棉花黄萎病菌ITS序列的获得及系统进化分析

为探明从河南安阳棉区分离的棉花黄萎病菌的系统进化关系,利用真菌内转录间隔区通用引物ITS1和ITS4对来自安阳地区的棉花黄萎病菌内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增,得到542bp大小的片段,经过克隆、测序和在GenBank中进行BLASTN分析,证明了该片段来自大丽轮枝菌的ITS区,也进一步证明该棉花黄萎病菌是大丽轮枝菌。同时,对该序列在NCBI的GenBank进行了登记,登记号为EU835817。利用该ITS序列与GenBank中搜索到的黄萎病菌ITS序列一起构建了相应黄萎病菌的系统进化树,在进化树上所搜索到的13个大丽轮枝菌都聚类到一个进化枝上,而且中国报道的植物黄萎病菌,包括安阳地区黄萎病菌在内的3个大丽轮枝菌在进化树上处于相邻的位置,表明:这3个菌可能具有相同的起源。这些结果有助于理解棉花黄萎病安阳菌株的进化地位,该ITS序列还可以应用于棉花黄萎病安阳菌株的特异分子鉴定。     

棉花黄萎病菌的遗传多样性

阐明了棉花黄萎病的病原菌为大丽轮枝菌及其分类依据。从致病力分化、营养体亲和性分析、DNA分子指纹图谱比对等3个方面,对棉花黄萎病菌遗传多样性的研究进展进行了较为全面的综述。并对棉花黄萎病致病型与DNA分子标记多态性之间不存在显著相关性的原因进行了讨论。     

分离自棉花的轮枝菌“种”的鉴定

【目的】已知引起植物萎蔫病的轮枝菌有5个“种”,本研究旨在澄清在中国引起棉花黄萎病的轮枝菌的“种”类。【方法】从中国12个省84个县分离获得310个轮枝菌菌株,采用生物学性状观察和分子鉴定相结合的方法,对其进行“种”的鉴定。【结果】298株均产生黑色微菌核和轮枝状分生孢子梗,为典型的大丽轮枝菌,另有12个菌株培养性状较为特殊（不产生微菌核,出现黑色菌丝或厚壁孢子）,经温度敏感试验、PCR特异扩增及ITS序列进一步鉴定,2株被确定为变黑轮枝菌,其它10株被确定为大丽轮枝菌,没有出现黑白轮枝菌。【结论】在中国三大棉区,棉花黄萎病主要是由大丽轮枝菌引起的。但在长江流域和黄河流域棉区均分离到1株变黑轮枝菌,其在棉花黄萎病发生过程中的作用及其与大丽轮枝菌的互作还有待进一步研究。     

棉花黄萎病菌遗传多样性的ISSR分析

【目的】利用ISSR分子标记技术,对不同地理来源的棉花黄萎病菌株进行分子指纹分析,以了解其遗传关系。【方法】选用25条引物,对来自于我国11个省(市、自治区)的28个棉花黄萎病菌株进行分子指纹分析,研究各菌株间的遗传相似性。【结果】从25条ISSR随机引物中筛选出9条多态性好、条带稳定的引物,用其对28个棉花黄萎病菌株进行扩增,共获得1 989条谱带,其中1 908条为多态性条带,多态性比率为95.9%,表明ISSR标记对棉花黄萎病菌具有较高的多态性;通过对棉花黄萎病菌ISSR遗传相似系数的统计与分析,得到其相关系数r=0.88,该r值介于0.8和0.9之间,表明进化树符合较好,故将ISSR标记应用于棉花黄萎病菌的遗传多样性分析,具有较高的一致性和可信度。ISSR多态性与棉花黄萎病菌的落叶型有一定的相关性,而与菌落形态类型、地理来源未表现出相关性。【结论】供试的不同地理来源的棉花黄萎病菌株遗传相似性较高,基因多样性较低,且ISSR多态性与地理来源未表现出相关性。     

中国主栽银耳配对香灰菌的系统发育和遗传多样性

【目的】了解中国主栽银耳配对香灰菌的分类地位及遗传多样性,为香灰菌资源利用和育种提供分子生物学依据。【方法】采用18S-28S rDNA间隔区(ITS4/ITS5)的PCR扩增和内部简单重复序列多态性(ISSR)分子标记,对中国主栽银耳配对香灰菌的遗传多样性进行分析。【结果】16株供试菌株ITS序列分析表明,供试菌株与Annulohypoxylon stygium关系最为接近,同源性高达99%。从70个ISSR引物中筛选出了11个多态性好的引物,共获得62条ISSR标记。以相关系数0.7为阈值,将16株菌划为5个遗传组,菌株间遗传差异较大,遗传多样性较高。【结论】中国主栽银耳地区的香灰菌遗传资源较为丰富,这为利用香灰菌资源选育新品种提供了可能。     

大丽轮枝菌在茄子及番茄上的致病力分化

自江苏、山东、四川、辽宁、河北及内蒙古等省(自治区)的棉花、茄子、辣根,蚕豆等18种植物上分离的大丽轮枝菌,在温室条件下,测定了对茄子、番茄幼苗的致病力分化。根据接种21天的病株率、30天的病情指数、45天的枯死株率和症状类型,大丽轮枝菌对茄子的致病力强、中、弱划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型;在番茄上测定结果多数菌株不引起侵染,或只是较弱的致病力。     

江苏省水稻纹枯病菌遗传多样性分析与致病力研究

通过ISSR(简单序列重复区间)标记技术,针对87株水稻纹枯病菌菌株的遗传多样性进行了聚类分析。从9个随机引物中筛选出3个重复性好、特异性高的ISSR引物,PCR扩增共产生76个ISSR分子标记,其中96.05%的片段具有多态性,表明水稻纹枯病菌菌株个体间存在较大的遗传变异,具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果显示测试菌株被分成了7个遗传聚类群,ISSR遗传聚类组群的划分与菌株的地理来源有一定的相关性。菌株生长速率和致病力的测定结果表明,菌株的致病力差异与菌株来源、DNA条带的多态性及遗传聚类群的划分并无明显相关,而与菌丝的生长速率存在中等程度的正相关性。研究结果对今后利用代表性菌株进行水稻抗纹枯病的种质资源筛选以及抗病品种的合理布局提供了参考。     

吉林省大丽轮枝菌培养性状与遗传特性及致病性分析

茄子黄萎病发生在门茄坐果后,是危害茄子生产的重要病害.茄子黄萎病由大丽轮枝菌引起,为深入研究吉林省大丽轮枝菌的群体遗传变异,对分离自吉林省的36株大丽轮枝菌进行培养性状观察、遗传特性分析和致病性鉴定.大丽轮枝菌菌株在PDA培养基上培养14 d后形成菌核型、中间型2种菌落形态,其中83.3％的为菌核型,16.7％为中间型,未分离得到菌丝型菌株.利用PCR技术检测大丽轮枝菌的Ave1无毒基因、致病类型、交配型.结果表明,36株大丽轮枝菌均不含Ave1无毒基因,致病类型均为非落叶型,交配型均为MAT1-2.选取6株大丽轮枝菌进行致病性鉴定,结果表明,6株大丽轮枝菌均可不同程度引起茄子黄萎病,其中2号大丽轮枝菌菌株致病力最强,4号菌株致病力最弱.研究结果可为茄子抗黄萎病育种和针对性制定茄子黄萎病防控方法提供技术支持.     

乌昌地区马铃薯黄萎病菌分离与鉴定

[目的]对新疆乌鲁木齐及昌吉多个马铃薯产区范围内的马铃薯黄萎病菌进行分离和鉴定,明确其种类和分布.[方法]采用常规分离培养法分离、纯化菌株,参照Koch's法则回接验证,对确认为马铃薯黄萎病菌的菌株进行形态学鉴定和ITS序列分子鉴定.[结果]引起本地马铃薯黄萎病的病菌有两种:黑白轮枝菌(Verticillium albo-atrum Reinke & Berthold)和大丽轮枝菌(V.dahliae Kleb.),其中,大丽轮枝菌分布范围相对较广,是引起马铃薯黄萎病的主要病原.[结论]明确了乌昌地区马铃薯黄萎病的致病菌株的种类,并获得菌株为开展相关研究奠定基础.     

值得注意的病害—落叶型棉花黄萎病

<正> 关于我国棉花黄萎病菌“种”的鉴定,许多学者认为是大丽轮枝菌(Verticilliumdahliae)。迄今为止,尚未发现黄萎轮枝菌(V.albe-atrum)。这二种轮枝菌在世界各地广泛分布,大丽轮枝菌是引起棉花黄萎病的主要致病种。早在五十年代,我国已发现棉花黄萎病菌的不同菌株存在着致病力的差异。以后王清和、邓先明、姚耀文分别报道了山东、四川省和其它八个省(区)的棉花黄萎病菌的致病力分化情况。他们所述的强、中、弱不     

ISSR Marker and ITS Sequence Study of Melampsora Larici-populina

To compare the differences in intertranslation space of ribosomal DNA （ITS） of Melampsora larici-populina, between the isolates from China and isolates from other countries, this study investigated ITS sequences and ITS polygenetic tree based on 11 isolates that were collected from 5 races in different parts of China. The results indicated that there was no difference among the ITS sequences of 11 isolates from China. The ITS sequence of isolates from China was more homogeneous with that of isolates from Britain compared with France, Germany, and Canada. Intersimple sequence repeat （ISSR） markers were also used to study the genetic division of Melampsora larici-populina, and the results showed that the 11 tested isolates could be divided into Western population and Northern population. Genetic diversity index of race C2 was significantly different from that of races C4, C3, and C1, and no significant differences were observed among the other races. Pathogenicity division of races must not harmonize with their genetic division, except race C2. The ITS region is conservative, and ITS sequence is not fit for studying the differences that existed among the races. ISSR marker can be used for intraspecies population study, and Melampsora larici-populina in China can be divided into two populations.     

松杨栅锈菌的ITS序列和微卫星分析

【目的】比较和分析中国松杨栅锈菌与国外该菌在ITS序列上的差异和中国该菌种内群体分化状况。【方法】对来自中国不同地域的松杨栅锈菌的5个生理小种11个菌系核糖体ITS序列和微卫星序列多态性进行了研究。【结果】中国菌系同英国菌系ITS序列同源性高（99.8%），同法国、加拿大、德国的菌系同源性略低（99.5%），中国菌系间ITS序列完全相同。ISSR标记表明，供试的11个菌系可区分为西部、北方两大菌群。小种C2同C4、C1、C3小种遗传多样性差异显著，其余小种间无显著差异。小种分化与遗传分化不一定相符，C2小种在遗传上表现单一。【结论】该菌ITS序列高度保守，不适合种下阶元划分，各菌系ITS序列无显著差异。ISSR标记适合该菌种内群体遗传分析，中国松杨栅锈菌存在西部和北方两大菌群。     

ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用

利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量(PIC)变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。     

苹果轮纹病菌种内遗传多样性研究

 【目的】分析苹果轮纹病菌(Botryosphaeria berengeriana)的遗传多样性并确认其优势类群。【方法】对采集分离的64个菌株进行形态特征和致病性测定,对部分菌株的进行了ITS序列测序,采用ISSR分析这些菌株的遗传多样性。【结果】通过形态特征和致病性明确了所分离的64个菌株是苹果轮纹病菌。17个菌株ITS序列与贝格伦葡萄座腔菌(Botryosphaeria berengeriana de Not f. sp. piricola(Nose) Koganezawa et Sakuma)的序列一致,并且被分成两个类型H1和H2。用13条ISSR引物从64个菌株中扩增出121条条带,其中88条多态性条带,多态性比率为72%。64个菌株的遗传相似性从0.44到0.99,并且被分成2个ISSR类群,类群1包含21个菌株、类群2包含43个菌株。【结论】本研究中贝格伦葡萄座腔菌的遗传多样性与菌株的地域、症状以及分离部位没有相关性。苹果轮纹病菌被分成2个ISSR类群,类群2是优势类群。     

一种鸡腿菇病害病原菌的分离及鉴定

从莒县鸡腿菇种植区采集到表现鸡爪症状的样品,分离得到病原菌分离物RZ,采用改良的CTAB法提取其基因组总DNA,利用真菌通用引物ITS1/ITS4扩增其rDNA ITS区域序列,扩增产物纯化克隆后转化大肠杆菌DH5α,挑选阳性克隆进行测序。将获得的序列进行同源性比对和构建系统进化树,发现RZ分离物与GenBank中Bionectria ochroleuca 2个分离物聚为一簇,ITS的核苷酸一致率均为99.17%,从分子水平上证明该分离物为淡色生赤壳菌(B.ochroleuca)。     

根肿病菌核糖体基因ITS区段的克隆测序及其在检测中的应用

 应用真菌核糖体基因ITS区段通用引物ITS1和ITS4,对十字花科蔬菜根肿病菌（Plasmodiophora brassicae）rDNA进行PCR扩增,并将扩增到的目的片段克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行测序和碱基编码结构特点分析,结果表明:十字花科蔬菜根肿病菌ITS1区长141 bp,5.8 S区长160 bp,ITS2区长187 bp,rDNA总长为488 bp. 根据此序列设计一对根肿病菌特异性寡聚核苷酸引物（前引物:5’AGG TGA ACC TGC GGA AGG AT 3’和后引物:5’TTC AGC GGG TAA TCC TAC CT 3’）,应用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction, PCR）技术,对分离自十字花科蔬菜（白菜、青菜、甘蓝、芥蓝、花椰菜等）根肿病菌全基因组DNA进行特异性扩增试验。试验结果表明,该对引物能从十字花科根肿病菌全基因组DNA中扩增到约500 bp长度的分子片段,而对照菌株和健康对照则无扩增产物。该实验结果对有效追踪根肿病菌在田间的发生动态监测和预测预报提供了重要的信息和手段。     

番木瓜棕榈疫霉核糖体DNA-ITS序列分析

采用真菌核糖体转录间隔区通用引物ITS1和ITS4,PCR扩增了2株分离自广州的番木瓜疫霉菌(Phytoph-thorasp.)的核糖体基因ITS序列,并对PCR产物进行了克隆测序.供试菌株C0506071、C0506072分别克隆出814 bp、830 bp的序列,两菌株ITS序列间的相似同源率为99.62%.将供试菌株的ITS序列与GenBank中登陆的20株疫霉菌株的ITS序列进行聚类分析,结果表明,供试菌株与GenBank注册的AF467093、AJ517463聚在同一分枝上,均为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora),其他不同的疫霉种聚在不同的分支上,系统学关系较远.这表明分离自广州的2株番木瓜疫霉菌为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora).     

ISSR分子标记及其在树木遗传育种研究中的应用

在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域存在的问题,并提出今后的研究方向。     

明党参和川明参种间遗传分化和系统关系的分子标记和ITS序列分析

    为了阐明明党参(Changium smyrnioides)和川明参(Chuanminshen violaceum)种间遗传分化和系统关系,利用RAPD、ISSR和ITS序列分析方法对明党参和川明参不同居群,以及芹亚科(Apioideae)6个族的一些代表种进行研究.RAPD和ISSR分析表明,明党参与川明参种间在全基因组水平出现明显的遗传分化.ITS序列分析则表明,明党参的6个居群在ITS序列上稍有差异,ITS-1的GC含量为58.3%～59.2%,ITS-2的GC含量为54.3%～56.6%.ITS-1的长度范围为215～219 bp,ITS-2的长度范围为224～227 bp.川明参与明党参种间的ITS序列也出现明显分化.芹亚科6个族一些代表种的ITS序列系统发育分析结果支持明党参置于美味芹族(Smyrnieae Koch)的分类地位.在ITS系统树上,川明参与明党参为姐妹类群的置信度为100%,因此,提出将川明参置于美味芹族的分类学处理.     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析(英文)

[Objective] The study aimed to identify Alternaria Nees. from some areas of China at molecular level by analyzing the rDNA ITS sequence.[Method] The DNA sequences coding for the 5.8S rDNA and the flanking internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) were amplified by PCR with universal primers ITS4 and ITS5 and subsequently sequenced for 34 Alternaria isolates from different areas of China.[Result] Sequences analysis showed that 5.8S rDNA was 159 bp and no variation in tested 34 isolates. There had variables sites in ITS. The isolates that had same sequences as A.tenuissima or A.alternata all put up eurytopicity to area and host. The variables sites of the isolates showed the diversity of Alternaria in the hosts of Oleaceae, Rosaceae and Solanaceae. At the same time that ITS could not clearly separated the isolates was indicated. The results indicated that the phylogenetic relationship were not closely related to the geographical origin and hosts of these isolates.[Conclusion] The sequence analysis of ITS region could provide theory basis for the identification of Alternaria Nees..