水稻基因组中的微卫星标记及其应用

微卫星又叫简单重复序列，是指以少数几个核苷酸(多数为2～4个)为重复单位组成的串联重复序列，微卫星的两侧为保守的单拷贝序列．不同品种间微卫星基序重复次数的不同而形成了多态性，这种多态性可以通过设计PCR引物扩增检测出来，此即为简单序列长度多态性．微卫星标记具有共显性、高多态性、实验操作简单、快捷和检测结果稳定可靠等优点，是一种理想的分子标记．微卫星标记在水稻基因组中非常丰富，且分布均匀，水稻微卫星标记已发展了2740多个．微卫星标记在水稻分子标记连锁图的构建、基因(QTL)定位、系谱分析和分子标记辅助选择、遗传多样性研究和种质鉴定等许多方面得到了广泛应用．     

近交系小鼠微卫星位点遗传检测方法的建立

笔者设计了 3 4对特异性引物 ,以 PCR方法对部分近交系小鼠基因组微卫星多态性进行了检测和分析 ,在所有 3 4条引物扩增带中 ,有 2 5个微卫星位点的长度在不同品系小鼠中存在差异 ,不同品系小鼠之间微卫星长度多态性差异在3 8.3 %～ 5 8.8%之间。微卫星多态性分析是一种快速、经济的遗传监测近交系动物的方法 ,微卫星位点提供了检测近交系小鼠遗传特性的又一种新的方法     

利用SSR分子标记建立杂交水稻指纹图谱

利用微卫星标记对大穗稻1126进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定的研究,77对引物中具有多态性的引物共36对,占所用引物的46．75％。利用这些SSR引物建立了1126的DNA指纹数据库,可以有效解决杂交水稻亲本1126的真伪性及与其他品种的区分问题。三组引物RM21、RM505、RM212共同扩增可以很好地将1126与其亲本Lemont与蜀恢527区分开来,可作为大穗稻1126的特征引物加以鉴定。由此可见利用微卫星分子标记技术进行水稻种子质量鉴定应用前景广阔。     

小麦抗赤霉病基因的SSR标记筛选

以望水白／安农8455的一粒传(SSD)产生的重组自交系群体为材料，对抗赤霉病QTLs的微卫星(SSR)标记进行筛选。结果表明：75个SSR引物在两亲本间有多态性，多态性达32．47％，其中5个SSR引物在2个亲本和抗、感池间均具相同的多态性。经标记-抗性关联分析和区间作图，引物Xgwm512、Xgwm114、Xgwm340和Xgwm3经2年关联分析F值均极显著，LOD值均大于阈值2．4，表明在2AS、3BL和3DL各有1个抗赤霉病QTL位点存在。区间作图分析表明，3BL上的1个QTL位于Xgwm340和Xgwm114之间，距Xgwm340位点约10cM，能够解释20．45％的赤霉病抗性变异。     

贵州优质水稻资源的遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术，选用11个引物对19个来自贵州的优质水稻材料进行遗传多样性分析。11个引物共扩增出159个RAPD标记位点，其中有133(84％)个位点有多态性。通过聚类分析建立了这些材料的亲缘关系树．表明，选用的水稻材料间的遗传距离在0．12～0．36，其中地方品种资源被聚为两个类群．但它们与改良的水稻材料(不育系、恢复系、保持系和两系)之间亲缘关系都较近，遗传差异较小。     

中华鳖微卫星座位的分离与鉴定

将生物素杂交法与放射性同位素杂交法相结合,从中华鳖Trionyx sinensis基因组中分离出含有GA／CT和CA／GT重复类型的微卫星分子标记。共获得931个阳性克隆,从中选取286个进行测序,得到273个（95．45％）含有微卫星的序列,其中70．34％的重复数在10以上,55．51％为完美型。除探针中使用的CA和GA重复单元外,还观察到GC、TGTGT的重复序列。设计获得242对微卫星引物,合成40对,并对中华鳖群体遗传背景进行分析,结果表明：8对引物表现为单态,6对引物扩增带不是目的带,4对引物无扩增条带,其余22对引物扩增出多态性条带;平均等位基因数为3．48个,观测杂合度为0．1667～0．9620,期望杂合度为0．1528～0．7222,多态信息含量为0．1411—0．6800,平均多态信息含量为0．4382,大部分标记适用于中华鳖群体的遗传研究。     

利用微卫星标记鉴定金优207杂种纯度技术研究

利用微卫星分子标记,对杂交组合金优207的双亲及F1之间的多态性进行引物筛选和检测技术研究.结果如下：在已筛选的232对引物中,有32对引物显示稳定的多态性,杂种表现为父母本互补的带型.用表现多态性的两对引物分别对人为掺假的金优207进行纯度鉴定,能将掺入组合中的假种子区分开.目前采用的方法,具有准确可靠、多态性高、稳定性好、易于操作等特点.     

水稻野败型细胞质雄性不育恢复基因的ISSR和SSLP标记分析

以野败型细胞雄性不育系珍油９７Ａ与其强恢复系ＩＲ２４配组,构建由２１０株组成的Ｆ２代极端不育群体作为恢复基因定位群体。用ＩＳＳＲ引物ＵＢＣ８３５对两个亲本进行扩增,发现ＰＣＲ指纹在两个亲本间具多态性,再用此引物对基因定位群体进行连锁分析表明,ＵＢＣ８３５与水稻野败型细胞质雄性不育恢复基因紧密连涣,交换率为３．５７％,转换成图距为３．５８ｃＭ。经过１５０多对微卫星引物进行扫描,在第１、第７染色体和第     

近交系小鼠5个品系10个微卫星基因位点多态性分析

利用PCR扩增对近交系小鼠5个品系的10个微卫星基因位点进行多态性分析.结果表明,在DDK与B6品系之间有多态性的引物2个,实验室品系和野生小鼠品系之间的差异较大.利用这10个微卫星基因位点可以将5个小鼠品系区分开采,尤其是D14Mit6在5种小鼠品系中表现出更明显特异性.     

茄子栽培种与野生种质资源遗传关系的RAPD分析

利用57个RAPD引物标记对16份茄子材料进行遗传亲缘关系分析。结果表明,从200个RAPD引物中筛选出多态性引物57时,这些引物扩增出274条多态性片段,多态性位点百分率达49．73％。以UPGMA方法时其聚类。所有材料间相似系数在O．35—1．00之间,在相似系数0．45水平上可以把材料分成3类。     

水稻AFLP指纹图谱的引物选择研究

 通过对适合制作水稻品种AFLP指纹图谱的引物进行研究 ,初步建立了一套快速有效地制作AFLP指纹的引物选择法 :第 1步 ,选择亲缘关系相近的 3组以上材料 ,保证组内材料遗传差异较小 ,组间有一定差异 ;第 2步 ,利用两端相同的 16对 2 +2引物组合选择扩增 ,初步选出具有一定多态性的引物 ;第 3步 ,对具有一定多态性的引物重新组合 ,构成两端不同的 2 +2引物组合 ,选出多态性较高的引物组合 ;第 4步 ,将多态性较高的 2 +2引物的一端增加 1个选择碱基 ,构成 2 +3或 3+2引物组合 ,筛选多态性更强、谱带较多、质量较好的引物组合 ;第 5步 ,随机选择部分品种验证所选引物的有效性。选出了M2 1P87和M73 P17等多态性高、谱带多、带纹清晰的引物组合 ,为水稻品种AFLP指纹图谱制作奠定了基础     

四个杂交水稻骨干恢复系的多态性分析

选取均匀分布于水稻12条染色体上的134对SSR （Simple Sequence Repeats ,SSR）标记,对明恢63、明恢86、航1号和航2号等4个具有相似遗传背景的水稻骨干恢复系进行遗传多态性分析。结果表明,经航天诱变选育的“航1号、航2号”与原种明恢86之间存在不同程度的遗传多样性。在筛选的134对SSR引物中,具有多态性标记为39对,多态性频率为29.10％。每个标记位点的平均等位基因数为2.10个,变幅为1～4个,平均多态性信息含量指数（PIC ）为0.37。聚类分析结果表明,当以0.87为阀值时可将航天诱变选育的“航1号、航2号”与原种“明恢86”区分开。其中在标记RM234两侧邻近的7个含有重要基因区段的SSR标记中有5个标记存在多态性,表明明恢86在航天诱变过程中可能在具有重要生物学功能的基因座发生了突变,再经系统选育成航1号、航2号优良恢复系,为航天诱变中因发生有利变异而选育新品种提供分子证据。     

27种大麻资源的RAPD聚类分析

采用RAPD技术对27个大麻品种进行了分类研究。从300个10bp随机引物中筛选出34个扩增效果较好的引物进行扩增,共产生261条带,其中233条为多态性带,占89．27％,根据扩增结果构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,27个品种可划分为3大类。     

Studies on the Primers Screening for AFLP Fingerprints of Rice Cultivars

AFLP(amplified fragment length polymorphism) is a very powerful fingerprinting technology.The key of making variety fingerprints is to select specific powerful primers for each crop. A quick and effective procedure for selecting AFLP primers for rice variety fingerprinting was established as the following: (1)Choose 3 or more group materials that have close genetic relations. (2) Select potential polymorphic primers from primer pairs that are 2 + 2 primer crosses and same at two ends. (3) Recombine the selected potential polymorphic primers and choosing more polymorphic primers. (4) Add one selecting base at one end to become 2 + 3 or 3 + 2primers and further selecting more polymorphic primers. Some primers were selected with this procedure, such as M21Ps7 and M73P17, with which the fingerprints had more polymorphism and high quality.     

Ca~(2+)对水稻Ac/Ds愈伤组织增殖·分化及生根的影响

[目的]研究Ca2+对水稻Ac/Ds愈伤组织增殖、分化及生根的影响。[方法]选用水稻品种Dongjin的Ac/Ds插入突变株系的种子,从成熟胚盾片诱导出愈伤组织,在筛选出的最适增殖、分化及生根培养基中添加不同浓度的Ca2+,研究Ca2+对水稻愈伤组织增殖、分化及生根的影响。[结果]适当增加Ca2+浓度能提高水稻愈伤组织的相对生长量、分化率、再生植株生根条数及根长,当Ca2+浓度为6.0mmol/L时效果最佳,当Ca2+浓度为7.5~15.0 mmol/L时水稻愈伤组织的相对生长量、分化率、再生植株的生根条数及根长呈下降趋势。[结论]适当增加培养基中Ca2+浓度可提高水稻Ac/Ds愈伤组织的相对生长量、分化率、再生植株生根条数及根长。     

水稻缙恢21诱变材料遗传变异的SSR分析

为了获得性状优良的水稻种质资源,采用EMS方法对缙恢21进行诱变,M4代获得不同类型的稳定突变材料,选取36份性状明显不同的突变材料进行SSR分子标记分析。从覆盖水稻12对染色体的200对SSR引物中筛选出15对扩增产物具有稳定多态性的引物,检测到59个等位基因,有效等位基因数为46.2574,有效等位基因百分数为78.40%,每对引物检测出3~5个等位基因,平均为3.9333个;遗传多样性指数在0.9951~1.3849之间,平均为1.2071;每个位点的多态性信息量变化于0.8285~0.9794之间,平均为0.9134。聚类分析得出,36份材料的遗传相似系数变幅为0.515~1.000,并在遗传相似系数0.63处将36份材料分为两大类群。     

浙江粳稻与日本粳稻品种间遗传差异的SSR分析

从424对分布于水稻12条染色体的SSR引物中筛选出44对用于12份日本粳稻和12份浙江粳稻的多态分析,44对引物多态性筛选结果表明,19对引物在12份日本粳稻间有多态,15对引物在浙江粳稻间有多态,44对引物对两个地区品种的多态检出率分别为43.2和34.1.品种间引物多态性分析结果表明,日本粳稻和浙江粳稻的品种(系)内平均多态检出率分别为50.5和38.7.UPGMA聚类分析表明,日本粳稻间相似系数在0.5以上,且分为两大类;而浙江粳稻相似系数也在0.5以上且为同一大类.说明浙江粳稻间的遗传差异与日本粳稻间的差异相仿或低于日本粳稻.     

基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立

【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记对8份植物学性状差异大的小麦育成品种进行初步筛选,共筛选出260对多态性较高、扩增稳定的SSR引物。利用上述260对引物对48份小麦品种继续进行复筛,选出130对扩增稳定、多态性高、带型好的SSR引物。对这些引物的正向5′末端分别标记6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光后,利用DNA分析仪进行检测评价,最终选择了42个PCR扩增稳定、峰图简单、多态性高、连锁群分布均匀的SSR荧光标记。根据DNA分析仪检测到的每个标记的不同等位变异大小,为相应位点的不同等位变异进行了命名,并为每个等位变异选取了相应参照品种。根据每个引物标记的荧光和扩增的片段大小范围对42对引物进行合理搭配,在同一毛细管内对多个荧光标记进行检测,提高了DNA指纹数据采集效率,降低了检测成本。利用该体系对1 625份小麦育成品种进行DNA指纹数据采集,在42个位点中共检测到434个等位变异,每个位点的等位变异个数在3-23,平均10.3个;每个位点的PIC值范围为0.240-0.829,平均0.610。利用1 625份小麦育成品种DNA指纹数据,构建了中国小麦育成品种的DNA指纹数据库。【结论】筛选出42对SSR标记引物,建立了基于荧光SSR标记的小麦品种鉴定体系,可用于高通量小麦品种DNA指纹鉴定。     

利用RAMP标记研究24份优质抗稻瘟病水稻种质资源的遗传多样性

对24份优质抗稻瘟病水稻种质资源进行了RAMP(random amplified microsatellite polymorphism)标记分析。结果表明,80个RAMP引物组合中,有22个引物组合可扩增出清晰且具多态性的条带。这22个引物组合共扩增出108条带,其中80条具有多态性,占74.1%,每个引物组合可扩增出1~9条多态性带,平均3.6条。RAMP标记遗传相似性系数(GS)平均值为0.462(0.138~0.900)以平均GS值0.462为阈值,可将所有供试材料划分为6类。表明这24份优质抗稻瘟病种质资源具有较丰富的遗传多样性。这些优质抗源材料对选育高产、优质、抗稻瘟病新品种(组合)具有重要利用价值。     

福建稻瘟菌群体遗传多样性RAPD分析

以 OPG、 OPH、 OPK等 3个系列 6 0个引物对福建稻瘟菌进行了 DNA随机扩增多态性 (RAPD)分析 .6 0个引物中有 2 1个扩增出多态性条带 ,表明福建省稻瘟菌群体有丰富的 RAPD多态性 ,可为该菌的遗传分析提供大量的遗传标记 .对 RAPD条带多样性分析发现龙岩江山病圃稻瘟菌群体遗传多样性较简单 ,有明显优势种群 ,可能影响其抗瘟评定的代表性 ,说明多点进行品种抗性鉴定是必要的