长江口日本鳗鲡群体遗传多样性RAPD初步分析

对2005年采集自长江口地区4个采样点、5批、共10尾性成熟前成鳗、82尾玻璃鳗的日本鳗鲡样本的遗传多样性进行了RAPD分析。在51条随机引物中筛选出具有稳定扩增、条带清晰的多态性引物16条，16条引物共检测到132个位点，其中多态位点114个（86．36％）。五个采样群体各自的平均杂合度（Hc）在0．2053～0．3150之间，平均基因多样性指数（Ho）在0．2974～0.4526之间；采样群体两两间的遗传分化指数几，在0．0508～0．1524之间。群体内遗传变异和群体间遗传变异对群体总遗传变异的贡献率分别为79．18％和20．82％；Nei的遗传距离在0．0593～0．1425之间；在玻璃鳗采样群体间未发现遗传差异同采样地点及月份有何显著关系，显示它们可能同属一个大混合群体。而遗传距离、遗传分化指数及NJ树分析结果一致表明：成鳗和玻璃鳗之间可能存在相当的遗传距离和遗传分化。     

利用RAPD-PCR与ISSR-PCR标记技术分析长江口刀鲚的群体遗传结构

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术对长江出海口两年3个群体的52条刀鲚（Goiliaectenes）进行群体遗传结构的分析。在3个群体中，利用RAPD-PCR标记技术，15个10bp随机引物共检测到110条带，多态性为0．490～0．657，Shannon多样性指数为18．63～22．38，Nei平均遗传距离为0．1195～0．1454；而利用11个ISSR引物所获得的相应结果分别为67、0．576～0．682、11．56～13．66以及0．117～0．147。相关性分析表明这两种技术所获得的上述数据呈正相关（r=0．95，P〈0．05）。AMOVA结果显示，3个群体按采集时间划分成的两年之间的遗传变异不超过总变异的1．1％，同一年内群体间的遗传变异也分别只占总变异的6．99％（RAPD）和2．75％（ISSR-PCR），群体内各个体之间的遗传变异占总变异的96％（P〈0．0001），说明两年内所采集的3个群体之间基本上没有产生遗传分化。基于样品之间的Nei遗传距离所构建的Neighborjohing聚类图也清楚地显示出没有按采样的时间产生群体的遗传分化。对各样品之间的Nei遗传距离及Neighbor-joining聚类图分别经Mantel检测及支序分析，发现ISSR-PCR技术所获得的结果与RAPD-PCR技术的结果不存在明显的正相关，但ISSR-PCR标记技术具有在待测样品中能检测到高多态性等优点。     

利用RAPD-PCR与ISSR-PCR标记技术分析长江口刀鲚的群体遗传结构

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术对长江出海口两年3个群体的52条刀鲚（Goiliaectenes）进行群体遗传结构的分析。在3个群体中，利用RAPD-PCR标记技术，15个10bp随机引物共检测到110条带，多态性为0．490～0．657，Shannon多样性指数为18．63～22．38，Nei平均遗传距离为0．1195～0．1454；而利用11个ISSR引物所获得的相应结果分别为67、0．576～0．682、11．56～13．66以及0．117～0．147。相关性分析表明这两种技术所获得的上述数据呈正相关（r=0．95，P〈0．05）。AMOVA结果显示，3个群体按采集时间划分成的两年之间的遗传变异不超过总变异的1．1％，同一年内群体间的遗传变异也分别只占总变异的6．99％（RAPD）和2．75％（ISSR-PCR），群体内各个体之间的遗传变异占总变异的96％（P〈0．0001），说明两年内所采集的3个群体之间基本上没有产生遗传分化。基于样品之间的Nei遗传距离所构建的Neighborjohing聚类图也清楚地显示出没有按采样的时间产生群体的遗传分化。对各样品之间的Nei遗传距离及Neighbor-joining聚类图分别经Mantel检测及支序分析，发现ISSR-PCR技术所获得的结果与RAPD-PCR技术的结果不存在明显的正相关，但ISSR-PCR标记技术具有在待测样品中能检测到高多态性等优点。     

太湖日本沼虾的遗传多样性分析

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对太湖湖区不同水域（无锡、宜兴、苏州及湖州水域）野生日本沼虾群体进行基因组DNA的遗传多样性分析。在事先优化的条件下,试验从选用的50个随机引物中筛选出16个有效引物,共检测到117个清晰稳定的位点,大小为200bp～2000bp,其中92个位点具有多态性。四个群体的多态位点比例分别为49．57％、60．68％、53．85％、57．26％,杂合度为0．2077～0．2163,Shannon信息指数为0．2967-0．3053,群体间遗传分化指数Gst值为0．1644-0．2002。AMOVA分析结果显示,群体的遗传变异有16．67％是由群体间遗传变异引起的,显著性检验表明群体间遗传变异对总遗传变异影响显著。遗传距离显示四个群体有一定遗传分化,其中苏州和宜兴群体间遗传距离最大（0．1481）,无锡与宜兴群体间遗传距离最小（0．1141）。利用UPGMA进行聚类分析表明,无锡与宜兴群体首先聚在一起,湖州与苏州群体随后聚在一起,再与无锡、宜兴群体聚在一起。     

太湖日本沼虾的遗传多样性分析

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对太湖湖区不同水域（无锡、宜兴、苏州及湖州水域）野生日本沼虾群体进行基因组DNA的遗传多样性分析。在事先优化的条件下,试验从选用的50个随机引物中筛选出16个有效引物,共检测到117个清晰稳定的位点,大小为200bp～2000bp,其中92个位点具有多态性。四个群体的多态位点比例分别为49．57％、60．68％、53．85％、57．26％,杂合度为0．2077～0．2163,Shannon信息指数为0．2967-0．3053,群体间遗传分化指数Gst值为0．1644-0．2002。AMOVA分析结果显示,群体的遗传变异有16．67％是由群体间遗传变异引起的,显著性检验表明群体间遗传变异对总遗传变异影响显著。遗传距离显示四个群体有一定遗传分化,其中苏州和宜兴群体间遗传距离最大（0．1481）,无锡与宜兴群体间遗传距离最小（0．1141）。利用UPGMA进行聚类分析表明,无锡与宜兴群体首先聚在一起,湖州与苏州群体随后聚在一起,再与无锡、宜兴群体聚在一起。     

山核桃天然群体遗传结构的RAPD分析

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）分子标记技术，分析了山核桃5个天然居群150个个体的遗传多样性和遗传结构，20条10bp的随机引物共扩增出252个位点，其中，多态性位点168个，多态位点百分率（PPB）为66．7％。居群水平Shannon’S多态性信息指数（I）在0．1992～0．2800间变化，物种水平，为0．4102；居群水平Nei’s基因多样性指数（H）介于0．1297～0．2051之间，物种水平H为0．2671。遗传变异计算显示，山核桃居群间基因分化系数（Gst）为0．3845。分子方差分析（AMOVA）表明，居群间基因分化系数为0．3413，大部分变异存在于居群内。居群间基因流（Nm）为0．9671，说明居群间基因交流相对较少。这一结果符合山核桃风媒、异交的繁育系统特点，但其居群间基因分化系数比异交植物的平均水平高。提示：地理隔离、居群内近交及居群间有限的基因流可能是形成目前山核桃天然群体遗传结构的主要因素。     

基于SRAP分子标记的流苏树天然群体遗传多样性研究

  目的  揭示我国不同地区流苏树（Chionanthus retusus）天然群体的遗传多样性，更好地为合理保护和开发利用提供科学依据。  方法  采用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记技术对不同地区的7个流苏树天然群体的62份样品进行了遗传多样性和群体遗传结构研究。  结果  （1）7个流苏树天然群体具有较高的遗传多样性，8对SRAP引物共扩增出1 728条清晰条带，其中1 649条具有多态性，PPB（多态性条带比例）为95.43%；群体间的有效等位基因数为 1.213 7，Nei’s基因多样性指数为 0.153 7，Shannon’s信息多样性指数为0.268 0。（2）流苏树天然群体存在较高水平的种群内遗传变异和较低水平的群体间遗传变异（Gst = 0.133 6），7个流苏树天然群体间存在较高水平的基因交流（Nm = 3.243 7）。（3）流苏树群体间的遗传相似系数介于0.898 0 ~ 0.973 6之间，平均值为0.934 4，经Mantel检验（r = 0.288，P = 0.205）及群体间的聚类证明群体间的遗传距离与地理距离之间无明显相关性；62份流苏树初级种质聚类结果表明大部分种质表现为同一群体的多数个体聚在一起，部分种质存在不同群体间的个体聚在一起的现象，表现出群体间遗传变异相对稳定而种群内的遗传变异水平相对较高的特点，与基因多样性分析结果一致。  结论  综合多因素分析推测，太行山地区可能是我国流苏树种质资源的主要产区。      

广东省水稻纹枯病菌群体遗传结构

运用RAPD分子标记技术分析了广东省水稻纹枯病菌的群体遗传结构，研究结果表明，水稻纹枯病菌存在遗传分化现象(G=0．1658)，分子方差分析表明群体遗传多样性在广东省地区间、地区内以及县市内3个水平分布，群体遗传分化在地区间的水平非常低(ФST=0．038)，地区内的遗传分化程度较高(ФST=0．240)，遗传分化主要来源县市内菌株的遗传变异(ФST=0．269)，占总群体遗传多样性的73．07％．Mantel分析表明地理距离和遗传距离间缺少相关性，群体分化不符合地理距离隔离模式。     

长江水系青鱼遗传多样性的研究

应用40个10碱基随机引物对长江干流金口和瑞昌江段的青鱼(Mylopharyngodon piceus)群体以及长江水系的湘江青鱼群体进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,其中29个引物能扩增出1～10条清晰的RAPD带,有14个引物(占全部引物的35％)在青鱼不同个体的扩增产物中有多态性DNA片断。结果表明,青鱼金口、瑞昌、湘江3个群体的遗传相似度的平均值分别为0．9524、0．96l2、0．9578,3个群体的Shannon遗传多样性值分别为0．2057、0．1483、0．1821。群体间的遗传相似度依次为金口-湘江：0．9487,瑞昌-湘江：0．9503,金口-瑞昌：0．95l2,群体间的遗传相似度低于群体内的遗传相似度,遗传变异度则相反。3个群体的遗传分化指数为14．6％。     

湖南圆尾斗鱼三个地理群体遗传多样性的RAPD分析

为进一步开发和利用圆尾斗鱼，并为保护圆尾斗鱼种质资源提供分子水平上的依据，以湘江、益阳和沅江三个地理种群圆尾斗鱼的基因组DNA为材料，进行遗传多样性的RAPD分析．试验从选用的60个随机引物中筛选出28个有效引物，对3个种群的圆尾斗鱼基因组DNA进行RAPD—PCR扩增，共扩增出1994个DNA片段．3个地理群体的多态位点比例为0．309-0．329，杂合度为0．194-0．213，群体内遗传相似性指数分别为0．892，0．837和0．868，其中益阳圆尾斗鱼与湘江圆尾斗鱼种群间的遗传距离最大，其值为0．219，益阳圆尾斗鱼与沅江圆尾斗鱼种群间的遗传距离最小，其值为0．151．分析表明，3个地理群体圆尾斗鱼群体内遗传多样性不高，而群体间的遗传分化程度较高．     

人工养殖鲶的TRAP遗传分析

建立了鲶Silurus asotus的TRAP—PCR反应体系,采用24个TRAP引物组合对鲶人工选育群体进行引物适用性的研究,将获得的多态性位点用于研究鲶群体的遗传结构。结果表明：有9个引物组合可产生有效位点,其中多态引物占所筛选引物总数的37．5％,平均每条引物扩增出15个位点。共扩增出135个位点,多态位点数为75,多态位点比例为55．56％。说明TRAP标记技术适用于鲶的遗传多样性研究,可以作为构建鲶遗传连锁图谱的分子标记。     

大连海域口虾蛄资源遗传多样性的分析

采用RAPD方法对大连沿海野生口虾蛄Oratosqilla oratoria资源的遗传多样性进行分析。结果表明：20条引物平均每条扩增出12．1条带,共检测到位点242个,其中多态位点占67．8％,个体间遗传距离为0．2367—0．5402,平均遗传距离为0．3583;根据扩增结果构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,24个个体可划分为两大类。     

常绿阔叶林优势种福建青冈的遗传多态分析

利用随机扩增多态DNA标记技术,对福建黄楮林自然保护区7个样地的福建青冈群体进行了基因组DNA多态性分析。从60条引物中共筛选出10个引物,获得随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)扩增位点76个,多态性位点占48.68%,揭示了福建青冈群体具有较高的遗传变异水平。数据分析显示群体间的遗传距离处于0.099 1-0.230 8的范围内。应用DPS数据处理系统对环境因子进一步作对应分析研究,分析环境因子对群体遗传变异的影响,发现遗传距离越接近的群体,其所处的生态环境指标也越接近,表明了福建青冈群体间的遗传差异与生态环境间的差异具有明显相关性。     

3种黄鳝遗传多样性分析

为更好地保护和开发利用黄鳝资源，从40个随机引物中选取30个重复性好、扩增稳定的随机引物，应用RAPD技术对黄鳝属中产自缅甸的山黄鳝、印度尼西亚的穴黄鳝、中国黄鳝的DNA进行遗传多样性分析。共检测到315个位点，3种黄鳝种群间的多态位点比例为85．08％，遗传多样性指数为0．1575．DPS2003种群遗传分析软件包分析显示，3种黄鳝种群间的遗传距离为0．7103，相似度系数为0．2897，表明3种黄鳝都具有较高的遗传变异．     

不同居群款冬种质资源SRAP遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术和UPGMA法对16个款冬居群进行遗传多样性和聚类分析,构建聚类树状图。结果表明,从99对SRAP引物中筛选出11对多态性稳定、清晰的引物,共扩增出121条条带,其中,79条呈现多态性,平均每对引物组合产生11个DNA位点和7.2个多态性位点;各居群间遗传相似系数变化范围为0.342~0.810。聚类分析结果显示,16份材料可以分为5个类群,遗传多样性丰富。     

鳗鲡病原性气单胞菌AFLP分型研究

以32株从养殖鳗鲡分离的病原性气单胞菌为试验材料,采用Biolog自动菌鉴系统对其进行生理生化鉴定,结果表明,有20株被鉴定为嗜水气单胞菌,7株被鉴定为威隆气单胞菌,1株为豚鼠气单胞菌,其余4株未能鉴定到种.为进一步确定20株嗜水气单胞菌和7株威隆气单胞菌的基因型,筛选了2对引物（E-C/M-C,E-C/M-A）分别对这两个菌种进行了AFLP分析.结果表明：20株嗜水气单胞菌中共检测到88个位点,均为多态性位点;7株威隆气单胞菌中共检测到61个位点,其中60个为多态性位点.经UPGMA聚类分析表明：20株嗜水气单胞菌可初步分为3种类型,每种类型之间平均遗传距离为0.449,同一类型内不同菌株的平均遗传距离为0.127;7株威隆气单胞菌可初步分为4种类型,每种类型之间平均遗传距离为0.467,变异范围为0.415～0.525.该结果为鱼类病原菌的DNA分型研究提供了参考.     

白及种质资源遗传多样性分析

  目的  采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。  方法  从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。  结果  从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。  结论  本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。图4表4参25     

非洲桃花心木不同地理群体遗传多样性分析

应用SRAP 分子标记技术,对来自非洲的5 个不同地理群体非洲桃花心木的遗传多样性和遗传分化进行了分 析。结果表明:筛选出28 对SRAP 引物组合用于群体遗传分析,共扩增出条带77 条,其中多态性条带59 条,多态 性水平为76.62%;5 个群体遗传距离在0.036 1 ~ 0.131 7 之间,总的Nei爷s 基因多样性指数为0.209 3,总的 Shannon爷s 信息指数分别为0.330 0,遗传变异主要来自群体内个体间(70.04%),群体基因流(Nm)为1.185 8。