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1.
为了解传染性支气管炎病毒S1基因遗传变异情况,用鸡胚传代、血凝特性检测、传染性支气管炎病毒(Infectiousbronchitisvirus,IBV)膜蛋白(Membrane,M)基因检测等方法对保定地区鸡群分离的9株病毒进行了鉴定,并对其S1蛋白基因进行了遗传变异分析。结果表明:9株分离毒接种鸡胚尿囊液直接血凝均为阴性,间接血凝和IBV M基因检测均呈阳性。9株IBV分离毒S1蛋白基因编码区长1 608/1 611/1 620 nt,分别编码536/537/540个氨基酸;与27株IBV参考毒株间的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为59.8%~99.3%和49.2%~98.9%。9株分离毒S蛋白裂解位点模式为HRRRR/HRRKR/HRHRR。9株分离毒均属于Ⅰ群中的LX4型IBV,与疫苗毒YX10D90vaccine株亲缘关系较近,与疫苗毒LDT3-A、4/91vaccine、Ark99、J9、Connecticut vaccine、H120株等亲缘关系较远,与疫苗毒Georgia 1998 Vaccine株亲缘关系最远。本研究结果可为传染性支气管炎防控提供有益参考。  相似文献   

2.
为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征,参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物,应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发生关系分析,并对M蛋白的二级结构和跨膜区进行预测。结果表明,8个IBV分离株间的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸同源性分别为92.3%~99.8%和95.4%~100%,分离毒株与参考毒株的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸序列同源性分别为87.4%~99.5%和89.4%~99.5%;分离毒株与参考毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100氨基酸肽段区,其他的部分主要是β-折叠和无规则卷曲结构;分离毒株的M蛋白均包含有3个跨膜区。表明IBV分离株M蛋白在基因序列和二级结构上相对保守。  相似文献   

3.
根据GenBank中已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因,设计并合成了1对引物,采用RT-PCR技术扩增鸡传染性支气管炎病毒河南分离株(HN0501)S1基因,并进行克隆和测序.结果表明,所克隆的片段大小为1739 bp,包含S1基因和部分S2基因,S蛋白切割识别位点序列为RRSRR.序列比较分析发现,IBV HN0501株S1基因与澳大利亚N1株、吉林JAAS株S1基因核苷酸同源性分别为99.6%,99.8%,氨基酸同源性均为99.3%,而与其它支气管炎病毒株核苷酸同源性为66.4%~85.2%.通过IBV S1基因系统进化分析,结果发现HN0501株与N1株、JAAS株的亲缘关系近,而与其它支气管炎病毒株的亲缘关系均较远.进一步证实IBVHN0501株为IBV肾型株.  相似文献   

4.
采用Vero细胞从甘肃2008-2009年疑似犬瘟热感染病犬体内分离到8株病毒,通过RT-PCR方法扩增M蛋白基因初步鉴定所获得毒株均为犬瘟热病毒(CDV)。进一步通过RT-PCR方法扩增分离株的N蛋白基因,并进行序列分析。结果表明,8株分离株均为CDV,它们之间N蛋白基因的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为98.4%~99.7%、98.3%~99.6%;8株CDV分离株的N蛋白基因和TN、A75/17相应序列的核苷酸同源性分别为98.5%~99.5%、97.0%~98.0%,推定的氨基酸同源性分别为98.3%~99.2%、98.7%~99.8%;8株CDV分离株N蛋白基因和疫苗株(Onderstepoort和Snyder Hill)的相应序列的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为93.0%~94.0%、96.8%~98.3%。根据N蛋白基因所建立的遗传系统发育树可知这8株CDV分离株与TN的亲缘关系较近,而与疫苗株处于不同的分支上。说明从甘肃分离的CDV野毒株和TN由同一毒株演化而来,与疫苗株亲缘关系较远。  相似文献   

5.
利用RT-PCR技术成功扩增出5株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)分离株M基因全长cDNA,并将其克隆到pGEM-T Easy载体上,获得M基因的重组质粒。序列分析表明,5株IBV分离株间的M基因核苷酸同源性为89.0%~100.0%,与参考毒株核苷酸同源性为85.7%~99.3%;在M蛋白遗传进化树中,5株IBV分离株分居3个群;分离毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100个氨基酸残基的肽段区,其他的部分主要是β-折叠和无规则卷曲结构,表明IBV分离株M蛋白在基因序列和二级结构上相对保守。  相似文献   

6.
鸡传染性支气管炎病毒W株膜蛋白基因的分子特征   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)W株膜蛋白基因的分子特征。【方法】根据GenBank中已发表的鸡传染性支气管炎病毒M基因序列,设计并合成1对特异性引物,利用RT-PCR技术成功扩增了IBV河南地方分离毒株W株M基因全长片段,然后进行克隆、测序,并与GenBank中发表的11株国内外参考毒株进行比较分析。【结果】获得的W株M基因全长为681 bp,编码M蛋白226个氨基酸残基,其N端的前60 nt为前导序列,近N端含有2个潜在的N-糖基化位点;3个跨膜区域分别位于21~37,45~68,74~94 aa处,在171~176,183~193 aa处有2个潜在的抗原位点,且M蛋白上有9个高度保守的半胱氨酸;与参考毒株相比,IBV-W株M基因的核苷酸同源性为88.2%~92.7%,推导的氨基酸同源性为91.1%~95.6%;M蛋白的突变主要发生在前16位氨基酸,其中第2位缺失1个氨基酸,第3~6位连续插入4个氨基酸,第8~9位缺失2个氨基酸,第14~16位的3个氨基酸发生连续突变,其他位点的氨基酸变异为点突变,M蛋白核苷酸序列的变异主要表现为静默突变,亲水区较疏水区更易变易;在系统发生进化树中,W株与BJ株处于同一个小的分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株的亲缘关系较远。【结论】推测W株可能是一个新的变异株。  相似文献   

7.
鸡传染性支气管炎病毒山东株的遗传变异分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用RT-PCR方法对1株传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV)Chicken-SD-E-04的S1和N基因进行扩增、克隆测序.通过序列分析发现:该分离株的N基因相对较为保守,与参考毒株的氨基酸同源性在87.1%~91.2% ;从N基因的遗传关系树上分析显示Chicken-SD-E-04与其他多数分离株间及疫苗株的遗传距离较远.而就S1基因而言,分离株与参考毒株的氨基酸同源性在73.2%~80.1% ;从S1基因的遗传关系树上分析发现Chicken-SD-E-04与疫苗株的遗传距离较远,且处于不同的分支上.其结果说明这株山东分离株具有明显的地域性;而且也从分子水平上证实了目前山东流行毒株与传统疫苗株的遗传距离较远.  相似文献   

8.
【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)澳大利亚T株S1基因全序列。【方法】采用RT-PCR技术,对IBV T株S1基因进行扩增、克隆和测序。【结果】测序结果表明,IBV T株S1基因大小为1 739 bp。与Gen-Bank中的29株IBVS1基因进行比较发现,IBV T株与吉林疫苗株(JAAS)S1基因核苷酸同源性为99.8%,有4个核苷酸的差异,其中有3个碱基发生非同义突变,氨基酸同源性为99.4%;与其余28株IBVS1基因核苷酸同源性为73.8%~84.4%,氨基酸同源性为66.8%~85.9%。进化分析发现T株与JAAS株之间的亲缘关系很近,与其他IBV株的亲缘关系均较远。【结论】JAAS株是T株的变异病毒,IBV T株的变异病毒在我国存在。  相似文献   

9.
为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,对5株PEDV安徽流行株M基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果表明,5株PEDV安徽流行毒株M基因的全长均为681 bp,编码226个氨基酸,核苷酸同源性为99.1%~99.9%,其与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性为96.9%~100%。进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株的亲缘关系较近。  相似文献   

10.
为研究鼬科动物犬瘟热病毒(CDV)毒株的变异特性,对来自不同地区的貉、狐、貂的5个CDV分离株(其中HD-m、LN-m为貂源,HTp-r、THD1-r为貉源,HB-f为狐源)和1个CDV国内弱毒疫苗株(vCh)的N基因和部分H基因进行了核苷酸测序,并构建系统发生树.结果表明,5个分离株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,而N基因为94.5%~99.8%.vCh与5个分离株的H基因和N基因核苷酸序列同源性普遍较低(H基因:90.5%~91.8%;N基因:90.9%~93.5%),而与国外疫苗株vCon和vOnder的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%.分离株之间H蛋白氨基酸同源性差别不大(97.1%~100%),而N蛋白氨基酸同源性差别较大(91.6%~100%).5个CDV分离株与vCh疫苗株H蛋白和N蛋白同源性均普遍较低,H蛋白为89.7%~91.8%,N蛋白为92.8%~96.8%.vCh与vOnder、vCon有很高的同源性,其H蛋白氨基酸同源性分别为97.1%和95.6%,vCh与vOnder N蛋白氨基酸同源性达97.3%.结果显示,最近犬瘟热的流行和免疫失败现象的发生与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关.  相似文献   

11.
不同H9N2亚型鸭流感病毒NS1基因克隆和功能进化分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
禽流感病毒(AIV)在高免疫压力情况下会发生变异而逃避免疫系统的监视。其NS1蛋白共有230个氨基酸,其中前73个氨基酸残基以二聚体形式存在,包含了所有RNA的结合活性。NS1的氨基端1—73位是mRNA的结合区,氨基端1—100位是双股RNA依赖性蛋白激酶(PKR)的结合区。PKR抗病毒作用机制如下:病毒侵染宿主细胞时,在宿主干扰素的诱导下,双股RNA与PKR结合,同时真核翻译启动子α亚单位发生磷酸化,导致PKR的激活。激活的PKR能同时抑制宿主细胞和病毒mRNA的翻译,从而最终抑制入侵病毒在细胞中的有效繁殖和扩散。  相似文献   

12.
鸡传染性支气管炎病毒变异株DB4的分离鉴定   总被引:3,自引:0,他引:3  
从东北养鸡场分离到DB4鸡传染性支气管炎病毒毒株,对其进行了动物回归、生物学特性、电镜观察与S1基因的序列分析等研究。结果表明:DB4能够凝集鸡的红细胞,形态为典型的冠状病毒粒子,鸡胚半数感染量为10^-6.7 EID50,动物回归感染死亡鸡肾脏病变明显,表现肾脏肿大、花斑肾,DB4毒株S1基因由1620个核苷酸组成,推导的多肽由540个氨基酸残基组成,氨基酸切割识别位点序列为HRRRR,序列分析发现:DB4与国内疫苗株YM_W93和标准株M41氨基酸同源性分别为77.2%和77.3%,确定该分离毒株为致肾脏病变的变异型IBV。  相似文献   

13.
采用RT-PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒(IBV)M 41株的全长S1基因,并将其片段连接到pGEM-T载体,经酶切、PCR及序列测定表明,获得的S1基因ORF全长为1 659 bp,与G enB ank上公布的IBV M 41 S1基因序列一致。将S1基因与真核表达质粒pVAX 1连接,构建重组真核表达质粒pVAX 1-S1。将重组质粒转染COS-7细胞,采用间接免疫荧光检测转染细胞S1蛋白的表达。同时以重组质粒免疫小鼠,可诱导产生特异性针对IBV S1蛋白的抗体(P<0.01)。这为鸡传染性支气管炎新型基因工程疫苗的研制奠定了基础。  相似文献   

14.
【目的】明确犬源H9N2亚型流感病毒的分子变异特征及致病性,为今后探究流感病毒的禽—犬跨种传播机制提供科学依据。【方法】从流浪犬中分离H9N2亚型流感病毒,利用RT-PCR扩增其8个基因节段进行BLAST同源比对,然后基于国内外的22株参考毒株进行遗传进化分析,并通过小鼠滴鼻感染试验评估分离毒株的致病性。【结果】从采集的393份犬鼻拭子样品中分离获得1株H9N2亚型流感病毒,命名为A/canine/Guangxi/LZ11/2018(简写为LZ11)。分离毒株LZ11为三重组毒株,其中,HA、NA和NS基因属于BJ/94类谱系,PB2和M基因属于G1类谱系,PB1、PA和NP基因属于F/98类谱系;病毒基因组成属于近年我国广泛流行的S基因型。分离毒株LZ11的HA蛋白在第324~331位存在1个裂解位点(PSRSSR↓GL),符合低致病性流感病毒的特征;HA蛋白还出现226Q→L突变,具有优先结合人类α-2,6唾液酸受体的能力;NA蛋白在119E、151D、276E、292R和294N未发生突变,但M2蛋白出现31S→N突变,说明分离毒株LZ11仍对神经氨酸酶抑制剂敏感,但已对金刚烷胺类药物产生耐药性;聚合酶蛋白出现多个哺乳动物适应性相关的氨基酸位点突变,包括PB2蛋白的292I→V、PB1蛋白的368I→V及PA蛋白的409S→N和356K→R。分离毒株LZ11虽然未引起小鼠出现典型的临床症状,但可在肺脏和上鼻窦有效复制,病毒滴度分别为3.82和5.98 lg PFU/mL。【结论】分离获得的犬源H9N2亚型流感病毒属于近年流行的S基因型,其8个基因节段分属于3种谱系(BJ/94类谱系、G1类谱系和F/98类谱系),且存在多个哺乳动物适应性相关氨基酸位点突变,具备感染哺乳动物的分子特征,可在小鼠脏器内有效复制。鉴于人类与宠物犬的密切关系,今后应加强对犬源H9N2亚型流感病毒的监测与防控。  相似文献   

15.
为了研究外源基因H5亚型血凝素基因插入到NDV后对重组LaSota毒株在组织中对NDV病毒分布的影响,用构建的rL-F(M)-FHA和rL-FHA与亲本毒株重组LaSota野毒株(rLaSota)经滴鼻、点眼免疫SPF雏鸡,分别在免疫后1 d、3 d、5 d、10 d、15 d和18d后采集病料(气管、肝脏,肺脏、肾脏、大脑、脾脏、腺胃、十二指肠),利用免疫组化染色方法检测病毒在机体内的分布。H5亚型血凝素基因的插入对NDV病毒分布、病毒在组织中出现时间有很大影响,而F基因突变株的变化也是影响病毒分布、病毒在组织中出现时间的主要因素。  相似文献   

16.
H9N2亚型禽流感病毒M基因的克隆及序列分析   总被引:5,自引:5,他引:0  
从鸡胚尿囊液中提取H9N2亚型禽流感病毒的RNA,根据已发表的A型流感病毒(AIV)的核苷酸序列,设计一对特异引物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)成功地扩增了AIV的M基因。将M基因的cDNA克隆后进行了序列测定,测序结果表明所扩增的1 192 nt片段包含了完整的M基因的两个开放阅读框。核苷酸序列比较分析结果表明:该毒株与A/Hong Kong/1073/99(H9N2)、A/Duck/Hong Kong/380.5/2001(H5N1)、A/Duck/NY/191255-79/02(H5N2)相比,核苷酸序列的同源性在92.2%~96.1%之间,其相对应的氨基酸序列的同源性在91.7%~96.3%之间。  相似文献   

17.
利用生物软件对猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株非编码区及结构蛋白所含的生物学信息进行了分析。结果显示,SC-Y株与TGEV其他参考毒株(Miller M60、Miller M6、Purdue、Purdue P115、PUR46-MAD、TS)5′UTR的二级结构差异显著,预测结构蛋白特性显示,N蛋白没有跨膜区域、糖基化位点及信号肽序列,属于非分泌性蛋白。在4种结构蛋白中,N蛋白的氨基酸变异率最低,为2.14‰。与MillerM60株、Miller M6株和TS株相比,SC-Y株S基因第1 123~1 128位核苷酸缺失6个碱基(AATGAT),在sM基因核苷酸第163~165位,SC-Y株比TFI株和FS772/70株多出3个碱基(ATT)。  相似文献   

18.
一株H1N1猪流感病毒的进化分析与分子特征   总被引:2,自引:1,他引:1  
【目的】了解猪流感病毒的分子流行病学,为动物流感的防控提供科学依据。【方法】将猪的鼻拭子接种鸡胚进行病毒分离,对血凝试验阳性的样品在SPF鸡胚上进一步纯化、增殖,采用RT-PCR对分离毒株的全基因组进行扩增,使用Applied Biosystems 3500x L Genetic Analyzer进行序列测定,利用DNASTAR软件对测序基因片段进行整个阅读框的核苷酸序列同源性比对分析,并用MEGA 6.0绘制遗传进化树及分析氨基酸位点。【结果】分离毒株A/swine/Zhejiang/245/2013(SW/ZJ/245/13)为H1N1亚型病毒,核苷酸的分析结果发现该分离毒株的8个基因片段均与中国近期分离的H1N1亚型流感病毒高度同源,属于类禽型猪H1N1的进化分支,没有出现不同基因型流感病毒片段之间的重组。分离株HA蛋白的裂解位点序列为IPSIQSR↓G,具有典型低致病力流感病毒的分子特征;HA蛋白5个抗原位点区域与其同源性最高毒株完全一致,表明抗原性未发生改变;HA蛋白受体结合位点中190 D以及225 E,表明SW/ZJ/245/13与SA-α-2,6-Gal受体有较强的结合能力,而SA-α-2,6-Gal受体普遍存在于哺乳动物宿主(猪和人)上呼吸道中;HA共有6个潜在糖基化位点,其中4个(N27、N40、N212和N291)位于HAl区,2个(N498和N557)位于HA2区;NA有7个潜在糖基化位点,其中4个(N50、N58、N63和N68)在链接区,其他3个(N88、N146和N235)在结构域;PB2蛋白具有271T、627E和701N的氨基酸组合;M2蛋白发生抗药位点S31N的突变。【结论】类禽型H1N1猪流感病毒的持续存在和不断变异,提示应加强猪流感的监测,为动物流感的防控提供重要的科学依据。  相似文献   

19.
为了解鸭源H4N6亚型禽流感病毒A/duck/Shanghai/Y20/2006(DK/SH/Y20/06)的来源、特征及其分子演化规律,进一步丰富水禽流感病毒的基因库,对该病毒8个基因片段分别进行了扩增和序列测定,利用分子生物学软件对测序结果进行序列分析,并与GenBank登录的相关病毒进行了遗传演化分析。结果表明,DK/SH/Y20/06的HA基因切割位点附近的氨基酸序列(PEKASR↓GLF)符合低致病力AIV的特征,其分子遗传演化关系属于欧亚分支;NA基因与A/mallard/Yanchen/2005(H4N6)在同一分支内,核苷酸序列同源性为98.3%;而PB2、PB1、NP、PA基因与目前在国内流行的H6亚型禽流感病毒关系密切;M基因与A/environment/Korea/CSM05/2004(H3N1)处于同一分支;而NS基因与A/wild duck/Korea/YS44/2004(H1N2)同源性最高。且DK/SH/Y20/06的8个基因与美洲H4N6亚型AIV分离株均不处在同一遗传进化分支上,相互之间遗传关系较远。可见,DK/SH/Y20/06可能是由H4N6、H6N2、H6N5、H3N1和H1N2等不同亚型来源的基因在鸭体内经过复杂重组演变的一株重组病毒。  相似文献   

20.
李春红  董玉龙 《安徽农业科学》2009,37(18):8375-8376
据GenBank收录的H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因序列设计并合成引物,以H9N2亚型禽流感病毒RNA为模板,用R1PCR方法扩增了预计约1700bp的HA基因,将此扩增产物克隆进pMD18-T载体,采用限制性酶切及序列测定鉴定阳性重组克隆子结果表明HA基因长为1683bp。基于HA信号肽在表达中的负作用,研究通过基因工程手段缺失HA蛋白位于起始的信号肽的编码户列,获得了缺失HA蛋白信号肽的HA基因,将其亚克隆到pGEX-KG中,与GST融合表达。SDS-PAGE显示:融合表达的蛋白分子量乡为90kDa。  相似文献   

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