基于ISSR分子标记的广西香蕉种质资源遗传多样性分析

[目的]采用ISSR分子标记对13份广西收集引进和选育的香蕉种质资源进行遗传多样性分析,为广西香蕉品种改良及枯萎病抗性育种提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性引物进行PCR扩增,利用PoPgen 1.32计算遗传多样性指数,DICE法计算遗传相似系数.利用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]共筛选出8条扩增产物条带清晰、多态性好的ISSR引物,利用其从13份香蕉种质材料中扩增出234条条带,平均每条引物扩增出29.25条条带,其中多态性条带229条,多态性比率97.86%,平均观察等位基因数(Na)1.9786、有效等位基因数(Ne)1.4023、Shannon多样性信息指数(I)0.2603、Nei's基因多样性指数(H′)0.4135.13份香蕉种质材料的遗传相似系数为0.50~0.90,其中,巴贝多与GK1的遗传相似系数最小,为0.50,抗枯1号与抗枯5号的遗传相似系数最大,为0.90.在遗传相似系数0.59处可将13份香蕉种质资源聚成四大组,其中第Ⅱ组在相似系数0.74处被分为a和b亚组.在遗传相似系数0.90处可将13份香蕉种质材料完全区分开.[结论]广西香蕉种质资源的遗传多样性非常丰富.利用ISSR分子标记可将遗传背景及形态特征不同的香蕉种质资源进行有效分类,可用于香蕉种质资源分类、亲缘关系鉴定及辅助育种等研究.     

新疆梨种质资源亲缘关系的ISSR和RAPD分析

[目的]探讨新疆梨种质资源亲缘关系以及遗传多样性,旨在为供试梨资源的分类提供科学依据.[方法]采用ISSR和RAPD分子标记对48份梨种质资源进行聚类分析和遗传关系研究.[结果]14条ISSR引物共扩增出113条清晰的谱带,其中101条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.19条RAPD引物共扩增出163条清晰的谱带,其中多态性谱带138条,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.基于ISSR和RAPD两种标记,利用UPGMA分别构建了48份梨资源的聚类树状图.ISSR和RAPD分别聚类以及两种标记混合聚类均将48份梨种质分为3类:第Ⅰ类群中包括1份种质;第Ⅱ类群中包括23份种质;第Ⅲ类群中包括24份种质.[结论]两种标记适合于梨种质资源亲缘关系和遗传多样性分析,可为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据.     

基于SRAP分子标记的不同种壳厚度油棕种质资源遗传多样性分析

[目的]分析不同种壳厚度油棕种质资源的遗传多样性及群体结构,为油棕种质资源的有效利用及新品种选育提供理论依据.[方法]选取厚壳种BM8和无壳种L2T对288对SRAP引物组合进行筛选,从中筛选出扩增条带清晰、稳定及多态性好的SRAP引物组合,利用其对46份不同种壳厚度的油棕种质材料进行多态性扩增,基于扩增结果,利用NTSYS 2.1的非加权组平均法(UPGMA)计算遗传相似系数并构建聚类图,利用POPGENE 1.32计算遗传多样性指数.[结果]从288对引物组合中共筛选出15对SRAP引物,利用其对46份油棕种质材料进行PCR扩增,共扩增出303条条带,其中多态性条带183条,平均每条引物扩增出12.2条,多态比率为60.4%.46份油棕种质材料的观测等位基因数(Na)为1.0982~1.3264,平均1.6024;有效等位基因数(Ne)为1.1092~1.15976,平均1.4803;Nei's基因多样性指数(H)为0.0572~0.1093,平均0.1937;I为0.0927~0.1648,平均0.3115.薄壳种油棕的遗传多样性指数与无壳种油棕较接近,且二者均高于厚壳种油棕,说明薄壳种和无壳种油棕的遗传多样性高于厚壳种油棕.厚壳种油棕与无壳种油棕的遗传一致度最小(0.7728),但二者间的遗传距离最大(0.2556).厚壳种油棕与薄壳种油棕间的遗传一致度最大,(0.8396),且二者间的遗传距离最小(0.1748).在遗传相似系数为0.59时,46份供试油棕种质被分为4个类群,其中,厚壳种油棕种质材料均分布在第I类群,薄壳种油棕种质材料(除Eg14分布在第I类群外)和无壳种油棕种质材料均分布在II、III和IV类群.[结论]46份油棕种质材料的遗传多样性整体较丰富,其中薄壳种油棕和无壳种油棕的遗传多样性较厚壳种油棕丰富,二者可作为优良育种材料进行亲本选配,选育出高产油率的油棕新品种.     

基于SCoT分子标记的48份杨桃种质遗传多样性分析

[目的]分析48份杨桃种质的遗传多样性,为杨桃种质资源的鉴定保护及开发利用提供理论依据.[方法]从60条SCoT引物中筛选出扩增条带清晰稳定、多态性丰富的引物,对从国内外收集的48份杨桃种质材料进行PCR扩增,统计分析电泳图谱,利用Popgene 1.32计算其遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数和遗传距离,利用UPGMA法进行聚类分析,并根据遗传相似系数进行主成分分析.[结果]从60条SCoT引物中筛选出的11条引物共扩增出115条条带,其中多态性条带102条,占总条带数的88.7%,每条SCoT引物扩增的总条带数(TNB)和多态性条带数(NPB)分别为10.45和9.27条,多态性比率(PPB)为70.00%~100.00%,平均为88.84%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.77、1.7758、0.4229和0.6061.48份杨桃种质间的遗传相似系数为0.4957~0.9217,平均为0.6841.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.6618处可将48份杨桃种质划分为三大类群,第Ⅰ类群均为甜杨桃种质,第Ⅱ类群以酸杨桃种质为主,第Ⅲ类群以甜杨桃种质为主.主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,均与杨桃的果实风味和种质来源高度相关.[结论]杨桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,且筛选获得的SCoT引物对杨桃种质资源有较高的多态性检测率,适用于杨桃种质资源鉴别及亲缘关系分析.     

24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析

[目的]了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析.[结果]从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条.供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61.UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群.类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县.[结论]24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源.     

基于SSR分子标记的68份柚类种质资源亲缘关系分析

[目的]用17对SSR引物对68份柚类种质资源进行遗传背景研究,推演其亲缘关系,为更好地利用这68份材料提供参考.[方法]17对SSR引物进行PCR扩增;用Power Marker V3.25软件计算观测等位变异数(Na)、有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农多样性指数(I)和引物多态信息含量(PIC);用Ntsys2.0计算材料间的遗传距离并进行聚类;用Structure2.3.4推导群体遗传结构.[结果]17对引物扩增出62条多态性条带,平均为3.6470条.计算得出这62个多态性标记位点的平均等位变异数Na为3.4706,平均有效等位变异数Ne为2.1523,平均观测杂合度Ho为0.4542.平均期望杂合度He和香农多样性指数I分别为0.4810和0.8482,多态信息含量(PIC)平均值为0.4198.在遗传距离0.36处将材料分成5个类群,结构分析中将材料分成4个组群,聚类分析和结构分析结果基本一致.[结论]所选材料具有丰富的遗传多样性,聚类和结构分析的结果能直观地了解这68份材料的亲缘关系,并对其中可能的同物异名品种进行筛选.     

基于ISSR分子标记分析新疆野杏遗传多样性

[目的]通过ISSR分析标记技术,分析新疆野杏种质资源的遗传多样性,为该资源的利用和保护提供理论依据和技术支持.[方法]利用ISSR分子标记对新疆伊犁霍城县大西沟的61份野杏单株进行遗传多样性分析.[结果]用21条引物对样品进行PCR扩增,共扩增出437条条带,其中多态性条带408条,多态性条带比率为92.46;.通过软件计算出有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数(Ⅰ)分别为1.577 5、0.334 1、0.499 0.引物平均多样性信息指数(PIC)为0.91.说明野杏的遗传多样性较为丰富.利用NTSYS-PC2.1软件进行UPGMA聚类,各个样品间的遗传相似系数在0.62～0.95.[结论]新疆霍城大西沟的野杏具有丰富的遗传多样性,遗传多态性比率达到90;以上,引物平均多样性信息指数(PIC)较高,接近1.61份野杏单株间的遗传相似度较高,亲缘关系较近.     

玉米种质材料遗传多样性的ISSR分析

[目的]利用ISSR分子标记分析越南北部山区当地玉米种质材料的遗传多样性.[方法]采用ISSR技术和10个引物对从越南和老挝北部山区3个省收集的21份玉米种质材料即12份普通玉米和9份糯玉米的遗传多样性进行分析.[结果]在21份玉米种质材料中可以检测到108个ISSR片段,其多态性为100%.ISSR引物的多态性信息量值为0.10~0.39,每条引物平均为0.24;分辨力为14.29~0.48,平均每条为4.48.除ISSR-TI以外,所有ISSR引物在13份玉米材料中均产生特异性片段.根据聚类分析结果,使用70%的遗传相似性作为切割点,建立了玉米种质材料系统树,21份玉米种质材料被分为3大类.不同玉米材料的相似系数为0.52~0.90.[结论]IssR标记可提供玉米种质遗传多样性信息,对越南玉米种质材料的收集、保护和育种具有重要作用.     

广西原产和引种荔枝种质资源的遗传多样性 分析及核心种质构建

[目的]利用SSR分子标记对广西荔枝种质资源进行遗传多样性分析并构建核心种质,为广西荔枝种质资源的保存、遗传改良及创新利用提供理论依据.[方法]以广西原产和引种的88份荔枝种质资源为研究对象,利用40对SSR引物对其进行遗传多样性和聚类分析,在此基础上按原始群体50.00%、25.00%和12.50%的取样比例,采用逐步聚类法优先选择性状优良材料的原则构建广西荔枝核心种质.[结果]40对SSR引物从88份荔枝种质资源中共扩增出282条清晰的条带,每对引物扩增条带数2~13条,平均7.05条,其中,多态性条带182条,每对引物扩增的多态性条带数1~13条,平均4.55条,每对引物扩增条带的多态性比率为14.29%~100.00%,平均64.54%.88份荔枝种质资源的遗传相似系数为0.83~0.96,说明其遗传多样性较低;在遗传相似系数0.86处,88份荔枝种质资源可分为七大类群,第Ⅰ~Ⅶ类群分别包含3、12、6、6、1、2和58份种质,其中第Ⅰ类群均为龙荔种质资源,第Ⅱ类群主要为早熟种质,第Ⅳ类群主要为早熟实生种质,表明荔枝种质间的亲缘关系与熟期存在一定的相关性.88份荔枝种质资源在40个SSR位点的平均观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon指数(I)和期望杂合度(He)分别为3.2750、2.1137、0.8092和0.5107.核心种质-1、核心种质-2和核心种质-3的种质资源数量分别为44、22和11份,其中,核心种质-2的Ne、I和He 3个遗传多样性参数均最高,分别为2.1774、0.8452和0.5271;仅核心种质-3的Na与原始群体存在极显著差异(P<0.01),3组核心种质的其余遗传多样性参数与原始群体无显著差异(P>0.05),表明核心种质-1和核心种质-2均能充分代表原始群体的遗传多样性,根据核心种质构建的原则,最终选择核心种质-2作为广西荔枝核心种质.[结论]SSR分子标记是一种适用于荔枝资源遗传多样性分析和核心种质构建的理想分子标记.广西荔枝种质资源遗传背景相对较窄,遗传多样性较低,今后应加强荔枝种质资源的引进与利用.     

肾茶种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带。在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段。87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88~0.98,显示出栽培种的遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类。结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值。