SSR分子标记鉴定小豆F1真假杂种

SSR分子标记以其含量丰富、多态性高、共显性等优点,被广泛应用于多种作物F1代的真假杂种和种子纯度的鉴定。本文对43个杂交组合的123个小豆F1代材料,利用亲本多态性SSR标记,鉴定出真杂种66个,SSR标记可以有效地应用于小豆杂交F1代真假杂种鉴定。     

SSR分子标记在花生杂种鉴定中的应用

以24份花生材料为亲本,配制22个杂交组合,并利用40对SSR引物对24份亲本材料进行多态性筛选,运用多态性引物鉴定92个F1代杂种的真伪.结果表明,不同组合亲本间多态性差异较大,差异最大的两亲本(GT-C20-D和Tamrun OL07)的多态性引物比例为65%.SSR标记法鉴定出49个单株为真杂种;而田间表型鉴定出62个单株为真杂种,与标记鉴定结果差异较大.本研究证实利用分子标记鉴定真假杂种非常必要,且准确可行.同时,本试验证明40对SSR引物具有较高的多态性,可直接用于花生遗传多样性、杂种鉴定以及遗传图谱构建等的研究.     

SSR标记鉴定绿豆F_1杂种试验

以冀绿9号、中绿10号、晋绿豆3号等6个绿豆品种作为亲本,配制6个杂交组合。通过SSR分子标记技术对亲本进行初筛,结果得到了5个条带清晰、差异明显的SSR标记引物;然后利用这5个标记对杂种F1进行鉴定,从43个F_1杂种中鉴定出26个真杂种,17个假杂种,与田间鉴定结果一致。说明通过SSR分子标记技术鉴定绿豆真假杂种可行,而且所需时间短、效率高。     

利用SSR标记鉴定花生杂交F_1代真假杂种

以抗青枯病花生品种日花1号、山东省花生研究所选育的高油酸花生品种花育662和高产大花生品种花育9610为亲本正、反交获得的F_1代种子为材料,利用微卫星(SSR)标记技术鉴定真杂种;从候选的50对SSR引物中筛选得到在亲本中有稳定、清晰多态性位点的引物5对,对杂种F_1代进行鉴定。结果表明,四个杂交组合共鉴定出30粒真杂种,并得到形态学鉴定结果的确认。     

中国南方区试花生品种的遗传多样性分析

[目的]揭示我国南方花生品种的SSR标记遗传多样性,明确品种间的亲缘关系,为今后花生品种的遗传改良提供分子依据.[方法]通过100对SSR引物分析了54份中国南方花生区试品种的遗传多样性,并进行聚类分析,同时通过品种系谱分析其中21份南方花生区试品种的亲本来源.[结果]有47对供试引物在不同品种间检测出多态性,每个多态性引物检测的等位基因数为2～7个、平均2.93个,多态性信息量(PIC)为0.067～0.764、平均0.336.对54个品种的聚类分析结果表明,SSR聚类结果与品种来源存在相关性,同一省份的品种更倾向于聚为一类.系谱分析结果表明,福建、广东、广西3个省份花生育成品种的亲本来源是相互交叉的,以伏花生和狮头企为主培育出的粤油551、粤油551-116、汕油27以及在此基础上培育出的汕油71、汕油523是南方花生品种常用的骨干亲本.[结论]中国南方花生区试品种的遗传多样性较低,存在遗传基础狭窄的缺点.今后在品种选育过程中,应充分利用国内外的花生种质资源,培育新遗传背景下的骨干亲本,拓宽花生育成品种的遗传基础,增加花生品种的遗传多样性.     

秦优10号油菜杂交种纯度的SSR标记鉴定

SSR分子标记技术是近年来发展起来的一种新型杂交品种鉴定技术,已经在玉米、黄瓜等多种作物杂种鉴定中得到了很好的应用。然而,目前尚未见SSR标记在秦优10号杂交油菜品种鉴定方面的报导。研究首先利用SSR引物在秦优10号的亲本之间进行扩增,从中筛选到2对扩增效果好、条带清晰且差异片断在亲本间能够重复出现的引物,然后利用其对秦优10号杂种进行了分子鉴定。实验和统计学结果表明,真正的杂种F1同时表现出父母本的特征条带,而假杂种只表现出母本的带型,SSR分子标记鉴定的结果与田间种植鉴定的结果有很好的一致性和相关性,说明采用SSR标记可以对秦优10号进行快速准确的鉴定。     

茄子SSR多态性标记筛选及杂交种纯度鉴定

[目的]建立一套快速、准确、高效的茄子杂交种纯度鉴定方法,为其制种过程中除伪存真及大面积推广应用提供技术支持.[方法]挑选已公布的48对SSR引物对2个茄子杂交种15-16和1-7的亲本进行多态性标记筛选,选取有效引物对茄子杂交种进行纯度鉴定,并结合田间植株纯度鉴定,验证SSR分子标记纯度鉴定的有效性.[结果]在48对SSR引物中,有12对引物在杂交种15-16亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有8对(SM14、SM15、SM17、SM20、SM29、SM30、SM34和SM45);有5对引物在杂交种1-7亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有4对(SM15、SM20、SM24和SM29).分别选取2对呈互补带型的SSR引物进行杂交种纯度鉴定,结果显示杂交种15-16和1-7的纯度分别为99%和100%,与田间种植鉴定结果一致.[结论]采用SSR分子标记检测茄子杂交种纯度具有准确、高效的特点,可为茄子杂交制种过程中真假杂种鉴定提供技术支持.     

用RAPD和SSR分子标记鉴定小金海棠F1代 杂种实生苗的研究

小金海棠(Malusxiaojinensis)具有多种抗逆特性,是苹果属植物中一种珍贵的野生种质资源。由于小金海棠具有无融合生殖特性,早期准确、快速、有效地鉴定其F1代杂种实生苗对于研究利用其众多抗逆基因具有重要意义。RAPD技术是现有鉴定果树杂种实生苗最为简单、快速和有效的分子标记技术,但RAPD技术本身存在一定的不稳定性。笔者对小金海棠和山荆子(M.baccata)F1代杂交实生苗79个单株进行了RAPD分析,并用SSR标记对RAPD标记的初步鉴定结果进行了进一步的验证。结果显示,RAPD标记鉴定出的杂种实生苗有72.2%得到SSR标记的证实。研究的结果还表明,“叠加”和“新带”两种RAPD带型,结合RAPD标记特异位点数可以为小金海棠F1代杂种实生苗提供可靠的鉴定依据。研究为利用RAPD技术早期快速鉴定果树杂种实生苗提供了新的信息和依据。     

5个粳稻杂交组合及亲本的SSR多态性分析

利用68对SSR标记对江苏省生产上应用的5个粳稻杂交组合的杂种F1及其亲本进行扩增。结果表明:在68对引物中有15对在亲本中表现出稳定的多态性且在杂种F1表现为父母本互补带型引物,每个组合获得了6~9对多态性引物,不同组合间多态性频率在8.8%~13.2%。引物RM5629和RM259可以区分5个组合内的亲本和杂交种,引物RM224不仅可以区分除86优8号以外的4个组合的组合内F1及亲本种子,可以同时区分3个不同的组合。     

利用SSR标记对甘蓝型黄籽油菜贵油519杂种纯度鉴定

在用SSR(简单重复系列)标记构建了53份甘蓝型黄籽油菜种质资源的DNA指纹图谱的基础上,筛选出一个对黄籽油菜杂种贵油519及亲本具有共显性的SSR引物Ra2A05b,鉴定大田生产F1杂种群体的纯度,并对比田间调查的鉴定结果表明,SSR标记鉴定可以识别更多的非杂交种单株,如因微粉导致的自交、花粉污染、机械混杂等带来的非杂交种单株。就SSR标记鉴定杂交种纯度鉴定的可行性和优点进行了讨论。     

珍珠豆型花生品种遗传差异的SSR标记分析

为了了解珍珠豆型花生品种的遗传差异,为今后花生新品种选育提供参考,利用19对SSR标记引物对20个来源广泛的珍珠豆型花生品种进行了遗传差异分析。结果表明,有7对标记引物扩增出多态性,在20个品种间共检测到24个多态性等位点,每对引物分别检测出3~6个等位点变异,平均为3.43个,7个标记的多态性信息含量(PIC)在0.335~0.725;品种间的遗传相似性系数在0.000~1.000,协抗青、608、新会小粒、印尼花生和ICGV95440等5个品种与大多数品种之间的遗传相似性系数小于0.5,粤油114、仲恺花1号、桂花20、湛油50、粤油7号、粤油223、汕油523、梧油8号、湖北小花生、汕油21、汕油71、泉花627、天府13等13个品种间的遗传相似性系数则普遍大于0.5;遗传相似性聚类分析表明,以0.476为阈值,20个品种可聚为3类。     

辣椒EST-SSR标记的开发与验证

从NCBI数据库下载118 900条辣椒相关EST,对其进行SSR位点搜索,共搜索出3 343条SSR,分布密度为1/17.20kb,共有287种重复基元。在辣椒EST-SSR中,二核苷酸(1 476个SSR)和六核苷酸(1 128个SSR)占主导地位,所占比例分别为44.15%和33.74%;出现最多的重复基元是GA/TC,占总数的14.30%,其次为CT/AG(94个,占8.11%)。针对3 343条含有SSR的EST设计合成了200对引物。用17份辣椒种质对200对引物进行筛选,196对引物有扩增产物,71对引物表现出多态性,共有220个多态性位点。利用71对多态性引物,对特定亲本P181-2-6和P230-2-5及其杂种一代F1的亲缘关系进行检测,结果说明从辣椒相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。     

SSR fingerprinting of 203 sweetpotato (Ipomoea batatas (L.) Lam.) varieties

Simple sequence repeat (SSR) markers have been shown to be a powerful tool for varieties identification in plants. However, SSR fingerprinting of sweetpotato varieties has been a little reported. In this study, a total of 1294 SSR primer pairs, including 1215 genomic-SSR and 79 expressed sequence tag (EST)-SSR primer pairs, were screened with sweetpotato varieties Zhengshu 20 and Luoxushu 8 and their 2 F₁ individuals randomly sampled, and 273 and 38 of them generated polymorphic bands, respectively. Four genomic-SSR and 3 EST-SSR primer pairs, which showed good polymorphism, were selected to amplify 203 sweetpotato varieties and gave a total of 172 bands, 85 (49.42%) of which were polymorphic. All of the 203 sweetpotato varieties showed unique fingerprint patterns, indicating the utility of SSR markers in variety identification of this crop. Polymorphism information content (PIC) ranged from 0.5824 to 0.9322 with an average of 0.8176. SSR-based genetic distances varied from 0.0118 to 0.6353 with an average of 0.3100 among these varieties. Thus, these sweetpotato varieties exhibited high levels of genetic similarity and had distinct fingerprint profiles. The SSR fingerprints of the 203 sweetpotato varieties have been successfully constructed. The highly polymorphic SSR primer pairs developed in this study have the potential to be used as core primer pairs for variety identification, genetic diversity assessment and linkage map construction in sweetpotato and other plants.     

大豆皂甙含量的QTL分析

利用高皂甙含量大豆材料和低皂甙含量大豆材料为亲本组配F2群体,以SSR分子标记技术对F2代群体与皂甙含量相关的QTL进行定位,以便为选育高皂甙含量的特种大豆品种提供理论依据。利用皂甙含量高的哈91016与皂甙含量低的N98-9445A大豆杂交获得的F2代群体,用500对SSR引物对大豆皂甙含量进行QTL定位,其中多态性标记有106个。QTL分析结果表明,控制大豆皂甙含量的QTL分别位于连锁群MLG K、MLG D1a上的Sat_044和Satt580附近,其LOD值分别为2.09和2.87,Sat_044与Satt102的遗传距离是11.4 cM,Satt580与Sat_036的遗传距离是18.7 cM;其对皂甙含量的贡献率分别为12.6%和15.8%。     

中粳水稻品种资源遗传多样性Ⅲ. 不同时期育成品种SSR多样性的比较分析

利用 42个SSR标记对我国中粳水稻稻区不同时期育成的137份品种进行遗传多样性分析,33个标记具有多态性,在多态性位点共检测到107个等位基因,每个引物上的等位基因数为 2～7个,平均3.2个。供试品种Nei多样性指数平均值为0.290,变异范围为0.162～0.419。供试品种在籼粳分化程度上差异明显,TDj值平均为0.7787,变幅为0.3620～0.9445,多数品种的籼粳分化较为彻底,地方品种和早期育成品种存在粳型倾籼类型。利用SSR分子标记进行UPGMA聚类分析,可将130个典型粳型品种、3个籼稻对照品种和7个粳型倾籼型品种明显分开,与形态分类的结果相一致,130个粳稻品种可分为多个类群。Nei基因多样性指数He,TDj值、SSR多样性变化趋势表明,我国中粳水稻稻区不同时期育成的品种遗传多样性呈下降趋势,因此,水稻育种中应发掘新的种质资源,拓宽品种的遗传多样性。     

贵州48个玉米杂交种及其亲本SSR指纹图谱的构建与分析

从北京市农林科学院筛选出的100对玉米SSR核心引物中选取20对,利用SSR分子标记技术,构建了贵州省2000年以来审定的48个玉米杂交种及其亲本的数字化指纹图谱.图谱构建所用的20个SSR标记每个位点的等位基因数平均为5.3个,多态信息量平均为0.66,标记索引系数平均为3.58,多态性丰富.图谱中,来自不同地区或不同育种家的同名自交系,有的指纹图谱较一致,有的有差异,有的扩增片段大小不同,有的扩增片段数目也不同;杂交种的谱带表现为偏母型、偏父型、杂种型和双亲互补型4种类型.经验证,建立图谱时所用的材料符合最小品种内变异的原则,表明所建立的图谱是准确的.该图谱对于玉米品种及其亲本的纯度鉴定、真实性鉴定以及维护育种家的权益有一定的应用价值.     

四个杂交水稻骨干恢复系的多态性分析

选取均匀分布于水稻12条染色体上的134对SSR （Simple Sequence Repeats ,SSR）标记,对明恢63、明恢86、航1号和航2号等4个具有相似遗传背景的水稻骨干恢复系进行遗传多态性分析。结果表明,经航天诱变选育的“航1号、航2号”与原种明恢86之间存在不同程度的遗传多样性。在筛选的134对SSR引物中,具有多态性标记为39对,多态性频率为29.10％。每个标记位点的平均等位基因数为2.10个,变幅为1～4个,平均多态性信息含量指数（PIC ）为0.37。聚类分析结果表明,当以0.87为阀值时可将航天诱变选育的“航1号、航2号”与原种“明恢86”区分开。其中在标记RM234两侧邻近的7个含有重要基因区段的SSR标记中有5个标记存在多态性,表明明恢86在航天诱变过程中可能在具有重要生物学功能的基因座发生了突变,再经系统选育成航1号、航2号优良恢复系,为航天诱变中因发生有利变异而选育新品种提供分子证据。     

江西柑橘地方品种资源及野生近缘种SSR分子标记

利用SSR分子标记方法研究了63个江西柑橘地方品种资源及野生近缘种的遗传多样性，用30对SSR引物，检测到374条等位基因，平均每对引物检测到等位基因3～28个，平均12．47个，平均信息量为0．805。用UPGMA方法可将63个试材划分为8个类群．聚类结果可以推断出崇义野生橘可能是江西柑橘的始祖，井冈野生橙可能是橘类和橙类的杂交种。     

中粳水稻品种资源的遗传多样性Ⅱ.黄淮稻区近期育成品种的SSR多样性比较

采用42个SSR标记,分析了136份中国黄淮稻区近期育成的中粳水稻品种(系)的遗传差异,发现有33个标记具有多态性,多态性位点共检测到106个等位基因,每个位点2.0~7.0个,平均3.2个。供试品种的基因多样性指数(He)平均值为0.249,变幅为0.171~0.426,遗传多样性较低。供试品种(系)籼粳分化程度(TDj)值的分布范围为0.629~0.945,籼粳分化比较彻底,粳稻基因成份高。UPGMA聚类结果表明,利用SSR分子标记可将供试136个粳稻品种(系)与对照籼稻品种分开,粳稻群在遗传距离为0.43处分为2个类群,并可进一步分为多个亚群,聚类结果一定程度上反映了品种(系)间的亲缘关系。     

贵州辣椒地方品种分子遗传多样性分析

在辣椒基因组的75个SSR标记中选出多态性丰富的17个,用于检测48个贵州辣椒地方品种,按类平均法作聚类分析.在遗传距离0.51阈值处,将参试材料分为五类:第一类含3个品种;第二类只有1个品种;第三类为2个品种;第四类分为5个亚类,第一亚类6个材料,第二亚类9个材料,第三亚类15个材料,第四亚类9个材料,第五亚类2个材料;第五类只有1个品种.参试材料的7种果型分别归于不同的类或亚类中,表明聚类结果与果型有一定的关联,同果型材料问遗传差异较小,但少数同果型的材料分布在不同类群中,与其他同果型材料间有较大遗传差异.另外,17个标记平均可检测3.8个等位基因.平均多态信息量为0.6.平均标记索引系数为2.32,48个品种同的遗传距离在0～0.566,说明,贵州辣椒种质资源的遗传多样性相对较丰富,具有良好的应用前景.