高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡GH基因多态性及生物信息学分析

以高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡为研究对象,构建品种DNA池,PCR扩增生长激素(GH)基因所有外显子和部分内含子序列,采用直接测序法对3个鸡种的GH基因进行多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对GH基因m RNA二级结构的影响,旨在通过对贵州胫长差异较大的高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡GH基因的多态性及其生物信息学进行分析,研究GH基因对不同鸡种胫骨发育的影响。结果表明:在高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡3个鸡种GH基因中共检测到8个SNPs位点,其中A1133G、G1166A位于第2内含子区,C2027G、C2030T位于第4外显子区,G2152A位于第4内含子区,G3347A位于第5外显子区,T3416C和C3436T位于3'非编码区。生物信息学分析显示位于外显子区的3个SNPs均为同义突变,对GH基因的m RNA二级结构有一定影响。     

百宜黑鸡PRLR基因多态性对产蛋性能的影响

以催乳素受体(PRLR)基因作为候选基因,对95羽相同饲养管理水平的百宜黑鸡PRLR基因外显子3和外显子6序列进行PCR扩增,采用PCR扩增产物直接测序方法对该基因的SNP位点进行筛选,同时对不同基因型与产蛋性能进行关联分析。结果表明,在百宜黑鸡PRLR基因的序列中只发现1个SNP位点,位于第3外显子36 bp位置发生了C/T突变,将该突变位点所对应的纯合子和杂合子分别定义为CC型和CT型,其中CC型为优势基因型个体,等位基因C为优势等位基因,该基因座不处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传参数分析发现该位点属于低度多态;36C/T位点与百宜黑鸡产蛋性能关联分析结果表明,任何一种基因型与产蛋性能间均不显著(P 0. 05)。     

美系獭兔和伊拉肉兔FABP4基因多态性及其与肌肉脂肪酸含量的相关性

【目的】探寻影响兔肉中脂肪酸性状的优势基因型。【方法】利用PCR-RFLP技术检测60只美系獭兔、51只伊拉肉兔FABP4基因的单核苷酸多态性,分析其与兔肉中脂肪酸含量的相关性。【结果】2个兔品种在intron1中存在C/T突变,该突变位点能被TaiⅠ限制性酶识别,且经酶切后发现,2个兔群体中存在CC、CT和TT 3种基因型。美系獭兔的3种基因型频率分别为0.083,0.467和0.450,等位基因C和T的基因频率分别为0.683和0.317;伊拉肉兔的3种基因型频率分别为0.137,0.549和0.314,等位基因C和T的基因频率分别为0.588和0.412。关联分析结果表明,在美系獭兔群体中,CC型个体肌肉组织中的脂肪酸C14:0含量和脂肪酸C18:1,n-9含量显著高于CT和TT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;TT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。在伊拉肉兔群体中,CC基因型个体肌肉组织中的C18:1,n-9含量显著高于CT和TT基因型个体(P<0.05);CC型个体脂肪酸C18:2,n-6含量显著高于CT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;CT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。【结论】FABP4基因可作为美系獭兔和伊拉肉兔脂肪酸性状选育的候选基因。     

白羽番鸭脂联素基因内含子多态与肉质的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因内含子进行SNP检测,并分析SNP对肉质的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(CC、CT和TT)和2个等位基因(C和T),CT和C分别为优势基因型和优势等位基因。序列比对发现,在内含子内存在1个SNP位点T290C,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,CC基因型个体的IMF显著高于TT基因型个体(P<0.05),失水率极显著低于TT基因型个体(P<0.01);CT基因型个体的失水率显著低于TT基因型个体(P<0.05)。结果揭示,T290C位点可能对脂肪沉积有显著影响,CC基因型是白羽番鸭肉质较为优良的基因型。     

生长激素（GH）基因在不同胫长性状 鸡种中的差异表达分析

为研究生长激素(GH)基因与鸡胫长之间的相关性及其表达规律,利用实时荧光定量PCR技术对胫长差异较大的高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡3个品种的心脏、肝脏、胸肌、腿肌中GH基因的相对表达量进行了检测,结果发现相同品种不同组织GH基因表达量均以腿肌最高;不同品种相同组织中,高脚鸡各组织的GH基因表达量均为最高.结果表明,GH基因在不同品种及不同组织间存在差异表达,且其表达量与鸡的胫长间存在正相关.     

米易鸡ADSL基因第2和第9外显子多态性与肌苷酸含量的关联

为了检测米易鸡ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性并分析该多态性与胸肌肌苷酸含量的关联性,以四川省优质地方鸡种米易鸡为研究对象,采用高效液相色谱测定米易鸡胸肌肌肉肌苷酸的含量,并运用测序技术测定了ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性。结果表明:ADSL基因在外显子2(A3713G、C3797T),外显子9(C10191T)处出现3个SNP位点,变异引起相应的氨基酸均为同义变异,第2外显子A3713G位点的基因型为AA、GG、AG型;C3797T位点的基因型为CC、CT、TT型;第9外显子的C10191T位点的基因型为CC、CT型。经独立性检验,ADSL基因A3713G、C10191T位点变异处于Hardy-Weinberg平衡状态;应用最小二乘法对基因型与肌苷酸含量进行分析,说明ADSL第9外显子C10191T SNP位点与IMP含量存在显著相关性(P0.05),CT型个体的胸肌肌苷酸含量高于CC型个体,初步推测米易鸡中ADSL基因第9外显子C10151T SNP位点CT型为优势基因型。     

肌苷酸合成酶系PURH基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的关联分析

在分析氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶/次黄嘌呤核苷酸环水解酶基因(fused IMP cyclohydrolasegene/phosohoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase PURH)对苏禽乌骨鸡鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应。采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡PURH基因外显子9和外显子16多态性,分析多态位点不同基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联,各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明:PURH基因外显子16中多态位点T17446C与IMP含量显著相关,TT型个体胸肌IMP含量较CT型高出0.757 mg/g,TT型个体胸肌IMP含量较CC型高出1.083 mg/g,均达到极显著水平(P<0.01),CT型个体IMP含量也显著地高于CC型(P<0.05)。因此,可以利用该基因型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择。     

FSHβ基因与公鹅精液品质性状的关联分析

采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术检测了143只籽鹅公鹅FSHβ亚基基因内含子2上SNP(C126T)的多态性,并分析了该SNP位点与精液品质性状(精液体积、精子密度、精子畸形率和精子活率)的相关性。结果显示FSHβ亚基基因内含子2的C126T突变产生三种基因型:CC型、CT型和TT型,其基因型频率分别为0.08、0.44和0.48;TT型精液体积显著高于CC型和CT型(P0.05);CC型和TT型个体的精子密度显著高于CT型(P0.05),CC型和TT型之间差异不显著(P0.05);TT型和CT型的精子活率差异不显著(P0.05),但显著高于CC型(P0.05)。在FSHβ亚基基因第2内含子SNP(C126T)位点,TT型是精液品质性状的优势基因型。FSHβ基因在公鹅精子生成的过程中可能有重要的调控作用。     

SNPs screening of 3'UTR in Apoprotein A-Ⅰ-1 gene and its association with growth traits in grass carp

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-Ⅰ-1基因(Apoprotein A-Ⅰ-1,apoA-Ⅰ-1)3’非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点.C792T位点的CC型占46.53％,CT型占50.69％,TT型占2.78％;G851A位点的GG型占77.08％,GA型占20.83％,AA型占2.08％.采用一般线性模型对2个SNPS位点与草鱼4个生长性状——体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明:C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平(P＞0.05);G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异(P＜0.05).将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3(TTC792T - GGG851A)个体的体质量均值最高,D6型(CCC792T-AAG851A)个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异(P＜0.05).推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型.本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础.     

草鱼载脂蛋白A-I-1基因3＇非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-I-1基因（Apoprotein A-I-1,apoA-I-1）3＇非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点。C792T位点的CC型占46.53%,CT型占50.69%,TT型占2.78%;G851A位点的GG型占77.08%,GA型占20.83%,AA型占2.08%。采用一般线性模型对2个SNPs位点与草鱼4个生长性状———体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明：C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平（P〉0.05）;G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异（P〈0.05）。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3（TTC792T-GGG851A）个体的体质量均值最高,D6型（CCC792T-AAG851A）个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异（P〈0.05）。推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型。本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础。