松毛虫mtDNA PCR反应体系优化

为了应用线粒体DNA研究松毛虫种群的遗传结构,本研究采用正交试验设计法L16(45)对影响松毛虫mtDNA PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化试验并对PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了单因素梯度比较优化。建立了松毛虫mtDNA PCR反应的最佳体系即在50μL体系中含模板150 ng、0.10μmol/L引物、0.4 mmol/L dNTP、1.0UTaq DNA聚合酶、2.5 mmol/LMg2+。同时通过PCR比较,确定最佳循环次数为35个循环,最佳退火温度为56℃,获得了松毛虫mtDNA PCR反应的最佳扩增程序。     

水稻PCR反应体系的正交设计优化及验证

[目的]筛选经济、稳定性好的水稻PCR反应体系,并检测所选体系在不同的基于PCR反应的分子标记中的通用性。[方法]以CTAB法提取的水稻叶片DNA为模板,应用L16（45）正交设计进行PCR反应体系优化。[结果]16个不同处理组合均扩增出了清晰谱带,但扩增效果及PCR产量有差异。最经济、适用的体系：20μl反应体系,20ng模板DNA,浓度150μmol/LdNTP,浓度0.2μmol/L引物,1.0UTaqDNA聚合酶,浓度1.5mmol/LMg^2＋,1×Taqbuffer,剩余体积用超纯水补齐。[结论]试验确定了水稻PCR优化反应体系,该体系也适用于一些其他基于PCR反应的标记。     

瘤胃甲烷生成菌PCR反应条件的优化

[目的]优化适合于瘤胃甲烷生成菌的PCR反应体系。[方法]以1．5周岁健康的藏系绵羯羊瘤胃内容物总DNA为模板,用特异性引物对甲烷生成菌16SrDNA保守序列进行PCR扩增,并通过改变PCR反应体系中的各参数,优化其PCR反应体系中的相关参数。[结果]PCR最优程序为：94℃预变性3min;94℃变性45s,51℃退火458,72℃延伸90s,35个循环;72℃后延伸7min。优化后的PCR反应体系为：5．00山缓冲液,4．00μl d-NTP,2．00μl引物（前引物和后引物各1．00μl）,4．00μl MgCl2,0．25μl TaqDNA聚合酶和1．00μl 1：100倍稀释的DNA模板,然后加水补足25．00μl。[结论]该研究为瘤胃甲烷生成菌功能的研究奠定了基础。     

正交设计优化杂交油菜ISSR-PCR反应体系研究

采用正交设计法优化适合于杂交油菜的ISSR体系,对影响ISSR-PCR的多个因素,包括Mg2+、dNTP、TaqDNA聚合酶、引物用量等进行了比较、优化;对DNA模扳浓度,退火温度进行了筛选。结果确定了杂交油菜ISSR-PCR反应体系的最佳方案为:94℃预变性5分钟,1个循环;每个循环94℃变性20s;56.2℃退火1分钟,72℃延伸80s,38个循环;72℃完全延伸6分钟;4℃保存。20μl PCR反应体系包括10×Buffer 2.5μL、模板20ng 1μl、2.5mmol/L dNTP1μl、10μmol/L Primer 1.2μl、5U TaqE0.2μl、25mmol/L Mg2+1.4μl。     

水稻PCR反应体系的正交设计优化及验证(英文)

[目的]筛选经济、稳定性好的水稻PCR反应体系,并检测所选体系在不同的基于PCR反应的分子标记中的通用性。[方法]以CTAB法提取的水稻叶片DNA为模板,应用L16(45)正交设计进行PCR反应体系优化。选用20μl体系的浓度梯度设计,对DNA模板浓度、dNTP、引物浓度、Taq酶、Mg2+浓度5个因素设计4个水平。先以1个SSR标记(MRG6102)对16个不同体系进行筛选。为了验证所选最优体系的稳定性,再选用6个SSR标记(RM213、RM207、RM208、RM155、OSM89、OSM91)对20个水稻品种(系)进行扩增;为检测除SSR标记以外的基于PCR反应标记的通用性,选用2个STS标记(OSR20、OSR32)及2个显性标记(Pibdom,Lys145)进行检测。[结果]16个不同处理组合均扩增出了清晰谱带,但扩增效果及PCR产量有差异。最经济、适用的体系为:20μl反应体系,20ng模板DNA,浓度150μmol/LdNTP,浓度0.2μmol/L引物,1.0UTaqDNA聚合酶,浓度1.5mmol/LMg2+,1×Taqbuffer,剩余体积用超纯水补齐。PCR扩增程序为:95℃预变性3min;94℃变性45s,48～55℃退火45s(不同的引物其最佳退火温度不同),72℃延伸1min(对于其他一些基于PCR反应的标记,如果预期片段较大,可以适当调整延伸时间到1.5min),共36个循环;72℃延伸7min;然后4℃保存。[结论]该研究确定了水稻PCR优化反应体系,该体系也适用于一些其他基于PCR反应的标记。     

基于四段基因序列的野牡丹科植物PCR反应条件优化

为了建立植物分子系统学研究中常用的核基因的ITS,CHS和叶绿体基因的psbA-trnH,rpl16序列在野牡丹科植物中的PCR扩增反应的最佳反应体系,寻找最佳反应条件。采用改良的试剂盒法提取了15种野牡丹科植物的基因组DNA,进行了引物筛选,退火温度优化,添加牛血清蛋白(BSA)和二甲基亚砜(DMSO)的优化,反应体系正交设计一系列优化。并采用优化后的反应条件,对这4个基因片段在15种野牡丹科植物中进行PCR扩增验证。结果表明:优化后的反应条件在野牡丹科植物中具有较高的稳定性和良好的通用性。说明优化后的反应条件可以进行后续分子系统学研究。     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

光皮桦EST-SSR PCR反应体系的优化

为获得稳定的聚合酶链式反应（PCR）产物,采用正交设计L25（56）对光皮桦Betula luminifera表达序列标签-简单重复序列聚合酶链式反应（EST-SSR PCR）反应体系中的5个因素:DNA模板浓度,引物浓度,镁离子（Mg2+）浓度,三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度和DNA聚合酶量进行优化,每个因素设计5个水平。优化试验结果表明:光皮桦EST-SSR最佳PCR反应体系:4.0 mgL－1DNA模板,0.500 molL－1引物,1.250 mmolL－1 Mg2+,0.250 mmolL－1 dNTPs,0.072 5 16.67 mkatL－1 rTaq酶。通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度。对优化出的EST-SSR PCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得稳定、清晰可辨的DNA谱带。图6表3参15     

药用植物白术ISSR-PCR反应体系的正交优化研究

采用正交试验设计的方法,对白术ISSR-PCR反应体系进行优化,确立了适合于白术的ISSR-PCR反应的最佳体系,即在25 μL反应体系中,10×buffer 2.5 μL,Mg2+3 mmol/L,Taq酶0.75U,模板200 ng,dNTP 0.3 mmol/L,引物0.5 μmol/L,通过梯度PCR试验得到相应引物的最佳退火温度为55.0℃.     

利用正交设计优化向日葵ISSR-PCR反应体系

向日葵产业的发展对调整黑龙江省种植业结构、利用中低产田、增加农民收入具有十分重要的作用,为了推广ISSR分子标记技术在向日葵分子育种上的应用,利用正交设计对向日葵ISSR-PCR反应体系中的5个因素(模板DNA、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度、Taq酶用量)在4个水平上进行优化,确立了适合向日葵ISSR-PCR反应的20μL体系:50ng模板DNA、2.0μmol·L-1dNTP、37.5μmol·L-1 Mg2+、8μmol·L-1引物、8UDNA Taq酶。     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化(英文)

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,TaqDNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

Taqman三重实时PCR快速检测原料乳中致泻性大肠埃希氏菌

建立可对原料乳中致泻性大肠埃希氏菌(包括肠致病性大肠埃希氏菌、肠侵袭性大肠埃希氏菌和肠产毒性大肠埃希氏菌)同时进行快速检测的Taqman三重实时PCR方法。以致病菌中常见的eae、ipaH和lt基因为目的片段,选择3种特异性引物和Taqman探针进行三重实时PCR扩增,研究反应的特异性、检测限和重复性,并用所建立的方法对38份原料乳进行检测。结果表明,扩增曲线形态良好,对原料乳中其他常见致病菌无交叉反应,对含致病菌为1 cfu.mL-1的乳样经2 h增菌处理后检测结果呈阳性,对原料乳样重复性检测的CV值均小于5%。完成全部检测过程只需大约6 h。该方法快速准确,可应用于原料乳中致泻性大肠埃希氏菌的快速检测和污染调查。     

大肠杆菌表达抗脂多糖因子的发酵条件优化

抗脂多糖因子(anti-lipopolysaccharide factor, ALF)作为一种重要的抗菌肽,具有抗菌性强,抗菌谱广的特点。将中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)抗脂多糖因子基因ALF克隆至pET32a载体获得原核表达载体。为了提高ALF融合蛋白在大肠杆菌中的可溶性表达量,保持抑菌活性,对已构建的重组大肠杆菌的发酵条件进行了优化,通过单因素分析的方法,考察了五种不同的培养基对表达量的影响,并在LB+M9培养基的基础上对培养基各组分进行了选择和优化,确定最佳培养基组分为:2.5 g/L蔗糖,10 g/L酵母膏,2.4 g/L(NH4)2SO4,12.8 g/L Na2HPO4,3 g/L KH2PO4,10.5 g/L NaCl,2 mmol/L MgSO4,0.1 mmol/L CaCl2溶液。分析了多种因素对表达量的影响,结果表明,培养基pH调至6.5,在菌体OD600达到0.8时加入诱导剂IPTG至终浓度为0.5 mmol/L,33℃继续诱导5 h,蛋白表达量最高。表达的融合蛋白可以抑制藤黄微球菌(Micrococcus luteus)在平板上的生长。     

大肠杆菌glyA工程菌抗噬菌体菌株选育

[目的]该研究旨在选育具有噬菌体抗性的大肠杆菌菌株。[方法]利用噬菌体诱发及紫外耦合噬菌体诱发筛选大肠杆菌glyA工程菌的抗噬菌体菌株。[结果]从噬菌体诱发筛选到的24株抗性菌株中筛选出了20株具有稳定抗性的抗性菌株,但其中仅有1株生长势优于原始株,酶活均低于原始株;耦合法诱导得到的41株中有39株具有较好的稳定性,其中7株生长势优于原始株,2株酶活大于原始株。[结论]利用紫外耦合噬菌体诱发筛选大肠杆菌glyA工程菌的抗噬菌体菌株能得到较好的试验效果。     

耐药型大肠杆菌引发的仔猪大肠杆菌病的PCR快速鉴定

利用菌落PCR方法对临床致病菌进行快速鉴定,以天津地区某猪场病死猪胃、肠内容物作为病料进行细菌分离培养,并对所分离的细菌进行药敏试验鉴定。设计16S r RNA通用引物并利用菌落PCR方法扩增所分离细菌的16S r RNA序列,对该序列进行测定和BLAST分析。结果发现,该细菌为一株多重耐药性大肠杆菌。试验建立了仔猪大肠杆菌病的临床快速检测方法。     

猪大肠杆菌K88-K99 PCR诊断试剂盒研究

根据已成功扩增的大肠杆菌K88及K99菌毛蛋白结构基因PCR反应 ,进行PCR反应体系的优化。将 2种菌毛蛋白结构基因的扩增引物混合进行PCR ,同时检测K88及K99菌毛蛋白结构基因。经优化试验 ,筛选出 5 0 μLPCR反应体系中各成分的最适用量为 :Mg2 + 浓度 2mmol L ,Taq酶 5U ,dNTPs 2 0 0mmol L ,每条引物 5 0pmol,模板量 1 0 0CFU ,并研制成功用于临床检测的PCR诊断试剂盒。     

基于工程驱动的GIS实验教学体系的改革

探讨面向工程构建GIS实验教学体系的必要性,并介绍GIS实验课实行工程化的改革思路,同时对实验教学体系主线、实验教学内容、实施方法和教学评价进行阐述。