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相似文献
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1.
王竹林  刘曙东  奚亚军 《安徽农业科学》2014,(31):10858-10860,10863
以分子标记技术为基础的作物数量性状基因(QTL)的研究成为目前作物遗传育种研究的热点。QTL定位的基本原理是分析标记基因型和数量性状值之间的连锁关系。进行QTL定位通常需要适当的分离群体,群体的表型数据,群体的基于分子标记的基因型数据,然后统计分析所有的标记基因型和表型的关系,从而在全基因组上确定所有可能的数量性状在染色体上的位置及效应。QTL分析软件winQTLCart2.0使用程序包括:数据准备、软件运行、基因(QTL)定位和分析、制图。QTL定位分析的新方法关联分析利用不同基因座等位变异(基因)间的连锁不平衡关系,进行标记与性状的相关性分析,以达到鉴定特定目标性状基因(或染色体区段)的目的,关联分析大大提高了目标性状基因或者相关QTL的挖掘和定位。  相似文献   

2.
分子基因组分析技术的应用使猪遗传差异的检测方法发生了巨大变化。近年来,遗传学家们致力于探讨包含未知遗传标记和已知基因的基因图谱。此外,比较基因组图谱的研究也有助于寻找有潜在商业价值的基因。这些基因图谱的内容足以用于数量性状位点(QTL)的连锁分析。对QTL进行连锁分析涉及基因组扫描技术,基因组扫描通常需两个世代或回交家系的表型及基因型资料(从基因组甚至基因组间的大量标记得到)。  相似文献   

3.
王怡悦  刘红  徐姚 《南方农业学报》2022,53(10):2701-2713
【目的】构建凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,并对生长相关性状进行QTL定位,筛选出生长性状相关候选基因,为后续开展凡纳滨对虾分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供理论依据。【方法】以耐低盐选育凡纳滨对虾为父本,厄瓜多尔野生凡纳滨对虾为母本,单尾交配,以2个亲本及150个F1代个体为作图群体,通过2b-RAD测序挖掘SNP分子标记并构建遗传连锁图谱;结合生长性状表型数据,使用MapQTL 6.0在构建的遗传连锁图谱上对体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高等13个生长相关性状进行QTL定位。筛选QTL区间SNP分子标记附近的基因,经GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,挖掘生长相关候选基因;并采用实时荧光定量PCR检测候选基因在凡纳滨对虾不同组织及不同群体间的表达情况。【结果】构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱包括3136个SNPs标记,分布在44个连锁群上;总图谱全长为5430.54 cM,平均图距为1.73 cM。生长性状QTL定位共产生79个生长性状相关QTLs,LOD范围为3.00~11.04,可解释的表型变异范围为9.0%~28.8%。根据GO功能注释及KEGG信号通路富集分析结果,最终筛选出4个生长相关候选基因(TOB2、CRAT、CCT6、KLF4)。4个候选基因在凡纳滨对虾各组织中均普遍表达,且CCT6、KLF4和TOB2基因在耐低盐选育家系群体中的相对表达量均高于常规的凡纳滨对虾群体,其中CCT6基因表达差异达显著水平(P<0.05)。【结论】基于2b-RAD技术构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱鉴定出79个与生长性状相关的QTLs,并筛选出4个与凡纳滨对虾生长性状相关的候选基因(CCT6、KLF4、TOB2和CRAT)。可见,以2b-RAD技术结合QTL定位能高效、快捷挖掘出凡纳滨对虾生长性状相关候选基因,为开展分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供技术支持。  相似文献   

4.
DNA分子标记已广泛应用于植物遗传连锁图谱构建,烟草分子标记遗传连锁图谱的构建始于2001年,已经构建了4张SSR分子标记遗传连锁图。较高密度的分子图谱能有效地应用于烟草不同栽培类型若干数量性状的基因定位、基因图位克隆、比较基因组学和分子标记辅助育种等研究。因此,进一步构建烟草不同栽培类型高密度的遗传连锁图具有重要意义。  相似文献   

5.
分子标记可用于构建遗传连锁图,分析控制数量性状的遗传位点数目、数量性状基因座在染色体上的分布以及每个基因座对性状的效应和整体效应,研究杂种优势的遗传机制。分子标记与育种结合,可能以较高精度和速度鉴定,转移和整合目的基因,也可用于以对数量性状的操作。同时也为作物种质资源的保护、发掘和利用,作物种属起源、进化和亲缘关系的研究提供了有效手段。  相似文献   

6.
介绍了应用于花生的主要分子标记类型及其种质资源的遗传多样性、指纹图谱、抗性基因的标记和遗传连锁图构建等,并综述了SSR引物的数量。  相似文献   

7.
数量性状的表型变异受到大量效应微小的遗传位点和诸多环境因素的共同作用,但在数量性状的遗传研究领域,关于不同遗传位点之间加性效应与上位效应相对重要性的认识却存在着分歧。近年来,伴随着全基因组关联分析在人类及家养动物数量性状研究中的发展,在全基因组关联分析的框架内进行上位效应遗传位点的检测越发受到重视。文章以遗传力失踪问题为出发点,首先综述了标记-QTL连锁分析和GWAS框架下传统上位效应遗传位点的检测方法,然后对基于表型方差同质性检验和广义线性混合模型方法的上位效应统计推断以及混杂因素的处理方法进行了总结与梳理,旨在为数量性状全基因规模上位效应的相关研究提供理论参考。  相似文献   

8.
数量性状基因座与动物育种   总被引:2,自引:0,他引:2  
近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型操作奠定了基础。本文就有关数量性状基因座的理论、基因图谱的构建、QTL的定位以及QTL与动物育种的关系展开了论述。  相似文献   

9.
[目的]探索苦瓜农艺性状遗传多样性及核心种质遗传关系。[方法]以141份苦瓜种质资源为研究材料,对13个农艺性状进行遗传多样性分析,另外,以46份苦瓜核心种质为研究对象,分别基于5个农艺性状的表型值和基因型值进行种质亲缘关系比较分析。[结果]农艺性状遗传多样性分析结果表明:苦瓜种质资源4个质量性状的遗传多样性指数变幅为0.46~1.34,9个数量性状的遗传多样性指数变幅为4.90~4.94,其中9个数量性状数据分布较为分散,变异系数平均值为20.02%。[结果]核心种质亲缘关系分析结果表明:分别基于5个数量性状的表型值和基因型效应值计算苦瓜种质间的遗传距离,两种分析结果存在一定偏差。基于基因型值分析结果表明不同种质间遗传距离变幅为0.84~10.71,在聚类重新标定距离为8.5时,46份苦瓜核心种质被分为17个类群,进一步明确了不同种质间的亲缘关系。[结论]该研究结果为苦瓜核心种质的有效利用和新品种选育奠定了坚实的基础。  相似文献   

10.
苦瓜农艺性状遗传多样性及核心种质亲缘关系分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
[目的]探索苦瓜农艺性状遗传多样性及核心种质遗传关系。[方法]以141份苦瓜种质资源为研究材料,对13个农艺性状进行遗传多样性分析,另外,以46份苦瓜核心种质为研究对象,分别基于5个农艺性状的表型值和基因型值进行种质亲缘关系比较分析。[结果]农艺性状遗传多样性分析结果表明:苦瓜种质资源4个质量性状的遗传多样性指数变幅为0.46~1.34,9个数量性状的遗传多样性指数变幅为4.90~4.94,其中9个数量性状数据分布较为分散,变异系数平均值为20.02%。[结果]核心种质亲缘关系分析结果表明:分别基于5个数量性状的表型值和基因型效应值计算苦瓜种质间的遗传距离,两种分析结果存在一定偏差。基于基因型值分析结果表明不同种质间遗传距离变幅为0.84~10.71,在聚类重新标定距离为8.5时,46份苦瓜核心种质被分为17个类群,进一步明确了不同种质间的亲缘关系。[结论]该研究结果为苦瓜核心种质的有效利用和新品种选育奠定了坚实的基础。  相似文献   

11.
Seventy-one glandless cotton germplasm resources were firstly evaluated genetically by using nine agronomic traits, 33 simple sequence repeat (SSR) primers and ten amplified fragment length polymorphism (AFLP) primer combinations. Principal component analysis (PCA) of the agronomic traits showed that the first six principal components (PCs) explained a total of 86.352% of the phenotypic variation. A total of 329 alleles were amplified for 33 SSR primers, and 232 polymorphic bands in a total of 389 bands were obtained by using ten AFLP primer combinations. The average polymorphic information content (PIC) value was 0.80 and 0.18 for SSR primers and AFLP primer combinations, respectively. The DIST (average taxonomic distance) and DICE (Nei and Li’s pairwise distance) coefficients ranged from 0.373 to 3.164 and 0.786 to 0.948, respectively, for agronomic traits and SSR&AFLP data based on UPGMA analysis. This suggested that there was a higher diversity in the evaluated population for both agronomic traits and molecular markers. The Mantel’s test showed that the correlation between the dendrograms based on agronomic traits and SSR&AFLP data was non-significant.  相似文献   

12.
杨树分子标记研究进展   总被引:18,自引:2,他引:16  
该文介绍了在杨树育种中常用的三种分子标记 :RFLP ,RAPD和AFLP ,并综述了其在杨树指纹图谱、遗传图谱构建和数量性状基因定位等方面的研究进展 .  相似文献   

13.
桃果实非酸/酸性状分子标记的筛选   总被引:6,自引:0,他引:6  
以桃品种‘京玉’、‘美味’的正反交F1代群体69株为试材,采用RAPD、AFLP技术与BSA相结合的方法筛选与桃果实非酸/酸性状连锁的分子标记。在筛选的301个RAPD引物中,只有引物S332在两基因池间产生的多态性片段与非酸性状连锁,但重组率高达28.9%。通过128对AFLP引物组合在两基因池间的分析结果表明,18对引物组合产生多态性。单株验证结果表明,只有3对引物组合E-ACT/M-CAT、E-TA/M-CTC和E-AT/M-CTA产生的多态性片段与果实非酸/酸性状连锁,连锁距离分别为16.2、1.47和2.99 cM。利用获得的连锁标记,构建D/d基因连锁群,连锁距离最近的2个标记AFTA-CTC、AFAT-CTA分别位于D/d基因位点两侧。  相似文献   

14.
节瓜分子遗传图谱的构建与始雌花节位性状定位   总被引:2,自引:0,他引:2  
【目的】构建节瓜分子遗传图谱,标记始雌花节位性状基因,为建立相关分子标记辅助育种体系、克隆雌性相关基因和转基因提供理论依据。【方法】以节瓜全雌系K36及弱雌系G4组配得到的115个F2单株为群体,利用AFLP、RAPD和SRAP标记技术构建节瓜的分子遗传连锁图谱,并定位始雌花节位性状基因。【结果】该图谱共包含13个连锁群,涉及93个AFLP标记、16个RAPD标记、35个SRAP标记。该图谱覆盖基因组1651.9cM,标记间平均距离为11.47cM。利用QTL Network2.0分析,检测到3个控制始雌花节位的QTL位点:fn1、fn2和fn3,其中fn1位于连锁群LG1上,fn2和fn3位于LG6上。这些QTL位点对雌花节位性状表型变异的贡献率分别为62.54%、0.2%、37.39%。【结论】本研究首次构建了节瓜的分子遗传图谱,并定位了3个控制始雌花节位性状的QTL位点,为进一步克隆雌性相关基因及分子标记辅助选择育种提供科学依据。  相似文献   

15.
Peel color is an important breeding objective for eggplant. Dark purple and purplish red are the most common colors in commercial eggplant cultivars. A co-dominant amplified fragment length polymorphism (AFLP) marker which was associated with the peel color (each in coupling phase to dark purple and purplish red) was found in studying the genetic diversity in 58 eggplant accessions (contained cultivars and wild relatives). The maker bands were sequenced and converted to SCAR marker, this polymorphism in sequence was from an inserted/deleted (indels) mutation. And DNA from 136 eggplant materials (inbred lines, F1, and wild relatives) were amplified with the designed SCAR primers as template, high correlation between the SCAR marker and peel color (dark purple and purplish red) was found. Then, bulked line analysis (BLA) combined with AFLP was further used to identify polymorphic fragments, and another six AFLP markers were tested and verified to be associated with peel color, which demonstrated that BLA was an useful method for identifying molecular markers of interested traits. In conclusion, these markers will facilitate the MAS (maker-assisted selection) of eggplant breeding for peel color.  相似文献   

16.
采用5个PstⅠ/MseⅠ引物组合对来自2个籼稻品种H359和Acc8558的重组自交系(RI,F7代,131个系)群体进行了扩增片断长度多态性(AFLP)分析,并对AFLP的多态性程度、AFLP标记的染色体分布及分离比例进行了研究.在AFLP分析中,共检测到98个多态性带,其中78个定位到连锁图中,并分布在所有的12条染色体上,表明AFLP是一种高效的分子标记,可与RFLP标记结合应用于遗传图谱的构建和基因定位.  相似文献   

17.
Hashemi, a popular aromatic rice among Iranians, is famous for its fragrance and taste. Such features are major reasons for its higher price compared to non-aromatic varieties available in Iran. Therefore, the knowledge of genetic diversity of this profitable crop is a fundamental ineterst for plant breeders in future breeding programs. In the present research, genetic diversity among 35 genotypes of Hashemi aromatic rice(Oryza sativa L.) from Guilan and Mazandaran provinces of Iran was estimated using simple sequence repeat(SSR) and amplified fragment length polymorphism(AFLP) markers. Out of 21 SSR and 12 Eco RI-Mse I AFLP marker combinations, only 16 SSRs and 10 AFLPs exhibited polymorphic patterns while others were monomorphic. The 10 AFLP primer combinations produced a total of 142 of bands and 20 were polymorphic(14.08%). Moreover, 40 out of 47 bands amplified with 16 SSR markers showed polymorphism(85.1%). The average number of alleles identified by SSR primers was 2.56 alleles per locus with a range of 2 to 4. The average value of polymorphic information content(PIC) was 0.393 and 0.468 for AFLP and SSR markers, respectively. However, the genetic similarity values ranged from 0.26 to 1 for SSRs and 0.21 to 1 for AFLPs. Later, a unweighted pair group method with arithmetic mean(UPGMA) dendrogram was generated and genotypes were clustered into four groups with SSRs at similarity coefficient of 0.55 while AFLPs clustered them into six groups at similarity coefficient of 0.41. Cluster analysis revealed a narrow genetic diversity and low correlation between geographical differentiation and genetic distance within cultivars.  相似文献   

18.
西瓜枯萎病菌生理小种1抗性基因连锁标记开发   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】开发与栽培西瓜枯萎病菌生理小种1抗性基因Fon-1紧密连锁的分子标记,为开展西瓜抗枯萎病分子辅助育种提供技术支撑。【方法】以栽培西瓜抗枯萎病品种Calhoun Gray为父本,感病品种Black Diamond为母本杂交获得的F2分离群体为供试材料,采用BSA法对Fon-1基因进行区间定位。依据11份栽培西瓜重测序信息,获取位于定位区间内的候选SNP位点。针对候选SNP位点设计CAPS/dCAPS标记,通过F2代分离群体和种质资源验证上述标记与Fon-1基因的连锁关系。【结果】通过BSA法,将Fon-1基因定位于1号染色体15 cM区间内。利用候选SNP位点信息,开发3个CAPS/dCAPS标记7716_fon、7419_fon和4451_fon,F2代分离群体以及164份西瓜育种材料验证显示,上述3个标记与Fon-1基因的连锁距离分别为0.8、1.0和2.8 cM。【结论】利用栽培品种Calhoun Gray的抗性遗传机制,开发的3个CAPS/dCAPS标记可以有效区分栽培西瓜对枯萎病菌生理小种1的抗病、感病性,为栽培西瓜品种枯萎病菌生理小种1抗性基因快速应用于栽培品种枯萎病抗性改良建立有效的技术手段。  相似文献   

19.
【目的】豆象是危害豇豆最主要的仓储害虫。发掘豇豆抗豆象基因为抗性品种的选育,以及减少豆象对豇豆生产的危害奠定基础。【方法】以中豇1号(感)和Pant-lobia-1(抗)为亲本构建的包含282个株系的RIL群体为研究材料,利用人工接种法分别对282个株系接种绿豆象和四纹豆象,进行抗豆象表型鉴定,并利用两亲本对3 992个来源于绿豆、小豆和豇豆的SSR标记进行多态性筛选,然后利用筛选到的多态性标记对282个株系进行基因型分析,最后结合RIL群体各株系抗豆象表型鉴定数据和基因型分型数据,采用完备区间作图法(ICIM-ADD)进行抗豆象QTL定位分析,在此基础上构建遗传连锁图谱,并定位豇豆抗豆象基因。【结果】中豇1号和F1籽粒的被害率均为100%,Pant-lobia-1籽粒的被害率分别为22.5%和42.5%。推测Pant-lobia-1对绿豆象和四纹豆象的抗性均为隐性遗传;筛选到182个多态性标记,利用这些多态性标记构建了一个包含11个连锁群的豇豆遗传连锁图谱,图谱总长1 065.23 cM,相邻标记间平均遗传距离为5.85 cM;经2种豆象处理,分别在连锁群1和连锁群5上检测到2个稳定的QTL位点,暂定名为vubr1-1vubr5-1,其中vubr1-1位于标记XD11-44和HAAS_VR_2274之间,标记间的遗传距离为7.6 cM,在2种豆象处理中分别可以解释表型变异的7.16%和6.92%;vubr5-1位于标记XD1-14和CP185之间,标记间的遗传距离为2.90 cM,在2种豆象处理中分别可以解释表型变异的6.96%和6.37%。【结论】构建了一个包含11个连锁群、182个多态性标记的豇豆遗传连锁图谱,检测到2个与抗豆象相关的QTL位点。  相似文献   

20.
Blood and tissue samples were collected from 105 goats including 60 Boer goats (30 for eachsex), 30 Xuhuai goats (15 for each sex) and 15 Haimen goats (7 stud and 8 does). DNA was extracted andDNA pools were constructed on the basis of goat breeds. In 36 selective primer combinations, 29 combinationsamplified totally 3 253 markers including 92 polymorphic markers by amplified fragment length polymor-phism (AFLP). On average, 3.17 polymorphic markers were amplified per combination, with a polymorphicfrequency of 2.8%. The primer combinations amplifying more polymorphic markers (showed in brackets)were involved in E00+ACG/M00+CAA (13), E00+ACG/M00+CAG (10), E00+AAC/M00+CAC (8)and E00+AAC/M00+ACT (7). A total of 183 markers including 60 polymorphic markers were amplified byRAPD from the pooled DNA of three breeds using 22 primers with strong polymorphism and high reproduc-ibility selected from 93 RAPD primers. On average, 2.73 polymorphic markers were amplified per primer,with a polymorphic frequency of 32.8%. The results of AFLP and RAPD coincidently suggested that the ge-netic distance is the closest between Xuhuai and Haimen goat, next between Xuhuai and Boer goat, and the far-thest between Haimen and Boer goat. According to the UPGMA method, Haimen and Xuhuai goats can begathered together as a cluster, then Boer goat. Both methods can be used to implicate the genetic difference ofthese three breeds, in particular AFLP has more polymorphic markers.  相似文献   

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