最后死亡群体（LP）和存活群体（SP）,每个群体选取30尾。从80条SCoT引物中筛选出多态性好、重复性高、条带清晰的引物,对3个黄河鲤群体进行多态性扩增,采用PopGene32和Arlequin 3.5计算3个群体的等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）及Shannon’s信息指数（I）等遗传参数,基于Nei’s遗传距离（Ds）利用MEGA 7.0中的非加权组平均法（UPGMA）构建系统发育进化树,并以Structure 2.3进行群体间的遗传结构分析。【结果】黄河鲤感染嗜水气单胞菌的死亡率为40.0%。从80条SCoT引物中筛选出18条扩增条带清晰、多态性好的引物,从3个黄河鲤群体中共扩增出103条条带,其中多态性条带97条,占94.17%。3个黄河鲤群体的Na范围为1.7961~1.8155,Ne范围为1.3828~1.4029,H范围为0.2258~0.2467,I范围为0.3453~0.3804;群体间的遗传分化指数（Gst）为0.0972,即90.28%的遗传多样性分布在群体内部。3个黄河鲤群体的遗传分化指数（Fst）为0.1299,属于轻度遗传分化;群体间的Ds分布在0.0248~0.0835,其中FP群体与SP群体的遗传距离最大。基于Ds的UPGMA聚类分析结果显示,FP群体和LP群体聚为一支,SP群体单独聚为一支;遗传结构分析结果表明,3个黄河鲤群体可分为2个亚群［抗病群体（SP）和易感群体（FP和LP）］。可见,通过黄河鲤死亡时间划分的群体与通过聚类分析及遗传结构分析得出的群体基本一致。【结论】黄河鲤抗嗜水气单胞菌的能力随着群体遗传多样性的增大而增强。因此,在黄河鲤抗病品种（系）选育过程中应保证足够的群体数量,在提高生长、营养等经济性状的同时保证一定的基因杂合度。     

中国部分家鸭和野鸭遗传多样性及亲缘关系的微卫星分析

利用前期双重抑制PCR技术分离得到的10个鸭微卫星标记,分析了13个鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的Nei氏遗传距离(DA)等遗传参数,并用类平均法进行了聚类分析。结果表明:10个微卫星座位中有7个具有多态,可作为有效的遗传标记用于各品种的遗传多样性和系统发生关系分析。7个微卫星座位在13个品种中共检测到51个等位基因;每个座位的等位基因数为5～12个,平均多态信息含量为0.402 3～0.601 5;各群体平均杂合度为0.407 0～0.707 0,说明各群体的遗传多样性较为丰富。采用DA/UPGMA法聚类分析,13个鸭群体聚为3类:Ⅰ类为8个家鸭品种和樱桃谷鸭;Ⅱ类为野鸭类;Ⅲ类为番鸭独成一类。结果提示:各类鸭群体间的聚类关系与其来源、分化、地理分布基本一致,而且绿头野鸭和斑嘴鸭在家鸭品种形成过程中均作出了贡献。