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相似文献
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1.
采用 PCR–SSCP、PCR–RFLP 技术,对海南五指山猪封闭群及其近交系、海南黑猪2个品系(临高猪、屯昌猪)的 POU1F1基因外显子4、外显子5、外显子6、内含子3的多态性进行研究.结果表明:猪 POU1F1基因外显子5、外显子6不存在多态性,内含子3、外显子4存在2个等位基因和3种基因型;在外显子4基因座上,五指山猪、临高猪、屯昌猪呈 Hardy–Weinberg 平衡状态,五指山猪近交系呈不平衡状态,4个猪种群的遗传多态性均处于中度多态(0.250.5);利用 SPSS 软件分析五指山猪 POUIF1基因内含子3和外显子4基因的多态性与其3个生长阶段体质量的相关性,发现引物 P1与 P4不同基因型个体体质量的差异均不显著  相似文献   

2.
以皖南黑猪、安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪共236头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪脂滴包被蛋白(Perilipin,PLIN1)基因的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、安庆六白猪PLIN1基因3 519 bp碱基处发生A>G突变,检测到AA、AB、BB 3种基因型,其中AA基因型频率在这2个群体中分别为8.97%和29.23%,AB基因型频率分别为43.59%和56.92%,BB基因型频率分别为47.44%和13.85%;皖南黑猪、安庆六白猪的多态信息含量(PIC)分别为0.335 3和0.369 0,在该位点均处于中度多态;卡方检验表明皖南黑猪群体和安庆六白猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);在圩猪、霍寿黑猪群体中PLIN1基因的第2外显子没有检测到突变。PLIN1基因的第3外显子在4个群体中均没有检测到突变。  相似文献   

3.
合作猪Nramp1基因第六内含子多态性分析   总被引:2,自引:1,他引:1  
采用PCR-SSCP方法检测了135头合作猪Nramp1基因第六内含子的多态性.结果表明:序列比对分析发现10个新的核苷酸多态位点,其中,转换7个,颠换2个,插入1个;试验群体发现5个基因型,即AA、AB、BB、CC、AC,其中B等位基因为优势等位基因,AB基因型为优势基因型;经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Wein-berg平衡状态(P0.05);Nramp1基因遗传多态指数中,杂合度为0.617 4,多态信息含量为0.537 3,有效等位基因数为2.613 7.  相似文献   

4.
以皖南黑猪、安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪共236头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪脂滴包被蛋白(Perilipin, PLIN1)基因的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、安庆六白猪PLIN1基因3 519 bp碱基处发生A>G突变,检测到AA、AB、BB 3种基因型, 其中AA基因型频率在这2个群体中分别为8.97%和29.23%,AB基因型频率分别为43.59%和56.92%,BB基因型频率分别为47.44% 和13.85%;皖南黑猪、安庆六白猪的多态信息含量(PIC)分别为0.3353和0.3690,在该位点均处于中度多态;卡方检验表明皖南黑猪群体和安庆六白猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);在圩猪、霍寿黑猪群体中PLIN1基因的第2外显子没有检测到突变。PLIN1基因的第3外显子在4个群体中均没有检测到突变。  相似文献   

5.
以贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚3个品种为试验群体,采用PCR产物直接测序技术检测NPY-Y1R基因的多态性,并探讨其多态性对山羊繁殖性状的影响,为山羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用Excel计算基因频率、基因型频率;利用POPGEN软件计算遗传多态性参数纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量并对Hardy-wein-berg平衡状态进行分析;用SPSS软件对3个山羊群体NPY-Y1R基因多态性与产仔数进行相关性分析。结果表明,NPY-Y1R基因外显子中检测到1个单核苷酸多态性(SNP)位点,NPY-Y1R基因在外显子2处存在突变位点G1141A,3个山羊群体在此突变位点处均存在2种基因型,分别为AG、GG;贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚χ~2均未达到显著水平,处于Hardy-Wein-berg平衡状态,贵州黑山羊和努比亚表现为低度多态,酉州乌羊表现为中度多态。AG基因型个体在贵州黑山羊、酉州乌羊、努比亚群体中产羔数显著高于GG基因型个体(P0.05),呈现出AGGG趋势。AG基因型个体的山羊在后续的试验中待进一步认证,结果可为初步判定山羊NPY-Y1R基因的突变与繁殖性能的研究奠定试验基础。  相似文献   

6.
八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
本研究采用PCR-RFLP方法,对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性,在三种基因型中AB基因型出现频率最高,山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异(P<0.05)。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0.3265~0.5062和0.2655~0.5019之间,多态信息含量分别在0.2688~0.4268和0.2264~0.3736之间。研究结果提示:杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低,其遗传一致性最好,其余猪种均表现为中度多态,表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。  相似文献   

7.
以3个安徽地方猪品种皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪共324头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪TAP1基因编码区的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪TAP1基因的第10外显子41 bp碱基处发生G>A突变,检测到AA、GA、GG 3种基因型,其中AA基因型频率在这3个群体中分别为59.53%、41.27%和54.91%,为优势基因型;皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪的多态信息含量(PIC)分别为0.2991、0.3611和0.3242,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明,皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。  相似文献   

8.
在梅山猪保种群和法系大白猪群体中采用直接测序法和PCR-RFLP法对基因VEGFA、HIF1A和EPAS1进行了基因多态位点的寻找及多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数等繁殖性状进行了相关分析。在所获得的基因VEGFA的扩增片段中共检测到17个多态位点,其中有4个位点可进行PCR-RFLP检测,分别为BstH2I-RFLP,PspEI-RFLP,Eco32I-RFLP和BcnI-RFLP,而在HIF1A和EPAS1扩增片段中未获得可进行PCR-RFLP检测的多态位点。在2个实验猪群中对VEGFA基因的4个多态位点进行基因型及等位基因频率分析,结果表明:VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI 3个多态位点在梅山猪群体中A等位基因占优势,BcnI多态位点在梅山猪群体中B等位基因占优势,而在法系大白猪群体中VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI和BcnI 4个多态位点的相关基因型和等位基因分布极不均衡。BstH2I和PspEI多态位点相关的A等位基因频率在法系大白猪群体中为0,而Eco32I和BcnI多态位点相关的A、B等位基因频率在法系大白猪群体中不到1%。单倍体型推断结果表明VEGFA基因4个多态位点在梅山猪群体中共存在10种单倍体型,而在法系大白猪群体中只存在2种单倍体型BBBA和BBAB,且只有一个个体的单倍体型是BBAB。通过性状关联分析,发现梅山猪群体中VEGFA基因单倍体型BBBA对初产总仔数影响显著(P0.05);单倍体型BABA对经产总仔数和经产活仔数影响显著(P0.05);单倍体型BBAA对初生窝重影响显著(P0.05)。使用辐射杂种克隆板将基因VEGFA定位于SSC7q11-12;基因HIF1A定位于SSC1;基因EPAS1定位于SSC3q11-14。而所获得的基因HIF1A和EPAS1的扩增片段无PCR-RFLP可识别的SNP位点。研究结果表明猪VEGFA基因具有成为影响猪繁殖性状分子遗传标记的潜力。  相似文献   

9.
6个猪群Lpinl基因多态性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
试验采用PCR-RFLP方法检测了猪Lpinl基因第2外显子C93T突变在6个猪群中的多态性分布.结果表明,经TapⅠ酶切后发现了CC、TC和TT 3种基因型.在6个猪群中C均为优势等位基因,CC为优势基因型.x2检验发现,基因型分布在莱芜猪、沂蒙猪、杜洛克、大约克和长白猪群均达到了哈代-温伯格平衡(P>0.05),里岔猪未达到哈代-温伯格平衡(P<0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P<0.01).群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在1.000~1.4808;多态信息含量里岔猪为0.2720,属于中度多态,其余猪群均低于0.25,为低度多态.  相似文献   

10.
为深入研究苏姜猪肝受体类似物质-1(Lrh-1)基因的多态性及其与产仔数性状间相关性,依据NCBI数据库中猪Lrh-1基因核酸序列设计2对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对苏姜猪Lrh-1基因进行多态性检测。检测结果显示,引物P1 PCR扩增产物存在7种SSCP条带型,共有4个碱基突变位点,分别为27287662、27287593、27287535和27287511位;引物P2 PCR扩增产物存在2种SSCP条带型,碱基突变位于27423038位;将扩增序列与猪Lrh-1CDS区进行比对分析,其中27287662、27287593和27423038位的碱基突变位于配体结合域(LBD)区内,且突变均属同义突变,表明LBD区对于Lrh-1基因功能稳定具有重要作用;不同碱基突变位点的基因频率经群体遗传学分析,除27287511位点处于群体不平衡状态(P0.05)外,其他位点均达群体平衡状态(P0.05);Lrh-1基因P1和P2扩增区SSCP不同类型苏姜猪第1胎和第2胎平均产仔数间无显著差异(P0.05)。  相似文献   

11.
猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联   总被引:2,自引:1,他引:1  
 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体(P<0.05),而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著(P>0.05),但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体(P<0.05)。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。  相似文献   

12.
【目的】探讨中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP突变与临床乳房炎和生产寿命的相关性。【方法】根据CXCR1基因编码区序列,利用PCR-直接测序法对低SCS和高SCS样本各20个样本进行SNP筛查,最后对所选择的4个SNP位点利用飞行质谱法对866头中国荷斯坦牛进行检测,同时收集所检测牛只临床乳房炎和生产寿命等信息,利用多因素方差分析法、Logistic回归、Cox生存回归等方法分析以上SNP位点突变与临床乳房炎发生次数和生产寿命的相关性。【结果】CXCR1基因编码区共发现13个SNP位点(291 CT、333 CG、337 AG、365 CT、570 AG、642 AG、735 CG、816 AC、819 AG、980 AG、995 AG、1008 CT和1068 AG),分为4个连锁群,随后从每个连锁群中各选择1个SNP位点(642 AG,816AC,980 AG和1068 AG),利用飞行质谱法对大样本中国荷斯坦牛进行检测。4个SNP位点共有9种单倍型,其中单倍型GAGG频率最高(0.3141),而单倍型ACAA频率最低(0.0017)。CXCR1-642与2胎牛患临床乳房炎次数有显著相关(P0.05),AG基因型个体2胎奶牛患临床乳房炎次数显著高于AA基因型(P0.05),CXCR1-816 AA基因型个体3胎奶牛患临床乳房炎次数显著低于AC和CC基因型(P0.05),其它SNP位点与各胎次临床乳房炎发生次数均无显著相关(P0.05)。CXCR1-816与奶牛离群月龄有极显著相关(P0.01),与奶牛生产月龄和离群胎次有显著相关(P0.05),CXCR1-816 AA基因型个体生产月龄、离群月龄和离群胎次均显著高于CC基因型个体(P0.05),而其它SNP位点对生产月龄、离群月龄和离群胎次均无显著相关(P0.05)。Cox生存分析表明:只有CXCR1-816位点与奶牛生存时间有显著相关(P0.05),CXCR1-816 CC基因型个体在各时间段的生存概率均低于AA和AC基因型个体。【结论】CXCR1-816 AC突变与中国荷斯坦牛患临床乳房炎次数和生产寿命有显著相关,在进一步验证其功能后,可用于中国荷斯坦牛生产寿命的分子标记辅助选择。  相似文献   

13.
Lpin1基因多态性与黄牛经济性状的关联研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
以6个黄牛品种502个个体为材料,利用PCR-SSCP和DNA测序相结合的方法检测脂素1(Lpin1)基因的多态性,并分析该基因多态性与秦川牛经济性状的相关性。结果发现,黄牛Lpin1基因存在3个SNPs:31735A>G、46137A>C和65969G>A,分别位于内含子1、外显子6和内含子15,其中位于外显子6的突变导致脂素蛋白质第82位的组氨酸变为脯氨酸,为错义突变。3个SNP多态位点与秦川牛的体尺和肉质性状的关联分析表明,31735A>G位点GG基因型个体的胸深、胸围、背膘厚显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);46137A>C位点AC和CC基因型个体的背膘厚显著高于AA基因型个体(P<0.05),CC基因型个体的眼肌面积和大理石花纹评分等级显著高于AA基因型个体(P<0.05);65969G>A位点AA基因型个体的胸深、胸围、眼肌面积和背膘厚显著高于BB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的大理石花纹评分等级显著高于AA和AB基因型个体(P<0.05)。可见,Lpin1基因可能是影响秦川牛眼肌面积、大理石评分和背膘厚性状的主效QTL或者是与之紧密连锁,可作为秦川牛品质改良的辅助选择标记。  相似文献   

14.
猪的垂体特异性转录因子基因多态性研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
研究采用PCR和DNA测序方法,对小型猪种(香猪、巴马猪)及对照猪种(上海白猪、大约克夏猪)的垂体特异性转录因子(PIT-1)基因1293位至2230位进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果显示:在第5内含子中有多处发生突变,其中在1429位,香猪、巴马猪的所有个体均发生了G→A突变,而上海白猪、大约克夏猪则未发生突变;在第6外显子中未见任何突变。结论:PIT-1基因1429位可作为小型猪基因标记的候选位点。  相似文献   

15.
猪PGC1基因多态性与肉质性状的相关性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因第8外显子序列经Alu I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7,而江苏地方品种猪中,TT占绝对优势。分析PGC1基因型与肉质性状相关发现,AA基因型猪的肉色L、失水率均极显著低于TT基因型(P<0.01);TT基因型猪的蒸煮损失、剪切力和肌纤维直径均极显著低于AA基因型(P<0.01)。  相似文献   

16.
【目的】分析MTNR1A基因ExonⅡT/C突变与绵羊季节性繁殖性状的关联性,为深入研究MTNR1A基因在绵羊繁殖活动中的作用机制打下基础。【方法】以季节性繁殖的阿勒泰羊和中国美利奴羊(军垦型)及常年繁殖的湖羊和小尾寒羊为研究对象,采用PCR-SSCP及测序技术检测MTNR1A基因ExonⅡT/C突变在4个绵羊品种群体中的分布情况,并分析其与绵羊季节性繁殖性状的关联性。【结果】MTNR1A基因ExonⅡT/C突变致使MTNR1A蛋白的胞内无规卷曲结构域构象发生变化。在4个绵羊品种群体MTNR1A基因ExonⅡ处均可检测到T/C突变,其中阿勒泰羊和小尾寒羊中以TT基因型为主,T等位基因频率分别为C等位基因的3.4和11.2倍;在中国美利奴羊(军垦型)中则以TC基因型为主,TC基因型频率分别为TT和CC基因型的17.6和19.6倍;在湖羊中3种基因型的分布无明显差异。在阿勒泰羊群体中MTNR1A基因ExonⅡT/C突变位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),而在中国美利奴羊(军垦型)、湖羊和小尾寒羊群体中处于极度不平衡状态(P0.01)。【结论】在季节性繁殖的阿勒泰羊和中国美利奴羊(军垦型)及常年繁殖的湖羊和小尾寒羊群体MTNR1A基因ExonⅡ处均可检测到T/C突变,但该突变与绵羊的季节性繁殖性状无关联。  相似文献   

17.
为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。  相似文献   

18.
[目的]为脂联素基因作为脂肪沉积候选基因的研究提供依据。[方法]通过猪BAC文库筛选及引物步移法(primer-walking)的测序方法获得脂联素基因的启动子序列,具体步骤:通过已经发表的部分猪脂联素基因cDNA序列设计特异引物用于BAC克隆的筛选。以超级池DNA为模板进行第1次PCR反应,筛出含阳性克隆的超级池;以挑出的阳性超级池的3维池DNA为模板进行第2次PCR反应,根据阳性板池、列池、行池序号得到可能的阳性克隆号;依照阳性克隆号从工作文库中取出相应的BAC克隆,平板划线37℃倒置培养20 h。待菌落长好后,做菌体PCR鉴定,以确认克隆的正确性。将获得的BAC阳性克隆平板划线,37℃摇菌过夜培养,进行BAC的提取、纯化与酶切回收。先以M13引物向BAC两端测序,再以发表的cDNA序列外显子1设计测序引物采用primer-walking的方法,获得连续的DNA序列。采用PCR-RFLP技术对蓝塘猪、大花白猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个品种共290头猪的脂联素基因启动子区的多态性进行分析。[结果]脂联素基因的5′侧翼区-1 010 bp(G/A)的SNP位点,本地猪种中GG基因型频率明显高于外来猪种;-394 bp(T/C)的SNP位点,本地猪种基因型分布较为丰富,而在外来猪种中却没有检测到CC基因型,且外来猪中T等位基因频率较高。[结论]脂联素基因上游-1 010 bp(G/A)的SNP位点突变可能会引起该基因转录水平的改变,而-394 bp(T/C)的SNP位点与基因转录水平及与脂肪沉积可能无关。  相似文献   

19.
The study aims to analyze the distribution of the 313 bp indel (insertion/deletion termed as indel) in first intron of POU1F1 and it's association with reproduction traits in Sutai pigs by using the PCR-DSCP technique. The results showed that in this commercial pig population, the frequency of allele A was 0.6371, B was 0.3629; the genotype frequency of AA was 0.4516, AB was 0.3710, BB was 0.1774, and the Z2 test showed that the allele frequencies were in Hardy-Weinberg equilibrium. The SPSS GLM procedure was used to identify the association of the 313 bp indel with reproductive traits. In Sutai pigs, the pigs with AA genotype represented higher value in all reproduction traits, except for higher survival rate of piglets at weaning. Higher weaning weight was significantly associated with AA genotype pigs and higher survival rate of piglets at weaning was significantly associated with BB genotype (P〈0.05), but no significant differences in other reproduction traits among genotypes were found (P〉0.05); the P value of different traits affected by fixed factors were not significant as well (P〉0.05). The result indicated that although this 313 bp indel was significantly associated with the weaning weight and survival rate at weaning, no any association with major reproduction traits was observed in Sutai pigs.  相似文献   

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