用JoinMap~3.0初步构建小麦遗传连锁图

以普通小麦品种"望水白"与"Alondra"杂交并通过单粒传方法获得的含104个重组自交系(F7)的群体为作图群体,采用JoinMap~3.0软件初步构建了含有2个RAPD、109个SSR和105个AFLP多态性标记的小麦遗传整合图谱。该图谱的遗传总距离为1241.4cM,含有25个连锁群,已确认其中24个连锁群相应的染色体,除3D染色体外,其余20条染色体均构建了遗传连锁图。A、B、D3个染色体组的染色体平均长度分别为75.1cM、59.6cM和45.8cM,每个染色体平均分布的多态性标记分别为11.3、13.8和5.5个,标记间的平均间隔为5.7cM,仍有25.8%的多态性标记未能构建进遗传图谱。     

小麦ILs群体SSR分子标记遗传连锁图谱构建

【目的】为小麦回交导入系(introgression lines,ILs)群体(‘晋麦47’ב西峰20’)构建简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记遗传连锁图谱.【方法】通过小麦ILs群体160个株系对2 306对均匀分布在21条染色体上的SSR标记进行多态性筛选,利用筛选出的多态性SSR标记对该群体进行遗传多样性分析和遗传连锁图谱构建.【结果】该群体共筛选出442个多态性SSR标记,每个SSR位点平均遗传多样性指数(H′)为0.31,多态性信息量(PIC)为0.25.其中,B基因组和第Ⅲ同源群H′与PIC较高,而D基因组和第Ⅰ同源群较低.通过聚类分析,该群体160个株系可分为5大类群.利用多态性SSR标记构建了1套涵盖小麦21条染色体的遗传图谱,总长度5 857.39 cm,每条染色体的平均长度为277.27 cm,标记间的平均距离为13.25 cm.【结论】构建了1条可用于小麦复杂数量性状精细定位和分子标记辅助选择育种的遗传连锁图谱.     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）为主要作图标记,以微卫星（Simple Sequence Repeats ,SSR）和表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）为辅助标记,采用CP（Cross Pollinators）模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记（174个SSR标记、41个ESTSSR标记和345个SNP标记）,分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩（centimorgan,cM）,最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种（MAS）打下基础。     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)为主要作图标记,以微卫星(Simple Sequence Repeats,SSR)和表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)为辅助标记,采用CP(CrossPollinators)模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记(174个SSR标记、41个EST-SSR标记和345个SNP标记),分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩(centimorgan,cM),最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种(MAS)打下基础。研究亮点:首次以新型分子标记SNP为主要作图标记并以SSR标记为...     

基于90K芯片SNP标记的小麦遗传图谱构建及抗纹枯病QTL定位

为挖掘定位小麦抗纹枯病QTL,以莱州953×山农辐63的F_(2∶3)为作图群体,用Illumina Wheat 90K芯片检测F_2单株的基因型,并用QTL IciMapping 4.1软件绘制该群体的遗传连锁图谱;在自然发病条件下,鉴定分离群体的抗、感表型,利用QTL IciMapping 4.1进行抗纹枯病QTL定位分析。结果表明,构建的小麦遗传连锁图谱包含21个连锁群,覆盖了小麦的21条染色体,图谱总长度5 528.12 cM,平均图距5.25 cM;共检测到6个分布于小麦1A、1B、2A、3A、7A和7D染色体上的加性QTL位点,单个QTL的贡献率为3.24%～10.37%。该结果可为小麦抗纹枯病QTL精细定位与相关基因克隆奠定基础,也为小麦抗纹枯病分子标记辅助选择育种提供了理论依据。     

小豆SSR分子标记遗传连锁图谱构建

【目的】以小豆SSR为锚定标记,将公开发表的豇豆SSR、普通菜豆SSR和EST-SSR标记定位整合到小豆遗传连锁群中,构建中国小豆遗传图谱,为小豆基因定位、图位克隆和分子标记辅助选择育种提供更多可用的分子标记。【方法】用1 473对SSR和EST-SSR引物进行PCR扩增,包括906对豇豆SSR、123对普通菜豆和196对小豆SSR引物及248对普通菜豆EST-SSR引物,筛选亲本间多态性标记,验证栽培小豆HB801×AG109及GM892×AG110的F2分离群体。【结果】整合和构建了含有145个SSR和EST-SSR标记小豆遗传连锁图谱,包括59个小豆SSR标记,新增63个豇豆SSR、9个普通菜豆SSR、14个普通菜豆EST-SSR标记和1个茎色标记。紫茎色性状被定位在第9连锁群,离CEDG022和cbess058标记的遗传距离分别为0.9 cM和0.1 cM。图谱全长823 cM,覆盖11个连锁群,每个标记间平均距离为5.64 cM。每个连锁群长度为49.1—125.6 cM,平均长度74.82 cM;每条染色体上的标记数7—26个,平均13.27个。【结论】率先把小豆近缘物种分子标记引入小豆,加密了小豆SSR分子标记遗传连锁图谱。     

枇杷遗传连锁图谱的初步构建与分析

以枇杷‘早钟6号’和‘贵妃’杂交的56株 F1代群体为试材,应用Join-Map4．0作图软件初步构建含19个连锁群,94个遗传标记（23个 SSR 标记、28个ISSR 标记、42个 SRAP 标记和1个果肉颜色性状标记）的枇杷遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组849．0cM,连锁群平均长度为44．7cM,平均图距为9．1cM。每个连锁群包含2～16个标记,平均为4．9个标记。枇杷果肉颜色性状标记定位在第5连锁群上的S33-250和 UCB842-1000标记之间。     

番茄SSR遗传连锁图谱的构建及每序花数性状的QTL定位

以每序花数性状差异显著的栽培番茄与野生醋栗番茄杂交产生的F2为作图群体，应用SSR标记构建了番茄的遗传连锁图谱。图谱共包含120个标记,总长度为879．1cM，标记平均间距7．33cM。利用区间作图法在第2和第5染色体上检测到2个与每序花数有关的QTLs，其贡献值分别为5．22％和8．39％。     

小麦RIL群体遗传连锁图谱的构建及其多态性分析

以普通小麦重组近交系(recombinant inbred lines,RIL)‘Q9086×陇鉴19’为作图群体,利用SSR标记构建小麦遗传连锁图谱.结果表明:通过选用2 187对SSR引物筛选出RIL群体双亲表现多态性的引物共405对,多态性频率为18.52%.不同类型SSR标记多态性频率从小到大依次为Xpsp(4.4%)相似文献   

基于PCR技术的谷子分子标记遗传图谱构建

【目的】构建一张基于PCR技术的谷子分子标记遗传图谱。【方法】以谷子高146A和K103杂交自交F2分离群体为作图群体,以分布于谷子9条染色体上的81个SSR标记为主要参考标记,采用来自谷子、水稻、珍珠粟和高羊茅的SSR、STS、SNP、SV和ACGM标记共1 733个,在亲本间筛选多态性标记,并进一步在F2群体间进行验证,利用MAPMAKER VERSION 3.0软件进行连锁分析,采用MapDraw V2软件绘制遗传连锁图谱。【结果】构建了一张包含192个不同类型分子标记的谷子遗传图谱,新定位标记33个,其中32个来自谷子,另1个来自珍珠粟。遗传图谱包含9个连锁群,覆盖基因组全长2 082.5 cM,连锁群长度介于119.5-475.2 cM,平均长度231.39 cM,标记间平均距离10.85 cM,每个连锁群上的标记数介于10-37个。部分连锁群上标记存在偏分离现象,在定位的192个标记中,共有36个标记发生偏分离,占图谱总标记的18.75%,其中,在LG2、LG6和LG7上分别聚集分布了10、15和7个偏分离标记,出现了偏分离热点区域,而在LG1、LG4、LG5和LG8上仅有零星分布,LG3和LG9上则没有偏分离标记。对来自不同作物的分子标记在谷子上的可转移性分析发现,来自谷子的1 235个PCR标记中有205个标记在双亲及其F2群体间有多态性,多态率为16.60%,而来自珍珠粟、高羊茅和水稻的498个PCR标记,在该群体上仅发现1个多态性标记。【结论】利用不同物种中的分子标记构建了一张覆盖基因组长度为2 082.5 cM的谷子遗传连锁图谱,其分子标记主要来自于谷子。