多重PCR鉴定水牛胚胎性别的研究

【目的】建立多重PCR鉴定水牛胚胎性别的技术体系,为下一步优化多重巢式PCR方法奠定基础。【方法】采用热裂解法、蛋白酶K＋二硫苏糖醇（DTT）法和吐温-20＋DTT法分别提取水牛卵裂球DNA,比较3种方法对G3PDH基因的扩增效果;同时设计1对检测引物和1对内标引物用于胚胎性别鉴定,提取胚胎DNA后进行多重PCR检测。【结果】吐温-20＋DTT法具有良好的裂解效果,其有效检出率为97.1%;而经吐温-20＋DTT法抽提的DNA用于多重PCR检测,其胚胎鉴定率达到100.0%。【结论】采用吐温-20＋DTT法处理水牛胚胎样品后再进行多重PCR性别鉴定可以简化操作步骤、提高鉴定效率,但样品数量不宜太少。     

多重PCR鉴定水牛胚胎性别的研究

【目的】建立多重PCR鉴定水牛胚胎性别的技术体系,为下一步优化多重巢式PCR方法奠定基础。【方法】采用热裂解法、蛋白酶K+二硫苏糖醇（DTT）法和吐温-20+DTT法分别提取水牛卵裂球DNA,比较3种方法对G3PDH基因的扩增效果;同时设计1对检测引物和1对内标引物用于胚胎性别鉴定,提取胚胎DNA后进行多重PCR检测。【结果】吐温-20+DTT法具有良好的裂解效果,其有效检出率为97.1%;而经吐温-20+DTT法抽提的DNA用于多重PCR检测,其胚胎鉴定率达到100.0%。【结论】采用吐温-20+DTT法处理水牛胚胎样品后再进行多重PCR性别鉴定可以简化操作步骤、提高鉴定效率,但样品数量不宜太少。     

含有扩增内标的食品中猪肉和鸡肉成分Taqman探针实时荧光PCR检测方法的建立

【目的】建立含有扩增内标（IAC,Internal amplification control）的用于食品中猪肉和鸡肉成分鉴别的Taqman探针实时荧光PCR检测方法。【方法】分别基于猪的beta actin 基因和鸡的transforming growth factor 基因设计引物和探针;考察引物和探针的特异性与灵敏度;设计并构建扩增内标,优化体系中扩增内标浓度,建立内标实时荧光PCR体系;使用该检测体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板进行检测评价;应用该体系对市售38份样本进行盲样检测。【结果】含有扩增内标的Taqman探针实时荧光PCR体系能有效地进行食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测,非目标物种在40个循环内均无出现扩增,检出限均为0.5 ng DNA;该体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板检测无显著差异;对市售食品样本的鉴别验证了方法的实用价值。【结论】该方法准确稳定,可用于食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测。     

柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础。【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒（快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装）及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16S rDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差。除快速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求。     

柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础。【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒（快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装）及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16SrDNA特异引物fD1／fD2和01I／012c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1％琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差。除陕速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求。     

多重PCR快速检测食品中的单核细胞增生性李斯特菌

【目的】通过对检测食源性致病菌单核细胞增生性李斯特氏菌(LM)的多重PCR体系的优化,建立一种能够在食品样品中应用的四重PCR。【方法】采用热裂解提取菌液和菌落DNA,以16SrRNA、inlAB、iap、hly基因为靶基因设计引物,从影响多重PCR扩增的引物浓度、退火温度进行优化。【结果】通过其它5种同属异种菌即英诺克李斯特氏菌、西尔李斯特氏菌、威尔西李斯特氏菌、绵羊李斯特氏菌、格氏李斯特氏菌及副溶血性弧菌均未扩增出特异性的片段。纯培养物的最低检测限为102CFU/mL,模拟污染的生猪肉检测限不大于0.4CFU/g。【结论】通过菌落获得DNA的多重PCR方法更好,该方法具有敏感、特异、快速及准确的优点,可用于食品中LM的快速检测。     

AIV、NDV和安卡拉病毒多重PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立鉴别禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)和安卡拉病毒(FAV-4)的多重PCR检测方法。【方法】根据GenBank已登录的AIV的M基因、NDV的F基因和FAV-4的Hexon基因序列,设计合成了3对特异性引物。提取3种病毒DNA/RNA,通过优化多重PCR反应中的引物浓度和退火温度,建立快速鉴别3种病毒的多重PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行检验。应用建立的多重PCR方法对67份临床病料进行检测,并将其结果与已建立的单重PCR检测结果进行比较。【结果】成功建立了能快速鉴别3种病毒的多重PCR方法,该方法特异性良好,对传染性支气管炎病毒(IBV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)、鸡痘病毒(FPV)、鸡马立克病病毒(MDV)的扩增结果均为阴性;敏感性较强,能检测出的NDV、FAV-4和AIV最低核酸质量浓度分别为24.3,30.4和28.0pg/μL。多重PCR方法临床病料的检测结果与单重PCR检测结果一致。【结论】建立的AIV、NDV和FAV-4多重PCR检测方法方法可以用于临床上3种病原的鉴别诊断。     

绵羊外周血中游离DNA提取及SRY基因检测

【目的】外周血中游离的DNA主要是指存在于血浆/血清等循环系统里的一些小片段DNA,应用在一些疾病的诊断以及非创伤性产前诊断方面。研究三种方法从绵羊外周血浆/血清中分离提取游离DNA,建立高效的外周血游离DNA提取方法,并对SRY基因进行PCR扩增。【方法】利用加热法、酚氯仿法以及试剂盒法对500μL血浆/血清中游离的DNA进行提取。根据游离DNA片段大小的特点分别设计扩增产物大小为168 bp的检测引物和178 bp的SRY基因引物进行普通PCR检测。【结果】利用加热法、酚氯仿法、试剂盒法都提取到了游离的DNA,PCR后通过琼脂糖凝胶电泳检测到了168 bp的目的片段。同时利用PCR扩增到了178 bp的SRY基因目的片段。【结论】不同的提取方法均可有效提取分离绵羊外周血血清和血浆中游离的DNA片段,能够用于SRY基因的检测。     

几种动物生鲜肌肉组织样品DNA提取方法的比较研究

比较不同提取原理的试剂盒对动物生鲜肌肉组织DNA提取效果,为日常肉制品掺假检测与监测选择合适的DNA提取方法提供参考。以生鲜牛肉、羊肉、猪肉、鸡肉和鸭肉为试验材料,采用改良CTAB法、蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法等原理的8种不同方法来提取组织样品DNA,并对提取DNA的完整性、浓度、纯度、试验耗时和后续实时荧光定量PCR检测等指标进行评价。结果表明,8种提取方法均可用于常见动物源性肌肉DNA的提取。与改良CTAB法相比,原理为蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法的试剂盒避免了有机试剂的使用,且操作耗时短。实际操作中,可优先选择基于蛋白酶K法和SDS法的试剂盒进行DNA提取,其提取的DNA纯度和总量高,盐残留少,对实时荧光定量PCR的抑制少,满足肉制品掺假检测与监测的核酸提取需求。     

单粒精米的DNA磁珠法高效率提取技术研究

【目的】文章研究了利用磁珠法高效率提取单粒精米DNA的技术方法。【方法】以4份市售大米为材料,利用磁珠吸附法从单粒精米样品中提取基因组DNA并进行PCR扩增,进行提取效率的检测。【结果】提取的20份基因组DNA条带整齐、无弥散、质量高,浓度均在1 ng/μl以上;进一步,以提取液为模板,利用SSR引物RM247和RM282进行PCR扩增,电泳检测后分别得到180和120 bp的目标条带。【结论】利用磁珠法提取的单粒精米DNA可以直接用于PCR反应;结果为特殊目的或稀缺材料的微量DNA提取检测提供技术支持。     

肉中猪源性成分Real-time PCR定量检测技术

【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA，根据微卫星DNA核酸序列设计引物，对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增，通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列，设计特异性引物和探针，建立猪源性成分Real-time PCR检测方法，采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量，计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA（Accession EF172428），根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带，其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25 μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分，百分误差分别约为1.32%和1.06%—7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。     

沙门氏菌内标PCR快速检测试剂盒的研制与应用

 【目的】研制一种能有效指示假阴性的PCR检测产品，用于沙门氏菌快速、准确、灵敏的检测。【方法】针对沙门氏菌invA基因、stn基因序列分别设计引物与扩增内标，建立添加扩增内标的沙门氏菌PCR检测方法，组装试剂盒，并对试剂盒的各项性能进行评价。【结果】试剂盒对147株沙门氏菌和28株非沙门氏菌的检测结果显示，所有沙门氏菌均能扩增出362 bp的目标条带，非沙门氏菌仅扩增出520 bp的内标条带。试剂盒检测沙门氏菌基因组DNA的检测限为8.0 fg/PCR，检测染菌量为4—5 CFU/10 mL的牛奶样品，增菌8—10 h即得到阳性结果。反复冻融60次或-20℃下贮存1年，均不影响试剂盒的使用效果。对食品样品的检测结果显示，阳性检出率为2/30，与国标法的检测结果相符，比未添加扩增内标的PCR检测结果（阳性检出率为1/30）准确。【结论】采用添加扩增内标的PCR试剂盒检测沙门氏菌，特异性强、灵敏度高、稳定性好，并能有效指示假阴性，提高检测的准确性，适用于食品中沙门氏菌的快速筛检。     

从混合线虫样品和植物组织中直接检测香蕉穿孔线虫的ITS-PCR方法

 【目的】建立直接从多种线虫混合样品以及香蕉和红掌根组织中检测鉴定香蕉穿孔线虫的PCR方法。【方法】使用Primer Premier 5.0在香蕉穿孔线虫的ITS区设计1对特异性引物，运用PCR技术对目的线虫DNA进行特异性检测。【结果】通过对17种24个种群线虫的检测表明，所设计的引物只能从香蕉穿孔线虫种群中特异扩增出rDNA-ITS片段，产物大小为518 bp。利用该特异引物以及建立的DNA提取方法和PCR体系，可以直接从香蕉穿孔线虫与短体线虫、螺旋线虫、肾状线虫、根结线虫、茎线虫、矮化线虫、纽带线虫、丝尾垫刃线虫、滑刃线虫和小杆线虫混合样品中特异扩增出目的线虫的rDNA-ITS片段，并可以分别从混合有不少于3条香蕉穿孔线虫的2 cm香蕉或红掌根组织（约0.1 g）中特异检测出目的线虫的DNA片段。【结论】本研究设计的特异性引物以及建立的DNA提取方法和PCR体系可直接从多种线虫混合的样品以及香蕉和红掌根组织中快速检测鉴定出香蕉穿孔线虫。     

应用PCR法检测向日葵茎溃疡病菌的研究

【目的】设计出向日葵茎溃疡病菌(Phomopsis helianthi M.Muntanola-Cvetkovic)的特异性引物,建立该病菌PCR快速检测方法。【方法】用真菌通用引物ITS4/ITS5对向日葵茎溃疡病菌进行PCR扩增,将扩增产物进行克隆、酶切分析和测序,用DNAMAN软件设计出检测该病菌的特异性引物PHDF1和PHDF2,优化PCR反应体系。【结果】PCR反应体系为:25 mM MgCl22.4μL,10 mM dNTP 0.3μL,10 uM引物各1.5μL,模板7ng,最佳退火温度61.6℃,建立了该病菌PCR检测方法。【结论】应用该方法检测供试的13个菌株,该对引物可以准确的将向日葵茎溃疡病菌与其他拟茎点霉属的真菌区分开来,该病菌的PCR扩增片段为326 bp。     

PCR检测乳品中金黄色葡萄球菌

【目的】利用PCR技术,无需增菌，直接检测乳品中的金黄色葡萄球菌。【方法】通过溶剂提取的方法从人工样品中提取模板，以金黄色葡萄球菌耐热核酸酶基因（nuc）为靶基因，经过PCR扩增得到279 bp的产物。经过DNA测序证实该产物为目的扩增产物。采用PCR方法实际检测了乳品中的金黄色葡萄球菌，同时，与国标GB 4789.10-94方法及两种快速检测致病性金黄色葡萄球菌测试片Petrifilm RSA.Count Plate 及Baird-parker+RPF Agar进行了比较。【结果】PCR方法的灵敏度高，全脂乳和脱脂乳检测的检出限为10 CFU/ml，奶酪检测的检出限为55 CFU/g，可在6 h内完成对乳品中金黄色葡萄球菌的检测，比目前普遍采用的先增菌再进行PCR检测的方法缩短了12～24 h。与国标方法相比，PCR方法的符合率为94.3％，敏感性为100％。【结论】采用溶剂提取制备模板的方法可有效的用于PCR直接检测(无需增菌)乳及乳制品中的金黄色葡萄球菌。     

适于SSR-PCR的农作物基因组总DNA高通量提取方法的建立

【目的】建立一种新的、通用、快速的农作物基因组总DNA提取方法,为应用分子标记技术研究遗传多样性及变异提供方便。【方法】分别从甘蔗、水稻、玉米、花生和大豆5种作物中提取基因组DNA,用琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA质量进行检测,然后每种作物分别选取两对SSR引物进行PCR扩增,用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增结果。【结果】采用该提取方法,不同作物产生的纯DNA 在100.0～160.0 g/g,提取DNA的A260/A280比率在1.80～1.95。此外,电泳凝胶未出现可见的RNA污染,每个作物基因组DNA单一条带非常清晰,DNA结构完整,质量较高,适用于分子标记的研究。应用SSR分子标记进行PCR扩增,重复性、稳定性好,经琼脂糖凝胶电泳检测,条带清晰且分辨率较高。【结论】建立的DNA提取方法为直接将叶片剪碎后装入EP管中,加入提取缓冲液进行DNA提取,省去了用液氮研磨的过程。与传统的DNA分离方法相比,新建立的DNA提取方法具有高通量、简单、快速、经济效益高等优点。     

广西砂糖橘黄龙病亚洲种的Nested—PCR检测

【目的】利用柑橘黄龙病病原亚洲种16S rDNA序列的特异引物检测疑似黄龙病的砂糖橘叶片样品,为砂糖橘黄龙病的综合防控提供理论依据。【方法】选取采自广西9市17个采样点的214份疑似黄龙病及无症状砂糖橘叶片样品,用试剂盒法提取叶脉基因组DNA,采用柑橘黄龙病亚洲种16S rDNA特异引物进行PCR扩增,扩增结果在1%琼脂糖凝胶电泳上检测,统计待检样品柑橘黄龙病病原菌亚洲种的带菌率。【结果】对214份样品的Nested-PCR扩增结果,部分样品可得到1160 bp左右的特异条带,与预期大小相符但条带明暗不同。来自广西9市17个采样点的砂糖橘叶片样品均检测出黄龙病亚洲种病原,平均检出率均在66.0%以上,其中检出率最高的是来自东兴市的样品,检出率为100.0%,检出率最低的是来自南宁市的样品,检出率为66.9%;斑驳、缺素型黄化、叶脉黄化、小叶和无症状叶片样品中均可检测出黄龙病亚洲种。【结论】Nested-PCR技术具有灵敏度高、特异性强的特点,能够快速、准确检测出各种症状样品的黄龙病病原,可用于柑橘黄龙病的早期诊断。