BPI基因生物信息学分析及其在不同 猪群体中的遗传变异情况

[目的]明确猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因中可能存在的SNP位点,并探讨BPI基因外显子10在上海地区5个猪群体中的多态性及其与抗病相关的优势基因型,为揭示BPI基因在仔猪腹泻抗病机制中的作用及开展猪抗病育种提供理论依据.[方法]采用在线生物信息学软件分别从碱基序列、SNP位点和蛋白氨基酸序列等角度比对分析猪BPI基因全长cDNA序列与电子克隆序列的差异,采用PCR-RFLP检测分析猪BPI基因外显子10的多态性,并检测BPI基因外显子10在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪群体中的基因型及基因频率.[结果]猪BPI基因电子克隆编码区(CDS)序列长度1452 bp,编码483个氨基酸,存在44个SNP位点,其中22个为同义SNP位点、22个为非同义SNP位点.猪BPI基因全长cDNA序列(EF436278.1和FJ810853.1)与电子克隆序列相比存在14处碱基差异,而对应的翻译蛋白序列存在4处氨基酸差异.猪BPI基因外显子10存在AA、BB和AB 3种基因型,各基因型在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体中的分布情况各不相同.在杜洛克猪群体中AA基因型和AB基因型呈中度多态分布(0.404和0.416),BB基因型检出比例较低(0.180);在长白猪和申农猪群体中均未检测出AA基因型,BB基因型检出比例较高,而AB基因型检出比例较低;在大白猪和梅山猪群体中均以BB基因型检出比例较高,AB基因型次之,AA基因型检出比例最低.总体来看,除了杜洛克猪群体的A等位基因频率较高外,其他4个猪群体均以B等位基因频率较高.[结论]猪BPI基因外显子10 AA基因型频率在杜洛克猪群体中最高,在大白猪和梅山群体中较低,在长白猪和申农猪群体中未检出,即AA基因型在杜洛克猪群体中比例高与其仔猪腹泻发病率低的情况一致.因此,在大白猪和梅山猪育种过程中需提高AA基因型比例,而在长白猪和申农猪育种过程中需引进AA基因型个体,降低BB和AB基因型比例,以增加仔猪的抗病能力.     

山西白猪SLA-DQB基因多态性与生产性状的关联分析

采用PCR-RFLP法对山西白猪SLA-DQB基因外显子2多态性和生产性状的关联分析进行了研究.结果表明,山西白猪SLA-DQB基因外显子2经HaeⅢ酶切后产生5种等位基因(A,B,C,D和E),6种基因型(AA,BB,CC,EE,AC和CD);最小二乘分析结果表明,EE基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重,同AA和CC型比较差异显著(P0.05),3种基因型在初生重的大小排列顺序为CCAAEE;28日龄体重、6月龄重和6月龄体尺等基因型间差异不显著(P0.05).从生产性状看,本研究中EE基因型是优势基因型.因此,推测SLADQB基因对个体的初生重存在一定的影响.     

贵州白香猪FSHß基因多态性与产仔数的关联分析

运用PCR-SSCP技术和直接测序技术,对贵州白香猪的FSHß基因编码区3个外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与产仔数的关联性。结果在贵州白香猪FSHß基因外显子2中发现1个多态位点,对于初产母猪,AB基因型母猪比AA基因型母猪的产仔数多2.57头（P<0.05）;在外显子3中发现1个多态位点,对于初产母猪和经产母猪,AB基因型母猪比BB基因型母猪的产仔数分别多2.97头和2.08头（P<0.05）。B等位基因为优势等位基因。研究表明,FSHß基因可以作为贵州白香猪产仔性状改良的分子标记基因。     

OPN基因多态性与猪繁殖性状相关分析

研究长白猪、大白猪、杜洛克猪及槐猪的骨调素(OPN)基因多态性及其与猪繁殖性状的关系.研究表明:OPN基因在6136 bp处发生同义突变(C→A),发现大白猪、长白猪和槐猪群体中存在3种OPN基因型(CC、CA和AA),而在杜洛克群体中仅发现AA型.在槐猪群体中,CC、AA型初产母猪个体的总产仔数(TNB)均显著高于CA型(P<0.05),不同基因型初产母猪的产活仔数(NBA)差异均不显著(P>0.05);CC、AA型经产母猪个体的TNB均极显著高于CA型(P<0.01),CC型经产母猪的NBA极显著高于CA型(P<0.01),AA型经产母猪的NBA显著高于CA型(P<0.05),但无论是初产母猪还是经产母猪,CC型和AA型的TNB和NBA差异均不显著(P>0.05).在大白猪、长白猪和杜洛克猪群体中,OPN基因对其TNB和NBA均无显著影响(P>0.05).     

藏猪IGF I基因外显子4和IGF II基因内含子7 PCR-RFLP分析

藏猪为我国高原特色的原始小型猪种,其生长发育速度缓慢.本研究采用PCR-RFLP技术检测藏猪IGF I基因外显子4和IGF II基因内含子7酶切多态性.结果发现藏猪IGF I基因exon4-PCR-Hha I-RFLP出现AA、AB和BB 3种基因型,AA基因型频率较高,为66.07%;等位基因A和B频率分别为80.36%和19.34%.藏猪IGF II基因intron7-G162C位点全部为GG基因型,intron7-C179G位点全部为CC基因型.藏猪这2个基因的基因型分布与国内外其他猪种表现差异,这可能与其生长速度慢有关.     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

CBG基因外显子Ⅱ SNPs对猪背膘厚和肌肉颜色的影响

本试验采用PCR-SSCP检测方法研究猪CBG基因外显子Ⅱ在金华×皮特兰F2资源家系猪群中的DNA多态性,发现了3 种基因型(GG CC、GG CG和AA GG).对纯合子个体测序检测,发现在CBG基因第二外显子内存在2个多态位点(G149A和G157C),其中G149A位点的单核苷酸替换导致CBG基因相应位置编码的氨基酸发生变化,由缬氨酸(Val)变为异亮氨酸(Ile).对金华×皮特兰F2资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定,并分析了不同基因型对猪背膘厚和肌肉颜色的遗传效应,结果显示:GG CC基因型猪的6~7肋骨背膘厚以及a﹡值分别比AA GG基因型猪的高0.31 cm和0.73 cm,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的b﹡值分别比AA GG基因型和GG CG基因型猪的高0.66和0.93,差异显著(P＜0.05);GG CG基因型猪的c﹡值分别比GG CC基因型和AA GG基因型猪的高6.57和7.40,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的h﹡值比AA GG基因型猪的低4.58,差异显著(P＜0.05).     

猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性与胴体和肉质性状的关系

【目的】研究猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性对猪胴体和肉质性状的遗传效应。【方法】以金华×皮特兰资源家系F2代猪为研究材料,用PCR-SSCP方法检测猪HGD基因第14外显子的多态片段,并分析了猪HGD基因型间胴体和肉质性状的差异。【结果】发现了3种基因型(CC、CT和TT)。对纯合子个体测序检测发现,在猪HGD基因第14外显子序列EF011080 143 bp处存在C→T的单核苷酸变异,这一变异导致相应的蛋白质序列中脯氨酸(Pro)到丝氨酸(Ser)的替换。在试验猪群中,等位基因C的频率比等位基因T高,为78.3%;CC基因型个体占多数,达67.3%;适合性χ2检验表明,该座位在金华×皮特兰资源家系F2代猪群体中处于非遗传平衡状态。CT基因型猪腿臀重分别较CC和TT基因型猪高0.33和0.45 kg(P<0.05);CT基因型猪臀背膘厚、眼肌面积、肌肉粗蛋白含量和眼肌电导率分别较CC基因型猪高0.31 cm,3.29 cm2,0.73%和1.38(P<0.05);CT基因型猪的眼肌pH45、腿臀肌肉pH45和腿臀肌温度分别较CC基因型猪低0.26,0.23和1.21℃(P<0.05)。【结论】HGD基因可能是影响猪胴体、肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。     

OB基因对安徽4个地方品种猪产仔性能的影响

利用现代分子标记技术寻找影响猪产仔数的标记基因座,为应用标记辅助选择培育高繁殖率猪的品种或品系提供依据。试验采用PCR-SSCP技术检测了安徽4个地方品种猪(安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪、定远黑猪)OB基因第2、第3外显子的多态性,同时探讨该基因对安徽4个地方品种猪产仔性能的效应。结果显示：①安徽4个地方品种猪的OB基因外显子2上没有检测到多态性突变位点,而在外显子3上两对引物的扩增片段均存在多态性突变位点;经克隆测序分析发现,外显子3在3 469 bp处存在T→C突变,在3 714 bp处存在G→T突变,但这两个突变位点均属于同义突变。②T3469C突变位点上检测到AA、AB、BB 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因A基因频率分别为0.617 6、0.637 3、0.527 3、0.609 6;G3714T突变位点上检测到CC、CD、DD 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因的C频率分别为0.705 9、0.578 4、0.663 6、O.637 0;A、C等位基因占主导地位。③最小二乘分析表明,T3469C和G3714T位点上3种基因型对4个地方品种猪在头胎产活仔数和经产产活仔数上的效应均为BB＞AB＞AA、DD＞CD＞CC。初步推断OB基因可能是影响安徽地方猪产仔性状的候选基因之一或该基因与主基因相连锁,因此可以用该标记位点对安徽地方猪产仔性状进行标记辅助选择。     

黔北黑猪BF基因遗传多态性分析

运用PCR及测序技术对黔北黑猪的BF基因进行了检测,并对该基因核苷酸序列进行分析.结果表明:第16外显子45 bp处发生A→C碱基突变,命名为:BF-exon 16-A45C,产生3种基因型:CC型、AA型、AC型.3种基因型中,AA基因型频率为0.6875,CC基因型频率为0.125,AC基因型频率为0.1875.基...