草鱼呼肠孤病毒逆转录环介导等温扩增检测方法的建立

为更加快速、灵敏地检测草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV),建立环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。根据GenBank中GCRV HZ08等毒株VP6蛋白基因序列设计引物,以GCRV弱毒疫苗株(GCHV-892)总RNA为模板建立RT-LAMP反应,对扩增产物用限制性内切酶PvuⅡ进行酶切鉴定,所得酶切产物大小符合预期值。随后对LAMP反应体系包括Mg2+、dNTPs、甜菜碱(betaine)和内外引物浓度比进行了优化,并以含VP6蛋白基因的重组质粒(pEASY-VP6)为模板考量了该方法的敏感性,结果显示最低检测限为10copies.μL-1,比RT-PCR检测方法敏感10倍。特异性试验表明与白斑综合征病毒(WSSV)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、病毒性神经坏死病毒(VNNV)无交叉反应。应用RT-LAMP方法检测16份疑似出血病草鱼,6份病料获得了阳性扩增,与RT-PCR检测结果一致。     

基因Ⅰ型草鱼呼肠孤病毒VP7蛋白合成肽抗体的制备及应用

【目的】制备基因I型草鱼呼肠孤病毒(GCRV)VP7蛋白合成肽抗体并验证其特异性,为研究VP7外衣壳蛋白在基因I型GCRV病毒与宿主间的相互作用及研制基因工程疫苗提供参考依据。【方法】以GCRV GZ1208株为模板进行RT-PCR扩增,运用在线生物信息学分析软件对VP7蛋白B细胞表位进行功能预测,选择位于VP7蛋白第26～39位氨基酸的多肽序列进行人工合成,与钥孔血蓝蛋白载体蛋白偶联后免疫新西兰白兔以获得VP7蛋白合成肽抗体,然后采用Western blotting和间接免疫荧光试验验证VP7蛋白合成肽抗体对基因I型GCRV的特异性识别能力。【结果】VP7蛋白氨基酸序列在基因I型GCRV中高度保守,其合成肽抗体效价约1∶256000。Western blotting分析结果显示,融合蛋白VP7约在55 kD处出现单一的特异性条带,而GZ1208株和JX0901株样品约在30 kD处出现对应的特异性条带,与预期结果基本一致;间接免疫荧光试验结果表明,VP7蛋白合成肽抗体可特异性识别感染基因I型GCRV的草鱼脑细胞(GCB),感染细胞中出现特异性绿色荧光信号,而感染其他基因型GCRV及正常未感染病毒的GCB细胞中均无特异性绿色荧光出现。【结论】制备获得的VP7蛋白合成肽抗体能特异性识别基因I型GCRV,而不识别其他基因型毒株,可用于草鱼出血病的临床诊断和基因I型GCRV的病原学研究。     

水貂肠炎细小病毒PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank上已发表的水貂肠炎细小病毒基因序列,在其编码VP2结构蛋白基因的高度保守区内,设计合成1对特异性引物,建立水貂肠炎细小病毒PCR诊断方法。经过敏感性及特异性检测,该引物能与MEV标准株和地方分离株核酸发生特异性结合,扩增出一段长度为570bp的DNA片段,而与CDV、ADV等病毒的PCR反应均呈阴性。设计的该对引物可用于MEV的临床检测。     

鳜弹状病毒与传染性脾肾坏死病毒双重PCR检测方法的建立

【目的】建立鳜弹状病毒(SCRV)和传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)的双重PCR检测方法。【方法】分别针对SCRV N基因和ISKNV MCP基因的保守区域设计特异性引物,通过优化退火温度和引物用量(μL)比,建立SCRV和ISKNV的双重PCR检测方法,并对该方法的敏感性和特异性进行检验。应用建立的双重PCR方法对20份临床样品进行单一和双重PCR检测,比较单一和双重PCR的检测结果。【结果】成功建立了SCRV和ISKNV双重PCR方法,该法特异性较强,对草鱼呼肠孤病毒(GCRV)、锦鲤疱疹病毒(KHV)、神经坏死病毒(NNV)、鲤春病毒血症病毒(SVCV)、新加坡石斑鱼虹彩病毒(SGIV)、罗非鱼湖病毒(TiLV)等鱼类常见病毒无扩增;敏感性较好,对2种病毒DNA的检测下限均为0.01 ng/μL。20份临床样品的双重PCR样品检测结果显示,3份为SCRV阳性,11份为ISKNV阳性,2份为SCRV和ISKNV混合感染,结果与单一PCR检测结果一致。【结论】建立的SCRV和ISKNV双重PCR检测方法特异性较强,敏感性较好,可用于鳜鱼SCRV与ISKNV的快速鉴别诊断和分子流行病学调查。     

牛肠道病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

参照GenBank中登录的牛肠道病毒(BEV)全基因组序列,针对其3D基因设计合成了1对特异性引物,提取病毒RNA,逆转录为cDNA,进行PCR扩增,经条件优化,建立了BEV的RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性进行验证。结果显示,该方法从分离的牛肠道病毒中扩增出了732 bp的特异性目的片段;且对牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCoV)等相关病毒均无交叉反应;其检出敏感度达10-1TCID50。应用该方法对山东地区84份临床疑似发病牛样品进行检测,21份为阳性,阳性检出率为25%。     

兔出血症病毒2型的VP60基因保守区人工合成及RT-PCR检测方法初探

为建立用于兔出血症病毒2型(RHDV2)的快速检测方法,根据Gen Bank已公布的RHDV和RHDV2VP60基因,设计合成2对特异性引物和10条末端重叠引物,通过重叠PCR人工合成RHDV2 VP60基因中保守区片段,构建重组质粒,并以其为模板,经过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验和35份样品检测应用,初步建立RHDV2 RT-PCR检测方法。实验成功合成RHDV2 VP60基因的435 bp保守片段并构建了p MD-19T-RHDV2重组质粒,初步建立的RHDV2 RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,RHDV2的检测限度可达到230个拷贝的靶基因片段,检测RHDV、p GM-T-EBHSV(已构建)、兔巴氏杆菌、兔源大肠埃希菌和沙门氏菌均无特异性扩增,样品检测结果显示样品中RHDV2核酸阴性。该研究为中国及时进行RHDV2的防控提供技术储备。     

犬细小病毒巢式PCR诊断方法的建立及应用

【目的】以期建立犬细小病毒巢式PCR诊断方法。【方法】根据基因库已发表的CPV VP2基因序列设计二对巢式引物,以临床上疑似CPV感染的犬粪样品中提取的总DNA作为模板,用巢式PCR方法扩增出CPV VP2基因的目的条带。【结果】扩增出的目的基因与国际标准序列的同源性为99.3%～100%。特异性试验发现该引物不能启动犬其它常见病毒基因的扩增。敏感性试验表明该引物能检测到10-9的CPV总RNA量。重复性试验显示该引物具有良好的稳定性。对采集的26份样品进行CPV巢式PCR检测,20份样品为阳性,阳性率为76.9%。【结论】建立的CPV的RT-PCR检测方法可于临床CPV的快速诊断和小规模的分子流行病学调查。     

CSFV和PRRSV二联RT-PCR检测方法的建立

参照GenBank中猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)基因保守序列,设计2对特异引物,通过对最佳反应条件的优化,建立了CSFV和PRRSV的二联RT-PCR检测方法,该方法可同时扩增得到2条与试验设计相符的443 bp(CSFV)和246 bp(PRRSV)特异性条带。应用该二联RT-PCR方法检测猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)结果均为阴性,证明该方法有良好的特异性。将已知阳性病毒PCR模板最高稀释倍数作为PCR的敏感度,结果表明该二联RT-PCR体系扩增的敏感度为10-3,可对CSFV和PRRSV单个或混合感染的临床样品进行快速鉴别诊断。     

兔出血症病毒套式PCR检测方法的建立

根据GenBank登录的兔出血症病毒的VP60基因序列，设计了2对引物，建立了检测兔出血症病毒的套式PCR检测方法．先用外引物扩增一段389bp的DNA片断，继而用内引物以扩增产物为模板进行第2次扩增（即套式PCR），以提高结果的准确性，避免一次性PCR的假阳性结果．用该方法对12份RHD样本进行检测，检出率为100％．     

猪传染性胃肠炎病毒RT-PCR诊断方法的建立与应用

为建立一种快速简便的检测猪传染性胃肠炎的RT-PCR方法,根据GenBank中已发表的猪传染性胃肠炎病毒N蛋白基因的核苷酸序列设计1对引物,并以合成的cDNA为模板,初步建立了猪传染性胃肠炎病毒的RT-PCR检测方法,进而对对照病毒及采集的病料组织进行了敏感性、特异性和重复性检测。结果表明,该研究建立的RT-PCR方法敏感性高,最低核酸检测值为0.5ng/μL,扩增产物特异性好,重复性稳定,可应用于猪传染性胃肠炎病毒的实验室诊断和流行病学调查。